iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)技術(shù)研究方法：2021年7月，海南大學(xué)園藝園林學(xué)院吳友根教授課題組等在《Horticulture Research》期刊發(fā)表了題為“Integrative iTRAQ-based proteomic and transcriptomic analysis reveals the accumulation patterns of key metabolites associated with oilquality during seed ripening of Camellia oleifera”的研究成果，通過(guò)RNA測(cè)序(RNA-seq)和iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)技...

TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究案例：2021年12月威爾康奈爾醫(yī)學(xué)中心和紀(jì)念斯隆凱特琳**中心的Linda T. Vahdat 和 Vivek Mittal教授課題組在Nature Communications期刊發(fā)表的題為 “Copper depletion modulates mitochondrial oxidative phosphorylation to impair triple negative breast cancer metastasis”的研究成果，通過(guò)蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)研究方法，發(fā)現(xiàn)了高度轉(zhuǎn)移性 SOX2/OCT4+ 細(xì)胞的離散亞群表現(xiàn)出細(xì)胞內(nèi)銅水平升高特征，探究了TM...

作者運(yùn)用iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)對(duì)種子發(fā)育過(guò)程中蛋白質(zhì)表達(dá)的定量比較，同時(shí)進(jìn)行GO和KEGG通路富集分析。結(jié)果表明所有鑒定的蛋白被分為29類，主要涉及翻譯和碳水化合物代謝。并且作者繪制了p值小于0.01的前20條KEGG通路的氣泡圖。在三對(duì)比較中，普遍富集的途徑包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代謝。其中，參與α-亞麻酸代謝的DAPs在S3 vs. S1組和S4 vs. S1組中都非?；钴S。為了評(píng)估轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組之間的一致性，以及了解轉(zhuǎn)錄后的mRNA在蛋白質(zhì)水平上是如何表現(xiàn)的，作者進(jìn)行了RNA-seq和iTRAQ分析的聯(lián)合分析。證明DEGs和DAPs參與類黃酮的生物合成和脂肪酸代謝。T...

TMT標(biāo)記定量蛋白組學(xué)研究案例：2021年11月，南京中醫(yī)藥大學(xué)附屬醫(yī)院江蘇省中醫(yī)院?jiǎn)挝唬ㄒ蛔鲃⑹芳蜒芯繂T）及其課題組在MolecularMetabolism期刊發(fā)表的題為“Serumintegrativeomicsrevealsthelandscapeofhumandiabetickidneydisease”的研究成果，通過(guò)TMT標(biāo)記定量蛋白組學(xué)和GC-MS非靶代謝組學(xué)研究方法，發(fā)現(xiàn)了糖尿病腎病（DKD）特征，篩選了蛋白和代謝容組合生物標(biāo)志物。為優(yōu)化糖尿病腎?。―KD）管理提供了豐富且開(kāi)放訪問(wèn)的數(shù)據(jù)資源。中文標(biāo)題：血清綜合組學(xué)揭示人類糖尿病腎病情況研究對(duì)象：人血清發(fā)表期刊：Molecular...

蛋白組學(xué)技術(shù)可以提供細(xì)胞狀態(tài)和調(diào)控的功能信息，本研究建立了單細(xì)胞蛋白組學(xué)方法，實(shí)現(xiàn)了高靈敏度的蛋白組學(xué)檢測(cè)。該技術(shù)有助于揭示疾病的發(fā)病機(jī)制，探討預(yù)后和風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的不同腎臟疾病亞型中的蛋白組學(xué)異質(zhì)性和獨(dú)特的蛋白標(biāo)志物，為藥物靶點(diǎn)***提供希望。大規(guī)模單細(xì)胞分析對(duì)于捕獲復(fù)雜細(xì)胞系統(tǒng)中的生物異質(zhì)性至關(guān)重要，但*基于RNA技術(shù)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)并不能很好地**蛋白質(zhì)水平上的變化。而單細(xì)胞蛋白組學(xué)技術(shù)能夠從蛋白質(zhì)水平上破譯細(xì)胞機(jī)制并且獲得更多的信息。蛋白組學(xué)方案為組學(xué)研究涉及的樣本獲取,前處理,數(shù)據(jù)采集到分析的各個(gè)環(huán)節(jié)提供自動(dòng)化。山東質(zhì)譜 蛋白組學(xué)為了確定TMT AD蛋白網(wǎng)絡(luò)模塊是否也存在于其他的隊(duì)列和...

為了驗(yàn)證TMT蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)，作者選擇了18個(gè)與蓮種胚脫水保護(hù)功能密切相關(guān)的候選DEPs進(jìn)行PRM蛋白靶向驗(yàn)證。PRM鑒定了18個(gè)候選DEPs。這些蛋白質(zhì)的表達(dá)模式在PRM和TMT的定量結(jié)果之間顯示出類似的趨勢(shì)。然而，PRM檢測(cè)到的蛋白豐度的倍數(shù)變化值要大于TMT數(shù)據(jù)。這一結(jié)果在很大程度上支持了TMT數(shù)據(jù)的可靠性。基于TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)的生物信息學(xué)分析，對(duì)脅迫生理指標(biāo)進(jìn)行了測(cè)定，以驗(yàn)證蓮種胚脫水的保護(hù)機(jī)制。在快速脫水階段，REC和MDA含量的變化與RWC相反，它們的水平迅速增加（圖6A，B）。ABA含量在快速脫水和脫水成熟階段前略有增加（圖6C）。上TMT/iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué) 差異...

iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)技術(shù)研究方法：2021年7月，海南大學(xué)園藝園林學(xué)院吳友根教授課題組等在《Horticulture Research》期刊發(fā)表了題為“Integrative iTRAQ-based proteomic and transcriptomic analysis reveals the accumulation patterns of key metabolites associated with oilquality during seed ripening of Camellia oleifera”的研究成果，通過(guò)RNA測(cè)序(RNA-seq)和iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)技...

隨著美國(guó)臨床蛋白質(zhì)組**分析項(xiàng)目（CPTAC）和中國(guó)人類蛋白質(zhì)組計(jì)劃(CNHPP)等大型蛋白質(zhì)組學(xué)研究計(jì)劃的推進(jìn)，發(fā)表了一系列**的大規(guī)模人群多組學(xué)分析文章[2,3]。這些高分文章通過(guò)基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)、微生物組學(xué)等技術(shù)，在上百例的病例樣本中***表征了某種**的分子特征。對(duì)比這些文章，可以發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)在多組學(xué)數(shù)據(jù)分析中逐漸成為**結(jié)果，且蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析有些共同特點(diǎn)，即：1）基于蛋白質(zhì)組進(jìn)行**分子分型2）分析不同亞型患者的臨床特征3）免疫、代謝、突變、微生物等**領(lǐng)域研究熱點(diǎn)在不同亞型中的差別分析4）篩選亞型特征分子作為預(yù)后標(biāo)志物或潛在的藥靶...

蛋白質(zhì)組學(xué)(由鹿明生物提供技術(shù)支持)；2021年8月，中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所趙春華和韓欽課題組在Aging and disease期刊發(fā)表了題為“MSC-derived Exosomes can Enhance the Angiogenesis of Human Brain MECs and show Therapeutic Potential in a Mouse Model of Parkinson's Disease”的研究成果，通過(guò)蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法，發(fā)現(xiàn)了間充質(zhì)干細(xì)胞衍生的外泌體可以通過(guò)增加ICAM1的表達(dá)來(lái)促人腦MECs血管生成，并減輕MPP+對(duì)細(xì)胞的損傷，***間充質(zhì)干細(xì)胞...

通過(guò)蛋白質(zhì)組學(xué)分析檢測(cè)了經(jīng)M-Exos處理的HBMECs的改變。外泌體***了HBMECs，在0、24和48小時(shí)各種基因的表達(dá)增加(圖2A)。此外，熱圖分析揭示了不同表達(dá)的功能基因，包括與炎癥、細(xì)胞增殖、免疫調(diào)節(jié)和血管生成相關(guān)的因素(圖2B-E)。時(shí)序分析表明，HBMECs中標(biāo)記基因的上調(diào)與炎癥因子IL3RA有關(guān)，增殖相關(guān)蛋白CD40和免疫調(diào)節(jié)因子TNFRSF10C(圖2F-H)。作者主要研究外泌體是否促進(jìn)人腦微血管內(nèi)皮細(xì)胞的血管生成能力，因此初步驗(yàn)證了M-Exos***后血管生成相關(guān)基因的表達(dá)。蛋白質(zhì)印跡結(jié)果顯示血管生成相關(guān)基因FlK1和ANGPT1的表達(dá)明顯增強(qiáng)(圖2I)。綜上所述，結(jié)果證...

iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)研究方法：2021年4月，南京林業(yè)大學(xué)喻方圓教授（一作：吳岐奎）課題組在JournaloftheScienceofFoodandAgriculture期刊發(fā)表了題為“ProteomicanalysisofmetabolicmechanismsassociatedwithfattyacidbiosynthesisduringStyraxtonkinensiskerneldevelopment”的研究成果，通過(guò)轉(zhuǎn)錄組學(xué)+iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)研究方法，分析東京野茉莉種子發(fā)育過(guò)程中脂肪酸生物合成相關(guān)基因的表達(dá)趨勢(shì)，確定油脂積累的主要影響因子并構(gòu)建其調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。為野茉莉?qū)僦?..

DIA蛋白組學(xué)：SAPHO綜合征是一種侵犯皮膚和骨骼的炎癥性疾病，其發(fā)病率低，表現(xiàn)形式多樣，診斷困難。2022年1月，由北京中醫(yī)藥大學(xué)課題組在J Proteomics.期刊發(fā)表的題為“Complement system deregulation in SAPHO syndrome revealed by proteomic profiling”的研究成果，通過(guò)DIA蛋白組學(xué)研究方法，***揭示了SAPHO患者的血清蛋白質(zhì)組譜，為疾病診斷提供了潛在的生物標(biāo)志物。同時(shí)作者發(fā)現(xiàn)補(bǔ)體系統(tǒng)抑制劑如CFH和C4BP在SAPHO綜合征中表達(dá)上調(diào)，這可能在SAPHO綜合征的發(fā)病機(jī)制中發(fā)揮重要作用。蛋白質(zhì)組與代...

蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析鑒定出了幾種參與肝葡萄糖脂代謝的蛋白質(zhì)（ACC、FASN、SCD1、CPT1A、GLUT2、GK、GS、G6Pase、PEPCK）。此外，AC顯示出抑制脂肪生成酶（ACC，F(xiàn)ASN和SCD1）表達(dá)的趨勢(shì)，同時(shí)***上調(diào)了GLUT2。與對(duì)照組相比，AC***增加了PEPCK的表達(dá)，兩種化學(xué)物質(zhì)對(duì)G6Pase均無(wú)***影響（圖4A）。PRM蛋白靶向驗(yàn)證測(cè)定結(jié)果與蛋白質(zhì)組變化相一致，這進(jìn)一步證實(shí)了蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)中蛋白質(zhì)的表達(dá)（圖4B）。轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)聯(lián)合分析結(jié)果顯示AC和AL***改善了線粒體功能。GSEA分析顯示，處理組的氧化磷酸化（OXPHOS）通路***上調(diào)，AC組和AL...

文章使用TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)的方法，分析鑒定了差異表達(dá)的蛋白質(zhì)，對(duì)下調(diào)的蛋白質(zhì)進(jìn)行基因本體論(GO)分析，顯示下調(diào)參與線粒體電子傳遞鏈（ETC）的途徑富集，證明了TM處理特別影響了具有較高細(xì)胞內(nèi)銅水平的SOX2/OCT4+細(xì)胞中的線粒體ETC途徑。確定TM介導(dǎo)的銅依賴性線粒體復(fù)合物IV失活是SOX2/OCT4+群體中的主要代謝缺陷。研究結(jié)果確定了銅-代謝-轉(zhuǎn)移軸，并強(qiáng)調(diào)了其作為高危TNBC患者的下一代治療方法的潛力。蛋白質(zhì)組學(xué)分析確定了富含線粒體功能的途徑。細(xì)胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒體金屬酶，是線粒體ETC的終末酶。蛋白質(zhì)組學(xué)基本策略 研究基礎(chǔ) 研究?jī)?nèi)容 研究意...

通過(guò)蛋白質(zhì)組學(xué)+轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法，發(fā)現(xiàn)大黃素引發(fā)外泌體通過(guò)抑制代謝通路來(lái)減少肺泡巨噬細(xì)胞的活化和改善肺部炎癥的特征，探究了外泌體在參與炎癥相關(guān)***損傷中的重要作用，為大黃素可以通過(guò)減少胰腺外泌體介導(dǎo)的肺泡巨噬細(xì)胞活化來(lái)減輕嚴(yán)重急性胰腺炎相關(guān)的急性肺損傷提供依據(jù)。中文標(biāo)題：大黃素通過(guò)抑制胰腺外泌體介導(dǎo)的肺泡巨噬細(xì)胞活化減輕嚴(yán)重急性胰腺炎相關(guān)的急性肺損傷研究對(duì)象：大鼠血漿外泌體發(fā)表期刊：ActaPharmaceuticaSinicaB影響因子：11.413發(fā)表時(shí)間：2021年10月合作單位：四川大學(xué)華西醫(yī)院運(yùn)用生物技術(shù)：TMT標(biāo)記定量蛋白組學(xué)（由歐易/鹿明生物提供技術(shù)支持）、轉(zhuǎn)錄組學(xué)蛋白組+代謝...