非靶代謝組學研究：2022年03月,歐易/鹿明生物合作客戶重慶醫(yī)科大學附屬第二醫(yī)院消化內科周智航團隊在International Journal of Biological Sciences期刊發(fā)表的題為 “Enhanced pentose phosphate pathway activity promotes pancreatic ductal adenocarcinoma progression via activating YAP/MMP1 axis under chronic acidosis”的研究成果，通過采用非靶代謝組學和基因表達芯片，發(fā)現(xiàn)了適應酸性微環(huán)境的胰腺導管腺* (P...

代謝組學+轉錄組學，中文標題：基于代謝組學分析的百菌清、多菌靈、咪鮮胺及其二元和三元混合物對斑馬魚胚胎和仔魚的健康風險研究對象：斑馬魚胚胎和仔魚發(fā)表期刊：JournalofHazardousMaterials影響因子：10.588運用生物技術：代謝組學環(huán)境毒理學浙江省農(nóng)科院農(nóng)產(chǎn)品質量營養(yǎng)所風險評估研究團隊聯(lián)合浙江工業(yè)大學在農(nóng)藥聯(lián)合暴露效應機制研究中取得新進展，作者：楊桂玲，王彥華，李健，王豆，鮑志偉，王強（通訊作者），靳遠詳（共同通訊作者），在JournalofHazardousMaterials期刊發(fā)表的文章，通過代謝組學+轉錄組學的多組學整合分析技術來闡明幾種殺菌劑或其混合物在斑馬魚早期發(fā)...

GC-MS非靶向代謝組研究，隨著納米材料的產(chǎn)業(yè)化,各種形式的納米材料將以不同途徑進入人們的生活,納米材料的生物安全性問題正受到世界各國科學家的***關注，本篇為2020年2月，南京大學趙麗娟課題組在Environmental Science & Technology雜志發(fā)表題為“Silver Nanoparticles Alter Soil Microbial Community Compositions and Metabolite Profiles in Unplanted and Cucumber-planted Soil”的研究論文。該研究運用16S rRNA基因測序、GC-MS非靶向...

LC-MS靶向代謝組學研究本篇文章通過LC-MS靶向代謝組學和16S rRNA基因序列分析，探究谷物在加工傳統(tǒng)飲料ogi過程中******的減少和細菌群落的動態(tài)變化。同時，從糧食安全方面考慮，谷物的污染水平低、較安全，又優(yōu)于玉米，可以代替受******污染的玉米品種。歐易/鹿明生物推出的16s+代謝組學的多層組學研究思路繼本篇文章前已先后助力了浙江工業(yè)大學、中國農(nóng)科院、青島農(nóng)業(yè)大學等在微生物一區(qū)頂刊Microbiome、醫(yī)學一區(qū)頂刊GUT發(fā)表文章。項目文章PBP | 浙江工業(yè)大學傅正偉運用GC-MS非靶向代謝組學和16S探究水稻根際微生物群落影響項目文章 | 恭喜中國農(nóng)科院及青島農(nóng)業(yè)大學團隊繼...

非靶向代謝組學研究：對于代謝物分析，作者對非靶代謝組學測定，共檢測到4,346種代謝物。根據(jù)所有檢測到的代謝物的投影中變量重要性（VIP）>1和p<0.05的篩選標準，在不同的比較組***研究了961種差異累積代謝物（DAM）（表1）。在A果實(AF)與B果實(BF)的相同成熟階段，發(fā)現(xiàn)S3的DAM比S1和S2更豐富，這意味著DAM的主要變化發(fā)生在S3。隨后，利用京都基因和基因組百科全書（KEGG）富集分析進一步了解與兩個東方甜瓜品種相關的生物學機制。其中，參與蔗糖和有機酸代謝的代謝物在果實中的積累差異更大，包括“半乳糖代謝”、“磷酸戊糖途徑”、“果糖和甘露糖代謝”、“亞油酸代謝”和“花生四烯...

LC-MS非靶向代謝組學研究方法，2021年11月，寧波大學海洋科學學院王春琳團隊在Frontiers in Marine Science期刊發(fā)表了題為“Metabolic Changes in Scylla paramamosain During Adaptation to an Acute Decrease in Salinity”的研究成果，通過LC-MS非靶向代謝組學研究方法，發(fā)現(xiàn)了氨基酸和能量代謝是參與青蟹適應鹽度變化的主要因素，而脂質代謝物起輔助作用。中文標題：青蟹在適應鹽度急劇下降過程中的代謝變化研究對象：青蟹發(fā)表期刊：FrontiersinMarineScience影響因子：4...

GC-MS非靶向代謝組學和轉錄組學研究方法，2021年11月，上海交通大學醫(yī)學院附屬新華醫(yī)院馮麗萍教授課題組在Science of the Total Environment期刊發(fā)表了題為“Transcriptomics integrated with metabolomics reveals the effect of Bisphenol F (BPF) exposure on intestinal inflflammation ”的研究成果，通過GC-MS非靶向代謝組學和轉錄組學研究方法，發(fā)現(xiàn)了BPF暴露的腸道毒性的特征，探究了可能的發(fā)病機理。中文標題：轉錄組學結合代謝組學揭示了雙酚F(...

有機酸靶向代謝組學研究：中文標題：通過代謝和轉錄組分析的綜合分析鑒定控制東方甜瓜果實發(fā)育過程中可溶性糖和有機酸代謝的關鍵基因網(wǎng)絡研究對象：甜瓜發(fā)表期刊：Front.PlantSci.影響因子：5.753發(fā)表時間：2022年5月12日合作單位:甘肅省農(nóng)業(yè)科學院蔬菜研究所，中國農(nóng)業(yè)大學園藝學院運用生物技術：非靶向代謝組學（由鹿明生物提供技術支持）、轉錄組學（由歐易生物提供技術支持）在本研究中，通過***的轉錄組分析和代謝物分析，作者發(fā)現(xiàn)東方甜瓜品種'甜寶'（A）的果實含糖量高，'小翠瓜'（B）的果實含糖量低，并同時在不同的發(fā)展階段進行了比較。研究有助于闡明與甜瓜中糖和有機酸代謝相關的基因的動態(tài)和差...

GC-MS非靶向代謝組，標題：銀納米顆粒改變種植和未種植黃瓜土壤中的微生物群落組成和代謝物譜期刊：EnvironmentalScience&Technology影響因子：9.028發(fā)表時間：2020年2月合作單位：南京大學環(huán)境學院運用生物技術：16SrRNA基因測序、GC-MS非靶向代謝組（由鹿明生物提供技術支持）。銀納米顆粒（AgNPs）是使用*****的工程納米材料之一，泄露可能導致顆粒在土壤中積累，并對環(huán)境造成未知風險。有報告指出AgNPs可能通過影響根系分泌物間接對微生物群落功能和基因組多樣性產(chǎn)生***影響，但對其機理了解甚少。土壤代謝物可作為土壤微生物群落變化的表型特征，但當前有關N...

**靶向代謝組學研究，中文標題：代謝組學分析揭示了COVID-19新的發(fā)展特征研究對象：****患者發(fā)表期刊：EuropeanRespiratoryJournal影響因子：16.671發(fā)表時間：2021.7.21運用生物技術：LC-MS非靶代謝組學+靶向代謝組學，****已經(jīng)***了1.6億多人，并導致全世界數(shù)以百萬的人死亡；至少部分原因是它的病理生理尚不清楚。所以，識別****的潛在分子機制對于戰(zhàn)勝**是至關重要的。此外，代謝物通過在疾病進展過程中獲得***的病理生理學意義來反映個體的疾病進展。因此，中國廣州多家研究機構的科研人員使用了非靶向和靶向代謝組學分析對****患者所有階段血清的代謝...

尿液代謝組學研究案例，空氣中PM和生物氣溶膠共同暴露的尿液代謝組學特征采用LC-MS+GC-MS雙平臺代謝組學方法對尿液樣品進行分析，其中GC-MS檢測102種代謝物，LC-MS檢測到1271種。作者通過使用亞組來分析差異代謝物是否具有性別或季節(jié)性，結果表明性別和季節(jié)對本研究的結果沒有明顯的混雜影響。差異分析表明，Pu1和Po1之間的差異代謝物數(shù)量大于Po1和C之間的差異，LC-MS分析比GC-MS分析檢測到更多的差異代謝物，體現(xiàn)出不同平臺的檢測特點。為了確定尿液中與空氣污染PM暴露相關的代謝生物標志物，使用綜合分析獲得候選差異代謝物，其中C-Po1和Po1-Pu1比較中的重疊差異代謝物作為短...

非靶向代謝組學研究：對于代謝物分析，作者對非靶代謝組學測定，共檢測到4,346種代謝物。根據(jù)所有檢測到的代謝物的投影中變量重要性（VIP）>1和p<0.05的篩選標準，在不同的比較組***研究了961種差異累積代謝物（DAM）（表1）。在A果實(AF)與B果實(BF)的相同成熟階段，發(fā)現(xiàn)S3的DAM比S1和S2更豐富，這意味著DAM的主要變化發(fā)生在S3。隨后，利用京都基因和基因組百科全書（KEGG）富集分析進一步了解與兩個東方甜瓜品種相關的生物學機制。其中，參與蔗糖和有機酸代謝的代謝物在果實中的積累差異更大，包括“半乳糖代謝”、“磷酸戊糖途徑”、“果糖和甘露糖代謝”、“亞油酸代謝”和“花生四烯...

LC-MS靶向代謝組學研究本篇文章通過LC-MS靶向代謝組學和16S rRNA基因序列分析，探究谷物在加工傳統(tǒng)飲料ogi過程中******的減少和細菌群落的動態(tài)變化。同時，從糧食安全方面考慮，谷物的污染水平低、較安全，又優(yōu)于玉米，可以代替受******污染的玉米品種。歐易/鹿明生物推出的16s+代謝組學的多層組學研究思路繼本篇文章前已先后助力了浙江工業(yè)大學、中國農(nóng)科院、青島農(nóng)業(yè)大學等在微生物一區(qū)頂刊Microbiome、醫(yī)學一區(qū)頂刊GUT發(fā)表文章。項目文章PBP | 浙江工業(yè)大學傅正偉運用GC-MS非靶向代謝組學和16S探究水稻根際微生物群落影響項目文章 | 恭喜中國農(nóng)科院及青島農(nóng)業(yè)大學團隊繼...

土壤代謝物可以間接反映微生物代謝過程的變化，使用基于GC-MS的非靶向代謝組學，在土壤樣品***鑒定272種代謝物并對其進行非靶向代謝組學定量，定量結果表明AgNPs暴露***改變了土壤代謝物的分布。通過參數(shù)VIP>1.5，在土壤中鑒定出20種具有重要變化的代謝物（圖3I），除少數(shù)幾個代謝物上調，大多數(shù)代謝物減少，表明AgNPs暴露通常會對土壤微生物的代謝產(chǎn)生負面影響。土壤代謝組學可以揭示土壤微生物群落如何在分子水平上應對AgNPs并作出反應，包括毒性機制和***策略。代謝組學熱圖聚類分析 火山圖 散點圖如何繪制。北京代謝組學藥物靶點代謝組學+轉錄組學研究：2022年2月，中國海洋大學食品科學...

土壤代謝物可以間接反映微生物代謝過程的變化，使用基于GC-MS的非靶向代謝組學，在土壤樣品***鑒定272種代謝物并對其進行非靶向代謝組學定量，定量結果表明AgNPs暴露***改變了土壤代謝物的分布。通過參數(shù)VIP>1.5，在土壤中鑒定出20種具有重要變化的代謝物（圖3I），除少數(shù)幾個代謝物上調，大多數(shù)代謝物減少，表明AgNPs暴露通常會對土壤微生物的代謝產(chǎn)生負面影響。土壤代謝組學可以揭示土壤微生物群落如何在分子水平上應對AgNPs并作出反應，包括毒性機制和***策略。常用的代謝組學相關數(shù)據(jù)庫有人類代謝組數(shù)據(jù)庫KEGG數(shù)據(jù)庫、Reactome數(shù)據(jù)庫。浙江植物代謝組學的研究GC-MS非靶向代謝組...

代謝組學+轉錄組學研究：2022年2月，中國海洋大學食品科學與工程學院劉尊英教授課題組在《Foods》期刊發(fā)表的題為“Dissecting of the AI-2/LuxS Mediated Growth Characteristics and Bacteriostatic Ability of Lactiplantibacillus plantarum SS-128 by Integration of Transcriptomics and Metabolomics”的研究成果，通過轉錄組學和代謝組學等研究方法，發(fā)現(xiàn)植物乳孢桿菌可以通過AI-2/luxs介導的群體感應(QS)系統(tǒng)來調節(jié)其生長...

糞便LC-MS代謝組學研究方法，2022年，復旦大學上海市第五人民醫(yī)院創(chuàng)傷急危重癥醫(yī)學科唐建國教授課題組在FrontiersinCellularandInfectionMicrobiology期刊發(fā)表的題為“DiallylDisulfide(DADS)AmelioratesIntestinalCandidaalbicansInfectionbyModulatingtheGutmicrobiotaandMetabolitesandProvidingIntestinalProtectioninMice”的研究成果，通過糞便微生物16SrRNA測序和糞便LC-MS代謝組學研究方法，發(fā)現(xiàn)了DADS**...

代謝組學研究：浙江省農(nóng)科院農(nóng)產(chǎn)品質量營養(yǎng)所風險評估研究團隊聯(lián)合浙江工業(yè)大學在農(nóng)藥聯(lián)合暴露效應機制研究中取得新進展，作者：楊桂玲，王彥華，李健，王豆，鮑志偉，王強（通訊作者），靳遠詳（共同通訊作者），在Journal of Hazardous Materials期刊發(fā)表了題為“Health risks of chlorothalonil, carbendazim, prochloraz, their binary and ternary mixtures on embryonic and larval zebrafish based on metabolomics analysis”的研究成果，...

本研究通過LC-MS和GC-MS雙平臺代謝組學研究方法，對92例樣品5個時間點的尿液樣品進行分析，分別找到了33種和155種與PM和生物氣溶膠相關的差異標志物，結果揭示了年輕健康人在五個不同時間點的尿液代謝譜的動態(tài)變化，采用KEGG通路富集分析和時間序列分析確定了與短期共同暴露于空氣中PM和生物氣溶膠相關的幾種潛在代謝物生物標志物，發(fā)現(xiàn)短期高濃度暴露于PM可能會導致代謝改變并降低應激***水平，這可能是與下丘腦-垂體-腎上腺和交感-腎上腺-髓質軸的***有關；而生物氣溶膠劑則通過***系統(tǒng)對病理性成癮有重要作用。其中尿液中的16-脫氫孕酮可能是PM暴露的潛在生物標志物；4-羥基苯乙醇可能是生物...

代謝組學經(jīng)典研究：本篇小鹿將為各位看官推薦4篇使用代謝組學的經(jīng)典研究，***篇文章運用LC-MS/GC-MS雙平臺代謝組學探究番茄果實成熟過程中的代謝變化。第二篇文章運用16S rRNA測序+代謝組學技術研究不同分子量的PE顆粒干擾玉米生長和根際微環(huán)境的機制。第三篇文章運用GC-MS頂空代謝組學探究新等位基因系和野生型的成熟種子中發(fā)現(xiàn)了幾種不同的揮發(fā)性化合物。第四篇文章運用GC-MS非靶向代謝組學技術對對全氟辛酸（PFOA）暴露土壤栽培的黃瓜組織代謝途徑變化進行了研究。非靶向代謝組學數(shù)據(jù)分析 靶向代謝組學數(shù)據(jù)分析。上海代謝組學 分析LC-MS+GC-MS雙平臺代謝組學研究案例，中文標題：使用無...

代謝組學經(jīng)典研究：本篇小鹿將為各位看官推薦4篇使用代謝組學的經(jīng)典研究，***篇文章運用LC-MS/GC-MS雙平臺代謝組學探究番茄果實成熟過程中的代謝變化。第二篇文章運用16S rRNA測序+代謝組學技術研究不同分子量的PE顆粒干擾玉米生長和根際微環(huán)境的機制。第三篇文章運用GC-MS頂空代謝組學探究新等位基因系和野生型的成熟種子中發(fā)現(xiàn)了幾種不同的揮發(fā)性化合物。第四篇文章運用GC-MS非靶向代謝組學技術對對全氟辛酸（PFOA）暴露土壤栽培的黃瓜組織代謝途徑變化進行了研究。代謝組學——尋找代謝物與生理病理變化的相對關系研究方式。上海代謝組學的數(shù)據(jù)特點LC-MS非靶向代謝組學研究方法，2021年11...

雙平臺代謝組學研究，2022年02月，中國中醫(yī)科學院廣安門醫(yī)院李敏教授課題組在Biomedicine & Pharmacotherapy發(fā)表的題為 “Yiqi Tongluo Fang could preventive and delayed development and formation of diabetic retinopathy through antioxidant and anti-inflammatory effects ”的研究成果，發(fā)現(xiàn)了***通絡方可有效地防治糖尿病并發(fā)癥形成與發(fā)展，探究了***通絡方防治糖尿病視網(wǎng)膜病變的作用機制，***通絡方可改善糖尿病大鼠視網(wǎng)膜組織...

非靶向代謝組學研究：對于代謝物分析，作者對非靶代謝組學測定，共檢測到4,346種代謝物。根據(jù)所有檢測到的代謝物的投影中變量重要性（VIP）>1和p<0.05的篩選標準，在不同的比較組***研究了961種差異累積代謝物（DAM）（表1）。在A果實(AF)與B果實(BF)的相同成熟階段，發(fā)現(xiàn)S3的DAM比S1和S2更豐富，這意味著DAM的主要變化發(fā)生在S3。隨后，利用京都基因和基因組百科全書（KEGG）富集分析進一步了解與兩個東方甜瓜品種相關的生物學機制。其中，參與蔗糖和有機酸代謝的代謝物在果實中的積累差異更大，包括“半乳糖代謝”、“磷酸戊糖途徑”、“果糖和甘露糖代謝”、“亞油酸代謝”和“花生四烯...

土壤代謝組學：銀納米顆粒（AgNPs）是使用*****的工程納米材料之一，泄露可能導致顆粒在土壤中積累，并對環(huán)境造成未知風險。有報告指出AgNPs可能通過影響根系分泌物間接對微生物群落功能和基因組多樣性產(chǎn)生***影響，但對其機理了解甚少。土壤代謝物可作為土壤微生物群落變化的表型特征，但當前有關NPs暴露對土壤微生物群落影響的研究不包括對土壤代謝產(chǎn)物的分析。16S rRNA基因序列可以提供改變的土壤微生物群相關信息，鑒于它們的已知功能，人們可以對土壤生物化學的變化提出合理假設。本文作者利用16S rRNA基因測序和非靶向代謝組學方法，研究了AgNPs對土壤微生物群落的長期影響?？臻g代謝組學 代謝...

**靶向代謝組學研究，中文標題：代謝組學分析揭示了COVID-19新的發(fā)展特征研究對象：****患者發(fā)表期刊：EuropeanRespiratoryJournal影響因子：16.671發(fā)表時間：2021.7.21運用生物技術：LC-MS非靶代謝組學+靶向代謝組學，****已經(jīng)***了1.6億多人，并導致全世界數(shù)以百萬的人死亡；至少部分原因是它的病理生理尚不清楚。所以，識別****的潛在分子機制對于戰(zhàn)勝**是至關重要的。此外，代謝物通過在疾病進展過程中獲得***的病理生理學意義來反映個體的疾病進展。因此，中國廣州多家研究機構的科研人員使用了非靶向和靶向代謝組學分析對****患者所有階段血清的代謝...

代謝組學數(shù)據(jù)提供了COVID-19患者各階段循環(huán)代謝物特征的綜合觀點，并確定了葡萄糖代謝和尿素循環(huán)的代謝重編程是COVID-19的潛在病理機制。在****病程的不同階段，靶向宿主代謝可能是一種可行的方法。非靶向代謝組學分析中，發(fā)現(xiàn)隊列中的樣品共鑒定出2466個代謝物峰，負離子模式631個、正離子模式下的1835個；通過篩選，鑒定出240種代謝物。輕癥組的代謝物與正常組部分重合，而重癥組和恢復組很容易區(qū)分(圖1B)。240個代謝物中有193個與COVID-19***相關(圖1C)。火山圖顯示了不同組代謝物與正常組相比上調下調的情況(圖1D)；與正常組對比，***上調的代謝物：輕癥組有48個，嚴重...

GC-MS非靶向代謝組研究，隨著納米材料的產(chǎn)業(yè)化,各種形式的納米材料將以不同途徑進入人們的生活,納米材料的生物安全性問題正受到世界各國科學家的***關注，本篇為2020年2月，南京大學趙麗娟課題組在Environmental Science & Technology雜志發(fā)表題為“Silver Nanoparticles Alter Soil Microbial Community Compositions and Metabolite Profiles in Unplanted and Cucumber-planted Soil”的研究論文。該研究運用16S rRNA基因測序、GC-MS非靶向...

GC-MS非靶向代謝組：隨著納米材料的產(chǎn)業(yè)化,各種形式的納米材料將以不同途徑進入人們的生活,納米材料的生物安全性問題正受到世界各國科學家的***關注，本篇為2020年2月，南京大學環(huán)境學院課題組在Environmental Science & Technology雜志（IF=9.028）發(fā)表題為“Silver Nanoparticles Alter Soil Microbial Community Compositions and Metabolite Profiles in Unplanted and Cucumber-planted Soil”的研究論文。該研究運用16S rRNA基因測序...

代謝組學研究：濃香型白酒（SFB）在窖泥窖內發(fā)酵過程中，獲得了其特有的風味。窖泥中的微生物是產(chǎn)生風味酯的關鍵前提物。本篇為歐易/鹿明生物合作客戶四川省農(nóng)業(yè)科學院水稻高粱研究所（一作：劉茂柯）于2020年3月在微生物學專刊《mSystems》（IF=6.469）發(fā)表的題為“Structural and Functional Changes in Prokaryotic Communities in Artificial Pit Mud during Chinese Baijiu Production”的研究報道，該研究對釀造微生態(tài)系統(tǒng)進行了***16S rRNA測序，蛋白質組學和代謝組學聯(lián)合分析...

糞便代謝組分析，中文標題：二烯丙基二硫化物(DADS)通過調節(jié)腸道微生物群和代謝物來保護小鼠腸道及改善白色念珠菌***研究對象：小鼠糞便發(fā)表期刊：FrontiersinCellularandInfectionMicrobiology影響因子：5.293發(fā)表時間：2022年1月7日合作單位：復旦大學上海市第五人民醫(yī)院創(chuàng)傷急危重癥醫(yī)學科運用生物技術：糞便代謝組分析（由鹿明生物提供技術支持）、微生物16SrRNA測序。文章通過建立DSS 誘導的腸道白色念珠菌小鼠模型，模擬人類腸道******。一方面證實了白色念珠菌可以增強 DSS 結腸炎的嚴重程度，另一方面通過微生物組學和代謝組學等手段確認了 DA...