山東WGBSDNA甲基化口碑推薦

來源: 發(fā)布時間:2021-09-22

羥甲基化DNA免疫沉淀測序(HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing,hMeDIP-Seq)是通過5hmC特異性抗體富集羥甲基化的DN**段,然后結(jié)合高通量測序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量,快速、高效地尋找羥甲基化區(qū)域。可廣泛應(yīng)用于羥甲基化與疾病關(guān)系研究以及羥甲基化在胚胎發(fā)育過程中的研究。樣本要求:基因組DNA:>=3ug;樣品濃度>50ng/ul;無RNA和蛋白污染建庫測序:測序策略:IlluminaHiSeq,PE150;測序深度:20-30Mreads。信息分析:基于全基因組范圍的羥甲基化分析,數(shù)據(jù)質(zhì)控,Peak鋒Calling,Peak鋒在基因組、染色體、功能元件上的分布,多樣本羥甲基化差異聚類,差異羥甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析,結(jié)合項目背景和科學(xué)問題的數(shù)據(jù)亮點挖掘。焦磷酸測序能提供雜合子缺失及細菌和病毒分型等技術(shù)服務(wù)。山東WGBSDNA甲基化口碑推薦

亞硫酸氫鹽測序PCR(BSP):這種方法一度被認為是DNA甲基化分析的金標準。它的過程如下:經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后,設(shè)計引物進行PCR擴增目的片段,并對PCR產(chǎn)物進行克隆測序,將序列與未經(jīng)處理的序列進行比較,判斷CpG位點是否發(fā)生甲基化。這種方法可靠,且精確度高,能明確目的片段中每一個CpG位點的甲基化狀態(tài),但因為涉及到測序,其結(jié)果準確但要求克隆時所挑克隆較多,操作繁瑣,不易大批量操作。另外,甲基化程度的定量依賴于挑選克隆的數(shù)目,因此這種方法只能算得上是一種半定量的技術(shù)方法。目前一般會先用BSP找到甲基化位點,然后根據(jù)甲基化位點設(shè)計MSP引物,進行相應(yīng)PCR條件摸索,以用于大量樣本的篩選。江蘇TAB-SeqDNA甲基化服務(wù)甲基化驗證是甲基化研究必不可少的一環(huán)。

羥甲基化DNA免疫沉淀測序(HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing,hMeDIP-Seq)是通過5hmC特異性抗體富集羥甲基化的DN**段,然后結(jié)合高通量測序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量,快速、高效地尋找羥甲基化區(qū)域??蓮V泛應(yīng)用于羥甲基化與疾病關(guān)系研究以及羥甲基化在胚胎發(fā)育過程中的研究。技術(shù)優(yōu)勢:從項目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計、實驗材料選取、建庫測序,到數(shù)據(jù)分析每個項目有特定的科學(xué)問題;需要專業(yè)、有價值的建議;科學(xué)、縝密的設(shè)計及時高效的溝通;以保障高質(zhì)量研究成果

**預(yù)防和***的一個手段是通過去甲基化恢復(fù)某些關(guān)鍵的抑*基因或DNA修復(fù)基因的活性,目前研究**多的是DNMTs抑制劑,它通過抑制DNMT活性以逆轉(zhuǎn)異常的DNA甲基化。**個表型修飾藥物為5-azacytidine及其類似物5-aza-2'-deoxycytidine(5-aza-CdR),這類藥物已經(jīng)美國FDA批準用于白血病前骨髓增生異常綜合征的***。5-aza-CdR是胞嘧啶的類似物,在DNA復(fù)制過程中可以摻入到DNA鏈中,一方面它可以降低DNA接收甲基的能力,另一方面它抑制DNMT活性,導(dǎo)致DNA甲基化水平的降低。體外和體內(nèi)試驗均表明,5-aza-CdR具有降低超甲基化的抑*基因甲基化水平從而抑制**的能力,臨床表明應(yīng)用5-aza-CdR可提高部分IV期小細胞肺*患者生存率,但該藥也存在著不可忽視的毒副作用(如特異性不強,不能針對某一特定抑*基因進行靶向***;高劑量的5-aza-CdR可能誘發(fā)**的轉(zhuǎn)移),因此其在臨床上的應(yīng)用受到了很大限制。也有研究表明,低劑量的As2O3可起到***肝*的目的。焦磷酸測序技術(shù)是甲基化檢測新的金標準。

industryTemplateRRBS用于人、哺乳動物及魚類方向的高水平甲基化研究。山東WGBSDNA甲基化口碑推薦

篩選耐藥的相關(guān)biomaker及表觀調(diào)控機制。山東WGBSDNA甲基化口碑推薦

熒光定量法(Methylight):這種技術(shù)是在MSP技術(shù)上發(fā)展起來的,在MSP擴增過程中利用熒光染料進行定量。TaqMan?探針法的應(yīng)用使得該技術(shù)具有更高的精確性。其原理與SNP檢測類似,針對亞硫酸氫鹽處理之后的DN**段,在甲基化位點上會存在單堿基的差異,根據(jù)這種差異進行探針設(shè)計,隨后進行實時定量PCR,就能夠檢測甲基化的差異。這種方法**的優(yōu)勢在于其高敏感性和較高通量,且無需在PCR后電泳、雜交等操作,減少了污染和操作誤差。但是TaqMan?探針訂購費用較高,適用于少數(shù)位點大量樣本篩選。山東WGBSDNA甲基化口碑推薦