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有哪些技術(shù)手段可以進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組研究?已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細(xì)胞數(shù)量上限制較大,或是存在有效測(cè)序深度不足等問(wèn)題。10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達(dá)解決方案是目前較好的一個(gè)高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標(biāo)準(zhǔn)方法中,從而研究空間分辨率下整個(gè)轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達(dá)情況,同時(shí)在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),致力通過(guò)質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破。上海空間轉(zhuǎn)錄組價(jià)格
一些實(shí)現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的重要技術(shù),**早可以追溯到二十世紀(jì)七十年代,長(zhǎng)期以來(lái),各種形式的原位雜交技術(shù)(ISH)已用于可視化空間中的基因表達(dá)。從技術(shù)原理中不難看出,空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)**為特殊的載玻片。ISS 方法通常通過(guò)基于連接(SBL)或者基于合成(SBS) 的原位測(cè)序, 確定靶向基因序列或非靶向的 cDNA 短片段,**終獲得空間轉(zhuǎn)錄組信息。根據(jù)測(cè)序鏈接策略的不同(SOLiD,cPAL和SEDAL),基于 SBL 的原位測(cè)序技術(shù)方法的代表性技術(shù)分別為 FISSEQ,ISS,STARmap。四川空間轉(zhuǎn)錄組價(jià)格分享歐易生物在空間轉(zhuǎn)錄組樣本處理、實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗(yàn),助力各位科研工作者取得新的突破。
許多當(dāng)前時(shí)代空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的基礎(chǔ)都是在自七十年代以來(lái)的幾十年間建立的。例如,于1976 年首先使用紫外線激光來(lái)切割組織。當(dāng)前流行的技術(shù),例如空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)(ST)和 10X Visium 依靠這種微陣列技術(shù),區(qū)別就在于是從放置在微陣列載玻片上的組織上而不是從溶液中來(lái)捕獲轉(zhuǎn)錄本信息。當(dāng)前時(shí)代的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)大致分為五類方向:激光顯微切割(LCM),單分子熒光原位雜交(smFISH),靶向原位測(cè)序(ISS),原位陣列捕獲和 其他非成像技術(shù)。
空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必要性。研究單細(xì)胞我們想要探究細(xì)胞間的異質(zhì)性,但是常規(guī)的單細(xì)胞是將細(xì)胞解離成單細(xì)胞懸液,然后利用單細(xì)胞分離技術(shù)(微孔,微板,液滴)等方法實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞建庫(kù),這里比較大的問(wèn)題是是細(xì)胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個(gè)空間信息在實(shí)際研究中有很重要。特別是在研究細(xì)胞命運(yùn)機(jī)制及細(xì)胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要,因此發(fā)展空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實(shí)現(xiàn)細(xì)胞的位置信息的保留,對(duì)研究此類細(xì)胞狀態(tài)尤為必要。空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測(cè)序過(guò)程中位置信息的編碼和獲取成為可能。
空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)包含兩種芯片,分別為組織優(yōu)化芯片(Tissue Optimization)和基因表達(dá)芯片(Library Preparation)。組織優(yōu)化芯片用來(lái)摸索組織透化的比較好時(shí)間,基因表達(dá)芯片用來(lái)進(jìn)行正式樣本的空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)。其中基因表達(dá)芯片上有 4 個(gè)捕獲區(qū)域,每個(gè)區(qū)域大小為 6.5mm×6.5mm,每個(gè)捕獲區(qū)域中有 5000 個(gè)帶有特異地址序列的探針簇,稱為 barcoded spots,每個(gè) spot 直徑為 55um,包含數(shù)百萬(wàn)個(gè)用于捕獲的 oligo 探針序列,相鄰兩個(gè) spot 的中心距離為 100um。探針序列的結(jié)構(gòu)為:測(cè)序引物結(jié)合序列,16nt 的位置序列,12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。空間轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著。實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組多少錢
空間轉(zhuǎn)錄組組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像,記錄切片的形態(tài)學(xué)信息。上??臻g轉(zhuǎn)錄組價(jià)格
空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程。將準(zhǔn)備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上。每個(gè)細(xì)胞中的RNA分子都包含著基因表達(dá)的信息。組織切片成像,以檢索組織學(xué)信息。這樣就可以看到一個(gè)細(xì)胞或一組細(xì)胞在組織中的位置。空間轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個(gè)捕獲的spot,這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結(jié)合RNA分子的 Poly-A 尾。這些陣列的排列順序就像一個(gè)棋盤,帶有相同身份條形碼(barcode)的探測(cè)位于同一個(gè)正方形中。這樣就可以確定每個(gè)捕獲探針及其結(jié)合RNA的來(lái)源。組織切片固定。該芯片包含一個(gè)與組織切片一起成像的視覺(jué)可檢測(cè)框架。上海空間轉(zhuǎn)錄組價(jià)格
上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司位于聯(lián)航路1188號(hào)25幢。公司業(yè)務(wù)分為科研服務(wù),科研檢測(cè),學(xué)術(shù)研究,技術(shù)咨詢等,目前不斷進(jìn)行創(chuàng)新和服務(wù)改進(jìn),為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù)。公司秉持誠(chéng)信為本的經(jīng)營(yíng)理念,在醫(yī)藥健康深耕多年,以技術(shù)為先導(dǎo),以自主產(chǎn)品為重點(diǎn),發(fā)揮人才優(yōu)勢(shì),打造醫(yī)藥健康良好品牌。歐易生物憑借創(chuàng)新的產(chǎn)品、專業(yè)的服務(wù)、眾多的成功案例積累起來(lái)的聲譽(yù)和口碑,讓企業(yè)發(fā)展再上新高。