單細(xì)胞蛋白組學(xué)研究方法：2020年9月，加州大學(xué)的MinnieM.Sarwal課題組在FrontiersinMedicine發(fā)表的題為“Near-Single-CellProteomicsProfilingoftheProximalTubularandGlomerulusoftheNormalHumanKidney”的研究成果，通過單細(xì)胞蛋白組學(xué)研究方法，分析正常人近端腎小管和腎小球區(qū)域的腎臟細(xì)胞，研究為解開急性和慢性腎臟疾病病因和腎臟亞細(xì)胞功能擾動(dòng)提供依據(jù)。中文標(biāo)題：正常人腎臟近端腎小管和腎小球的單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)分析研究對(duì)象：人體腎臟組織發(fā)表期刊：FrontiersinMedicine影響因...

蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)研究案例：2021年12月30日復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院樊嘉院士、中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所周虎研究員、中國(guó)科學(xué)院分子細(xì)胞科學(xué)***創(chuàng)新中心高大明研究員、復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院**教授課題組合作在Cancer Cell上發(fā)表題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文，通過基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)、微生物組學(xué)研究方法對(duì)262例肝內(nèi)膽管*（iCCA）患者的配對(duì)**和*旁...

蛋白質(zhì)是生命活動(dòng)的主要執(zhí)行者，而蛋白質(zhì)磷酸化修飾是生物體內(nèi)**重要的共價(jià)修飾方式之一，真核生物體內(nèi)有超過三分之一的蛋白可以發(fā)生磷酸化修飾。蛋白質(zhì)的磷酸化和去磷酸化這一可逆過程調(diào)節(jié)著包括細(xì)胞增殖、發(fā)育、分化、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞凋亡、神經(jīng)活動(dòng)、肌肉收縮及**發(fā)生等過程在內(nèi)的所有生命活動(dòng)。單一的磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)只能解釋蛋白磷酸化水平發(fā)生的變化，而[黃金搭檔]——蛋白質(zhì)組與磷酸化蛋白質(zhì)組聯(lián)合分析，則在揭示疾病相關(guān)特性、篩選疾病生物標(biāo)志物、尋找藥物靶點(diǎn)等方面發(fā)揮了更加重要的作用。蛋白質(zhì)組學(xué)的特點(diǎn)蛋白質(zhì)組和蛋白質(zhì)組學(xué)的概念。江西蛋白組質(zhì)譜和蛋白組學(xué)隨著美國(guó)臨床蛋白質(zhì)組**分析項(xiàng)目（CPTAC）和中國(guó)人類蛋白質(zhì)...

作者進(jìn)行了綜合分析，將蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)中的***生物標(biāo)志物合并到通路分析中，并確定了半乳糖代謝、戊糖和葡萄糖醛酸鹽相互轉(zhuǎn)化、檸檬酸鹽循環(huán)和**酸代謝這幾種途徑。然后結(jié)合蛋白質(zhì)和代謝標(biāo)志物來預(yù)測(cè)DKD狀態(tài)。五種機(jī)器學(xué)習(xí)模型表明，組合模型提高了DKD預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性。圖中展示了RF的結(jié)果?？偟膩碚f，組合多組學(xué)標(biāo)志物模型是一種強(qiáng)有力的提高DKD診斷的方法。1.蛋白組學(xué)結(jié)果表明，α2-巨球蛋白、組織蛋白酶D和CD324可作為檢測(cè)DKD進(jìn)展的潛在生物標(biāo)志物。2.代謝組學(xué)結(jié)果表明，半乳糖代謝和甘油脂代謝是DKD的主要代謝途徑，此外甘油-3-半乳糖苷可作為預(yù)測(cè)DKD的**標(biāo)志物。3.蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)...

本研究采用串聯(lián)質(zhì)量標(biāo)簽（TMT）標(biāo)記的蛋白質(zhì)組學(xué)和平行反應(yīng)監(jiān)測(cè)（PRM）技術(shù)，對(duì)蓮子脫水過程中的生理調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行了深入研究表明，碳水化合物代謝（包括糖酵解/糖異成、半乳糖代謝、淀粉和蔗糖代謝、磷酸戊糖途徑和細(xì)胞壁組織）、ER中的蛋白質(zhì)加工、DNA修復(fù)和抗氧化事件對(duì)蓮種胎脫水有積極的反應(yīng)。在蓮種胚脫水過程中，非酶促抗氧化劑和戊糖磷酸和維生素E作為主要的抗氧化劑，在脫水過程中維持荷花胚胎的REDOX平衡。這些結(jié)果為揭示荷花胚胎脫水保護(hù)機(jī)制的生理學(xué)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供了酶途徑在抗氧化保護(hù)中起著主要作用。應(yīng)激生理學(xué)檢測(cè)表明，H2O2是誘發(fā)氧化應(yīng)激損傷的主要活性氧（ROS）成分，谷胱甘肽新的見解。蛋白組學(xué)，研究...

隨著質(zhì)譜技術(shù)的飛速發(fā)展，特別是離子淌度的引入，增加了一個(gè)新的分離維度，將蛋白質(zhì)組研究推進(jìn)到全新的“4D蛋白質(zhì)組”層面，打破了基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)研究的瓶頸，大幅度的提高掃描速度和檢測(cè)靈敏度，帶來蛋白質(zhì)組學(xué)在鑒定深度、檢測(cè)周期、定量準(zhǔn)確性等性能的***提升，可以更好的解決大隊(duì)列、復(fù)雜體系以及微量樣本的檢測(cè)。相比于timsTOF Pro，timsTOF Pro 2 配備了***一代雙TIMS分析器，離子容量可提高三倍。經(jīng)過簡(jiǎn)化的離子透鏡比較大限度地提高了離子傳輸效率和靈敏度，為4D-多組學(xué)建立了新的標(biāo)準(zhǔn)。CCS 值的加入讓組學(xué)結(jié)果更精細(xì)，也使timsTOF Pro 2成為轉(zhuǎn)化組學(xué)應(yīng)用不可或缺的工具...

通過蛋白質(zhì)組學(xué)+轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法，發(fā)現(xiàn)大黃素引發(fā)外泌體通過抑制代謝通路來減少肺泡巨噬細(xì)胞的活化和改善肺部炎癥的特征，探究了外泌體在參與炎癥相關(guān)***損傷中的重要作用，為大黃素可以通過減少胰腺外泌體介導(dǎo)的肺泡巨噬細(xì)胞活化來減輕嚴(yán)重急性胰腺炎相關(guān)的急性肺損傷提供依據(jù)。中文標(biāo)題：大黃素通過抑制胰腺外泌體介導(dǎo)的肺泡巨噬細(xì)胞活化減輕嚴(yán)重急性胰腺炎相關(guān)的急性肺損傷研究對(duì)象：大鼠血漿外泌體發(fā)表期刊：ActaPharmaceuticaSinicaB影響因子：11.413發(fā)表時(shí)間：2021年10月合作單位：四川大學(xué)華西醫(yī)院運(yùn)用生物技術(shù)：TMT標(biāo)記定量蛋白組學(xué)（由歐易/鹿明生物提供技術(shù)支持）、轉(zhuǎn)錄組學(xué)修飾蛋白質(zhì)組...

單細(xì)胞蛋白組學(xué)研究方法：2020年9月，加州大學(xué)的MinnieM.Sarwal課題組在FrontiersinMedicine發(fā)表的題為“Near-Single-CellProteomicsProfilingoftheProximalTubularandGlomerulusoftheNormalHumanKidney”的研究成果，通過單細(xì)胞蛋白組學(xué)研究方法，分析正常人近端腎小管和腎小球區(qū)域的腎臟細(xì)胞，研究為解開急性和慢性腎臟疾病病因和腎臟亞細(xì)胞功能擾動(dòng)提供依據(jù)。中文標(biāo)題：正常人腎臟近端腎小管和腎小球的單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)分析研究對(duì)象：人體腎臟組織發(fā)表期刊：FrontiersinMedicine影響因...

通過蛋白質(zhì)組學(xué)+轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法，發(fā)現(xiàn)大黃素引發(fā)外泌體通過抑制代謝通路來減少肺泡巨噬細(xì)胞的活化和改善肺部炎癥的特征，探究了外泌體在參與炎癥相關(guān)***損傷中的重要作用，為大黃素可以通過減少胰腺外泌體介導(dǎo)的肺泡巨噬細(xì)胞活化來減輕嚴(yán)重急性胰腺炎相關(guān)的急性肺損傷提供依據(jù)。中文標(biāo)題：大黃素通過抑制胰腺外泌體介導(dǎo)的肺泡巨噬細(xì)胞活化減輕嚴(yán)重急性胰腺炎相關(guān)的急性肺損傷研究對(duì)象：大鼠血漿外泌體發(fā)表期刊：ActaPharmaceuticaSinicaB影響因子：11.413發(fā)表時(shí)間：2021年10月合作單位：四川大學(xué)華西醫(yī)院運(yùn)用生物技術(shù)：TMT標(biāo)記定量蛋白組學(xué)（由歐易/鹿明生物提供技術(shù)支持）、轉(zhuǎn)錄組學(xué)蛋白組+代謝...

運(yùn)用生物技術(shù)：TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)、PRM蛋白靶向驗(yàn)證由鹿明生物提供技術(shù)支持：2021年12月，上海交通大學(xué)張荻課題組在Frontiers in Plant Science發(fā)表題為 TMT-Based Quantitative Proteomic Analysis Reveals the Physiological Regulatory Networks of Embryo Dehydration Protection in Lotus(Nelumbo nucifera)的研究成果，通過TMT標(biāo)記蛋白質(zhì)組學(xué)和平行反應(yīng)監(jiān)測(cè)蛋白靶向驗(yàn)證(PRM)技術(shù)研究方法，構(gòu)建了蓮花胚胎脫水保護(hù)的生理調(diào)控網(wǎng)...

蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析鑒定出了幾種參與肝葡萄糖脂代謝的蛋白質(zhì)（ACC、FASN、SCD1、CPT1A、GLUT2、GK、GS、G6Pase、PEPCK）。此外，AC顯示出抑制脂肪生成酶（ACC，F(xiàn)ASN和SCD1）表達(dá)的趨勢(shì)，同時(shí)***上調(diào)了GLUT2。與對(duì)照組相比，AC***增加了PEPCK的表達(dá)，兩種化學(xué)物質(zhì)對(duì)G6Pase均無***影響（圖4A）。PRM蛋白靶向驗(yàn)證測(cè)定結(jié)果與蛋白質(zhì)組變化相一致，這進(jìn)一步證實(shí)了蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)中蛋白質(zhì)的表達(dá)（圖4B）。轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)聯(lián)合分析結(jié)果顯示AC和AL***改善了線粒體功能。GSEA分析顯示，處理組的氧化磷酸化（OXPHOS）通路***上調(diào)，AC組和AL...

iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)研究實(shí)用案例：2021年8月，浙江大學(xué)藥學(xué)院何俏軍、羅沛華團(tuán)隊(duì)在Autophagy期刊發(fā)表了題為“Autophagic degradation of CCN2 (cellular communication network factor 2) causes cardiotoxicity of sunitinib”的研究成果，通過動(dòng)物模型、功能實(shí)驗(yàn)、iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)等研究方法，發(fā)現(xiàn)了舒尼替尼誘導(dǎo)的自噬導(dǎo)致心肌細(xì)胞凋亡和心臟功能障礙，探究了舒尼替尼誘導(dǎo)的適應(yīng)不良自噬通過TOLLIP介導(dǎo)的內(nèi)體相關(guān)通路選擇性降解心肌細(xì)胞存活介質(zhì)CCN2的機(jī)理，揭示了調(diào)節(jié)心肌細(xì)胞死亡的自噬降解新...

蛋白組學(xué)研究實(shí)用案例：東南大學(xué)醫(yī)學(xué)院院長(zhǎng)劉必成教授領(lǐng)導(dǎo)的腎臟病研究所在Science advances期刊發(fā)表了題為“Extracellular vesicle–encapsulated IL-10 as novel nanotherapeutics against ischemic AKI"的研究成果，通過蛋白組學(xué)+多層組學(xué)研究方法，建立IL-10細(xì)胞囊泡高表達(dá)模型的構(gòu)建，提出并驗(yàn)證了IL-10細(xì)胞外囊泡的靶向缺血性腎損傷的假說，探究了IL-10細(xì)胞外囊泡作為新型納米藥物的機(jī)理。中文標(biāo)題：細(xì)胞外囊泡包裹的IL-10作為抗缺血性急性腎損傷的新型納米療法研究方向：新藥研發(fā)及其機(jī)制研究發(fā)表期刊：S...

文章使用TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)的方法，分析鑒定了差異表達(dá)的蛋白質(zhì)，對(duì)下調(diào)的蛋白質(zhì)進(jìn)行基因本體論(GO)分析，顯示下調(diào)參與線粒體電子傳遞鏈（ETC）的途徑富集，證明了TM處理特別影響了具有較高細(xì)胞內(nèi)銅水平的SOX2/OCT4+細(xì)胞中的線粒體ETC途徑。確定TM介導(dǎo)的銅依賴性線粒體復(fù)合物IV失活是SOX2/OCT4+群體中的主要代謝缺陷。研究結(jié)果確定了銅-代謝-轉(zhuǎn)移軸，并強(qiáng)調(diào)了其作為高危TNBC患者的下一代治療方法的潛力。蛋白質(zhì)組學(xué)分析確定了富含線粒體功能的途徑。細(xì)胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒體金屬酶，是線粒體ETC的終末酶。蛋白質(zhì)組學(xué)測(cè)序 蛋白組學(xué)技術(shù)缺點(diǎn)。浙江口腔蛋白...

2022年2月，亞特蘭大埃默里大學(xué)醫(yī)學(xué)院的Erik C. B. Johnson課題組在Nature neuroscience發(fā)表了題為 “Large-scale deep multi-layer analysis of Alzheimer’s disease brain reveals strong proteomic disease-related changes not observed at the RNA level”的研究成果，通過基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)的研究方法，揭示了新的與AD相關(guān)的蛋白共表達(dá)模塊，部分模塊在RNA的網(wǎng)絡(luò)中不存在。這為開發(fā)疾病***...

作者通過泛素化蛋白組學(xué)分析鑒定了茶樹作根中的泛素化蛋白質(zhì)。中文標(biāo)題：氮調(diào)節(jié)茶樹根中茶氨酸和黃酮類化合物的生物合成：多組學(xué)分析揭示的蛋白質(zhì)水平調(diào)節(jié)研究對(duì)象：茶樹根發(fā)表期刊：JournalofAgriculturalandFoodChemistry影響因子：5.279發(fā)表時(shí)間：2021年9月1日發(fā)表單位：安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)運(yùn)用生物技術(shù)：TMT蛋白質(zhì)組學(xué)、泛素化蛋白質(zhì)組學(xué)(其中部分?jǐn)?shù)據(jù)分析由鹿明生物提供技術(shù)支持)。本文分析了氮缺乏下茶樹根部的茶氨酸和黃酮類代謝，通過蛋白質(zhì)組和泛素化蛋白質(zhì)組結(jié)合轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)探索了調(diào)節(jié)機(jī)制。本文的多組學(xué)數(shù)據(jù)整合分析思路值得借鑒。修飾蛋白質(zhì)組試劑及服務(wù)，蛋白質(zhì)組學(xué)解決方案。江蘇光...

蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)研究案例：2021年12月30日復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院樊嘉院士、中國(guó)科學(xué)院上海藥物研究所周虎研究員、中國(guó)科學(xué)院分子細(xì)胞科學(xué)***創(chuàng)新中心高大明研究員、復(fù)旦大學(xué)附屬中山醫(yī)院**教授課題組合作在Cancer Cell上發(fā)表題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文，通過基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)、微生物組學(xué)研究方法對(duì)262例肝內(nèi)膽管*（iCCA）患者的配對(duì)**和*旁...

DIA蛋白組學(xué)：SAPHO綜合征是一種侵犯皮膚和骨骼的炎癥性疾病，其發(fā)病率低，表現(xiàn)形式多樣，診斷困難。2022年1月，由北京中醫(yī)藥大學(xué)課題組在J Proteomics.期刊發(fā)表的題為“Complement system deregulation in SAPHO syndrome revealed by proteomic profiling”的研究成果，通過DIA蛋白組學(xué)研究方法，***揭示了SAPHO患者的血清蛋白質(zhì)組譜，為疾病診斷提供了潛在的生物標(biāo)志物。同時(shí)作者發(fā)現(xiàn)補(bǔ)體系統(tǒng)抑制劑如CFH和C4BP在SAPHO綜合征中表達(dá)上調(diào)，這可能在SAPHO綜合征的發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮重要作用。蛋白組學(xué)近期...

使用TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析，與GFP-群體相比，在GFP+細(xì)胞中TM處理后，線粒體復(fù)合物IV的多個(gè)亞基被特異性下調(diào)，對(duì)下調(diào)的蛋白質(zhì)進(jìn)行基因本體 (GO)分析，顯示參與線粒體電子傳遞鏈 (ETC) 的通路富集。同時(shí)作者還分析了從人 LM2 細(xì)胞系中分選的 LM2 GFP+和 GFP- 細(xì)胞，在 TM 處理 48 小時(shí)后蛋白組學(xué)分析，揭示了GFP+細(xì)胞優(yōu)先富集，同時(shí)揭示了線粒體 ETC 相關(guān)的通路。因此，TM 處理特別影響具有更高細(xì)胞內(nèi)銅水平的 SOX2/OCT4+ 細(xì)胞中的線粒體 ETC 通路。蛋白質(zhì)組學(xué)分析確定了富含線粒體功能的途徑。細(xì)胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒...

蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法研究案例：2021年10月，中國(guó)科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所武愛波研究員課題組在Ecotoxicology and Environmental Safety發(fā)表了題為“Mycotoxin deoxynivalenol affects myoblast differentiation via downregulating cytoskeleton and ECM-integrin-FAK-RAC-PAK signaling pathway"的研究成果，通過轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法，探究了脫氧雪腐鐮刀菌烯醇（DON）對(duì)成肌細(xì)胞分化的影響，發(fā)現(xiàn)了DON處理使得細(xì)胞骨架蛋白和細(xì)胞外...

蛋白組學(xué)研究實(shí)用案例：東南大學(xué)醫(yī)學(xué)院院長(zhǎng)劉必成教授領(lǐng)導(dǎo)的腎臟病研究所在Science advances期刊發(fā)表了題為“Extracellular vesicle–encapsulated IL-10 as novel nanotherapeutics against ischemic AKI"的研究成果，通過蛋白組學(xué)+多層組學(xué)研究方法，建立IL-10細(xì)胞囊泡高表達(dá)模型的構(gòu)建，提出并驗(yàn)證了IL-10細(xì)胞外囊泡的靶向缺血性腎損傷的假說，探究了IL-10細(xì)胞外囊泡作為新型納米藥物的機(jī)理。中文標(biāo)題：細(xì)胞外囊泡包裹的IL-10作為抗缺血性急性腎損傷的新型納米療法研究方向：新藥研發(fā)及其機(jī)制研究發(fā)表期刊：S...

作者通過泛素化蛋白組學(xué)分析鑒定了茶樹作根中的泛素化蛋白質(zhì)。中文標(biāo)題：氮調(diào)節(jié)茶樹根中茶氨酸和黃酮類化合物的生物合成：多組學(xué)分析揭示的蛋白質(zhì)水平調(diào)節(jié)研究對(duì)象：茶樹根發(fā)表期刊：JournalofAgriculturalandFoodChemistry影響因子：5.279發(fā)表時(shí)間：2021年9月1日發(fā)表單位：安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)運(yùn)用生物技術(shù)：TMT蛋白質(zhì)組學(xué)、泛素化蛋白質(zhì)組學(xué)(其中部分?jǐn)?shù)據(jù)分析由鹿明生物提供技術(shù)支持)。本文分析了氮缺乏下茶樹根部的茶氨酸和黃酮類代謝，通過蛋白質(zhì)組和泛素化蛋白質(zhì)組結(jié)合轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)探索了調(diào)節(jié)機(jī)制。本文的多組學(xué)數(shù)據(jù)整合分析思路值得借鑒。蛋白組學(xué)專業(yè)客服在線為您答疑 。江西定量蛋白組學(xué) ...

隨著美國(guó)臨床蛋白質(zhì)組**分析項(xiàng)目（CPTAC）和中國(guó)人類蛋白質(zhì)組計(jì)劃(CNHPP)等大型蛋白質(zhì)組學(xué)研究計(jì)劃的推進(jìn)，發(fā)表了一系列**的大規(guī)模人群多組學(xué)分析文章[2,3]。這些高分文章通過基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)、微生物組學(xué)等技術(shù)，在上百例的病例樣本中***表征了某種**的分子特征。對(duì)比這些文章，可以發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)在多組學(xué)數(shù)據(jù)分析中逐漸成為**結(jié)果，且蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析有些共同特點(diǎn)，即：1）基于蛋白質(zhì)組進(jìn)行**分子分型2）分析不同亞型患者的臨床特征3）免疫、代謝、突變、微生物等**領(lǐng)域研究熱點(diǎn)在不同亞型中的差別分析4）篩選亞型特征分子作為預(yù)后標(biāo)志物或潛在的藥靶...

2022年2月，亞特蘭大埃默里大學(xué)醫(yī)學(xué)院的Erik C. B. Johnson課題組在Nature neuroscience發(fā)表了題為 “Large-scale deep multi-layer analysis of Alzheimer’s disease brain reveals strong proteomic disease-related changes not observed at the RNA level”的研究成果，通過基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)的研究方法，揭示了新的與AD相關(guān)的蛋白共表達(dá)模塊，部分模塊在RNA的網(wǎng)絡(luò)中不存在。這為開發(fā)疾病***...

采用RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析和DIA蛋白質(zhì)組學(xué)分析，研究了AC和AL對(duì)db/db小鼠的影響。轉(zhuǎn)錄組分析共鑒定出16812種不同的蛋白質(zhì)編碼轉(zhuǎn)錄本。其中，2837個(gè)（約16.9%）在正常組和對(duì)照組之間有***差異，表明db/db小鼠在轉(zhuǎn)錄水平上與野生型小鼠***不同。與對(duì)照組相比，共有3749個(gè)基因因攝入AC而發(fā)生***改變（2201個(gè)下調(diào)，1548個(gè)上調(diào)），560個(gè)基因（430個(gè)下調(diào)，130個(gè)上調(diào)）因攝入AL而發(fā)生***改變（圖3B）。DIA蛋白質(zhì)組學(xué)分析鑒定出2729種蛋白質(zhì)。正常組和對(duì)照組之間共發(fā)現(xiàn)1059個(gè)（約占總鑒定蛋白質(zhì)的38.8%）DEPs，AC處理有230個(gè)蛋白質(zhì)發(fā)生***變化...

作者進(jìn)行了綜合分析，將蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)中的***生物標(biāo)志物合并到通路分析中，并確定了半乳糖代謝、戊糖和葡萄糖醛酸鹽相互轉(zhuǎn)化、檸檬酸鹽循環(huán)和**酸代謝這幾種途徑。然后結(jié)合蛋白質(zhì)和代謝標(biāo)志物來預(yù)測(cè)DKD狀態(tài)。五種機(jī)器學(xué)習(xí)模型表明，組合模型提高了DKD預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性。圖中展示了RF的結(jié)果?？偟膩碚f，組合多組學(xué)標(biāo)志物模型是一種強(qiáng)有力的提高DKD診斷的方法。1.蛋白組學(xué)結(jié)果表明，α2-巨球蛋白、組織蛋白酶D和CD324可作為檢測(cè)DKD進(jìn)展的潛在生物標(biāo)志物。2.代謝組學(xué)結(jié)果表明，半乳糖代謝和甘油脂代謝是DKD的主要代謝途徑，此外甘油-3-半乳糖苷可作為預(yù)測(cè)DKD的**標(biāo)志物。3.蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)...

使用TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析，與GFP-群體相比，在GFP+細(xì)胞中TM處理后，線粒體復(fù)合物IV的多個(gè)亞基被特異性下調(diào)，對(duì)下調(diào)的蛋白質(zhì)進(jìn)行基因本體 (GO)分析，顯示參與線粒體電子傳遞鏈 (ETC) 的通路富集。同時(shí)作者還分析了從人 LM2 細(xì)胞系中分選的 LM2 GFP+和 GFP- 細(xì)胞，在 TM 處理 48 小時(shí)后蛋白組學(xué)分析，揭示了GFP+細(xì)胞優(yōu)先富集，同時(shí)揭示了線粒體 ETC 相關(guān)的通路。因此，TM 處理特別影響具有更高細(xì)胞內(nèi)銅水平的 SOX2/OCT4+ 細(xì)胞中的線粒體 ETC 通路。蛋白質(zhì)組學(xué)分析確定了富含線粒體功能的途徑。細(xì)胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒...

通過蛋白質(zhì)組學(xué)質(zhì)譜鑒定、PRM靶向鑒定、iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)等研究方法，發(fā)現(xiàn)了N-豆蔻?；诟闻K**發(fā)生中發(fā)揮重要作用，揭示了NMT1的N-豆蔻?；种瓶?*發(fā)生的NDP，并通過干擾泛素化來刺激促**發(fā)生的NUP機(jī)制。為靶向N-豆蔻?；蚇MT1可能有助于***肝*提供了理論依據(jù)。中文標(biāo)題：NMT1依賴于POTEE發(fā)生N-豆蔻?；⑼ㄟ^差異調(diào)節(jié)靶標(biāo)的泛素化來刺激肝臟**的發(fā)生研究對(duì)象：細(xì)胞、小鼠、人**組織發(fā)表期刊：FrontiersinOncology影響因子：6.244發(fā)表時(shí)間：2021年5月合作單位：上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬上海兒童醫(yī)學(xué)中心運(yùn)用生物技術(shù)：iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)、P...

4D蛋白組學(xué)：tims TOF Pro2依賴于雙捕集離子淌度（TIMS）和同步累積連續(xù)碎裂（PASEF）數(shù)據(jù)采集模式兩大創(chuàng)新技術(shù)，可實(shí)現(xiàn)快速采集、更高的靈敏度和特異性。同時(shí)，其配備了***一代雙 TIMS 分析器，離子容量可提高三倍，比較大限度地提高了離子傳輸效率和靈敏度，讓蛋白質(zhì)組學(xué)分析再上一個(gè)新的臺(tái)階，鹿明生物同時(shí)配備了Evosep One高通量色譜使其在短梯度下也能實(shí)現(xiàn)蛋白深度覆蓋，結(jié)果更精細(xì)，也成為轉(zhuǎn)化組學(xué)應(yīng)用不可或缺的工具。更高掃描速度：助力臨床大隊(duì)列項(xiàng)目研究，更高覆蓋深度：助力蛋白組鑒定到更多的蛋白數(shù)量，超高靈敏度：助力微量樣本蛋白組分析，鑒定更可信：助力蛋白或化合物更高可信度的鑒...

蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)研究案例：作為一種常見的******，脫氧雪腐鐮刀菌烯醇(DON)在田間或加工和儲(chǔ)存過程中會(huì)污染谷物和飼料。DON在動(dòng)物中會(huì)引起厭食和生長(zhǎng)遲緩在內(nèi)的一系列不良反應(yīng)。本文作者使用轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)對(duì)鼠C2C12細(xì)胞進(jìn)行了研究，分析DON對(duì)成肌細(xì)胞分化的影響。研究結(jié)果表明，DON通過下調(diào)細(xì)胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號(hào)通路來影響成肌細(xì)胞的分化。本文研究體現(xiàn)了組學(xué)技術(shù)在機(jī)制研究中的重要作用。中文標(biāo)題：霉菌***脫氧雪腐鐮刀菌烯醇通過下調(diào)細(xì)胞骨架和ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號(hào)通路影響成肌細(xì)胞分化研究對(duì)象：脫氧雪腐鐮刀菌烯醇、C2...