上皮型鈣黏附素(E-cadherin)是介導(dǎo)細(xì)胞間粘附的一種跨膜糖蛋白,其編碼基因CDH-1屬于**侵襲轉(zhuǎn)移抑制基因。在**組織中,E-cadherin表達(dá)的下調(diào)或沉默可導(dǎo)致細(xì)胞間相互黏附力減弱,造成**細(xì)胞的分散,脫離原發(fā)灶處而轉(zhuǎn)移。而E-cadherin下調(diào)的因素之一就是其啟動子區(qū)域CpG島的超甲基化。**細(xì)胞突破血管內(nèi)皮及基底膜進(jìn)入血循環(huán)是**細(xì)胞侵襲和轉(zhuǎn)移的重要步驟。基底膜組成蛋白Nidogen的缺失將嚴(yán)重影響基底膜的完整性,有利于**細(xì)胞順利通過進(jìn)入血循環(huán)進(jìn)而發(fā)生侵襲轉(zhuǎn)移。有研究表明,Nidogen基因啟動子在**細(xì)胞中表現(xiàn)出很高的甲基化水平,而在正常細(xì)胞中卻極少或沒有發(fā)生甲基化。另外,某些miRNA(如MiR-148a、miR-34b/c、miR-9)能夠起到抑制**細(xì)胞生長和轉(zhuǎn)移的作用,而在**細(xì)胞中,這些miRNA通常由于發(fā)生超甲基化而沉默。中小樣本篩選, 大樣本中進(jìn)一步驗證。四川oxBSDNA甲基化口碑推薦
相比之下,VeraCode GoldenGate甲基化分析技術(shù)更適合中通量的篩選及驗證研究,它以以矩陣微珠芯片(Sentrix Array Matrix(SAM))形式分析48至384個用戶指定的CpG位點。首先,將亞硫酸氫鹽處理的基因組DNA 與分析oligo混合,oligo與未甲基化位點的U互補(bǔ),或者與甲基化位點的C互補(bǔ)。雜交之后,引物延伸,并連接上位點特異的oligo來產(chǎn)生通用 PCR的模板。***,用標(biāo)記的PCR引物生成可檢測的產(chǎn)物。據(jù)Illumina的產(chǎn)品**介紹,其產(chǎn)品的**優(yōu)勢在于單個CpG位點的分辨率。其它分析將甲基化定位在一段區(qū)域,而通過Illumina分析,你能精確測定某個CpG位點的甲基化水平。山東oxBSDNA甲基化經(jīng)驗豐富甲基化驗證是甲基化研究必不可少的一環(huán)。
甲基化DNA免疫沉淀測序(MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing,MeDIP-Seq)是通過5mC特異性抗體富集甲基化的DN**段,然后結(jié)合高通量測序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量,快速、高效地尋找甲基化區(qū)域??蓮V泛應(yīng)用于甲基化與疾病關(guān)系研究。樣本要求:基因組DNA:>=3ug;樣品濃度>50ng/ul;無RNA和蛋白污染,建庫測序:測序策略:IlluminaHiSeq,PE150;測序深度:20-30Mreads。信息分析:基于全基因組范圍的羥甲基化分析,數(shù)據(jù)質(zhì)控,Peak鋒Calling,Peak鋒在基因組、染色體、功能元件上的分布,多樣本羥甲基化差異聚類,差異羥甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析,結(jié)合項目背景和科學(xué)問題的數(shù)據(jù)亮點挖掘。
miRNA的超甲基化:**細(xì)胞另一個重要的特點是miRNA表達(dá)水平的整體下降,通常也是由于miRNA啟動子區(qū)域高甲基化造成的。這種miRNA表達(dá)失活不僅與**的發(fā)***展有關(guān),而且與**的轉(zhuǎn)移密切相關(guān)。如**細(xì)胞中miR-148a、miR-34b/c、miR-9這三種miRNA都發(fā)生了明顯得超甲基化,同時外源表達(dá)這三種miRNA均可抑制**細(xì)胞的生長和轉(zhuǎn)移。**發(fā)生是一個涉及多基因、多步驟的復(fù)雜過程,越來越多的研究表明DNA甲基化在**的發(fā)生、發(fā)展、轉(zhuǎn)移中起到了重要的作用,特征性甲基化位點對于**的診斷、分型、預(yù)后及***具有重要意義。全基因組甲基化分析及特異位點甲基化檢測。
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焦磷酸測序能提供雜合子缺失及細(xì)菌和病毒分型等技術(shù)服務(wù)。四川oxBSDNA甲基化口碑推薦
WGBS:科學(xué)方案設(shè)計:從項目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計、實驗材料選取、建庫測序,到數(shù)據(jù)分析每個項目有特定的科學(xué)問題;需要專業(yè)、有價值的建議;科學(xué)、縝密的設(shè)計及時高效的溝通;以保障高質(zhì)量研究成果。樣本要求:基因組DNA:>=3ug;樣品濃度>30ng/ul;無RNA和蛋白污染建庫測序:測序策略:IlluminaHiSeq,PE150;測序深度:>=30X。信息分析:基于全基因組范圍的甲基化分析,數(shù)據(jù)質(zhì)控,5mCCalling,5mC在基因組、染色體、功能元件上的分布,多樣本甲基化差異聚類,差異甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析,結(jié)合項目背景和科學(xué)問題的數(shù)據(jù)亮點挖掘。四川oxBSDNA甲基化口碑推薦