iTRAQ蛋白質(zhì)組學研究實用案例：2021年8月，浙江大學藥學院何俏軍、羅沛華團隊在Autophagy期刊發(fā)表了題為“Autophagic degradation of CCN2 (cellular communication network factor 2) causes cardiotoxicity of sunitinib”的研究成果，通過動物模型、功能實驗、iTRAQ蛋白質(zhì)組學等研究方法，發(fā)現(xiàn)了舒尼替尼誘導的自噬導致心肌細胞凋亡和心臟功能障礙，探究了舒尼替尼誘導的適應不良自噬通過TOLLIP介導的內(nèi)體相關(guān)通路選擇性降解心肌細胞存活介質(zhì)CCN2的機理，揭示了調(diào)節(jié)心肌細胞死亡的自噬降解新靶標蛋白。為提高基于舒尼替尼的*****安全性提供了方法及理論依據(jù)。中文標題：CCN2的自噬降解導致舒尼替尼的心臟毒性研究對象：小鼠發(fā)表期刊：Autophagy影響因子：16.016發(fā)表時間：2021年8月合作單位：浙江大學藥學院運用生物技術(shù)：iTRAQ蛋白質(zhì)組學(由鹿明生物提供技術(shù)支持)走近蛋白組學之蛋白組學常見問題答疑解惑。天津swath蛋白組學
蛋白組學研究案例：2022年1月，歐易/鹿明生物合作客戶北京中醫(yī)藥大學教育部中醫(yī)養(yǎng)生學重點實驗室劉銅華教授課題組在Frontiers in Nutrition期刊發(fā)表了題為 “Mechanisms for Improving Hepatic Glucolipid Metabolism by Cinnamic Acid and Cinnamic Aldehyde: An Insight Provided by Multi-Omics ”的研究成果，通過轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學研究方法，發(fā)現(xiàn)了肉桂酸（AC）和肉桂醛（AL）在改善葡萄糖脂代謝中的特征，探究了其代謝作用機理。為預防和***代謝紊亂等疾病提供了理論依據(jù)。遼寧蛋白組學高通量修飾蛋白質(zhì)組試-蛋白質(zhì)組學 解決方案。
作者通過泛素化蛋白組學分析鑒定了茶樹作根中的泛素化蛋白質(zhì)。中文標題：氮調(diào)節(jié)茶樹根中茶氨酸和黃酮類化合物的生物合成：多組學分析揭示的蛋白質(zhì)水平調(diào)節(jié)研究對象：茶樹根發(fā)表期刊：JournalofAgriculturalandFoodChemistry影響因子：5.279發(fā)表時間：2021年9月1日發(fā)表單位：安徽農(nóng)業(yè)大學運用生物技術(shù)：TMT蛋白質(zhì)組學、泛素化蛋白質(zhì)組學(其中部分數(shù)據(jù)分析由鹿明生物提供技術(shù)支持)。本文分析了氮缺乏下茶樹根部的茶氨酸和黃酮類代謝，通過蛋白質(zhì)組和泛素化蛋白質(zhì)組結(jié)合轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)探索了調(diào)節(jié)機制。本文的多組學數(shù)據(jù)整合分析思路值得借鑒。
為了更好地了解DON對C2C12細胞分化的影響，作者進行了轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學的整合分析。共鑒定了149個共同的***差異基因（co-DEG），其中91%被共下調(diào)（圖3A）。15%的co-DEG屬于真核細胞骨架，其中大部分屬于肌動蛋白絲，少數(shù)是中間絲和微管的成分。對co-DEG進行GO分析，生物學過程富集了“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“快肌纖維收縮的正向調(diào)節(jié)”條目。細胞組分中富集的**個條目是“纖維蛋白原復合物”、“細胞外空間”、“細胞外基質(zhì)”、“細胞外區(qū)域”和“蛋白質(zhì)細胞外基質(zhì)”，這些都是細胞外成分（圖3B）。結(jié)果表明，DON主要影響肌肉成分的組成和功能以及多種細胞外成分的表達。通路富集分析富集到了“ECM-受體相互作用”、“蛋白質(zhì)消化和吸收”、“人**瘤病毒***”和“粘著斑”等通路。質(zhì)譜技術(shù),生物信息學方法,提供蛋白質(zhì)組學 。
iTRAQ標記定量蛋白組學研究方法：2021年4月，南京林業(yè)大學喻方圓教授（一作：吳岐奎）課題組在JournaloftheScienceofFoodandAgriculture期刊發(fā)表了題為“ProteomicanalysisofmetabolicmechanismsassociatedwithfattyacidbiosynthesisduringStyraxtonkinensiskerneldevelopment”的研究成果，通過轉(zhuǎn)錄組學+iTRAQ標記定量蛋白組學研究方法，分析東京野茉莉種子發(fā)育過程中脂肪酸生物合成相關(guān)基因的表達趨勢，確定油脂積累的主要影響因子并構(gòu)建其調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。為野茉莉?qū)僦参锓N子油用研究和后續(xù)功能分析研究提供了一定的研究基礎(chǔ)。蛋白驗證新技術(shù)-PRM,平行反應監(jiān)視蛋白組學。上海國內(nèi)蛋白組學公司排名
靶向蛋白質(zhì)組學，信號通路蛋白靶點高通量分析。天津swath蛋白組學
作者運用iTRAQ標記定量蛋白組學對種子發(fā)育過程中蛋白質(zhì)表達的定量比較，同時進行GO和KEGG通路富集分析。結(jié)果表明所有鑒定的蛋白被分為29類，主要涉及翻譯和碳水化合物代謝。并且作者繪制了p值小于0.01的前20條KEGG通路的氣泡圖。在三對比較中，普遍富集的途徑包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代謝。其中，參與α-亞麻酸代謝的DAPs在S3 vs. S1組和S4 vs. S1組中都非常活躍。為了評估轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組之間的一致性，以及了解轉(zhuǎn)錄后的mRNA在蛋白質(zhì)水平上是如何表現(xiàn)的，作者進行了RNA-seq和iTRAQ分析的聯(lián)合分析。證明DEGs和DAPs參與類黃酮的生物合成和脂肪酸代謝。天津swath蛋白組學
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