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10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的準(zhǔn)確性高嗎?下圖是一個(gè)將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)應(yīng)用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結(jié)果,從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果中,可以清晰看到Tmsb4x(B圖)和Selenow(C圖)在海馬體區(qū)域高表達(dá),和已知的研究結(jié)果一致性較高。開(kāi)展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準(zhǔn)備?空間轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)十分前沿的技術(shù),涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作,例如組織類型的選擇、前期預(yù)實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)、病理區(qū)域的確認(rèn)等一系列內(nèi)容。而且實(shí)驗(yàn)中存在很多不確定性因素,處理不慎容易導(dǎo)致整個(gè)項(xiàng)目失敗。如何通過(guò)“HE染色”判斷空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目樣本是否為“好的樣本”呢?江西空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)
空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程。將準(zhǔn)備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上。每個(gè)細(xì)胞中的RNA分子都包含著基因表達(dá)的信息。組織切片成像,以檢索組織學(xué)信息。這樣就可以看到一個(gè)細(xì)胞或一組細(xì)胞在組織中的位置??臻g轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個(gè)捕獲的spot,這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結(jié)合RNA分子的 Poly-A 尾。這些陣列的排列順序就像一個(gè)棋盤,帶有相同身份條形碼(barcode)的探測(cè)位于同一個(gè)正方形中。這樣就可以確定每個(gè)捕獲探針及其結(jié)合RNA的來(lái)源。組織切片固定。該芯片包含一個(gè)與組織切片一起成像的視覺(jué)可檢測(cè)框架。四川歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量細(xì)胞通訊是單細(xì)胞研究中一個(gè)模擬與理解復(fù)雜組織生態(tài)系統(tǒng)動(dòng)力學(xué)的適用方法。
10xVisium空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理為將新鮮冷凍的組織切片,置于文庫(kù)制備載玻片上,經(jīng)過(guò)固定、染色和透化后,釋放出mRNA,mRNA與空間條形碼捕獲探針相結(jié)合,從而捕獲基因表達(dá)信息。然后將捕獲的mRNA合成cDNA并制備測(cè)序文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序,并對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化分析。空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)作為當(dāng)今**前沿的科研技術(shù),相信很多老師都希望將其運(yùn)用于自己的課題中,快速發(fā)表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),致力通過(guò)質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破。
本文利用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究了在AD小鼠模型中,淀粉樣斑塊周圍直徑為100mm的組織域中發(fā)生的轉(zhuǎn)錄變化。發(fā)現(xiàn)了富含髓鞘和少突膠質(zhì)細(xì)胞基因(OLIGs)的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的早期改變,而斑塊誘導(dǎo)的基因(PIGs)的多細(xì)胞基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)涉及補(bǔ)體系統(tǒng)、氧化應(yīng)激、溶酶體和炎癥,在疾病的后期非常突出。此外作者通過(guò)對(duì)小鼠和人腦切片進(jìn)行原位測(cè)序(ISS),證實(shí)了大多數(shù)觀察到的細(xì)胞水平的變化??臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析為探究AD和其他腦部疾病致病特征附近失調(diào)的細(xì)胞網(wǎng)絡(luò)提供了可能。研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦,而其他***(例如肝臟)的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究相對(duì)滯后。
1. 10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫(kù)構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域,每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm,包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)(barcoded spots),每個(gè)點(diǎn)的直徑為55 μm,點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100 μm,并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。10X Visium空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)驗(yàn)主要分為兩部分:組織學(xué)板塊和組學(xué)板塊。組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像,記錄切片的形態(tài)學(xué)信息;組學(xué)板塊包括cDNA的合成、擴(kuò)增、接頭連接和測(cè)序,記錄切片的轉(zhuǎn)錄本信息和空間位置信息 。空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測(cè)序過(guò)程中位置信息的編碼和獲取成為可能。浙江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組
Science發(fā)表了將組織擴(kuò)展和原位RNA測(cè)序結(jié)合起來(lái)的新型空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)ExSeq。江西空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)
歐易生物自引進(jìn)10x Visium空間轉(zhuǎn)錄組以來(lái)已經(jīng)完成了上百例樣本測(cè)序,在樣本包埋、切片、實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)分析上積累了大量寶貴的經(jīng)驗(yàn)。本次培訓(xùn)班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉(zhuǎn)錄組的研究熱點(diǎn)和方案設(shè)計(jì),分享歐易生物在樣本處理、實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗(yàn),助力各位科研工作者取得新的突破。招生對(duì)象:A、對(duì)空間轉(zhuǎn)錄組感興趣,期望了解空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù),或近期準(zhǔn)備開(kāi)展空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序項(xiàng)目B、項(xiàng)目已經(jīng)開(kāi)展,需要深入挖掘數(shù)據(jù)的科研工作者。江西空間轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)
上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司擁有檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù)。(依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開(kāi)展經(jīng)營(yíng)活動(dòng),具體經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn))一般項(xiàng)目:生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā),醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品(除危險(xiǎn)品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品)的研發(fā)、銷售,儀器儀表的銷售,并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù),會(huì)務(wù)服務(wù),企業(yè)管理咨詢。等多項(xiàng)業(yè)務(wù),主營(yíng)業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù),科研檢測(cè),學(xué)術(shù)研究,技術(shù)咨詢。公司目前擁有較多的高技術(shù)人才,以不斷增強(qiáng)企業(yè)重點(diǎn)競(jìng)爭(zhēng)力,加快企業(yè)技術(shù)創(chuàng)新,實(shí)現(xiàn)穩(wěn)健生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)。公司以誠(chéng)信為本,業(yè)務(wù)領(lǐng)域涵蓋科研服務(wù),科研檢測(cè),學(xué)術(shù)研究,技術(shù)咨詢,我們本著對(duì)客戶負(fù)責(zé),對(duì)員工負(fù)責(zé),更是對(duì)公司發(fā)展負(fù)責(zé)的態(tài)度,爭(zhēng)取做到讓每位客戶滿意。公司力求給客戶提供全數(shù)良好服務(wù),我們相信誠(chéng)實(shí)正直、開(kāi)拓進(jìn)取地為公司發(fā)展做正確的事情,將為公司和個(gè)人帶來(lái)共同的利益和進(jìn)步。經(jīng)過(guò)幾年的發(fā)展,已成為科研服務(wù),科研檢測(cè),學(xué)術(shù)研究,技術(shù)咨詢行業(yè)出名企業(yè)。