蛋白組學(xué)研究實(shí)用案例：東南大學(xué)醫(yī)學(xué)院院長劉必成教授領(lǐng)導(dǎo)的腎臟病研究所在Science advances期刊發(fā)表了題為“Extracellular vesicle–encapsulated IL-10 as novel nanotherapeutics against ischemic AKI"的研究成果，通過蛋白組學(xué)+多層組學(xué)研究方法，建立IL-10細(xì)胞囊泡高表達(dá)模型的構(gòu)建，提出并驗(yàn)證了IL-10細(xì)胞外囊泡的靶向缺血性腎損傷的假說，探究了IL-10細(xì)胞外囊泡作為新型納米藥物的機(jī)理。中文標(biāo)題：細(xì)胞外囊泡包裹的IL-10作為抗缺血性急性腎損傷的新型納米療法研究方向：新藥研發(fā)及其機(jī)制研究發(fā)表期刊：Scienceadvances影響因子：14.136發(fā)表單位：中國南京東南大學(xué)附屬中大醫(yī)院腎內(nèi)科運(yùn)用生物技術(shù)：LC-MS/MS蛋白組學(xué)（由鹿明生物提供技術(shù)支持）質(zhì)譜技術(shù),生物信息學(xué)方法,提供蛋白質(zhì)組學(xué) 。內(nèi)蒙古線粒體蛋白組學(xué)
作者運(yùn)用iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)對種子發(fā)育過程中蛋白質(zhì)表達(dá)的定量比較，同時進(jìn)行GO和KEGG通路富集分析。結(jié)果表明所有鑒定的蛋白被分為29類，主要涉及翻譯和碳水化合物代謝。并且作者繪制了p值小于0.01的前20條KEGG通路的氣泡圖。在三對比較中，普遍富集的途徑包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代謝。其中，參與α-亞麻酸代謝的DAPs在S3 vs. S1組和S4 vs. S1組中都非常活躍。為了評估轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組之間的一致性，以及了解轉(zhuǎn)錄后的mRNA在蛋白質(zhì)水平上是如何表現(xiàn)的，作者進(jìn)行了RNA-seq和iTRAQ分析的聯(lián)合分析。證明DEGs和DAPs參與類黃酮的生物合成和脂肪酸代謝。江蘇差異蛋白組學(xué)與基因相結(jié)合一站式服務(wù),研究不同生物體在不同時刻/狀態(tài)下蛋白質(zhì)表達(dá)的變化。
作者進(jìn)行了綜合分析，將蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)中的***生物標(biāo)志物合并到通路分析中，并確定了半乳糖代謝、戊糖和葡萄糖醛酸鹽相互轉(zhuǎn)化、檸檬酸鹽循環(huán)和**酸代謝這幾種途徑。然后結(jié)合蛋白質(zhì)和代謝標(biāo)志物來預(yù)測DKD狀態(tài)。五種機(jī)器學(xué)習(xí)模型表明，組合模型提高了DKD預(yù)測的準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性。圖中展示了RF的結(jié)果。總的來說，組合多組學(xué)標(biāo)志物模型是一種強(qiáng)有力的提高DKD診斷的方法。1.蛋白組學(xué)結(jié)果表明，α2-巨球蛋白、組織蛋白酶D和CD324可作為檢測DKD進(jìn)展的潛在生物標(biāo)志物。2.代謝組學(xué)結(jié)果表明，半乳糖代謝和甘油脂代謝是DKD的主要代謝途徑，此外甘油-3-半乳糖苷可作為預(yù)測DKD的**標(biāo)志物。3.蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)的組合可以提高預(yù)測和診斷DKD的準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性。血清綜合組學(xué)的生物標(biāo)志物可用于DKD的預(yù)警和診斷。該研究為優(yōu)化DKD的管理提供了數(shù)據(jù)資源。
本文為中國科學(xué)院海岸帶研究所趙建民課題組在ScienceoftheTotalEnvironment期刊發(fā)表了的文章，通過iTRAQ標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究弧菌***加劇了海洋酸化造成的牡蠣免疫抑制效應(yīng)。海洋酸化可能增加海洋軟體動物疾病加劇的風(fēng)險。從而將產(chǎn)生重大的經(jīng)濟(jì)和生態(tài)影響，因此本研究結(jié)果具有重要的指導(dǎo)意義。在本研究中，研究者將太平洋牡蠣暴露于酸化海水（約2000ppm）中28天，然后用金氏弧菌進(jìn)行***處理，以此研究海洋酸化是否會影響牡蠣對病原菌***的免疫反應(yīng)。此外，利用基于iTRAQ的定量蛋白質(zhì)組學(xué)方法，對牡蠣鰓這一潛在的造血部位進(jìn)行了研究，以分析對OA和金氏弧菌共同作用較敏感的生理過程。蛋白質(zhì)組學(xué),蛋白質(zhì)組分析,專業(yè)的多組學(xué)聯(lián)合分析。
蛋白組學(xué)技術(shù)可以提供細(xì)胞狀態(tài)和調(diào)控的功能信息，本研究建立了單細(xì)胞蛋白組學(xué)方法，實(shí)現(xiàn)了高靈敏度的蛋白組學(xué)檢測。該技術(shù)有助于揭示疾病的發(fā)病機(jī)制，探討預(yù)后和風(fēng)險相關(guān)的不同腎臟疾病亞型中的蛋白組學(xué)異質(zhì)性和獨(dú)特的蛋白標(biāo)志物，為藥物靶點(diǎn)***提供希望。大規(guī)模單細(xì)胞分析對于捕獲復(fù)雜細(xì)胞系統(tǒng)中的生物異質(zhì)性至關(guān)重要，但*基于RNA技術(shù)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)并不能很好地**蛋白質(zhì)水平上的變化。而單細(xì)胞蛋白組學(xué)技術(shù)能夠從蛋白質(zhì)水平上破譯細(xì)胞機(jī)制并且獲得更多的信息。單細(xì)胞蛋白組學(xué)之質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)。福建蛋白組學(xué)火山圖
蛋白質(zhì)組學(xué)基本策略 研究基礎(chǔ) 研究內(nèi)容 研究意義背景。內(nèi)蒙古線粒體蛋白組學(xué)
綜上所述，本研究應(yīng)用RNA-seq轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)合iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)，探討油茶種子不同成熟期儲量積累的動態(tài)變化。此外，作者還探討了黃酮類化合物和脂肪酸的生物合成和代謝可能的調(diào)控機(jī)制。許多功能轉(zhuǎn)錄本(16530)和蛋白質(zhì)物種(1228)的模式發(fā)生了***變化，其中317個DAPs被轉(zhuǎn)錄組結(jié)果覆蓋。結(jié)合結(jié)構(gòu)基因(蛋白)或轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)譜及相應(yīng)化合物的含量，對重要代謝產(chǎn)物的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行了探討。結(jié)果表明，黃酮類化合物的合成能力在種子成熟過程中逐漸減弱，而脂肪酸的合成能力則先升高后下降。內(nèi)蒙古線粒體蛋白組學(xué)
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