GC-MS非靶向代謝組學和轉(zhuǎn)錄組學研究方法，2021年11月，上海交通大學醫(yī)學院附屬新華醫(yī)院馮麗萍教授課題組在Science of the Total Environment期刊發(fā)表了題為“Transcriptomics integrated with metabolomics reveals the effect of Bisphenol F (BPF) exposure on intestinal inflflammation ”的研究成果，通過GC-MS非靶向代謝組學和轉(zhuǎn)錄組學研究方法，發(fā)現(xiàn)了BPF暴露的腸道毒性的特征，探究了可能的發(fā)病機理。中文標題：轉(zhuǎn)錄組學結(jié)合代謝組學揭示了雙酚F(BPF)暴露對腸道炎癥的影響研究對象：人結(jié)腸粘膜上皮細胞系(NCM460)發(fā)表期刊：ScienceoftheTotalEnvironment影響因子：7.963發(fā)表時間：2021年11月合作單位：上海交通大學附屬新華醫(yī)院運用生物技術：GC-MS非靶向代謝組學（由鹿明生物提供技術支持）、轉(zhuǎn)錄組學、qRT-PCR專注代謝組學研究 歐易生物。上海代謝組學和脂質(zhì)組學
非靶向代謝組學研究:利用番茄的自然變異確定番茄復合體中果實多酚的途徑結(jié)構(gòu)和代謝調(diào)控ExploitingNaturalVariationinTomatotoDefinePathwayStructureandMetabolicRegulationofFruitPolyphenolicsintheLycopersicumComplex研究對象：番茄組織發(fā)表期刊：MolecularPlant影響因子：13.164組學技術：LC-MS靶向代謝組學、GC-MS非靶代謝組(雙平臺代謝組學),本研究通過表征構(gòu)成八種不同番茄多酚代謝網(wǎng)絡的潛在生物合成和修飾反應，闡明了八種番茄復合體多酚生物合成的整個生物合成框架，并對相關代謝物和結(jié)構(gòu)基因進行了詳細注釋，并運用LC-MS/GC-MS雙平臺代謝組學方法為輔助育種提供幫助。此外，番茄果實成熟過程中的代謝變化為今后基于遺傳的代謝工程設計提供了研究方向，并為研究其他重要植物物種中特定的代謝物的功能提供了理論依據(jù)。上海代謝組學和脂質(zhì)組學代謝組學研究技術與應用、代謝組學數(shù)據(jù)庫。
代謝組學數(shù)據(jù)提供了COVID-19患者各階段循環(huán)代謝物特征的綜合觀點，并確定了葡萄糖代謝和尿素循環(huán)的代謝重編程是COVID-19的潛在病理機制。在****病程的不同階段，靶向宿主代謝可能是一種可行的方法。非靶向代謝組學分析中，發(fā)現(xiàn)隊列中的樣品共鑒定出2466個代謝物峰，負離子模式631個、正離子模式下的1835個；通過篩選，鑒定出240種代謝物。輕癥組的代謝物與正常組部分重合，而重癥組和恢復組很容易區(qū)分(圖1B)。240個代謝物中有193個與COVID-19***相關(圖1C)?；鹕綀D顯示了不同組代謝物與正常組相比上調(diào)下調(diào)的情況(圖1D)；與正常組對比，***上調(diào)的代謝物：輕癥組有48個，嚴重組有59個，恢復組有64個；***下調(diào)的代謝物：輕癥組有33個，重癥組有29個，恢復組有34個。使用靶向代謝組學分析；首先根據(jù)發(fā)現(xiàn)隊列中59名受試者的血清代謝物(4個樣本因體積小而被排除)；定量到了199種代謝物。根據(jù)不同組的濃度，將199個代謝物分為16個簇；然后根據(jù)恢復組的代謝物是否恢復到正常水平將這些簇分為三組。
代謝組學研究：濃香型白酒（SFB）在窖泥窖內(nèi)發(fā)酵過程中，獲得了其特有的風味。窖泥中的微生物是產(chǎn)生風味酯的關鍵前提物。本篇為歐易/鹿明生物合作客戶四川省農(nóng)業(yè)科學院水稻高粱研究所（一作：劉茂柯）于2020年3月在微生物學?？秏Systems》（IF=6.469）發(fā)表的題為“Structural and Functional Changes in Prokaryotic Communities in Artificial Pit Mud during Chinese Baijiu Production”的研究報道，該研究對釀造微生態(tài)系統(tǒng)進行了***16S rRNA測序，蛋白質(zhì)組學和代謝組學聯(lián)合分析。運用多組學方法能夠更***地了解高質(zhì)量濃香白酒生產(chǎn)過程中人工窖泥微生物群落發(fā)生的代謝過程變化，這將有助于進一步優(yōu)化人工窖泥培養(yǎng)技術和改善濃香白酒的質(zhì)量。**話代謝、代謝組學實驗設計、數(shù)據(jù)解讀分析、數(shù)據(jù)庫介紹及使用流程。
非靶代謝組學研究：2022年03月,歐易/鹿明生物合作客戶重慶醫(yī)科大學附屬第二醫(yī)院消化內(nèi)科周智航團隊在International Journal of Biological Sciences期刊發(fā)表的題為 “Enhanced pentose phosphate pathway activity promotes pancreatic ductal adenocarcinoma progression via activating YAP/MMP1 axis under chronic acidosis”的研究成果，通過采用非靶代謝組學和基因表達芯片，發(fā)現(xiàn)了適應酸性微環(huán)境的胰腺導管腺* (PDAC)細胞具有更強的轉(zhuǎn)移和增殖能力。
代謝組學顯示適應酸性微環(huán)境的 PDAC 細胞中葡萄糖增加、糖酵解減少，而轉(zhuǎn)錄組學發(fā)現(xiàn)適應酸性微環(huán)境細胞中的差異表達基因主要為細胞外基質(zhì)修飾和 Hippo 信號傳導相關基因。MMP1 在在適應酸性微環(huán)境細胞中上調(diào)**為明顯，實驗驗證了其由 YAP/TAZ 通路介導，而被 AMPK抑制。該研究確認了代謝重編程通過AMPK/ YAP /MMP1軸促進適應酸性微環(huán)境的 PDAC 細胞的增殖和轉(zhuǎn)移。 代謝組學——尋找代謝物與生理病理變化的相對關系研究方式。北京藥物代謝組學
代謝組學行業(yè)解決方案和技術服務流程。上海代謝組學和脂質(zhì)組學
非靶向代謝組學研究：通過在三個成熟階段收獲兩個東方甜瓜品種的果實作者使用非靶代謝組學聯(lián)合轉(zhuǎn)錄組學發(fā)現(xiàn)可溶性糖和有機酸在轉(zhuǎn)錄組水平和代謝組水平的差異現(xiàn)象。這項研究運用多組學技術聯(lián)合揭示了兩個品種成熟過程中關鍵的代謝和轉(zhuǎn)錄特征。在本研究中，通過代謝和轉(zhuǎn)錄組分析的綜合分析，研究了控制兩個東方甜瓜品種'甜寶'和'小翠瓜'中糖和有機酸代謝的基因網(wǎng)絡。篩選了與糖和有機酸代謝相關的關鍵代謝物和候選基因，并討論了甜瓜品種甜度不同的可能解釋。研究結(jié)果提高了對決定甜瓜發(fā)育和成熟過程中糖和有機酸積累和代謝的分子機制的理解。上海代謝組學和脂質(zhì)組學
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