什么是空間轉(zhuǎn)錄組？空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù)，從而解析單個組織切片中的所有mRNA。空間條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細(xì)胞RNA測序或組織樣本RNA測序，均無法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置的轉(zhuǎn)錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破?？臻g轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果為未來人類心臟發(fā)育的研究提供重要的借鑒意義。應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組使用早期空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)...

盡管前傳時代的空間技術(shù)被迅速棄用，但其思想和方法是當(dāng)今時代空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)展的基礎(chǔ)。在過去的 5 年中，隨著眾多新技術(shù)的出現(xiàn)和 10x 公司 Visium 技術(shù)解決方案的商業(yè)化普及，該領(lǐng)域得到了快速的發(fā)展。一、實驗技術(shù)有待改進(jìn)。我們可以做更多的事情來改善實驗技術(shù)。例如 組織切片技術(shù)的發(fā)展、 smFISH 和 ISS 技術(shù)的實驗技術(shù)優(yōu)化、高效率的計算工具實現(xiàn)真正的 3D 空間轉(zhuǎn)錄組或者空間時序轉(zhuǎn)錄組等。二，數(shù)據(jù)庫的建立。盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長，但尚未有對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總集成?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)重點為特殊的載玻片。山東實力空間轉(zhuǎn)錄組單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的如火如荼，伴隨著空間轉(zhuǎn)...

空間基因表達(dá)技術(shù)能夠在保留空間背景信息的同時，多角度測量轉(zhuǎn)錄組譜。然而，現(xiàn)有的分析方法并沒有解決技術(shù)分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團(tuán)隊開發(fā)了BayesSpace，這是一種完全貝葉斯統(tǒng)計方法，它使用來自空間鄰域的信息來增強空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分辨率并進(jìn)行聚類分析?；鶞?zhǔn)測試證明BayesSpace在識別具有相似表達(dá)譜的空間簇和提高空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分辨率方面的效用，其既克服了有效利用空間信息進(jìn)行表達(dá)數(shù)據(jù)聚類的挑戰(zhàn)，又克服了目前空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)分辨率有限的問題。scRNA-seq 技術(shù)的進(jìn)步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補性質(zhì)的新方法。海南歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組報價空間轉(zhuǎn)...

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達(dá)的一種技術(shù)，與bulk RNA-seq或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序相比，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失，使得我們在檢測基因表達(dá)的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過程的特點，近年來關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術(shù)開發(fā)，還是大規(guī)模應(yīng)用或商業(yè)化，都得到蓬勃發(fā)展。例如2019年4月，Science發(fā)文通過空間轉(zhuǎn)錄組揭示ALS（肌萎縮側(cè)索硬化癥，又稱漸凍癥）分子病理的時空動態(tài)；2019年8月，Nature在線發(fā)表了景乃禾團(tuán)隊解析小鼠早期胚胎細(xì)胞的時空表達(dá)數(shù)據(jù)；2020年9月，Cell上發(fā)表了一篇利用空間轉(zhuǎn)錄組解析人鱗狀細(xì)胞*的文章...

當(dāng)前的技術(shù)主要有四種策略：1、基于組學(xué)實驗結(jié)合空間重建的計算策略。這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢，從單個細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局。2、激光切割與NGS測序結(jié)合的策略。基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組，盡管其通量很低，但是在可以標(biāo)記成千上萬個單個細(xì)胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前，將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中，可能具有一定價值。3、基于熒光物質(zhì)原位的轉(zhuǎn)錄組學(xué)?；趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測區(qū)域，但也存在一些問題，例如幾種sm...

早期空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強子捕獲篩選，開發(fā)于二十世紀(jì)八十年代，當(dāng)時 DNA 測序通量正在增加，動物基因組是新開放的前沿領(lǐng)域。果蠅和小鼠的篩選是在八十年代后期進(jìn)行的，目的是觀察未靶向且通常未知的基因表達(dá)情況。隨著通量的增加，增強子和基因捕獲技術(shù)在九十年代成為空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的技術(shù)，直到 WMISH 在九十年代后期興起。WMISH 技術(shù)的自動化程度較高，避免了對轉(zhuǎn)基因品系的依賴，同時由于在二十一世紀(jì)初獲得物種的參考基因組信息變得越來越便利，探針設(shè)計因此也更為方便。作者借助空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)探究人類心臟在發(fā)育過程中的基因表達(dá)特征和細(xì)胞圖譜變化。天津空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量空間轉(zhuǎn)錄組（Spat...

空間基因表達(dá)技術(shù)能夠在保留空間背景信息的同時，多角度測量轉(zhuǎn)錄組譜。然而，現(xiàn)有的分析方法并沒有解決技術(shù)分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團(tuán)隊開發(fā)了BayesSpace，這是一種完全貝葉斯統(tǒng)計方法，它使用來自空間鄰域的信息來增強空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分辨率并進(jìn)行聚類分析。基準(zhǔn)測試證明BayesSpace在識別具有相似表達(dá)譜的空間簇和提高空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分辨率方面的效用，其既克服了有效利用空間信息進(jìn)行表達(dá)數(shù)據(jù)聚類的挑戰(zhàn)，又克服了目前空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)分辨率有限的問題。空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達(dá)的一種技術(shù)。陜西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量美國腦計劃啟動的 BICCN 項目，該項目將整合不同類型細(xì)胞...

空間轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用有哪些？一、構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組圖譜：借助于空間分辨的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結(jié)構(gòu)的重要步驟。目前的多項研究通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄技術(shù)，得到多個***的時空轉(zhuǎn)錄組圖譜（相關(guān)研究后續(xù)會在如下專輯更新）。二、描繪胚胎發(fā)育和空間藍(lán)圖：胚胎發(fā)育是一個復(fù)雜的過程，其中動態(tài)變化在生物分子水平上迅速發(fā)生。對這種微觀變化的時間和空間方面的分析都具有挑戰(zhàn)性。預(yù)期使用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)可以表征胚胎發(fā)育的空間表達(dá)藍(lán)圖。空間轉(zhuǎn)錄組組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片、固定、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學(xué)信息。重慶歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組報價許多當(dāng)前時代空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的基礎(chǔ)都是在自七十年...

有哪些技術(shù)手段可以進(jìn)行空間轉(zhuǎn)錄組研究？已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細(xì)胞數(shù)量上限制較大，或是存在有效測序深度不足等問題。10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達(dá)解決方案是目前較好的一個高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標(biāo)準(zhǔn)方法中，從而研究空間分辨率下整個轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達(dá)情況，同時在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息?？臻g轉(zhuǎn)錄...

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的如火如荼，伴隨著空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的蓬勃發(fā)展，可以看到，在現(xiàn)有的高通量檢測技術(shù)領(lǐng)域，這兩種技術(shù)已為科學(xué)研究的發(fā)展提供了前所未有的技術(shù)支撐。從2019年單細(xì)胞多組學(xué)被評為《Nature Methods》年度技術(shù)進(jìn)展，到2020年空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)也被評為年度技術(shù)進(jìn)展，相信在接下來的時間里，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組將為生命科學(xué)的發(fā)展做出極其重要的貢獻(xiàn)。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的特點在于提供詳實的每個細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄表達(dá)信息，但是缺失了來源組織的空間組成信息。現(xiàn)有商用空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的特點在于提供了完整的組織空間位置信息，但是每個捕獲spot的信息無法達(dá)到單細(xì)胞分辨率（10個左右細(xì)胞）。因...

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標(biāo)記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm，并且每個點都有一個barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會釋放出mRNA，遷移到每個spot的mRNA會被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫構(gòu)建并進(jìn)行測序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個位置，從而實現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過高效的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。本次...

空間轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用有哪些？一、構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組圖譜：借助于空間分辨的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結(jié)構(gòu)的重要步驟。目前的多項研究通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄技術(shù)，得到多個***的時空轉(zhuǎn)錄組圖譜（相關(guān)研究后續(xù)會在如下專輯更新）。二、描繪胚胎發(fā)育和空間藍(lán)圖：胚胎發(fā)育是一個復(fù)雜的過程，其中動態(tài)變化在生物分子水平上迅速發(fā)生。對這種微觀變化的時間和空間方面的分析都具有挑戰(zhàn)性。預(yù)期使用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)可以表征胚胎發(fā)育的空間表達(dá)藍(lán)圖。轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來獲取，?如空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)。甘肅空間轉(zhuǎn)錄組報價空間轉(zhuǎn)錄組的方法和技術(shù)有哪些？廣義上講，現(xiàn)有...

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的準(zhǔn)確性高嗎？下圖是一個將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)應(yīng)用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結(jié)果，從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達(dá)，和已知的研究結(jié)果一致性較高。開展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準(zhǔn)備？空間轉(zhuǎn)錄組是一項十分前沿的技術(shù)，涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作，例如組織類型的選擇、前期預(yù)實驗的設(shè)計、病理區(qū)域的確認(rèn)等一系列內(nèi)容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導(dǎo)致整個項目失敗。空間轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果為未來人類心臟發(fā)育的研究...

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)作為當(dāng)今前沿的科研技術(shù)，相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中，快速發(fā)表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。由上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司（以下簡稱“歐易生物”）主辦的“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)培訓(xùn)班”落下帷幕。培訓(xùn)中，歐易講師團(tuán)隊以其豐富的項目經(jīng)驗及專業(yè)的生信能力，從空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的發(fā)展歷程、測序原理、實驗實操及數(shù)據(jù)挖掘等多維度，向遠(yuǎn)道而來的學(xué)員們展開了系統(tǒng)性的培訓(xùn)。 過真實研究案例聚焦包括單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、單細(xì)胞基因組、單細(xì)胞代謝組、空間轉(zhuǎn)錄組。河北發(fā)展空間轉(zhuǎn)錄組10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的準(zhǔn)確性高嗎...

早期空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強子捕獲篩選，開發(fā)于二十世紀(jì)八十年代，當(dāng)時 DNA 測序通量正在增加，動物基因組是新開放的前沿領(lǐng)域。果蠅和小鼠的篩選是在八十年代后期進(jìn)行的，目的是觀察未靶向且通常未知的基因表達(dá)情況。隨著通量的增加，增強子和基因捕獲技術(shù)在九十年代成為空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的技術(shù)，直到 WMISH 在九十年代后期興起。WMISH 技術(shù)的自動化程度較高，避免了對轉(zhuǎn)基因品系的依賴，同時由于在二十一世紀(jì)初獲得物種的參考基因組信息變得越來越便利，探針設(shè)計因此也更為方便。有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)，包括基因模式的識別，空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義等。福建空間轉(zhuǎn)錄組空間轉(zhuǎn)錄組研究的...

10xVisium空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理為將新鮮冷凍的組織切片，置于文庫制備載玻片上，經(jīng)過固定、染色和透化后，釋放出mRNA，mRNA與空間條形碼捕獲探針相結(jié)合，從而捕獲基因表達(dá)信息。然后將捕獲的mRNA合成cDNA并制備測序文庫進(jìn)行測序，并對數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化分析?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)作為當(dāng)今**前沿的科研技術(shù)，相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中，快速發(fā)表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破?？臻g轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)在進(jìn)行 HE 染色的同時需要保證獲取組織基因表達(dá)信息。江蘇歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組規(guī)格和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組一樣，空間轉(zhuǎn)錄組也可以進(jìn)行細(xì)胞間...

歐易生物自引進(jìn)10x Visium空間轉(zhuǎn)錄組以來已經(jīng)完成了上百例樣本測序，在樣本包埋、切片、實驗和數(shù)據(jù)分析上積累了大量寶貴的經(jīng)驗。本次培訓(xùn)班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉(zhuǎn)錄組的研究熱點和方案設(shè)計，分享歐易生物在樣本處理、實驗和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗，助力各位科研工作者取得新的突破。招生對象：A、對空間轉(zhuǎn)錄組感興趣，期望了解空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)，或近期準(zhǔn)備開展空間轉(zhuǎn)錄組測序項目B、項目已經(jīng)開展，需要深入挖掘數(shù)據(jù)的科研工作者?？臻g轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失。遼寧歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組做什么1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達(dá)解決方案是目前可選的一個高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化...

**近，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究炙手可熱。細(xì)胞及其在組織樣本中的相對位置之間的關(guān)系對于理解疾病病理可能至關(guān)重要?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一項開創(chuàng)性的技術(shù)，它使科學(xué)家能夠測量組織樣本中的所有基因活性，并繪制出發(fā)生該活性的位置的圖。該技術(shù)已經(jīng)導(dǎo)致了新發(fā)現(xiàn)，這些新發(fā)現(xiàn)將有助于幫助科學(xué)家更好地了解生物過程和疾病。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應(yīng)用于**、免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破?？臻g轉(zhuǎn)錄組可以進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析，區(qū)別在于空間位置信息可以同時用于識別潛在的細(xì)胞間相互作用。天津品質(zhì)空間轉(zhuǎn)錄組 空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)...

人類細(xì)胞圖譜項目的主要目標(biāo)之一是描述所有細(xì)胞類型的空間關(guān)系。同時基于表達(dá)特征對多種細(xì)胞類型進(jìn)行空間映射，有助于研究不同細(xì)胞類型之間的相互作用。已經(jīng)發(fā)展了一些策略來檢測單細(xì)胞分辨率的空間基因表達(dá)譜，如Slide-seq、seqFISH或MERFISH。為了更有效地為研究群體探索空間基因表達(dá)數(shù)據(jù)，我們構(gòu)建了SpatialDB數(shù)據(jù)庫用于空間解析的轉(zhuǎn)錄組。 人類細(xì)胞圖譜項目極大地推動了單細(xì)胞水平的生命科學(xué)研究?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)的發(fā)展和空間基因表達(dá)數(shù)據(jù)的快速積累是未來的發(fā)展趨勢。我們將繼續(xù)收集新的技術(shù)和數(shù)據(jù)集來更新SpatialDB。此外，我們將整合更多的工具和數(shù)據(jù)源來分析數(shù)據(jù). 10x? G...

空間基因表達(dá)技術(shù)能夠在保留空間背景信息的同時，多方位測量轉(zhuǎn)錄組譜。然而，現(xiàn)有的分析方法并沒有解決技術(shù)分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團(tuán)隊開發(fā)了BayesSpace，這是一種完全貝葉斯統(tǒng)計方法，它使用來自空間鄰域的信息來增強空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分辨率并進(jìn)行聚類分析。BayeSpace通過使用的Bioconductor SingleCellExperiment數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)將預(yù)處理數(shù)據(jù)作為輸入，無縫集成到空間轉(zhuǎn)錄組分析工作流中，輸出同樣存儲在SingleCellExperiment對象中，該對象可用于下游分析。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者...

高通量空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的處理和分析需要新穎的方法和工具支撐，尤其是在預(yù)處理、scRNA-seq 數(shù)據(jù)的空間重構(gòu)、基于微陣列數(shù)據(jù)的細(xì)胞類型去卷積、空間高變基因的識別、細(xì)胞間相互作用的推導(dǎo)等。scRNA-seq 技術(shù)的進(jìn)步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補性質(zhì)的新方法。對于未進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序的 smFISH 和 ISS 數(shù)據(jù)，可通過 scRNA-seq 數(shù)據(jù)估算空間數(shù)據(jù)中未分析的基因的表達(dá)模式。此外，“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)”這一術(shù)語的變體，也用于描述將轉(zhuǎn)錄本定位到細(xì)胞器的技術(shù)（例如 APEX-seq），盡管該技術(shù)沒有記錄任何空間坐標(biāo)。細(xì)胞通訊是單細(xì)胞研究中一個模擬與理解復(fù)雜組織生態(tài)系統(tǒng)...

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)作為當(dāng)今前沿的科研技術(shù)，相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中，快速發(fā)表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。由上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司（以下簡稱“歐易生物”）主辦的“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)培訓(xùn)班”落下帷幕。培訓(xùn)中，歐易講師團(tuán)隊以其豐富的項目經(jīng)驗及專業(yè)的生信能力，從空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的發(fā)展歷程、測序原理、實驗實操及數(shù)據(jù)挖掘等多維度，向遠(yuǎn)道而來的學(xué)員們展開了系統(tǒng)性的培訓(xùn)。 Cell上發(fā)表了一篇利用空間轉(zhuǎn)錄組解析人鱗狀細(xì)胞*的文章。品質(zhì)空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來獲...

歐易生物高級技術(shù)支持陳老師首先給大家介紹了空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的發(fā)展歷程、測序流程及原理。緊接著，歐易生物技術(shù)支持姚老師針對目前空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)表的一系列高分文章進(jìn)行了方案設(shè)計的解析。姜老師給大家詳細(xì)介紹了空間轉(zhuǎn)錄組項目樣本準(zhǔn)備、切片、貼片等實驗過程及注意事項，并帶領(lǐng)大家到實驗室實地觀摩了整個實驗過程，并就其中細(xì)節(jié)進(jìn)行了講解。董老師針對空間轉(zhuǎn)錄組10x Space Ranger的分析原理及結(jié)果進(jìn)行了詳細(xì)解析，并介紹了使用Seurat包進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘的標(biāo)準(zhǔn)分析流程。10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案。實力空間轉(zhuǎn)錄組多少錢早期空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強子...

BayesSpace是一種基于空間轉(zhuǎn)錄組模型的聚類方法，通過對基因表達(dá)矩陣的低維表示進(jìn)行建模并通過空間先驗鼓勵相鄰點屬于同一簇來實現(xiàn)空間聚類。與以前的方法相比，BayesSpace允許對聚類結(jié)構(gòu)和錯誤項進(jìn)行更靈活的規(guī)范。BayeSpace通過***使用的Bioconductor SingleCellExperiment數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)將預(yù)處理數(shù)據(jù)作為輸入，無縫集成到空間轉(zhuǎn)錄組分析工作流中，輸出同樣存儲在SingleCellExperiment對象中，該對象可用于下游分析。BayesSpace增強的空間聚類提供了一個更高分辨率的組織類型圖。值得注意的是，增強后的空間聚類識別了沿**邊界的淋巴組織區(qū)域和可...

空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程2。這使得在后續(xù)步驟中覆蓋細(xì)胞組織圖像和基因表達(dá)數(shù)據(jù)成為可能。用我們的滲透試劑對組織進(jìn)行滲透，這意味著在細(xì)胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過這些通道離開細(xì)胞，并與芯片上相鄰的捕獲探針結(jié)合。因此，基因表達(dá)信息被捕獲在芯片上。需要通過以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲的信息轉(zhuǎn)換為數(shù)據(jù)。cDNA合成是為了創(chuàng)造穩(wěn)定的雙鏈DNA分子。這是必要的，因為cdna - rna -雜交體的降解速度很快。此外，這是構(gòu)建可測序文庫之前的必要步驟。所有之前收集的信息都被匯集起來，可以在線訪問。這意味著在實踐中，您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區(qū)域。然后你可以確定哪些基因在這些區(qū)域中以什么數(shù)...

BayesSpace是一種基于空間轉(zhuǎn)錄組模型的聚類方法，通過對基因表達(dá)矩陣的低維表示進(jìn)行建模并通過空間先驗鼓勵相鄰點屬于同一簇來實現(xiàn)空間聚類。與以前的方法相比，BayesSpace允許對聚類結(jié)構(gòu)和錯誤項進(jìn)行更靈活的規(guī)范。BayeSpace通過***使用的Bioconductor SingleCellExperiment數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)將預(yù)處理數(shù)據(jù)作為輸入，無縫集成到空間轉(zhuǎn)錄組分析工作流中，輸出同樣存儲在SingleCellExperiment對象中，該對象可用于下游分析。BayesSpace增強的空間聚類提供了一個更高分辨率的組織類型圖。值得注意的是，增強后的空間聚類識別了沿**邊界的淋巴組織區(qū)域和可...

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的是根據(jù)每個芯片上每個 spot 的基因表達(dá)信息進(jìn)行聚類，然后將 spot 根據(jù)坐標(biāo)位置序列放回到組織的圖像上，同時可以對每個 gene 在組織上表達(dá)的空間位置進(jìn)行定位。獲得測序數(shù)據(jù)后，首先利用 Space Ranger 軟件可以自動化的對圖像進(jìn)行處理、數(shù)據(jù)比對和 Barcode 處理。另外一個軟件 Loupe Cell Browser 是一個適用于 Windows 和 MacOS 的桌面應(yīng)用程序，它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium 數(shù)據(jù)。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破?？臻g轉(zhuǎn)錄組這對于發(fā)育生物學(xué)...

廣義上來說，目前一共有4種解析“空間性轉(zhuǎn)錄組”的策略：2.第一種是利用計算機算法，根據(jù)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來模擬重構(gòu)組織的空間形態(tài)。例如Seurat，這是一個在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中***用到的R包，我們可以利用scRNA-seq數(shù)據(jù)，加上對markegene進(jìn)行原位測序的結(jié)果來重構(gòu)組織的空間信息。3.第二種，激光顯微切割+二代測序（LCM+NGS）。這種技術(shù)對儀器和實驗人員的操作要求較高，而且獲取的通量也比較低，如果組織非常珍貴或者研究的內(nèi)容十分精細(xì)，可以考慮這個。但是這種策略比較難被官方干運用。4.第三種策略，就是基于高分辨圖像的原位測序。**經(jīng)典的是smFISH當(dāng)然，這種方法的通量比較低。當(dāng)然...

空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程。將準(zhǔn)備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上。每個細(xì)胞中的RNA分子都包含著基因表達(dá)的信息。組織切片成像，以檢索組織學(xué)信息。這樣就可以看到一個細(xì)胞或一組細(xì)胞在組織中的位置?？臻g轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個捕獲的spot，這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結(jié)合RNA分子的 Poly-A 尾。這些陣列的排列順序就像一個棋盤，帶有相同身份條形碼（barcode）的探測位于同一個正方形中。這樣就可以確定每個捕獲探針及其結(jié)合RNA的來源。組織切片固定。該芯片包含一個與組織切片一起成像的視覺可檢測框架。許多當(dāng)前時代空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的基礎(chǔ)都是在自七十年代以來的幾十年間建立的。河南空間轉(zhuǎn)錄...

一些實現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的重要技術(shù)，**早可以追溯到二十世紀(jì)七十年代，長期以來，各種形式的原位雜交技術(shù)（ISH）已用于可視化空間中的基因表達(dá)。從技術(shù)原理中不難看出，空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)**為特殊的載玻片。ISS 方法通常通過基于連接（SBL）或者基于合成（SBS） 的原位測序， 確定靶向基因序列或非靶向的 cDNA 短片段，**終獲得空間轉(zhuǎn)錄組信息。根據(jù)測序鏈接策略的不同（SOLiD，cPAL和SEDAL），基于 SBL 的原位測序技術(shù)方法的代表性技術(shù)分別為 FISSEQ，ISS，STARmap。該類工具的開發(fā)將簡化不同類型空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的整合和分析。吉林歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組的方法和技術(shù)有...