10x Genomics空間轉錄組技術的準確性高嗎？下圖是一個將10x Genomics空間轉錄組技術應用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結果，從10x Genomics空間轉錄組分析結果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達，和已知的研究結果一致性較高。開展10x Genomics空間轉錄組需要做哪些準備？空間轉錄組是一項十分前沿的技術，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作，例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計、病理區(qū)域的確認等一系列內容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導致整個項目失敗。過真實研究案例聚焦包括單細胞轉錄組、單細胞基因組、單細胞代謝組、空間轉錄組。上海應用空間轉錄組
盡管前傳時代的空間技術被迅速棄用，但其思想和方法是當今時代空間轉錄組學發(fā)展的基礎。在過去的 5 年中，隨著眾多新技術的出現(xiàn)和 10x 公司 Visium 技術解決方案的商業(yè)化普及，該領域得到了快速的發(fā)展。一、實驗技術有待改進。我們可以做更多的事情來改善實驗技術。例如 組織切片技術的發(fā)展、 smFISH 和 ISS 技術的實驗技術優(yōu)化、高效率的計算工具實現(xiàn)真正的 3D 空間轉錄組或者空間時序轉錄組等。二，數(shù)據(jù)庫的建立。盡管當前空間轉錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長，但尚未有對應的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進行匯總集成。廣西空間轉錄組應用10x? Genomics空間轉錄組用于文庫構建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm。
Visium空間轉錄組能夠做何種組織類型以及推薦切片厚度是什么？10X Genomics測試過很多組織類型，絕大多數(shù)都可以用于空間轉錄組的分析。下圖是他們官網(wǎng)上測試過的組織類型的列表，測試過的組織都可以運用在空間轉錄組的分析上面。但建議用戶用基因表達玻片做正式實驗前，務必用組織優(yōu)化的玻片測試一下，看組織能否用于空間轉錄組的實驗，同時也找到比較好的組織通透時間。切片厚度基本上以10μm為主，但也有少量組織例外。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。
許多當前時代空間轉錄組技術的基礎都是在自七十年代以來的幾十年間建立的。例如，于1976 年首先使用紫外線激光來切割組織。當前流行的技術，例如空間轉錄組學（ST）和 10X Visium 依靠這種微陣列技術，區(qū)別就在于是從放置在微陣列載玻片上的組織上而不是從溶液中來捕獲轉錄本信息。當前時代的空間轉錄組技術大致分為五類方向：激光顯微切割（LCM），單分子熒光原位雜交（smFISH），靶向原位測序（ISS），原位陣列捕獲和 其他非成像技術?？臻g轉錄組使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內部的空間位置信息。
BayesSpace是一種基于空間轉錄組模型的聚類方法，通過對基因表達矩陣的低維表示進行建模并通過空間先驗鼓勵相鄰點屬于同一簇來實現(xiàn)空間聚類。與以前的方法相比，BayesSpace允許對聚類結構和錯誤項進行更靈活的規(guī)范。BayeSpace通過***使用的Bioconductor SingleCellExperiment數(shù)據(jù)結構將預處理數(shù)據(jù)作為輸入，無縫集成到空間轉錄組分析工作流中，輸出同樣存儲在SingleCellExperiment對象中，該對象可用于下游分析。BayesSpace增強的空間聚類提供了一個更高分辨率的組織類型圖。值得注意的是，增強后的空間聚類識別了沿**邊界的淋巴組織區(qū)域和可能的免疫浸潤到**中的區(qū)域，這些區(qū)域在原來的分辨率下是無法辨別的。研究通過對 ALS 小鼠疾病進程（癥狀前、發(fā)病、癥狀期和終末期）的脊髓組織進行空間轉錄組測序。福建空間轉錄組領域
研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦，而其他***（例如肝臟）的空間轉錄組學研究相對滯后。上海應用空間轉錄組
和單細胞轉錄組一樣，空間轉錄組也可以進行細胞間通訊分析，區(qū)別在于空間位置信息可以同時用于識別潛在的細胞間相互作用。通常通過了解配體受體（LR）對并測試 LR 對是否更有可能在鄰近細胞或 spot 中表達來完成。還有很多其他類型的分析可用于空間轉錄組學數(shù)據(jù)，包括基因模式的識別，空間區(qū)域的轉錄組定義， 基因間的相互作用推斷，轉錄本的亞細胞定位以及基于H＆E圖像的基因表達估算等。1. 歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。上海應用空間轉錄組
上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司總部位于聯(lián)航路1188號25幢，是一家檢驗檢測服務。（依法須經批準的項目，經相關部門批準后方可開展經營活動，具體經營項目以相關部門批準文件或許可證件為準）一般項目：生物醫(yī)藥產品、生化產品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產品（除危險品化學品、監(jiān)控化學品、易制毒化學品）的研發(fā)、銷售，儀器儀表的銷售，并提供相關技術咨詢、技術服務，會務服務，企業(yè)管理咨詢。的公司。歐易生物深耕行業(yè)多年，始終以客戶的需求為向導，為客戶提供***的科研服務，科研檢測，學術研究，技術咨詢。歐易生物始終以本分踏實的精神和必勝的信念，影響并帶動團隊取得成功。歐易生物始終關注自身，在風云變化的時代，對自身的建設毫不懈怠，高度的專注與執(zhí)著使歐易生物在行業(yè)的從容而自信。