重慶品質(zhì)空間轉(zhuǎn)錄組

和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組一樣，空間轉(zhuǎn)錄組也可以進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析，區(qū)別在于空間位置信息可以同時(shí)用于識(shí)別潛在的細(xì)胞間相互作用。通常通過了解配體受體（LR）對(duì)并測(cè)試 LR 對(duì)是否更有可能在鄰近細(xì)胞或 spot 中表達(dá)來完成。還有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)，包括基因模式的識(shí)別，空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義， 基因間的相互作用推斷，轉(zhuǎn)錄本的亞細(xì)胞定位以及基于H＆E圖像的基因表達(dá)估算等。1. 歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。scRNA-seq 技術(shù)的進(jìn)步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補(bǔ)性質(zhì)的新方法。重慶品質(zhì)空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理是什么？當(dāng)組織冷凍切片附在空間轉(zhuǎn)錄組載片上時(shí)，條形碼引物結(jié)合并從組織中捕獲鄰近的mRNA。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄，得到的cDNA中包含了空間條形碼。分析Illumina測(cè)序結(jié)果中空間條形碼的序列，可以將每個(gè)mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的起始位置?？臻g轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測(cè)序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。湖北空間轉(zhuǎn)錄組價(jià)格空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù)，從而解析單個(gè)組織切片中的所有mRNA。

本文利用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究了在AD小鼠模型中，淀粉樣斑塊周圍直徑為100mm的組織域中發(fā)生的轉(zhuǎn)錄變化。發(fā)現(xiàn)了富含髓鞘和少突膠質(zhì)細(xì)胞基因（OLIGs）的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的早期改變，而斑塊誘導(dǎo)的基因（PIGs）的多細(xì)胞基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)涉及補(bǔ)體系統(tǒng)、氧化應(yīng)激、溶酶體和炎癥，在疾病的后期非常突出。此外作者通過對(duì)小鼠和人腦切片進(jìn)行原位測(cè)序（ISS），證實(shí)了大多數(shù)觀察到的細(xì)胞水平的變化。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析為探究AD和其他腦部疾病致病特征附近失調(diào)的細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)提供了可能。

當(dāng)前的技術(shù)主要有四種策略：1、基于組學(xué)實(shí)驗(yàn)結(jié)合空間重建的計(jì)算策略。這種計(jì)算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢(shì)，從單個(gè)細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢(shì)或特定組織的總體布局。2、激光切割與NGS測(cè)序結(jié)合的策略?；贚CM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個(gè)細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組，盡管其通量很低，但是在可以標(biāo)記成千上萬個(gè)單個(gè)細(xì)胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前，將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中，可能具有一定價(jià)值。3、基于熒光物質(zhì)原位的轉(zhuǎn)錄組學(xué)?；趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測(cè)區(qū)域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號(hào)干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個(gè)細(xì)胞。4、基于寡核苷酸的空間條碼加上NGS測(cè)序。費(fèi)用較高且無法在單個(gè)細(xì)胞中獲得轉(zhuǎn)錄組?？臻g轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞通訊分析方法簡(jiǎn)介及實(shí)操。

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測(cè)基因表達(dá)的一種技術(shù)，與bulk RNA-seq或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相比，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失，使得我們?cè)跈z測(cè)基因表達(dá)的同時(shí)獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細(xì)胞數(shù)量上限制較大，或是存在有效測(cè)序深度不足等問題。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過程的特點(diǎn)，近年來關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術(shù)開發(fā)，還是大規(guī)模應(yīng)用或商業(yè)化，都得到蓬勃發(fā)展。

空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果為未來人類心臟發(fā)育的研究提供重要的借鑒意義。上?？臻g轉(zhuǎn)錄組規(guī)格

對(duì)于 EDA 以外的任務(wù)，用戶仍然經(jīng)常需要學(xué)習(xí)新的語法，轉(zhuǎn)換對(duì)象類型，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)仍然面臨許多挑戰(zhàn)。重慶品質(zhì)空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組的方法和技術(shù)有哪些？廣義上講，現(xiàn)有的生成空間分辨轉(zhuǎn)錄組學(xué)的方法可分為四類：用于空間重建的計(jì)算策略和組學(xué)實(shí)驗(yàn)的組合，使用激光捕獲顯微切割（LCM）結(jié)合高通量進(jìn)行直接測(cè)量，使用熒光物質(zhì)的基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué) ，以及基于寡核苷酸的空間條形碼再加上高通量。每種方法都有其優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn)?？臻g重構(gòu)的計(jì)算策略：這種計(jì)算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢(shì)，從單個(gè)細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢(shì)或特定組織的總體布局?；贚CM的方法：基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個(gè)細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組，盡管其通量很低，但是在可以標(biāo)記成千上萬個(gè)單個(gè)細(xì)胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前，將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中，可能具有一定價(jià)值?；趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)：基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測(cè)區(qū)域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號(hào)干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個(gè)細(xì)胞?？臻g條形碼加高通量：費(fèi)用較高且無法在單個(gè)細(xì)胞中獲得轉(zhuǎn)錄組。重慶品質(zhì)空間轉(zhuǎn)錄組

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