空間轉錄組（Spatial Transcriptomics）就是將基因的表達情況與關注的組織切片的免疫化學染色圖像進行整合，從而將組織內不同細胞的基因表達信息定位到組織的原始空間位置上去，進而直接觀測組織中不同部位功能區(qū)基因表達的差異。空間轉錄組技術利用了常規(guī)的原位技術和組學技術兩方面的優(yōu)勢。目前已發(fā)表的關于空間轉錄組技術有主要有 Spatial Transcriptomics, Slide-seq, LCM-seq, seqFISH, MERFISH, Liver single cell zonation, Geo-seq 和 Tomo-seq, 涉及物種有人、小鼠、果蠅、秀麗隱桿線蟲、斑馬魚、擬南芥、楊樹和云杉等?？臻g轉錄組測序結果為未來人類心臟發(fā)育的研究提供重要的借鑒意義。歐易生物空間轉錄組使用
盡管前傳時代的空間技術被迅速棄用，但其思想和方法是當今時代空間轉錄組學發(fā)展的基礎。在過去的 5 年中，隨著眾多新技術的出現(xiàn)和 10x 公司 Visium 技術解決方案的商業(yè)化普及，該領域得到了快速的發(fā)展。一、實驗技術有待改進。我們可以做更多的事情來改善實驗技術。例如 組織切片技術的發(fā)展、 smFISH 和 ISS 技術的實驗技術優(yōu)化、高效率的計算工具實現(xiàn)真正的 3D 空間轉錄組或者空間時序轉錄組等。二，數(shù)據(jù)庫的建立。盡管當前空間轉錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長，但尚未有對應的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進行匯總集成。海南實力空間轉錄組10X Genomics 繼單細胞測序后也推出了空間轉錄組測序技術。
1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前可選的一個高通量空間轉錄組的商業(yè)化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉錄組學技術應用到組織切片和染色的標準方法中，從而研究空間分辨率下整個轉錄組mRNA的表達情況，同時在同一組織切片中獲得組織學相關信息?？臻g轉錄組是一項前沿技術，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作，例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計、病理區(qū)域的確認等一系列內容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導致整個項目失敗。
歐易生物高級技術支持陳老師首先給大家介紹了空間轉錄組學的發(fā)展歷程、測序流程及原理。緊接著，歐易生物技術支持姚老師針對目前空間轉錄組學發(fā)表的一系列高分文章進行了方案設計的解析。姜老師給大家詳細介紹了空間轉錄組項目樣本準備、切片、貼片等實驗過程及注意事項，并帶領大家到實驗室實地觀摩了整個實驗過程，并就其中細節(jié)進行了講解。董老師針對空間轉錄組10x Space Ranger的分析原理及結果進行了詳細解析，并介紹了使用Seurat包進行數(shù)據(jù)挖掘的標準分析流程。10x Genomics空間轉錄組技術可以應用于免疫、發(fā)育、神經和病理等研究方向。
空間轉錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術，與bulk RNA-seq或單細胞轉錄組測序相比，空間轉錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失，使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內部的空間位置信息。已發(fā)表的關于空間轉錄組技術有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細胞數(shù)量上限制較大，或是存在有效測序深度不足等問題。正是由于空間轉錄組可以從多維度解析生物學過程的特點，近年來關于空間轉錄組無論是在技術開發(fā)，還是大規(guī)模應用或商業(yè)化，都得到蓬勃發(fā)展。
10X Visium空間轉錄組的實驗主要分為兩部分：組織學板塊和組學板塊。黑龍江空間轉錄組有什么用
正是由于空間轉錄組可以從多維度解析生物學過程的特點得到蓬勃發(fā)展。歐易生物空間轉錄組使用
1. 空間轉錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術，從而解析單個組織切片中的所有mRNA?？臻g轉錄組的條形碼逆轉錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，空間轉錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細胞RNA測序或組織樣本RNA測序，均無法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉錄組技術可獲取組織中具體的位置的轉錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。10x Genomics空間轉錄組技術可以應用于免疫、發(fā)育、神經和病理等研究方向。歐易生物空間轉錄組使用
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