什么是空間轉(zhuǎn)錄組？空間轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù)，從而解析單個組織切片中的所有mRNA?？臻g條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細胞RNA測序或組織樣本RNA測序，均無法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置的轉(zhuǎn)錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。吉林歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量
有哪些技術(shù)手段可以進行空間轉(zhuǎn)錄組研究？已發(fā)表的關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細胞數(shù)量上限制較大，或是存在有效測序深度不足等問題。10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前較好的一個高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)應用到組織切片和染色的標準方法中，從而研究空間分辨率下整個轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達情況，同時在同一組織切片中獲得組織學相關(guān)信息。四川空間轉(zhuǎn)錄組做什么空間轉(zhuǎn)錄組相關(guān)的顯微解剖技術(shù)通常分為兩類：機械和光學。
空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)包含兩種芯片，分別為組織優(yōu)化芯片（Tissue Optimization）和基因表達芯片（Library Preparation）。組織優(yōu)化芯片用來摸索組織透化的比較好時間，基因表達芯片用來進行正式樣本的空間轉(zhuǎn)錄組實驗。其中基因表達芯片上有 4 個捕獲區(qū)域，每個區(qū)域大小為 6.5mm×6.5mm，每個捕獲區(qū)域中有 5000 個帶有特異地址序列的探針簇，稱為 barcoded spots，每個 spot 直徑為 55um，包含數(shù)百萬個用于捕獲的 oligo 探針序列，相鄰兩個 spot 的中心距離為 100um。探針序列的結(jié)構(gòu)為：測序引物結(jié)合序列，16nt 的位置序列，12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。
Visium空間轉(zhuǎn)錄組能夠做何種組織類型以及推薦切片厚度是什么？10X Genomics測試過很多組織類型，絕大多數(shù)都可以用于空間轉(zhuǎn)錄組的分析。下圖是他們官網(wǎng)上測試過的組織類型的列表，測試過的組織都可以運用在空間轉(zhuǎn)錄組的分析上面。但建議用戶用基因表達玻片做正式實驗前，務必用組織優(yōu)化的玻片測試一下，看組織能否用于空間轉(zhuǎn)錄組的實驗，同時也找到比較好的組織通透時間。切片厚度基本上以10μm為主，但也有少量組織例外。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來獲取，?如空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)。
歐易生物自引進10x Visium空間轉(zhuǎn)錄組以來已經(jīng)完成了上百例樣本測序，在樣本包埋、切片、實驗和數(shù)據(jù)分析上積累了大量寶貴的經(jīng)驗。本次培訓班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉(zhuǎn)錄組的研究熱點和方案設計，分享歐易生物在樣本處理、實驗和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗，助力各位科研工作者取得新的突破。招生對象：A、對空間轉(zhuǎn)錄組感興趣，期望了解空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)，或近期準備開展空間轉(zhuǎn)錄組測序項目B、項目已經(jīng)開展，需要深入挖掘數(shù)據(jù)的科研工作者。盡管前傳時代的空間技術(shù)被迅速棄用，但其思想和方法是當今時代空間轉(zhuǎn)錄組學發(fā)展的基礎。上?？臻g轉(zhuǎn)錄組有什么用
空間轉(zhuǎn)錄組這對于發(fā)育生物學等眾多領(lǐng)域的研究都具有重要的意義。吉林歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量
空間重構(gòu)的計算策略：這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達模式或共表達的趨勢，從單個細胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局?；贚CM的方法：基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉(zhuǎn)錄組，盡管其通量很低，但是在可以標記成千上萬個單個細胞位置的多路復用條形碼策略可行之前，將少量細胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中，可能具有一定價值?；趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學：基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學在很大程度上增加了可檢測區(qū)域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉(zhuǎn)錄本積累等復雜背景中提取單個細胞?？臻g條形碼加高通量：費用較高且無法在單個細胞中獲得轉(zhuǎn)錄組。吉林歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量
上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司主營品牌有歐易生物，發(fā)展規(guī)模團隊不斷壯大，該公司服務型的公司。公司致力于為客戶提供安全、質(zhì)量有保證的良好產(chǎn)品及服務，是一家私營合伙企業(yè)企業(yè)。以滿足顧客要求為己任；以顧客永遠滿意為標準；以保持行業(yè)優(yōu)先為目標，提供***的科研服務，科研檢測，學術(shù)研究，技術(shù)咨詢。歐易生物將以真誠的服務、創(chuàng)新的理念、***的產(chǎn)品，為彼此贏得全新的未來！