轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學分析作者通過轉(zhuǎn)錄組學和蛋白質(zhì)組學分析暴露于DON的C2C12細胞的差異基因（DEG）。轉(zhuǎn)錄組學鑒定了2387個DEG，其中72%被下調(diào)。蛋白質(zhì)組學鑒定出402個DEG，其中74%被下調(diào)。GO和KEGG通路富集分析表明，轉(zhuǎn)錄組學DEGs參與了“男性主要性征的發(fā)育”、“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“骨骼肌收縮的調(diào)節(jié)”等生物學過程。**富集的通路是“ECM-受體相互作用”、“人**瘤病毒***”和“蛋白質(zhì)消化吸收”。蛋白質(zhì)組學分析中，富集到了“肌肉收縮”、“中間絲解聚”和“脂質(zhì)轉(zhuǎn)運”等生物學過程。細胞成分中富集到“細胞骨架”、“細胞外基質(zhì)”和“整合素”。KEGG通路富集到“新霉素、卡那霉素和慶大霉素生物合成”、“系統(tǒng)性紅斑狼瘡”、“ECM-受體相互作用”和“蛋白質(zhì)消化和吸收”。前兩條通路與上調(diào)的DEG相關(guān)，而后兩條通路與下調(diào)的DEG相關(guān)，這與轉(zhuǎn)錄組學結(jié)果一致。靶向蛋白質(zhì)組學，信號通路蛋白靶點高通量分析。吉林外泌體 蛋白組學
3篇經(jīng)典的蛋白組學和代謝組學在水產(chǎn)動物中的研究。水產(chǎn)動物的研究不僅是保障我國海水養(yǎng)殖業(yè)的健康可持續(xù)發(fā)展，同時可為良種創(chuàng)制、海洋環(huán)境研究、生態(tài)研究等提供重要理論基礎(chǔ)和技術(shù)支撐~因此在水產(chǎn)生物研究方面蛋白組學、代謝組學在其中起到什么作用呢？期望這3篇經(jīng)典文章能給您思路~中文標題：CO2誘導的海洋酸化損害了太平洋牡蠣對金氏弧菌的免疫功能:細胞和蛋白質(zhì)組學的綜合研究研究對象：牡蠣發(fā)表期刊：ScienceoftheTotalEnvironment影響因子：6.551合作單位：中國科學院海岸帶研究所運用歐易/鹿明生物技術(shù)：iTRAQ標記定量蛋白質(zhì)組學（由鹿明生物提供技術(shù)支持）山東蛋白組學質(zhì)譜檢測原理label free蛋白組學蛋白質(zhì)組學原理。
采用TMT標記定量蛋白質(zhì)組學技術(shù)對三個脫水特殊階段（21、27和40DAP）的新鮮蓮種胎進行了蛋白質(zhì)組學分析，共鑒定了5,477個蛋白質(zhì)。對測試樣本進行了PCA分析，結(jié)果顯示，不同組間樣品具有很好的區(qū)分，每組的三個重復樣本被聚集在一起。PCA的前兩個成分占總方差的70％以上（圖2A）。三個試驗組之間共有815個差異表達蛋白。其中，198個（32%）和198個（26%）蛋白質(zhì)豐度增加，而420個（68%）和558個（74%）蛋白質(zhì)豐度在27DAP和40DAP組分別下降（圖2B）。只有30個蛋白質(zhì)的豐度在27DAP和40DAP組之間具有***變化（圖2C）。
作者運用iTRAQ標記定量蛋白組學對種子發(fā)育過程中蛋白質(zhì)表達的定量比較，同時進行GO和KEGG通路富集分析。結(jié)果表明所有鑒定的蛋白被分為29類，主要涉及翻譯和碳水化合物代謝。并且作者繪制了p值小于0.01的前20條KEGG通路的氣泡圖。在三對比較中，普遍富集的途徑包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代謝。其中，參與α-亞麻酸代謝的DAPs在S3 vs. S1組和S4 vs. S1組中都非?；钴S。為了評估轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組之間的一致性，以及了解轉(zhuǎn)錄后的mRNA在蛋白質(zhì)水平上是如何表現(xiàn)的，作者進行了RNA-seq和iTRAQ分析的聯(lián)合分析。證明DEGs和DAPs參與類黃酮的生物合成和脂肪酸代謝。蛋白組學方案為組學研究涉及的樣本獲取,前處理,數(shù)據(jù)采集到分析的各個環(huán)節(jié)提供自動化。
蛋白質(zhì)是生命活動的主要執(zhí)行者，而蛋白質(zhì)磷酸化修飾是生物體內(nèi)**重要的共價修飾方式之一，真核生物體內(nèi)有超過三分之一的蛋白可以發(fā)生磷酸化修飾。蛋白質(zhì)的磷酸化和去磷酸化這一可逆過程調(diào)節(jié)著包括細胞增殖、發(fā)育、分化、信號轉(zhuǎn)導、細胞凋亡、神經(jīng)活動、肌肉收縮及**發(fā)生等過程在內(nèi)的所有生命活動。單一的磷酸化蛋白質(zhì)組學只能解釋蛋白磷酸化水平發(fā)生的變化，而[黃金搭檔]——蛋白質(zhì)組與磷酸化蛋白質(zhì)組聯(lián)合分析，則在揭示疾病相關(guān)特性、篩選疾病生物標志物、尋找藥物靶點等方面發(fā)揮了更加重要的作用。蛋白組學，研究方法，高通量定性定量研究,有。山東蛋白組學質(zhì)譜檢測原理
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為了驗證TMT蛋白組學數(shù)據(jù)，作者選擇了18個與蓮種胚脫水保護功能密切相關(guān)的候選DEPs進行PRM蛋白靶向驗證。PRM鑒定了18個候選DEPs。這些蛋白質(zhì)的表達模式在PRM和TMT的定量結(jié)果之間顯示出類似的趨勢。然而，PRM檢測到的蛋白豐度的倍數(shù)變化值要大于TMT數(shù)據(jù)。這一結(jié)果在很大程度上支持了TMT數(shù)據(jù)的可靠性?；赥MT標記定量蛋白質(zhì)組學的生物信息學分析，對脅迫生理指標進行了測定，以驗證蓮種胚脫水的保護機制。在快速脫水階段，REC和MDA含量的變化與RWC相反，它們的水平迅速增加（圖6A，B）。ABA含量在快速脫水和脫水成熟階段前略有增加（圖6C）。上吉林外泌體 蛋白組學
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