使用TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析，與GFP-群體相比，在GFP+細(xì)胞中TM處理后，線粒體復(fù)合物IV的多個(gè)亞基被特異性下調(diào)，對(duì)下調(diào)的蛋白質(zhì)進(jìn)行基因本體 (GO)分析，顯示參與線粒體電子傳遞鏈 (ETC) 的通路富集。同時(shí)作者還分析了從人 LM2 細(xì)胞系中分選的 LM2 GFP+和 GFP- 細(xì)胞，在 TM 處理 48 小時(shí)后蛋白組學(xué)分析，揭示了GFP+細(xì)胞優(yōu)先富集，同時(shí)揭示了線粒體 ETC 相關(guān)的通路。因此，TM 處理特別影響具有更高細(xì)胞內(nèi)銅水平的 SOX2/OCT4+ 細(xì)胞中的線粒體 ETC 通路。蛋白質(zhì)組學(xué)分析確定了富含線粒體功能的途徑。細(xì)胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒體金屬酶，是線粒體ETC的終末酶。蛋白組學(xué)常見(jiàn)研究模式 | 蛋白質(zhì)組專題_鹿明生物。吉林蛋白組學(xué)收費(fèi)
2021年10月，中國(guó)科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所武愛(ài)波研究員課題組在《Ecotoxicology and Environmental Safety》（IF:6.291）發(fā)表了題為“Mycotoxin deoxynivalenol affects myoblast differentiation via downregulating cytoskeleton and ECM-integrin-FAK-RAC-PAK signaling pathway"的研究成果，通過(guò)轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法，探究了脫氧雪腐鐮刀菌烯醇（簡(jiǎn)稱：DON，俗稱嘔吐***）對(duì)成肌細(xì)胞分化的影響，發(fā)現(xiàn)了DON處理使得細(xì)胞骨架蛋白和細(xì)胞外基質(zhì)蛋白表達(dá)下調(diào)，并抑制ECM-integrin-FAK-RAC-PAK信號(hào)通路的機(jī)理，為食品和飼料污染的防治提供了理論依據(jù)。其中轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白組學(xué)由歐易/鹿明生物提供技術(shù)支持。天津定量蛋白組學(xué)研究進(jìn)展一站式服務(wù),蛋白組學(xué)研究不同生物體在不同時(shí)刻/狀態(tài)下蛋白質(zhì)表達(dá)的變化。
在本研究中，利用iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)方法對(duì)東京野茉莉種子發(fā)育的4個(gè)時(shí)間點(diǎn)采樣進(jìn)行蛋白質(zhì)組學(xué)分析。獲得了2338個(gè)蛋白和1473個(gè)DEPs。Mfuzz聚類分析顯示，在種子發(fā)育過(guò)程中，轉(zhuǎn)錄本和蛋白質(zhì)組之間存在相當(dāng)大的時(shí)序一致性。在四個(gè)發(fā)育時(shí)期中，花后70天（種子發(fā)育活躍期）是視為東京野茉莉種仁發(fā)育的關(guān)鍵時(shí)期：在該階段與脂肪酸生物合成相關(guān)的功能基因和酶蛋白均達(dá)到表達(dá)峰值，同時(shí)種仁內(nèi)部大部分營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)開(kāi)始迅速積累。通過(guò)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)綜合分析油脂合成的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，乙酰CoA羧化酶和**酸脫氫酶兩個(gè)酶體系處于中心位置，在脂肪酸的合成過(guò)程中具有主導(dǎo)作用。
iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)技術(shù)鑒定AHSG和RPL29分別是上調(diào)和下調(diào)*****的蛋白。301份肝*標(biāo)本的統(tǒng)計(jì)分析表明AHSG與NMT1呈正相關(guān)，而RPL29與NMT1呈負(fù)相關(guān)（圖8A）。此外，NMT1和AHSG均與**分期正相關(guān)，而RPL29與肝*的**分期呈負(fù)相關(guān)（圖8B）。值得注意的是，NMT1和AHSG水平較高的肝*患者的生存率低于水平較低的肝*患者（圖8C）。而較高水平的RPL29表明存活率較高（圖8C）。這些數(shù)據(jù)表明NMT1、NUP和NDP與肝*的臨床結(jié)果密切相關(guān)。iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)鑒定NMT1敲除時(shí)發(fā)生變化的蛋白質(zhì)；蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)簡(jiǎn)介及應(yīng)用場(chǎng)景。
DIA蛋白組學(xué)：SAPHO綜合征是一種侵犯皮膚和骨骼的炎癥性疾病，其發(fā)病率低，表現(xiàn)形式多樣，診斷困難。2022年1月，由北京中醫(yī)藥大學(xué)課題組在J Proteomics.期刊發(fā)表的題為“Complement system deregulation in SAPHO syndrome revealed by proteomic profiling”的研究成果，通過(guò)DIA蛋白組學(xué)研究方法，***揭示了SAPHO患者的血清蛋白質(zhì)組譜，為疾病診斷提供了潛在的生物標(biāo)志物。同時(shí)作者發(fā)現(xiàn)補(bǔ)體系統(tǒng)抑制劑如CFH和C4BP在SAPHO綜合征中表達(dá)上調(diào)，這可能在SAPHO綜合征的發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮重要作用。單細(xì)胞組學(xué) 單細(xì)胞蛋白組學(xué) 蛋白質(zhì)組學(xué) 。山東清華大學(xué) 蛋白組學(xué)
蛋白組學(xué)近期研究進(jìn)展的盤(pán)點(diǎn)。吉林蛋白組學(xué)收費(fèi)
轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析作者通過(guò)轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析暴露于DON的C2C12細(xì)胞的差異基因（DEG）。轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定了2387個(gè)DEG，其中72%被下調(diào)。蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定出402個(gè)DEG，其中74%被下調(diào)。GO和KEGG通路富集分析表明，轉(zhuǎn)錄組學(xué)DEGs參與了“男性主要性征的發(fā)育”、“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“骨骼肌收縮的調(diào)節(jié)”等生物學(xué)過(guò)程。**富集的通路是“ECM-受體相互作用”、“人**瘤病毒***”和“蛋白質(zhì)消化吸收”。蛋白質(zhì)組學(xué)分析中，富集到了“肌肉收縮”、“中間絲解聚”和“脂質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)”等生物學(xué)過(guò)程。細(xì)胞成分中富集到“細(xì)胞骨架”、“細(xì)胞外基質(zhì)”和“整合素”。KEGG通路富集到“新霉素、卡那霉素和慶大霉素生物合成”、“系統(tǒng)性紅斑狼瘡”、“ECM-受體相互作用”和“蛋白質(zhì)消化和吸收”。前兩條通路與上調(diào)的DEG相關(guān)，而后兩條通路與下調(diào)的DEG相關(guān)，這與轉(zhuǎn)錄組學(xué)結(jié)果一致。吉林蛋白組學(xué)收費(fèi)
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