上皮型鈣黏附素（E-cadherin）是介導(dǎo)細(xì)胞間粘附的一種跨膜糖蛋白，其編碼基因CDH-1屬于**侵襲轉(zhuǎn)移抑制基因。在**組織中，E-cadherin表達(dá)的下調(diào)或沉默可導(dǎo)致細(xì)胞間相互黏附力減弱，造成**細(xì)胞的分散，脫離原發(fā)灶處而轉(zhuǎn)移。而E-cadherin下調(diào)的因素之一就是其啟動(dòng)子區(qū)域CpG島的超甲基化。**細(xì)胞突破血管內(nèi)皮及基底膜進(jìn)入血循環(huán)是**細(xì)胞侵襲和轉(zhuǎn)移的重要步驟?；啄そM成蛋白Nidogen的缺失將嚴(yán)重影響基底膜的完整性，有利于**細(xì)胞順利通過(guò)進(jìn)入血循環(huán)進(jìn)而發(fā)生侵襲轉(zhuǎn)移。有研究表明，Nidogen基因啟動(dòng)子在**細(xì)胞中表現(xiàn)出很高的甲基化水平，而在正常細(xì)胞中卻極少或沒(méi)有發(fā)生甲基化。另...

羥甲基化DNA免疫沉淀測(cè)序（HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，hMeDIP-Seq）是通過(guò)5hmC特異性抗體富集羥甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找羥甲基化區(qū)域。可廣泛應(yīng)用于羥甲基化與疾病關(guān)系研究以及羥甲基化在胚胎發(fā)育過(guò)程中的研究。樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150;測(cè)序深度：20-30Mreads。信息分析：基于全基因組范圍的羥甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，Peak鋒Calli...

DNA甲基化對(duì)基因表達(dá)調(diào)控起著動(dòng)態(tài)的重要作用。 借助MethylationEPIC BeadChip，研究人員可以基于單核苷酸分辨率定量檢測(cè)基因組中的850,000多個(gè)甲基化位點(diǎn)。包括FFPE在內(nèi)的多重樣本可以并行分析，以便在每樣本比較低成本的情況下實(shí)現(xiàn)高通量功能。依托業(yè)界**的Infinium實(shí)驗(yàn)分析方法，MethylationEPIC BeadChip是全表觀基因組關(guān)聯(lián)研究(EWAS)的理想之選。它提供了由**精選的***的覆蓋范圍，囊括99%的RefSeq基因，95%的CpG島，高覆蓋度的增強(qiáng)子區(qū)域和其他內(nèi)容類別。由于超過(guò)90%的Infinium HumanMethylation450K...

DNA甲基化（DNA methylation）是指在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶（DNMT）催化下，以S-腺苷甲硫氨酸為甲基供體，將活性甲基轉(zhuǎn)移至DNA鏈中特定堿基上的化學(xué)修飾過(guò)程。哺乳動(dòng)物基因組中，DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。DNA甲基化是一種表觀（epigenetic）修飾，它在不改變DNA序列的情況下，對(duì)個(gè)體的生長(zhǎng)、發(fā)育、基因表達(dá)模式以及基因組的穩(wěn)定性起到重要的調(diào)控作用，并且這種修飾在發(fā)育和細(xì)胞增殖的過(guò)程中是可以穩(wěn)定傳遞的。近年來(lái)的大量研究表明，DNA異常甲基化與**的發(fā)生、發(fā)展、細(xì)胞*變有著密切的聯(lián)系。WGBS技術(shù)及應(yīng)用是有力方案。江蘇WGBSDNA甲基化怎么樣作為...

Sequenom MassArray甲基化檢測(cè)：服務(wù)內(nèi)容1.根據(jù)客戶提供的序列信息進(jìn)行預(yù)評(píng)估；2.進(jìn)行樣本DNA的分離、純化、質(zhì)檢及亞硫酸鹽修飾。3.使用特殊設(shè)計(jì)的一對(duì)引物擴(kuò)增樣本，得到帶有T7RNA聚合酶啟動(dòng)子序列的擴(kuò)增產(chǎn)物。4.在體外轉(zhuǎn)錄體系中，利用T7RNA聚合酶，將擴(kuò)增產(chǎn)物轉(zhuǎn)錄為RN**斷。5.利用RNaseA能夠特異性識(shí)別并切割RNA中U3’端的特性，將RN**斷切割成攜帶有CpG位點(diǎn)的小片斷。6.使用sequenom?MassArray飛行質(zhì)譜分析系統(tǒng)檢測(cè)產(chǎn)物。由于同一片斷中，只有CpG和CpA之間16Da的分子量差別，即質(zhì)譜圖中兩者峰的差距。云生物提供甲基化服務(wù)。山東焦磷酸測(cè)序D...

Agilent 甲基化芯片通過(guò)SurePrint芯片合成**技術(shù)，結(jié)合優(yōu)化的探針設(shè)計(jì)及實(shí)驗(yàn)方法，可靈活進(jìn)行甲基化研究，得到高靈敏度、高特異性、高重復(fù)性的結(jié)果。技術(shù)流程：1.將基因組DNA超聲打斷成400-500bpDN**段；2.加熱變性并將變性后的單鏈DNA樣品分成兩份；3.其中一份單鏈DNA樣品加入抗5'-甲基化胞嘧啶核苷抗體。使用免疫磁珠法分離樣品中甲基化DN**段的抗體復(fù)合物，樣品中其余的非甲基化DN**段被洗脫；4.純化免疫共沉淀的DN**段；對(duì)MeDIP(Cy5)與Input(Cy3)樣品分別進(jìn)行標(biāo)記；5.標(biāo)記后的MeDIP與Input樣品混合、變性，與芯片雜交；6.檢測(cè)雜交信號(hào)并...

亞硫酸氫鹽測(cè)序PCR(BSP)：這種方法一度被認(rèn)為是DNA甲基化分析的金標(biāo)準(zhǔn)。它的過(guò)程如下：經(jīng)過(guò)亞硫酸氫鹽處理后，設(shè)計(jì)引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增目的片段，并對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行克隆測(cè)序，將序列與未經(jīng)處理的序列進(jìn)行比較，判斷CpG位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化。這種方法可靠，且精確度高，能明確目的片段中每一個(gè)CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)，但因?yàn)樯婕暗綔y(cè)序，其結(jié)果準(zhǔn)確但要求克隆時(shí)所挑克隆較多，操作繁瑣，不易大批量操作。另外，甲基化程度的定量依賴于挑選克隆的數(shù)目，因此這種方法只能算得上是一種半定量的技術(shù)方法。目前一般會(huì)先用BSP找到甲基化位點(diǎn)，然后根據(jù)甲基化位點(diǎn)設(shè)計(jì)MSP引物，進(jìn)行相應(yīng)PCR條件摸索，以用于大量樣本的篩選。不同的...

低甲基化，原*基因***正常細(xì)胞中，由于甲基化作用原*基因多處于沉默狀態(tài)，但在多種**細(xì)胞中，均發(fā)現(xiàn)原*基因處于低甲基化狀態(tài)，并且低甲基化狀態(tài)與其蛋白表達(dá)升高密切相關(guān)，表明低甲基化狀態(tài)可使原*基因***。轉(zhuǎn)座子活化轉(zhuǎn)座子是可移動(dòng)的基因序列，包括LINE-1、HERV-K等，在人類基因組中含量豐富，正常情況下處于被甲基化狀態(tài)而轉(zhuǎn)錄沉默。而在**細(xì)胞中，由于基因組總體甲基化水平的降低，這些序列也因去甲基化而活化，轉(zhuǎn)移位置導(dǎo)致基因片段的插入和缺失。芯片平臺(tái)作為目前比較成熟的篩選工具。上海TBSDNA甲基化歡迎咨詢芯片種類：Agilent**甲基化芯片，8x60K●和合作伙伴在Agilent公司定制的...

羥甲基化DNA免疫沉淀測(cè)序（HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，hMeDIP-Seq）是通過(guò)5hmC特異性抗體富集羥甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找羥甲基化區(qū)域。可廣泛應(yīng)用于羥甲基化與疾病關(guān)系研究以及羥甲基化在胚胎發(fā)育過(guò)程中的研究。樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150;測(cè)序深度：20-30Mreads。信息分析：基于全基因組范圍的羥甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，Peak鋒Calli...

相比于上述手段更為有效的策略是針對(duì)**相關(guān)*基因啟動(dòng)子低甲基化而進(jìn)行的靶向甲基化***，包括DNA和RNA介導(dǎo)的甲基化***。1）DNA介導(dǎo)的DNA甲基化：DNMT1**適底物為帶復(fù)制叉樣結(jié)構(gòu)的半甲基化DNA，據(jù)此Yao等設(shè)計(jì)了一段22nt的甲基化脫氧寡核苷酸MON1，MON1可以誘導(dǎo)IGF2啟動(dòng)子區(qū)域特定的胞嘧啶發(fā)生甲基化，體外實(shí)驗(yàn)證明其可抑制裸鼠肝臟**細(xì)胞生長(zhǎng)，延長(zhǎng)荷裸鼠存活期。2）RNA介導(dǎo)的DNA甲基化：雙鏈RNA可以介導(dǎo)啟動(dòng)子區(qū)域DNA甲基化，從而抑制基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá)。針對(duì)*基因啟動(dòng)子區(qū)域人工設(shè)計(jì)一段雙鏈RNA分子，便可招募DNMT轉(zhuǎn)移甲基使*基因沉默，抑制**細(xì)胞增殖，這一機(jī)制在乳...

850K芯片技術(shù)優(yōu)勢(shì)：MethylationEPICBEadChip兼具***的覆蓋范圍和高通量功能，因此是EWAS的理想之選。其他優(yōu)勢(shì)包括：***的全基因組覆蓋范圍(>850,000個(gè)甲基化位點(diǎn))CpG島非CpG和差異甲基化位點(diǎn)FANTOM5增強(qiáng)子ENCODE染色質(zhì)ENCODE轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)miRNA啟動(dòng)子區(qū)域?qū)嶒?yàn)分析方法重現(xiàn)性98%（針對(duì)技術(shù)性重復(fù)）98%（針對(duì)傳統(tǒng)HumanMethylation450K芯片對(duì)照，MethylationEPIC芯片采用的相同樣本）>90%（針對(duì)HumanMethylation450K位點(diǎn)內(nèi)容）用戶友好的簡(jiǎn)化工作流程與FFPE樣本兼容Methylation...

WGBS：科學(xué)方案設(shè)計(jì)：從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫(kù)測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問(wèn)題；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果。樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>30ng/ul；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測(cè)序深度：>=30X。信息分析：基于全基因組范圍的甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，5mCCalling，5mC在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本甲基化差異聚類，差異甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項(xiàng)目背景和科學(xué)問(wèn)題的數(shù)據(jù)亮點(diǎn)挖掘。ATAC-seq實(shí)驗(yàn)過(guò)程短，從...

Agilent平臺(tái)因?yàn)镸eDIP技術(shù)本身的特點(diǎn)，都不能到達(dá)單堿基的分辨率，而Illumina的Infinium和GoldenGate檢測(cè)技術(shù)卻做得到。Illumina的Infinium甲基化檢測(cè)技術(shù)來(lái)源與前期的SNP檢測(cè)，采用的是單堿基延伸的原理。分析利用兩個(gè)位點(diǎn)特異的探針檢測(cè)這些序列差異的位點(diǎn)，一個(gè)探針是為甲基化位點(diǎn)(M磁珠類型)設(shè)計(jì)的，而另一個(gè)是為未甲基化位點(diǎn)(U磁珠類型)設(shè)計(jì)的。探針的單堿基延伸摻入了一個(gè)標(biāo)記的ddNTP，它隨后被熒光試劑染色。通過(guò)計(jì)算甲基化與未甲基化位點(diǎn)的熒光信號(hào)比例，可確定檢測(cè)位點(diǎn)的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMet...

芯片平臺(tái)作為目前比較成熟的篩選工具，已經(jīng)在很多領(lǐng)域有了相應(yīng)的應(yīng)用。多家芯片公司在DNA甲基化這塊兒有了相應(yīng)的產(chǎn)品提供，其中應(yīng)用**為***的就Agilent平臺(tái)和Illumina平臺(tái)，相應(yīng)的產(chǎn)品包括Agilent Human CpG Island Microarray Kit，Infinium HumanMethylation27 BeadChip和Infinium HumanMethylation450K BeadChip。另外Roche NimbleGen和Affymetrix也有相應(yīng)的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已經(jīng)停產(chǎn)不同的芯片平臺(tái)，各自的實(shí)驗(yàn)過(guò)程也是不一樣的。安捷...

全基因組甲基化測(cè)序（Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS）是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測(cè)序技術(shù)相結(jié)合，對(duì)有參考基因組進(jìn)行全基因組范圍的單堿基分辨率的甲基化測(cè)序，是DNA甲基化檢測(cè)的“金標(biāo)準(zhǔn)”。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。技術(shù)優(yōu)勢(shì)：DNA甲基化檢測(cè)**有力的工具，單堿基分辨率，檢測(cè)每個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài)，全基因組范圍，**限度地獲得甲基化信息，適合所有有參考基因組的物種適合各種類型的樣本。甲基化驗(yàn)證是甲基化研究必不可少的一環(huán)。重慶850K芯片DNA甲基化經(jīng)驗(yàn)豐...

高通量BSP——目標(biāo)位點(diǎn)/基因甲基化驗(yàn)證方案?？茖W(xué)方案：設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫(kù)測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問(wèn)題；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果。樣本要求：基因組DNA:>=1ug(20個(gè)區(qū)域/位點(diǎn))；樣品濃度>30ng/ul；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測(cè)序深度：>100X。信息分析：基于靶向序列的甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，5mCCalling，5mC在組間樣本的可視化，多樣本甲基化聚類與臨床樣本特征關(guān)聯(lián)分析等。芯片平臺(tái)作為目前比較成熟的篩選工具。四川hMeDIP-...

industryTemplate云生物提供甲基化服務(wù)。陜西RRBSDNA甲基化經(jīng)驗(yàn)豐富羥甲基化DNA免疫沉淀測(cè)序（HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，hMeDIP-Seq）是通過(guò)5hmC特異性抗體富集羥甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找羥甲基化區(qū)域?？蓮V泛應(yīng)用于羥甲基化與疾病關(guān)系研究以及羥甲基化在胚胎發(fā)育過(guò)程中的研究。樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150;測(cè)序深度：20-30...

Agilent平臺(tái)因?yàn)镸eDIP技術(shù)本身的特點(diǎn)，都不能到達(dá)單堿基的分辨率，而Illumina的Infinium和GoldenGate檢測(cè)技術(shù)卻做得到。Illumina的Infinium甲基化檢測(cè)技術(shù)來(lái)源與前期的SNP檢測(cè)，采用的是單堿基延伸的原理。分析利用兩個(gè)位點(diǎn)特異的探針檢測(cè)這些序列差異的位點(diǎn)，一個(gè)探針是為甲基化位點(diǎn)(M磁珠類型)設(shè)計(jì)的，而另一個(gè)是為未甲基化位點(diǎn)(U磁珠類型)設(shè)計(jì)的。探針的單堿基延伸摻入了一個(gè)標(biāo)記的ddNTP，它隨后被熒光試劑染色。通過(guò)計(jì)算甲基化與未甲基化位點(diǎn)的熒光信號(hào)比例，可確定檢測(cè)位點(diǎn)的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMet...