單細胞轉錄組測序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq) 是在單個細胞水平對mRNA 進行高通量測序的一項新技術，其原理是將多細胞生物分離的單個細胞中微量的轉錄組mRNA 通過高效擴增后再進行高通量測序。單細胞轉錄組測序能...

歐易生物單細胞測序近期高分文章不斷，在接下來的幾篇單細胞文獻解讀軟文里，我們將為大家持續(xù)送上近期合作發(fā)表的單細胞文獻解讀。，5月5日由山東第一醫(yī)科大學附屬青島眼科醫(yī)院周慶軍和史偉云教授團隊在Ocular Surface (IF 12.336) 期刊發(fā)表的關于眼...

2021年3月30日，暨南大學生物醫(yī)學轉化研究院舉行了“單細胞聯(lián)合實驗室”的簽約儀式。簽約儀式由暨南大學生物醫(yī)學轉化研究院院長尹芝南教授主持，生物醫(yī)學轉化研究院郝健磊副研究員、上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司營銷副總經理董棟先生和單細胞事業(yè)部總經理張志明先生等人出...

單細胞轉錄組分析的另一應用領域是發(fā)現(xiàn)亞細胞成分的基因表達譜，例如對在神經元的軸突或樹突部分特異表達的基因的轉錄組的分析，這些基因往往對細胞的生物學功能發(fā)揮著重要作用。但是，鑒于目前的技術手段，單細胞轉錄組測序仍然存在覆蓋率低的弊端，導致除mRNA以 外的長非編...

2021年12月，南京農業(yè)大學動物醫(yī)學學院楊倩教授及生命科學學院林建副教授，于Cell＆Bioscience(IF:7.133) 在線發(fā)表了IBDV ***雞法氏囊的單細胞測序的***研究成果。研究工作內容的主要承擔者為Abid Ullah Shah博士。歐易...

單細胞技術就是以單個細胞為單位，研究單個細胞的基因組或轉錄組，提供細胞間變異的高分辨視圖。探索復雜組織中單個細胞的不同生物學特性，了解細胞亞群對環(huán)境因素的反應，有助于研究細胞功能，細胞分化，增殖和**發(fā)生的機制。正式由于其在生命科學研究中的發(fā)揮了重要作用，目...

歐易生物單細胞測序近期高分文章不斷，在接下來的幾篇單細胞文獻解讀軟文里，我們將為大家持續(xù)送上近期合作發(fā)表的單細胞文獻解讀。，5月5日由山東第一醫(yī)科大學附屬青島眼科醫(yī)院周慶軍和史偉云教授團隊在Ocular Surface (IF 12.336) 期刊發(fā)表的關于眼...

歐易生物單細胞測序近期高分文章不斷，在接下來的幾篇單細胞文獻解讀軟文里，我們將為大家持續(xù)送上近期合作發(fā)表的單細胞文獻解讀。本篇文章為大家解讀今年5月由上海交通大學附屬上海市第一人民醫(yī)院劉堃團隊在Diabetes(IF9.461)期刊發(fā)表的關于2型糖尿病小鼠...

inferCNV 是一款 R 包，用來探索**單細胞轉錄組數據中體細胞大規(guī)模染色體拷貝數變異，例如整個染色體或大片段染色體的擴增（gain）或缺失（loss）。通過與一組參考的“正常”細胞比較，探索**基因組不同位置的基因表達強度來實現(xiàn)。通過熱圖顯示每條染色...

單細胞懸液制備難于標準化。 基于酶學的樣本處理方法，大都會存在一定程度的解離偏好性，即不同的酶處理不同的組織往往會有不太一樣的「效果」，而這種效果不僅*反應在細胞得率，細胞活性和細胞碎片等參數上，往往也會在**終細胞類型有所反映，比如可能會導致部分稀...

10x Genomics 公司提供的 Visium 空間基因表達解決方案是目前***一個高通量空間轉錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案巧妙的將單細胞測序技術原理和組織切片染色結合在一起，從而研究空間分辨率下整個轉錄組 mRNA 的表達情況，同時在同一組織切片中獲...

10x Genomics空間轉錄組用于文庫構建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm，并且每個點都有一...

早期空間轉錄組學的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強子捕獲篩選，開發(fā)于二十世紀八十年代，當時 DNA 測序通量正在增加，動物基因組是新開放的前沿領域。果蠅和小鼠的篩選是在八十年代后期進行的，目的是觀察未靶向且通常未知的基因表達情況。隨著通量的增加，增強子和基因捕獲...

空間轉錄組數據分析的重要是根據每個芯片上每個spot的基因表達信息進行聚類，然后將spot根據坐標位置序列放回到組織的圖像上，同時可以對每個gene在組織上表達的空間位置進行定位。獲得測序數據后，首先利用Space Ranger 軟件可以自動化的對圖像進行處理...

空間轉錄組的一般流程2。這使得在后續(xù)步驟中覆蓋細胞組織圖像和基因表達數據成為可能。用我們的滲透試劑對組織進行滲透，這意味著在細胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過這些通道離開細胞，并與芯片上相鄰的捕獲探針結合。因此，基因表達信息被捕獲在芯片上。需要通過以下步驟將...

高通量空間轉錄組學數據的處理和分析需要新穎的方法和工具支撐，尤其是在預處理、scRNA-seq 數據的空間重構、基于微陣列數據的細胞類型去卷積、空間高變基因的識別、細胞間相互作用的推導等。scRNA-seq 技術的進步啟發(fā)了利用高分辨率轉錄組定量分析與空間轉錄...

和單細胞轉錄組一樣，空間轉錄組也可以進行細胞間通訊分析，區(qū)別在于空間位置信息可以同時用于識別潛在的細胞間相互作用。通常通過了解配體受體（LR）對并測試 LR 對是否更有可能在鄰近細胞或 spot 中表達來完成。還有很多其他類型的分析可用于空間轉錄組學數據，包括...

空間轉錄組研究的的必要性。研究單細胞我們想要探究細胞間的異質性，但是常規(guī)的單細胞是將細胞解離成單細胞懸液，然后利用單細胞分離技術（微孔，微板，液滴）等方法實現(xiàn)單細胞建庫，這里比較大的問題是是細胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中有很重要。...

空間轉錄組技術原理是什么？當組織冷凍切片附在空間轉錄組載片上時，條形碼引物結合并從組織中捕獲鄰近的mRNA。被捕獲的mRNA開始逆轉錄，得到的cDNA中包含了空間條形碼。分析Illumina測序結果中空間條形碼的序列，可以將每個mRNA轉錄的序列映射回組織切片...

空間轉錄組（Spatial Transcriptomics）就是將基因的表達情況與關注的組織切片的免疫化學染色圖像進行整合，從而將組織內不同細胞的基因表達信息定位到組織的原始空間位置上去，進而直接觀測組織中不同部位功能區(qū)基因表達的差異。空間轉錄組技術利用了常規(guī)...

空間轉錄組技術作為當今前沿的科研技術，相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中，快速發(fā)表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。由上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司（以下簡稱“歐易生物”）主辦的“空...

空間轉錄組數據分析的是根據每個芯片上每個 spot 的基因表達信息進行聚類，然后將 spot 根據坐標位置序列放回到組織的圖像上，同時可以對每個 gene 在組織上表達的空間位置進行定位。獲得測序數據后，首先利用 Space Ranger 軟件可以自動化的對...

一些實現(xiàn)空間轉錄組學的重要技術，**早可以追溯到二十世紀七十年代，長期以來，各種形式的原位雜交技術（ISH）已用于可視化空間中的基因表達。從技術原理中不難看出，空間轉錄組技術**為特殊的載玻片。ISS 方法通常通過基于連接（SBL）或者基于合成（SBS） 的原...

**近，空間轉錄組學研究炙手可熱。細胞及其在組織樣本中的相對位置之間的關系對于理解疾病病理可能至關重要。空間轉錄組學是一項開創(chuàng)性的技術，它使科學家能夠測量組織樣本中的所有基因活性，并繪制出發(fā)生該活性的位置的圖。該技術已經導致了新發(fā)現(xiàn)，這些新發(fā)現(xiàn)將有助于幫助科...

空間轉錄組的一般流程。將準備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉錄組芯片上。每個細胞中的RNA分子都包含著基因表達的信息。組織切片成像，以檢索組織學信息。這樣就可以看到一個細胞或一組細胞在組織中的位置。空間轉錄組芯片上含有上千個捕獲的spot，這些捕獲探針的 Po...

1. 10x Genomics空間轉錄組用于文庫構建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm，并且每個點...

空間轉錄組（Spatial Transcriptomics）就是將基因的表達情況與關注的組織切片的免疫化學染色圖像進行整合，從而將組織內不同細胞的基因表達信息定位到組織的原始空間位置上去，進而直接觀測組織中不同部位功能區(qū)基因表達的差異?？臻g轉錄組技術利用了常規(guī)...

10xVisium空間轉錄組技術原理為將新鮮冷凍的組織切片，置于文庫制備載玻片上，經過固定、染色和透化后，釋放出mRNA，mRNA與空間條形碼捕獲探針相結合，從而捕獲基因表達信息。然后將捕獲的mRNA合成cDNA并制備測序文庫進行測序，并對數據進行可視化分析。...

10x Genomics 公司提供的 Visium 空間基因表達解決方案是目前***一個高通量空間轉錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案巧妙的將單細胞測序技術原理和組織切片染色結合在一起，從而研究空間分辨率下整個轉錄組 mRNA 的表達情況，同時在同一組織切片中獲...

什么是空間轉錄組？空間轉錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數據的技術，從而解析單個組織切片中的所有mRNA。空間條形碼逆轉錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細胞...