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空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的重要是根據(jù)每個(gè)芯片上每個(gè)spot的基因表達(dá)信息進(jìn)行聚類,然后將spot根據(jù)坐標(biāo)位置序列放回到組織的圖像上,同時(shí)可以對(duì)每個(gè)gene在組織上表達(dá)的空間位置進(jìn)行定位。獲得測(cè)序數(shù)據(jù)后,首先利用Space Ranger 軟件可以自動(dòng)化的對(duì)圖像進(jìn)行處理、數(shù)據(jù)比對(duì)和Barcode處理。另外一個(gè)軟件Loupe Cell Browser是一個(gè)適用于Windows和MacOS的桌面應(yīng)用程序,它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium數(shù)據(jù)。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),致力通過質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破。結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù),作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達(dá)的空間注釋信息。青??臻g轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)
和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組一樣,空間轉(zhuǎn)錄組也可以進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析,區(qū)別在于空間位置信息可以同時(shí)用于識(shí)別潛在的細(xì)胞間相互作用。通常通過了解配體受體(LR)對(duì)并測(cè)試 LR 對(duì)是否更有可能在鄰近細(xì)胞或 spot 中表達(dá)來完成。還有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù),包括基因模式的識(shí)別,空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義, 基因間的相互作用推斷,轉(zhuǎn)錄本的亞細(xì)胞定位以及基于H&E圖像的基因表達(dá)估算等。1. 歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),致力通過質(zhì)量的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破。青??臻g轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)空間轉(zhuǎn)錄組可以進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析,區(qū)別在于空間位置信息可以同時(shí)用于識(shí)別潛在的細(xì)胞間相互作用。
10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫(kù)構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域,每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm,包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)(barcoded spots),每個(gè)點(diǎn)的直徑為55 μm,點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100 μm,并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA,遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列,然后進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個(gè)位置,從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),致力通過高效的服務(wù),助力各位科研工作者取得新的突破。
第二,數(shù)據(jù)庫(kù)的建立。盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長(zhǎng),但尚未有對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)庫(kù)來對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總集成。第三,研究物種及組織的多樣化。在當(dāng)前時(shí)代,除 LCM 之外,研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦,而其他***(例如肝臟)的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究相對(duì)滯后。對(duì)除人類和小鼠以外的其他生物以及除大腦以外的其他***的技術(shù)現(xiàn)代化,將為開發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)地圖集提供廣闊的前景。第四,集成度高、交互性強(qiáng)、易擴(kuò)展、文檔信息完善的開源工作流程的開發(fā)。該類工具的開發(fā)將簡(jiǎn)化不同類型空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的整合和分析??臻g轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測(cè)序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的如火如荼,伴隨著空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的蓬勃發(fā)展,可以看到,在現(xiàn)有的高通量檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域,這兩種技術(shù)已為科學(xué)研究的發(fā)展提供了前所未有的技術(shù)支撐。從2019年單細(xì)胞多組學(xué)被評(píng)為《Nature Methods》年度技術(shù)進(jìn)展,到2020年空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)也被評(píng)為年度技術(shù)進(jìn)展,相信在接下來的時(shí)間里,單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組將為生命科學(xué)的發(fā)展做出極其重要的貢獻(xiàn)。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的特點(diǎn)在于提供詳實(shí)的每個(gè)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄表達(dá)信息,但是缺失了來源組織的空間組成信息?,F(xiàn)有商用空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)的特點(diǎn)在于提供了完整的組織空間位置信息,但是每個(gè)捕獲spot的信息無法達(dá)到單細(xì)胞分辨率(10個(gè)左右細(xì)胞)。因此,這兩個(gè)技術(shù)的存在是天然互補(bǔ)的,而將兩者的結(jié)合也是水到渠成,完美結(jié)合。該類工具的開發(fā)將簡(jiǎn)化不同類型空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的整合和分析。陜西空間轉(zhuǎn)錄組是什么
空間轉(zhuǎn)錄組相關(guān)的顯微解剖技術(shù)通常分為兩類:機(jī)械和光學(xué)。青??臻g轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)
早期空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強(qiáng)子捕獲篩選,開發(fā)于二十世紀(jì)八十年代,當(dāng)時(shí) DNA 測(cè)序通量正在增加,動(dòng)物基因組是新開放的前沿領(lǐng)域。果蠅和小鼠的篩選是在八十年代后期進(jìn)行的,目的是觀察未靶向且通常未知的基因表達(dá)情況。隨著通量的增加,增強(qiáng)子和基因捕獲技術(shù)在九十年代成為空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的技術(shù),直到 WMISH 在九十年代后期興起。WMISH 技術(shù)的自動(dòng)化程度較高,避免了對(duì)轉(zhuǎn)基因品系的依賴,同時(shí)由于在二十一世紀(jì)初獲得物種的參考基因組信息變得越來越便利,探針設(shè)計(jì)因此也更為方便。青??臻g轉(zhuǎn)錄組報(bào)價(jià)
上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司擁有檢驗(yàn)檢測(cè)服務(wù)。(依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營(yíng)活動(dòng),具體經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn))一般項(xiàng)目:生物醫(yī)藥產(chǎn)品、生化產(chǎn)品的研發(fā),醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品(除危險(xiǎn)品化學(xué)品、監(jiān)控化學(xué)品、易制毒化學(xué)品)的研發(fā)、銷售,儀器儀表的銷售,并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù),會(huì)務(wù)服務(wù),企業(yè)管理咨詢。等多項(xiàng)業(yè)務(wù),主營(yíng)業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù),科研檢測(cè),學(xué)術(shù)研究,技術(shù)咨詢。公司目前擁有專業(yè)的技術(shù)員工,為員工提供廣闊的發(fā)展平臺(tái)與成長(zhǎng)空間,為客戶提供高質(zhì)的產(chǎn)品服務(wù),深受員工與客戶好評(píng)。上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司主營(yíng)業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù),科研檢測(cè),學(xué)術(shù)研究,技術(shù)咨詢,堅(jiān)持“質(zhì)量保證、良好服務(wù)、顧客滿意”的質(zhì)量方針,贏得廣大客戶的支持和信賴。公司憑著雄厚的技術(shù)力量、飽滿的工作態(tài)度、扎實(shí)的工作作風(fēng)、良好的職業(yè)道德,樹立了良好的科研服務(wù),科研檢測(cè),學(xué)術(shù)研究,技術(shù)咨詢形象,贏得了社會(huì)各界的信任和認(rèn)可。