2021 年 1 月，山東大學(xué)齊魯醫(yī)院泌尿外科李巖老師發(fā)表了小鼠膀胱尿路上皮細(xì)胞圖譜和上皮亞群分化特征的相關(guān)成果，文章的 10x Genomics 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒?yàn)和分析工作由歐易生物提供。該研究對小鼠的膀胱上皮進(jìn)行了高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序，繪制了小鼠膀胱...

h5Seurat 文件格式是專門為存儲和分析多模態(tài)單細(xì)胞和空間表達(dá)數(shù)據(jù)而設(shè)計(jì)的，比如 CITE-seq 或 10X Visium 技術(shù)。它能夠保存所有分子信息和相關(guān)描述的數(shù)據(jù)，包括降維信息、空間坐標(biāo)以及細(xì)胞群標(biāo)簽等。HDF 是用于存儲和分發(fā)科學(xué)數(shù)據(jù)的一種自我...

單細(xì)胞RNA-seq能夠**地提供每個(gè)細(xì)胞的RNA表達(dá)譜，并鑒定異質(zhì)細(xì)胞群中的稀有細(xì)胞。盡管**異質(zhì)性可歸因于累積突變，但即使是遺傳上相同的細(xì)胞在相同環(huán)境下也可能表現(xiàn)出基因和蛋白表達(dá)水平的差異，從而導(dǎo)致耐藥性的產(chǎn)生。單細(xì)胞RNA-seq就能夠發(fā)現(xiàn)這些稀有個(gè)體。...

綜上所述，本研究應(yīng)用RNA-seq轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)合iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)，探討油茶種子不同成熟期儲量積累的動(dòng)態(tài)變化。此外，作者還探討了黃酮類化合物和脂肪酸的生物合成和代謝可能的調(diào)控機(jī)制。許多功能轉(zhuǎn)錄本(16530)和蛋白質(zhì)物種(1228)的模式發(fā)生了***變化...

通過蛋白質(zhì)組學(xué)+轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法，發(fā)現(xiàn)大黃素引發(fā)外泌體通過抑制代謝通路來減少肺泡巨噬細(xì)胞的活化和改善肺部炎癥的特征，探究了外泌體在參與炎癥相關(guān)***損傷中的重要作用，為大黃素可以通過減少胰腺外泌體介導(dǎo)的肺泡巨噬細(xì)胞活化來減輕嚴(yán)重急性胰腺炎相關(guān)的急性肺損傷提供依...

LC-MS+GC-MS雙平臺代謝組學(xué)研究案例，中文標(biāo)題：使用無偏差代謝組學(xué)方法鑒定短期暴露于顆粒物和微生物氣溶膠中的青年人尿液生物標(biāo)志物研究對象：年輕健康志愿者發(fā)表期刊：EnvironmentalPollution影響因子：8.071發(fā)表時(shí)間：2022年4月1...

糞便LC-MS代謝組學(xué)研究方法，2022年，復(fù)旦大學(xué)上海市第五人民醫(yī)院創(chuàng)傷急危重癥醫(yī)學(xué)科唐建國教授課題組在FrontiersinCellularandInfectionMicrobiology期刊發(fā)表的題為“DiallylDisulfide(DADS)Amel...

文章使用TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)的方法，分析鑒定了差異表達(dá)的蛋白質(zhì)，對下調(diào)的蛋白質(zhì)進(jìn)行基因本體論(GO)分析，顯示下調(diào)參與線粒體電子傳遞鏈（ETC）的途徑富集，證明了TM處理特別影響了具有較高細(xì)胞內(nèi)銅水平的SOX2/OCT4+細(xì)胞中的線粒體ETC途徑。確定TM...

隨著美國臨床蛋白質(zhì)組**分析項(xiàng)目（CPTAC）和中國人類蛋白質(zhì)組計(jì)劃(CNHPP)等大型蛋白質(zhì)組學(xué)研究計(jì)劃的推進(jìn)，發(fā)表了一系列**的大規(guī)模人群多組學(xué)分析文章[2,3]。這些高分文章通過基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)、微生物組學(xué)等技術(shù)...

非靶向代謝組學(xué)研究：通過在三個(gè)成熟階段收獲兩個(gè)東方甜瓜品種的果實(shí)作者使用非靶代謝組學(xué)聯(lián)合轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)現(xiàn)可溶性糖和有機(jī)酸在轉(zhuǎn)錄組水平和代謝組水平的差異現(xiàn)象。這項(xiàng)研究運(yùn)用多組學(xué)技術(shù)聯(lián)合揭示了兩個(gè)品種成熟過程中關(guān)鍵的代謝和轉(zhuǎn)錄特征。在本研究中，通過代謝和轉(zhuǎn)錄組分析的綜...

轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析作者通過轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)分析暴露于DON的C2C12細(xì)胞的差異基因（DEG）。轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定了2387個(gè)DEG，其中72%被下調(diào)。蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定出402個(gè)DEG，其中74%被下調(diào)。GO和KEGG通路富集分析表明，轉(zhuǎn)錄組學(xué)DEGs參與了...

GC-MS非靶向代謝組學(xué)yan'j2021年11月，上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬新華醫(yī)院馮麗萍教授課題組在Science of the Total Environment期刊發(fā)表了題為“Transcriptomics integrated with metabo...

為了確定TMT AD蛋白網(wǎng)絡(luò)模塊是否也存在于其他的隊(duì)列和大腦區(qū)域，使用 TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)多個(gè)隊(duì)列的所有組織，為每個(gè)隊(duì)列生成蛋白質(zhì)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，并評估了 AD 網(wǎng)絡(luò)模塊是否保留在每個(gè)隊(duì)列和大腦區(qū)域中。發(fā)現(xiàn)幾乎所有的 TMT AD 網(wǎng)絡(luò)模塊都保留在隊(duì)列和大腦...

GC-MS代謝組學(xué)結(jié)果：通過GC-MS代謝組學(xué)觀察到 92種化合物，其中，49種與數(shù)據(jù)庫中可用的化合物相匹配，包括重要的發(fā)酵代謝物，如葡萄糖、**酸、琥珀酸和幾種 (n=10) 初級氨基酸。NMR也觀察到了七種已鑒定的化合物。通過 GC-MS 測量，表面（15...

采用TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)對三個(gè)脫水特殊階段（21、27和40DAP）的新鮮蓮種胎進(jìn)行了蛋白質(zhì)組學(xué)分析，共鑒定了5,477個(gè)蛋白質(zhì)。對測試樣本進(jìn)行了PCA分析，結(jié)果顯示，不同組間樣品具有很好的區(qū)分，每組的三個(gè)重復(fù)樣本被聚集在一起。PCA的前兩個(gè)成分占總方...

本研究應(yīng)用空間代謝組學(xué)能夠客觀地識別食管腺*。EA組磷脂富含長鏈、多不飽和的PGs。并且，遺傳學(xué)研究表明，這一機(jī)制與脂肪酸從頭合成有關(guān)。這些結(jié)果表明，空間代謝組學(xué)可以區(qū)分惡性食管中的組織類型。在臨床應(yīng)用包括客觀診斷和術(shù)中切緣評估具有潛在價(jià)值。在獲得AFAD...

本研究通過酵母雙雜交篩選，鑒定到 CRY1 可以與 SWR1 復(fù)合物關(guān)鍵亞基 SWC6、ARP6 結(jié)合，共同以藍(lán)光依賴模式調(diào)控 H2A.Z 在染色質(zhì)的沉積。藍(lán)光***的 CRY1 可以增強(qiáng) SWC6 與 ARP6 的相互作用。此外，HY5 也可以與 SWC6、...

蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析鑒定出了幾種參與肝葡萄糖脂代謝的蛋白質(zhì)（ACC、FASN、SCD1、CPT1A、GLUT2、GK、GS、G6Pase、PEPCK）。此外，AC顯示出抑制脂肪生成酶（ACC，F(xiàn)ASN和SCD1）表達(dá)的趨勢，同時(shí)***上調(diào)了GLUT2。與對照組相比...

蛋白質(zhì)組學(xué)(由鹿明生物提供技術(shù)支持)；2021年8月，中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究所趙春華和韓欽課題組在Aging and disease期刊發(fā)表了題為“MSC-derived Exosomes can Enhance the Angiogenesis of H...

雙平臺代謝組學(xué)研究，2022年02月，中國中醫(yī)科學(xué)院廣安門醫(yī)院李敏教授課題組在Biomedicine & Pharmacotherapy發(fā)表的題為 “Yiqi Tongluo Fang could preventive and delayed developm...

糞便代謝組分析，中文標(biāo)題：二烯丙基二硫化物(DADS)通過調(diào)節(jié)腸道微生物群和代謝物來保護(hù)小鼠腸道及改善白色念珠菌***研究對象：小鼠糞便發(fā)表期刊：FrontiersinCellularandInfectionMicrobiology影響因子：5.293發(fā)表時(shí)間...

研究表明，MYC對磷脂酰肌醇（PI）代謝具有組織特異性。作者通過空間代謝組學(xué)檢測到RCC和T-ALL中，MYC可逆地降低了PI；但在LC和HCC中，MYC反而增加了這些物質(zhì)（圖 7）?？赡苁怯捎诜伪砻娓缓琍G和PI，MYC才會(huì)增加了LC中的PI含量。作者推斷，...

作者通過泛素化蛋白組學(xué)分析鑒定了茶樹作根中的泛素化蛋白質(zhì)。中文標(biāo)題：氮調(diào)節(jié)茶樹根中茶氨酸和黃酮類化合物的生物合成：多組學(xué)分析揭示的蛋白質(zhì)水平調(diào)節(jié)研究對象：茶樹根發(fā)表期刊：JournalofAgriculturalandFoodChemistry影響因子：5.2...

高通量代謝組學(xué)研究,中文標(biāo)題：高通量代謝組學(xué)方法發(fā)現(xiàn)***羊藿提取物對骨質(zhì)疏松癥影響的代謝生物標(biāo)志物及途徑發(fā)表期刊：Frontiersinpharmacology影響因子：5.810發(fā)表時(shí)間：2020年8月發(fā)表單位：南昌大學(xué)***附屬醫(yī)院運(yùn)用組學(xué)技術(shù)：超高效液...

蛋白質(zhì)是生命功能的直接體現(xiàn)者，近幾年來，蛋白質(zhì)組研究越來越多的體現(xiàn)在多種疾病機(jī)理的闡明，為科研問題攻克提供理論根據(jù)和解決途徑。通過蛋白質(zhì)組比較分析，找到特異性的蛋白，成為新藥物設(shè)計(jì)的分子靶點(diǎn)，為疾病的早期診斷提供分子標(biāo)志。然而生物體內(nèi)的蛋白組學(xué)是一個(gè)非常復(fù)雜的...

GC-MS非靶向代謝組：隨著納米材料的產(chǎn)業(yè)化,各種形式的納米材料將以不同途徑進(jìn)入人們的生活,納米材料的生物安全性問題正受到世界各國科學(xué)家的***關(guān)注，本篇為2020年2月，南京大學(xué)環(huán)境學(xué)院課題組在Environmental Science & Technolo...

空間代謝組學(xué)：質(zhì)譜成像方法提供了一種直接獲取代謝網(wǎng)絡(luò)信息的途徑，以系統(tǒng)地深入了解大腦的代謝活動(dòng)?；贙EGG數(shù)據(jù)庫的Metaboanalyst軟件進(jìn)行代謝網(wǎng)絡(luò)分析。共找到20條KEGG代謝通路，包含126個(gè)具有微區(qū)信息的代謝物，圖2顯示了涉及丙氨酸-天冬氨酸和...

代謝組學(xué)研究：濃香白酒占中國白酒總產(chǎn)量的70%以上。自1960年代以來，在中國白酒釀造行業(yè)中，人工窖泥被***用于建造發(fā)酵窖以生產(chǎn)高質(zhì)量的濃香白酒。為了深入了解人工窖泥原核生物分類和功能動(dòng)力學(xué)機(jī)制，以及這種變化與生產(chǎn)高質(zhì)量濃香白酒之間的聯(lián)系，本文對該釀造微生態(tài)...

使用TMT標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)分析，與GFP-群體相比，在GFP+細(xì)胞中TM處理后，線粒體復(fù)合物IV的多個(gè)亞基被特異性下調(diào)，對下調(diào)的蛋白質(zhì)進(jìn)行基因本體 (GO)分析，顯示參與線粒體電子傳遞鏈 (ETC) 的通路富集。同時(shí)作者還分析了從人 LM2 細(xì)胞系中分選的 ...

iTRAQ標(biāo)記蛋白組學(xué)研究方法：2021年12月歐易/鹿明生物合作客戶甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)孫萬倉教授課題組在Scientific Reports期刊發(fā)表的題為 “iTRAQ-Based Quantitative Proteome Analysis Insights i...