industryTemplate云生物提供甲基化服務(wù)。陜西RRBSDNA甲基化經(jīng)驗豐富
羥甲基化DNA免疫沉淀測序（HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，hMeDIP-Seq）是通過5hmC特異性抗體富集羥甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找羥甲基化區(qū)域?？蓮V泛應(yīng)用于羥甲基化與疾病關(guān)系研究以及羥甲基化在胚胎發(fā)育過程中的研究。樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150;測序深度：20-30Mreads。信息分析：基于全基因組范圍的羥甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，Peak鋒Calling，Peak鋒在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本羥甲基化差異聚類，差異羥甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項目背景和科學(xué)問題的數(shù)據(jù)亮點挖掘。上海oxBSDNA甲基化專業(yè)服務(wù)WGBS技術(shù)及應(yīng)用是有力方案。
安捷倫公司芯片平臺因其強大的eArray探針設(shè)計平臺，可以進行芯片的定制。在甲基化領(lǐng)域同樣適用。合作伙伴利用Agilent芯片平臺設(shè)計了一款專門針對**啟動子區(qū)域CpG島的甲基化芯片。絕大多數(shù)基因是針對基因的啟動子區(qū)域的CpG島設(shè)計探針。這款芯片上一共有4160個功能注釋比較明確的基因，其中2128個和**發(fā)生有關(guān)系。從功能上分，有256基因和細胞凋亡有關(guān)，1273個基因和信號傳導(dǎo)有關(guān)，487個基因和壓力和衰老有關(guān)。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理進行甲基化檢測的方法探針的分辨率可以精確到100 bp。
強化RRBS——高性價比DNA甲基化檢測方案。單堿基分辨率，全基因組范圍，富集啟動子/CpG島甲基化調(diào)控區(qū)域，適合人和哺乳動物、動物及魚類，適合細胞、全血及新鮮冷凍組織，不適合cfDNA及FFPE等片段化樣本。項目介紹：簡化基因組甲基化測序(ReducedRepresentationBisulfiteSequencing,RRBS)是通過限制性酶切的方法富集基因組DNA上富含CCGG位點的片段，經(jīng)Bisulfite處理和高通量測序技術(shù)進行基因組CpG富集區(qū)域內(nèi)的單堿基分辨率的甲基化測序。相對WGBS而言RRBS技術(shù)作為高性價比的甲基化測序方案，測序量大幅減少，在大規(guī)模臨床樣本研究中具有很不錯的應(yīng)用價值。高通量BSP測序結(jié)果多種展示形式。
芯片種類：Agilent**甲基化芯片，8x60K●和合作伙伴在Agilent公司定制的Promoter芯片。●絕大多數(shù)基因是針對基因啟動子區(qū)域的CpG島設(shè)計探針?！裥酒弦还灿?160個功能注釋比較明確的基因，其中2128個和**發(fā)生有關(guān)系?！駨墓δ苌戏?，有256基因和細胞凋亡有關(guān)，1273個基因和信號傳導(dǎo)有關(guān)，487個基因和壓力和衰老有關(guān)?！裉貏e適用于**甲基化研究。案例分析：用Agilent定制甲基化芯片和表達譜芯片共同篩選乳腺*患者的高甲基化基因，并探討甲基化與基因表達的關(guān)系為了尋找乳腺*早期診斷的甲基化標記基因，探討基因甲基化水平與基因表達量之間的關(guān)系，科研者使用甲基化芯片和表達譜芯片進行了相關(guān)研究。研究中，甲基化程度檢測使用BSP法和COBRA分析，基因表達水平檢測用RT-PCR。結(jié)果，在乳腺*患者中檢測到70對高度甲基化差異***的基因，表達譜芯片分析結(jié)果顯示在乳腺*患者中這70個基因大部分不表達；RT-PCR結(jié)果也顯示大部分基因表達量很低甚至不表達。這種研究策略，能夠直觀方便的篩查患者甲基化基因，有效地尋找乳腺*標記基因，對研究甲基化基因調(diào)控基因表達提供研究基礎(chǔ)。cfDNA，cell free DNA，就是血液中游離的自身DNA。安徽TAB-SeqDNA甲基化怎么樣
全基因組甲基化分析及特異位點甲基化檢測。陜西RRBSDNA甲基化經(jīng)驗豐富
雖然焦磷酸測序可以進行單個位點甲基化程度的精確定量，但是目前來看，測序的片段長度還比較短，只有一百多bp，其中有效長度約為60bp。以上是對幾種常用的特異位點甲基化檢測方法進行了介紹及比較，還有一些檢測技術(shù)是在常用的檢測手段上進行優(yōu)化或者將不同的方法進行結(jié)合應(yīng)用，比如以MSP方法為基礎(chǔ)，發(fā)展了SMART-MSP技術(shù)，該技術(shù)利用定量技術(shù)對MSP擴增過程進行檢測，同時后續(xù)結(jié)合HRM技術(shù)來分析甲基化差異。此外，利用質(zhì)譜平臺進行甲基化檢測的有MALDI-TOF技術(shù)，可以對甲基化進行精確檢測并能進行高通量篩選。從對這些技術(shù)的比較分析來看，沒中檢測技術(shù)都有各自的優(yōu)點，并也存在一定的局限性，研究者可以根據(jù)自己的實際研究情況進行選擇。在特異甲基化位點檢測上，能夠提供BSP、HRM及焦磷酸測序三種技術(shù)的完整的檢測服務(wù)，具有豐富的經(jīng)驗，幫助客戶加速甲基化研究進程。陜西RRBSDNA甲基化經(jīng)驗豐富