有哪些技術(shù)手段可以進行空間轉(zhuǎn)錄組研究？已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細胞數(shù)量上限制較大，或是存在有效測序深度不足等問題。10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前較好的一個高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標準方法中，從而研究空間分辨率下整個轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達情況，同時在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。上?？臻g轉(zhuǎn)錄組價格
一些實現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的重要技術(shù)，**早可以追溯到二十世紀七十年代，長期以來，各種形式的原位雜交技術(shù)（ISH）已用于可視化空間中的基因表達。從技術(shù)原理中不難看出，空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)**為特殊的載玻片。ISS 方法通常通過基于連接（SBL）或者基于合成（SBS） 的原位測序， 確定靶向基因序列或非靶向的 cDNA 短片段，**終獲得空間轉(zhuǎn)錄組信息。根據(jù)測序鏈接策略的不同（SOLiD，cPAL和SEDAL），基于 SBL 的原位測序技術(shù)方法的代表性技術(shù)分別為 FISSEQ，ISS，STARmap。四川空間轉(zhuǎn)錄組價格分享歐易生物在空間轉(zhuǎn)錄組樣本處理、實驗和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗，助力各位科研工作者取得新的突破。
許多當(dāng)前時代空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的基礎(chǔ)都是在自七十年代以來的幾十年間建立的。例如，于1976 年首先使用紫外線激光來切割組織。當(dāng)前流行的技術(shù)，例如空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)（ST）和 10X Visium 依靠這種微陣列技術(shù)，區(qū)別就在于是從放置在微陣列載玻片上的組織上而不是從溶液中來捕獲轉(zhuǎn)錄本信息。當(dāng)前時代的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)大致分為五類方向：激光顯微切割（LCM），單分子熒光原位雜交（smFISH），靶向原位測序（ISS），原位陣列捕獲和 其他非成像技術(shù)。
空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必要性。研究單細胞我們想要探究細胞間的異質(zhì)性，但是常規(guī)的單細胞是將細胞解離成單細胞懸液，然后利用單細胞分離技術(shù)（微孔，微板，液滴）等方法實現(xiàn)單細胞建庫，這里比較大的問題是是細胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中有很重要。特別是在研究細胞命運機制及細胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實現(xiàn)細胞的位置信息的保留，對研究此類細胞狀態(tài)尤為必要?？臻g轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。
空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)包含兩種芯片，分別為組織優(yōu)化芯片（Tissue Optimization）和基因表達芯片（Library Preparation）。組織優(yōu)化芯片用來摸索組織透化的比較好時間，基因表達芯片用來進行正式樣本的空間轉(zhuǎn)錄組實驗。其中基因表達芯片上有 4 個捕獲區(qū)域，每個區(qū)域大小為 6.5mm×6.5mm，每個捕獲區(qū)域中有 5000 個帶有特異地址序列的探針簇，稱為 barcoded spots，每個 spot 直徑為 55um，包含數(shù)百萬個用于捕獲的 oligo 探針序列，相鄰兩個 spot 的中心距離為 100um。探針序列的結(jié)構(gòu)為：測序引物結(jié)合序列，16nt 的位置序列，12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列?？臻g轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著。實力空間轉(zhuǎn)錄組多少錢
空間轉(zhuǎn)錄組組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學(xué)信息。上海空間轉(zhuǎn)錄組價格
空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程。將準備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上。每個細胞中的RNA分子都包含著基因表達的信息。組織切片成像，以檢索組織學(xué)信息。這樣就可以看到一個細胞或一組細胞在組織中的位置。空間轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個捕獲的spot，這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結(jié)合RNA分子的 Poly-A 尾。這些陣列的排列順序就像一個棋盤，帶有相同身份條形碼（barcode）的探測位于同一個正方形中。這樣就可以確定每個捕獲探針及其結(jié)合RNA的來源。組織切片固定。該芯片包含一個與組織切片一起成像的視覺可檢測框架。上?？臻g轉(zhuǎn)錄組價格
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