空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的是根據(jù)每個芯片上每個 spot 的基因表達信息進行聚類，然后將 spot 根據(jù)坐標位置序列放回到組織的圖像上，同時可以對每個 gene 在組織上表達的空間位置進行定位。獲得測序數(shù)據(jù)后，首先利用 Space Ranger 軟件可以自動化的對圖像進行處理、數(shù)據(jù)比對和 Barcode 處理。另外一個軟件 Loupe Cell Browser 是一個適用于 Windows 和 MacOS 的桌面應用程序，它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium 數(shù)據(jù)。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。10X Genomics ...

如果只是通過空間轉(zhuǎn)錄組或者單細胞轉(zhuǎn)錄組，研究人員在兩個樣本中均可以發(fā)現(xiàn)淋巴細胞相關基因或者淋巴細胞群，無法解釋兩個樣本預后之間的差異。但是通過空間轉(zhuǎn)錄組，就能很清晰看到兩個樣本之間的差異。作者借助空間轉(zhuǎn)錄組測序技術探究人類心臟在發(fā)育過程中的基因表達特征和細胞圖譜變化，發(fā)現(xiàn)對于每個發(fā)育階段的不同解剖區(qū)域，都有獨特的基因表達特征。結(jié)合單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術，作者進一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達的空間注釋信息。 正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學過程的特點得到蓬勃發(fā)展。天津?qū)嵙臻g轉(zhuǎn)錄組空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的是根據(jù)每個芯片上每個 spot 的基因表達信息進行聚類，然后將 spot 根據(jù)坐標位...

廣義上來說，目前一共有4種解析“空間性轉(zhuǎn)錄組”的策略：2.第一種是利用計算機算法，根據(jù)單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來模擬重構(gòu)組織的空間形態(tài)。例如Seurat，這是一個在單細胞數(shù)據(jù)分析中***用到的R包，我們可以利用scRNA-seq數(shù)據(jù)，加上對markegene進行原位測序的結(jié)果來重構(gòu)組織的空間信息。3.第二種，激光顯微切割+二代測序（LCM+NGS）。這種技術對儀器和實驗人員的操作要求較高，而且獲取的通量也比較低，如果組織非常珍貴或者研究的內(nèi)容十分精細，可以考慮這個。但是這種策略比較難被官方干運用。4.第三種策略，就是基于高分辨圖像的原位測序。**經(jīng)典的是smFISH當然，這種方法的通量比較低。當然...

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術，與bulk RNA-seq或單細胞轉(zhuǎn)錄組測序相比，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失，使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。已發(fā)表的關于空間轉(zhuǎn)錄組技術有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細胞數(shù)量上限制較大，或是存在有效測序深度不足等問題。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學過程的特點，近年來關于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術開發(fā)，還是大規(guī)模應用或商業(yè)化，都得到...

空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程2。這使得在后續(xù)步驟中覆蓋細胞組織圖像和基因表達數(shù)據(jù)成為可能。用我們的滲透試劑對組織進行滲透，這意味著在細胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過這些通道離開細胞，并與芯片上相鄰的捕獲探針結(jié)合。因此，基因表達信息被捕獲在芯片上。需要通過以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲的信息轉(zhuǎn)換為數(shù)據(jù)。cDNA合成是為了創(chuàng)造穩(wěn)定的雙鏈DNA分子。這是必要的，因為cdna - rna -雜交體的降解速度很快。此外，這是構(gòu)建可測序文庫之前的必要步驟。所有之前收集的信息都被匯集起來，可以在線訪問。這意味著在實踐中，您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區(qū)域。然后你可以確定哪些基因在這些區(qū)域中以什么數(shù)...

人類細胞圖譜項目的主要目標之一是描述所有細胞類型的空間關系。同時基于表達特征對多種細胞類型進行空間映射，有助于研究不同細胞類型之間的相互作用。已經(jīng)發(fā)展了一些策略來檢測單細胞分辨率的空間基因表達譜，如Slide-seq、seqFISH或MERFISH。為了更有效地為研究群體探索空間基因表達數(shù)據(jù)，我們構(gòu)建了SpatialDB數(shù)據(jù)庫用于空間解析的轉(zhuǎn)錄組。 人類細胞圖譜項目極大地推動了單細胞水平的生命科學研究?？臻g轉(zhuǎn)錄組學技術的發(fā)展和空間基因表達數(shù)據(jù)的快速積累是未來的發(fā)展趨勢。我們將繼續(xù)收集新的技術和數(shù)據(jù)集來更新SpatialDB。此外，我們將整合更多的工具和數(shù)據(jù)源來分析數(shù)據(jù). 10X Vi...

盡管前傳時代的空間技術被迅速棄用，但其思想和方法是當今時代空間轉(zhuǎn)錄組學發(fā)展的基礎。在過去的 5 年中，隨著眾多新技術的出現(xiàn)和 10x 公司 Visium 技術解決方案的商業(yè)化普及，該領域得到了快速的發(fā)展。一、實驗技術有待改進。我們可以做更多的事情來改善實驗技術。例如 組織切片技術的發(fā)展、 smFISH 和 ISS 技術的實驗技術優(yōu)化、高效率的計算工具實現(xiàn)真正的 3D 空間轉(zhuǎn)錄組或者空間時序轉(zhuǎn)錄組等。二，數(shù)據(jù)庫的建立。盡管當前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長，但尚未有對應的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進行匯總集成?？臻g轉(zhuǎn)錄組是一項前沿技術，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作。浙江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組 **近，空間轉(zhuǎn)錄...

一些實現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組學的重要技術，**早可以追溯到二十世紀七十年代，長期以來，各種形式的原位雜交技術（ISH）已用于可視化空間中的基因表達。從技術原理中不難看出，空間轉(zhuǎn)錄組技術**為特殊的載玻片。ISS 方法通常通過基于連接（SBL）或者基于合成（SBS） 的原位測序， 確定靶向基因序列或非靶向的 cDNA 短片段，**終獲得空間轉(zhuǎn)錄組信息。根據(jù)測序鏈接策略的不同（SOLiD，cPAL和SEDAL），基于 SBL 的原位測序技術方法的代表性技術分別為 FISSEQ，ISS，STARmap?？臻g轉(zhuǎn)錄組使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組領域空間轉(zhuǎn)錄組的應用有哪些...

空間基因表達技術能夠在保留空間背景信息的同時，多角度測量轉(zhuǎn)錄組譜。然而，現(xiàn)有的分析方法并沒有解決技術分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團隊開發(fā)了BayesSpace，這是一種完全貝葉斯統(tǒng)計方法，它使用來自空間鄰域的信息來增強空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分辨率并進行聚類分析?；鶞蕼y試證明BayesSpace在識別具有相似表達譜的空間簇和提高空間轉(zhuǎn)錄組學分辨率方面的效用，其既克服了有效利用空間信息進行表達數(shù)據(jù)聚類的挑戰(zhàn)，又克服了目前空間轉(zhuǎn)錄組技術分辨率有限的問題。了解R語言基礎語法及數(shù)據(jù)類型，了解空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析整體流程。北京空間轉(zhuǎn)錄組領域歐易生物高級技術支持陳老師首先給大家介紹了空間轉(zhuǎn)錄組...

如果只是通過空間轉(zhuǎn)錄組或者單細胞轉(zhuǎn)錄組，研究人員在兩個樣本中均可以發(fā)現(xiàn)淋巴細胞相關基因或者淋巴細胞群，無法解釋兩個樣本預后之間的差異。但是通過空間轉(zhuǎn)錄組，就能很清晰看到兩個樣本之間的差異。作者借助空間轉(zhuǎn)錄組測序技術探究人類心臟在發(fā)育過程中的基因表達特征和細胞圖譜變化，發(fā)現(xiàn)對于每個發(fā)育階段的不同解剖區(qū)域，都有獨特的基因表達特征。結(jié)合單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術，作者進一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達的空間注釋信息。 10x? Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm。湖北空間轉(zhuǎn)錄組領域 空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術，...

1. 10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm，并且每個點都有一個barcode序列。10X Visium空間轉(zhuǎn)錄組的實驗主要分為兩部分：組織學板塊和組學板塊。組織學板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學信息；組學板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序，記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 ?？臻g轉(zhuǎn)錄組是一項前沿技術，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作。福建歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組...

許多當前時代空間轉(zhuǎn)錄組技術的基礎都是在自七十年代以來的幾十年間建立的。例如，于1976 年首先使用紫外線激光來切割組織。當前流行的技術，例如空間轉(zhuǎn)錄組學（ST）和 10X Visium 依靠這種微陣列技術，區(qū)別就在于是從放置在微陣列載玻片上的組織上而不是從溶液中來捕獲轉(zhuǎn)錄本信息。當前時代的空間轉(zhuǎn)錄組技術大致分為五類方向：激光顯微切割（LCM），單分子熒光原位雜交（smFISH），靶向原位測序（ISS），原位陣列捕獲和 其他非成像技術。了解空間轉(zhuǎn)錄組樣本準備注意事項。重慶實力空間轉(zhuǎn)錄組歐易生物高級技術支持陳老師首先給大家介紹了空間轉(zhuǎn)錄組學的發(fā)展歷程、測序流程及原理。緊接著，歐易生物技術支持姚老師...

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術的準確性高嗎？下圖是一個將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術應用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結(jié)果，從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達，和已知的研究結(jié)果一致性較高。開展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準備？空間轉(zhuǎn)錄組是一項十分前沿的技術，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作，例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計、病理區(qū)域的確認等一系列內(nèi)容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導致整個項目失敗。轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕...

空間轉(zhuǎn)錄組的應用有哪些？一、構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組圖譜：借助于空間分辨的單細胞轉(zhuǎn)錄組學，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結(jié)構(gòu)的重要步驟。目前的多項研究通過單細胞轉(zhuǎn)錄組技術結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄技術，得到多個***的時空轉(zhuǎn)錄組圖譜（相關研究后續(xù)會在如下專輯更新）。二、描繪胚胎發(fā)育和空間藍圖：胚胎發(fā)育是一個復雜的過程，其中動態(tài)變化在生物分子水平上迅速發(fā)生。對這種微觀變化的時間和空間方面的分析都具有挑戰(zhàn)性。預期使用空間轉(zhuǎn)錄組學技術可以表征胚胎發(fā)育的空間表達藍圖?？臻g轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析軟件開發(fā)語言統(tǒng)計情況。江西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組基于原位測序的空間轉(zhuǎn)錄組技術?；谠粶y序（ISS）的方法通過測序產(chǎn)生空間轉(zhuǎn)錄組信息，這種方...

1. 10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm，并且每個點都有一個barcode序列。10X Visium空間轉(zhuǎn)錄組的實驗主要分為兩部分：組織學板塊和組學板塊。組織學板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學信息；組學板塊包括cDNA的合成、擴增、接頭連接和測序，記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 ?？臻g轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果為未來人類心臟發(fā)育的研究提供重要的借鑒意義。10x空間轉(zhuǎn)錄組...

**近，空間轉(zhuǎn)錄組學研究炙手可熱。細胞及其在組織樣本中的相對位置之間的關系對于理解疾病病理可能至關重要?？臻g轉(zhuǎn)錄組學是一項開創(chuàng)性的技術，它使科學家能夠測量組織樣本中的所有基因活性，并繪制出發(fā)生該活性的位置的圖。該技術已經(jīng)導致了新發(fā)現(xiàn)，這些新發(fā)現(xiàn)將有助于幫助科學家更好地了解生物過程和疾病。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術可以應用于**、免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破?？臻g轉(zhuǎn)錄組使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。貴州歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組應用空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程。將準備好...

空間轉(zhuǎn)錄組學(ST)是一種方法，允許在組織樣本中可視化和定量分析轉(zhuǎn)錄組與空間分辨率。通過在載玻片上排列含有位置條形碼的寡核苷酸的組織切片，該方法聲稱可以生成具有精確位置信息的高質(zhì)量的RNA-seq cDNA文庫。條形碼芯片有1007個帶有獨特條形碼序列的引物位點。每個位置都有一個直徑100μm(對應于一個組織域)中心到中心的距離是200μm。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，在空間轉(zhuǎn)錄組樣本處理、實驗和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。盡管前傳時代的空間技術被迅速棄用，但其思想和方法是當今時代空間轉(zhuǎn)錄組學發(fā)展的基礎。福建空間轉(zhuǎn)錄組使用基于原位測...

盡管前傳時代的空間技術被迅速棄用，但其思想和方法是當今時代空間轉(zhuǎn)錄組學發(fā)展的基礎。在過去的 5 年中，隨著眾多新技術的出現(xiàn)和 10x 公司 Visium 技術解決方案的商業(yè)化普及，該領域得到了快速的發(fā)展。一、實驗技術有待改進。我們可以做更多的事情來改善實驗技術。例如 組織切片技術的發(fā)展、 smFISH 和 ISS 技術的實驗技術優(yōu)化、高效率的計算工具實現(xiàn)真正的 3D 空間轉(zhuǎn)錄組或者空間時序轉(zhuǎn)錄組等。二，數(shù)據(jù)庫的建立。盡管當前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長，但尚未有對應的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進行匯總集成?？臻g轉(zhuǎn)錄組學和 10X Visium 依靠這種微陣列技術，區(qū)別在于微陣列載玻片上的組織上的轉(zhuǎn)錄本...

如果只是通過空間轉(zhuǎn)錄組或者單細胞轉(zhuǎn)錄組，研究人員在兩個樣本中均可以發(fā)現(xiàn)淋巴細胞相關基因或者淋巴細胞群，無法解釋兩個樣本預后之間的差異。但是通過空間轉(zhuǎn)錄組，就能很清晰看到兩個樣本之間的差異。作者借助空間轉(zhuǎn)錄組測序技術探究人類心臟在發(fā)育過程中的基因表達特征和細胞圖譜變化，發(fā)現(xiàn)對于每個發(fā)育階段的不同解剖區(qū)域，都有獨特的基因表達特征。結(jié)合單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術，作者進一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達的空間注釋信息。 空間轉(zhuǎn)錄組學技術主要包括 MERFISH 和 seqFISH。遼寧宣傳空間轉(zhuǎn)錄組單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉(zhuǎn)錄組測序技術的蓬勃發(fā)展，可以看到，在現(xiàn)有的高通量檢測技術領域，...

歐易生物高級技術支持陳老師首先給大家介紹了空間轉(zhuǎn)錄組學的發(fā)展歷程、測序流程及原理。緊接著，歐易生物技術支持姚老師針對目前空間轉(zhuǎn)錄組學發(fā)表的一系列高分文章進行了方案設計的解析。姜老師給大家詳細介紹了空間轉(zhuǎn)錄組項目樣本準備、切片、貼片等實驗過程及注意事項，并帶領大家到實驗室實地觀摩了整個實驗過程，并就其中細節(jié)進行了講解。董老師針對空間轉(zhuǎn)錄組10x Space Ranger的分析原理及結(jié)果進行了詳細解析，并介紹了使用Seurat包進行數(shù)據(jù)挖掘的標準分析流程?？臻g轉(zhuǎn)錄組細胞通訊分析方法簡介及實操。江蘇歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組規(guī)格 廣義上來說，目前一共有4種解析“空間性轉(zhuǎn)錄組”的策略：2.第一種是利用計算機...

和單細胞轉(zhuǎn)錄組一樣，空間轉(zhuǎn)錄組也可以進行細胞間通訊分析，區(qū)別在于空間位置信息可以同時用于識別潛在的細胞間相互作用。通常通過了解配體受體（LR）對并測試 LR 對是否更有可能在鄰近細胞或 spot 中表達來完成。還有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)，包括基因模式的識別，空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義， 基因間的相互作用推斷，轉(zhuǎn)錄本的亞細胞定位以及基于H＆E圖像的基因表達估算等。1. 歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破?？臻g轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著。河南生物技術空間轉(zhuǎn)錄組1. 空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于...

1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前可選的一個高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學技術應用到組織切片和染色的標準方法中，從而研究空間分辨率下整個轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達情況，同時在同一組織切片中獲得組織學相關信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組是一項前沿技術，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作，例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計、病理區(qū)域的確認等一系列內(nèi)容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導致整個項目失敗。盡管當前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長，但尚未有對應的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進行匯總集成。江蘇什么是空間轉(zhuǎn)錄組高通量空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)的處理...

1. 空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術，從而解析單個組織切片中的所有mRNA?？臻g轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細胞RNA測序或組織樣本RNA測序，均無法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術可獲取組織中具體的位置的轉(zhuǎn)錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術可以應用于免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向。除大腦以外的其他***的技術現(xiàn)代化，將為開發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學地圖集提供廣闊的前景。什么是空間轉(zhuǎn)錄組做...

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術的準確性高嗎？下圖是一個將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術應用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結(jié)果，從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達，和已知的研究結(jié)果一致性較高。開展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準備？空間轉(zhuǎn)錄組是一項十分前沿的技術，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作，例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計、病理區(qū)域的確認等一系列內(nèi)容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導致整個項目失敗。過真實研究案例聚焦包括單細胞轉(zhuǎn)錄組、單細胞...

盡管前傳時代的空間技術被迅速棄用，但其思想和方法是當今時代空間轉(zhuǎn)錄組學發(fā)展的基礎。在過去的 5 年中，隨著眾多新技術的出現(xiàn)和 10x 公司 Visium 技術解決方案的商業(yè)化普及，該領域得到了快速的發(fā)展。一、實驗技術有待改進。我們可以做更多的事情來改善實驗技術。例如 組織切片技術的發(fā)展、 smFISH 和 ISS 技術的實驗技術優(yōu)化、高效率的計算工具實現(xiàn)真正的 3D 空間轉(zhuǎn)錄組或者空間時序轉(zhuǎn)錄組等。二，數(shù)據(jù)庫的建立。盡管當前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長，但尚未有對應的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進行匯總集成?？臻g轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術。天津空間轉(zhuǎn)錄組空間轉(zhuǎn)錄組技術包含兩種芯片，分別為組...

有哪些技術手段可以進行空間轉(zhuǎn)錄組研究？已發(fā)表的關于空間轉(zhuǎn)錄組技術有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細胞數(shù)量上限制較大，或是存在有效測序深度不足等問題。10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前較好的一個高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學技術應用到組織切片和染色的標準方法中，從而研究空間分辨率下整個轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達情況，同時在同一組織切片中獲得組織學相關信息。歐易生物...

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術的準確性高嗎？下圖是一個將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術應用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結(jié)果，從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達，和已知的研究結(jié)果一致性較高。開展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準備？空間轉(zhuǎn)錄組是一項十分前沿的技術，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作，例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計、病理區(qū)域的確認等一系列內(nèi)容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導致整個項目失敗。如何通過“HE染色”判斷空間轉(zhuǎn)錄組項目樣本...

和單細胞轉(zhuǎn)錄組一樣，空間轉(zhuǎn)錄組也可以進行細胞間通訊分析，區(qū)別在于空間位置信息可以同時用于識別潛在的細胞間相互作用。通常通過了解配體受體（LR）對并測試 LR 對是否更有可能在鄰近細胞或 spot 中表達來完成。還有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)，包括基因模式的識別，空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義， 基因間的相互作用推斷，轉(zhuǎn)錄本的亞細胞定位以及基于H＆E圖像的基因表達估算等。1. 歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。scRNA-seq 技術的進步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)的互補性質(zhì)的新方法。重慶品質(zhì)空間轉(zhuǎn)錄組空間轉(zhuǎn)...

空間重構(gòu)的計算策略：這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達模式或共表達的趨勢，從單個細胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局?；贚CM的方法：基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉(zhuǎn)錄組，盡管其通量很低，但是在可以標記成千上萬個單個細胞位置的多路復用條形碼策略可行之前，將少量細胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中，可能具有一定價值?；趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學：基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學在很大程度上增加了可檢測區(qū)域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復雜背景中提取單個細胞?？?..

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術，與bulk RNA-seq或單細胞轉(zhuǎn)錄組測序相比，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失，使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。已發(fā)表的關于空間轉(zhuǎn)錄組技術有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細胞數(shù)量上限制較大，或是存在有效測序深度不足等問題。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學過程的特點，近年來關于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術開發(fā)，還是大規(guī)模應用或商業(yè)化，都得到...