浙江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組

盡管前傳時(shí)代的空間技術(shù)被迅速棄用，但其思想和方法是當(dāng)今時(shí)代空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)展的基礎(chǔ)。在過去的 5 年中，隨著眾多新技術(shù)的出現(xiàn)和 10x 公司 Visium 技術(shù)解決方案的商業(yè)化普及，該領(lǐng)域得到了快速的發(fā)展。一、實(shí)驗(yàn)技術(shù)有待改進(jìn)。我們可以做更多的事情來改善實(shí)驗(yàn)技術(shù)。例如 組織切片技術(shù)的發(fā)展、 smFISH 和 ISS 技術(shù)的實(shí)驗(yàn)技術(shù)優(yōu)化、高效率的計(jì)算工具實(shí)現(xiàn)真正的 3D 空間轉(zhuǎn)錄組或者空間時(shí)序轉(zhuǎn)錄組等。二，數(shù)據(jù)庫(kù)的建立。盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長(zhǎng)，但尚未有對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)來對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總集成?？臻g轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)前沿技術(shù)，涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作。浙江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組

 **近，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究炙手可熱。細(xì)胞及其在組織樣本中的相對(duì)位置之間的關(guān)系對(duì)于理解疾病病理可能至關(guān)重要?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一項(xiàng)開創(chuàng)性的技術(shù)，它使科學(xué)家能夠測(cè)量組織樣本中的所有基因活性，并繪制出發(fā)生該活性的位置的圖。該技術(shù)已經(jīng)導(dǎo)致了新發(fā)現(xiàn)，這些新發(fā)現(xiàn)將有助于幫助科學(xué)家更好地了解生物過程和疾病。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應(yīng)用于**、免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破。浙江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組空間轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞通訊分析方法簡(jiǎn)介及實(shí)操。

1. 空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù)，從而解析單個(gè)組織切片中的所有mRNA?？臻g轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，空間轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測(cè)序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細(xì)胞RNA測(cè)序或組織樣本RNA測(cè)序，均無(wú)法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置的轉(zhuǎn)錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可以應(yīng)用于免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理等研究方向。

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)現(xiàn)原理是什么？10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫(kù)構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcoded spots），每個(gè)點(diǎn)的直徑為55 μm，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100 μm，并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA，遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列，然后進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個(gè)位置，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。 作者借助空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)探究人類心臟在發(fā)育過程中的基因表達(dá)特征和細(xì)胞圖譜變化。

轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來獲取，目前已有多種技術(shù)策略被開發(fā)報(bào)道， 如空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（Spatial Transcriptomics，ST）和 Visium 技術(shù)，通過將包含空間位置信息的條形碼、UMI 標(biāo)簽、poly-dT 的探針固定在商用微陣列載玻片上，來捕獲包含 poly(A) 尾巴的轉(zhuǎn)錄本，并獲取全轉(zhuǎn)錄組水平的基因表達(dá)及位置信息。一些無(wú)需成像即可計(jì)算重建空間基因表達(dá)模式所需信息的技術(shù)也被開發(fā)了出來，其中之一就是是 DNA 顯微技術(shù)，它記錄 cDNA 之間的接近度，該信息可用于重建轉(zhuǎn)錄本之間的相對(duì)位置。Science發(fā)表了將組織擴(kuò)展和原位RNA測(cè)序結(jié)合起來的新型空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)ExSeq。四川歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量

研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦，而其他***（例如肝臟）的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究相對(duì)滯后。浙江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用有哪些？一、構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組圖譜：借助于空間分辨的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結(jié)構(gòu)的重要步驟。目前的多項(xiàng)研究通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄技術(shù)，得到多個(gè)***的時(shí)空轉(zhuǎn)錄組圖譜（相關(guān)研究后續(xù)會(huì)在如下專輯更新）。二、描繪胚胎發(fā)育和空間藍(lán)圖：胚胎發(fā)育是一個(gè)復(fù)雜的過程，其中動(dòng)態(tài)變化在生物分子水平上迅速發(fā)生。對(duì)這種微觀變化的時(shí)間和空間方面的分析都具有挑戰(zhàn)性。預(yù)期使用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)可以表征胚胎發(fā)育的空間表達(dá)藍(lán)圖。浙江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司總部位于聯(lián)航路1188號(hào)25幢，是一家檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù)。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)，具體經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā)，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷售，儀器儀表的銷售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù)，會(huì)務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢。的公司。公司自創(chuàng)立以來，投身于科研服務(wù)，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究，技術(shù)咨詢，是醫(yī)藥健康的主力軍。歐易生物致力于把技術(shù)上的創(chuàng)新展現(xiàn)成對(duì)用戶產(chǎn)品上的貼心，為用戶帶來良好體驗(yàn)。歐易生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康市場(chǎng)，以敏銳的市場(chǎng)洞察力，實(shí)現(xiàn)與客戶的成長(zhǎng)共贏。