Agilent平臺因為MeDIP技術(shù)本身的特點,都不能到達單堿基的分辨率,而Illumina的Infinium和GoldenGate檢測技術(shù)卻做得到。Illumina的Infinium甲基化檢測技術(shù)來源與前期的SNP檢測,采用的是單堿基延伸的原理。分析利用兩個位點特異的探針檢測這些序列差異的位點,一個探針是為甲基化位點(M磁珠類型)設計的,而另一個是為未甲基化位點(U磁珠類型)設計的。探針的單堿基延伸摻入了一個標記的ddNTP,它隨后被熒光試劑染色。通過計算甲基化與未甲基化位點的熒光信號比例,可確定檢測位點的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆蓋27,578個CpG位點。這款芯片在醫(yī)學領域有***的應用,除了和**相關的甲基化篩選之外,也能用于其他疾病相關甲基化檢測。因此對這款產(chǎn)品,研究者給予了很高的評價,目前此產(chǎn)品已停產(chǎn),取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片。它以單堿基分辨率覆蓋了基因組中超過45萬個甲基化位點,實現(xiàn)了基因區(qū)域和CpG島的***覆蓋。此外,還包括CpG島之外的CpG位點,在人類干細胞中鑒定出的非CpG甲基化位點,以及**和正常組織中差異表達的甲基化位點等等。它的高覆蓋度、高通量以及低價格。 高通量BSP測序結(jié)果多種展示形式。重慶850K芯片DNA甲基化售后分析
甲基化研究項目各學科細分分析:從各學科細類中標金額和中標數(shù)量分析,**學依然是甲基化研究的熱點方向,該方向總計中標金額2217萬元,中標數(shù)量57項。其它細分學科包括預防醫(yī)學、遺傳學與生物信息學、檢驗醫(yī)學也占有不少份額。甲基化研究項目各單位中標情況分析:經(jīng)過整理,甲基化項目類中標單位共105家單位,按中標項目金額排列如下(截取部分超過百萬的項目)。甲基化研究方向細分熱點分析:"游離DNA甲基化"、"m6A-RNA甲基化",“羥甲基化”等均是甲基化研究方向的重點關注內(nèi)容。尤其值得關注的是m6A相關研究近年來呈直線上升態(tài)勢,成為國自然的熱點。北京oxBSDNA甲基化專業(yè)服務強化版RRBS技術(shù)及應用是高性價比方案。
雖然焦磷酸測序可以進行單個位點甲基化程度的精確定量,但是目前來看,測序的片段長度還比較短,只有一百多bp,其中有效長度約為60bp。以上是對幾種常用的特異位點甲基化檢測方法進行了介紹及比較,還有一些檢測技術(shù)是在常用的檢測手段上進行優(yōu)化或者將不同的方法進行結(jié)合應用,比如以MSP方法為基礎,發(fā)展了SMART-MSP技術(shù),該技術(shù)利用定量技術(shù)對MSP擴增過程進行檢測,同時后續(xù)結(jié)合HRM技術(shù)來分析甲基化差異。此外,利用質(zhì)譜平臺進行甲基化檢測的有MALDI-TOF技術(shù),可以對甲基化進行精確檢測并能進行高通量篩選。從對這些技術(shù)的比較分析來看,沒中檢測技術(shù)都有各自的優(yōu)點,并也存在一定的局限性,研究者可以根據(jù)自己的實際研究情況進行選擇。在特異甲基化位點檢測上,能夠提供BSP、HRM及焦磷酸測序三種技術(shù)的完整的檢測服務,具有豐富的經(jīng)驗,幫助客戶加速甲基化研究進程。
隨著二代測序技術(shù)的告訴發(fā)展,測序成本大幅度下降,使得真正實現(xiàn)全基因組甲基化分析的研究成為可能。隨著人類甲基化圖譜繪制成功,已經(jīng)陸續(xù)有多個物種的甲基化圖譜構(gòu)建完成。研究者將傳統(tǒng)的DNA甲基化檢測方法,如亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化與高通量測序相結(jié)合,可以實現(xiàn)單堿基精度的甲基化圖譜的構(gòu)建。此外將成熟的MeDIP技術(shù)與二代測序相結(jié)合,可以快速有效地尋找基因組上的甲基化區(qū)域,從而比較不同細胞、組織、甚至疾病樣本間的DNA甲基化修飾模式的差異。因此該技術(shù)也特別適用于大樣本量的疾病表觀研究。提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果。
亞硫酸氫鹽測序PCR(BSP):這種方法一度被認為是DNA甲基化分析的金標準。它的過程如下:經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后,設計引物進行PCR擴增目的片段,并對PCR產(chǎn)物進行克隆測序,將序列與未經(jīng)處理的序列進行比較,判斷CpG位點是否發(fā)生甲基化。這種方法可靠,且精確度高,能明確目的片段中每一個CpG位點的甲基化狀態(tài),但因為涉及到測序,其結(jié)果準確但要求克隆時所挑克隆較多,操作繁瑣,不易大批量操作。另外,甲基化程度的定量依賴于挑選克隆的數(shù)目,因此這種方法只能算得上是一種半定量的技術(shù)方法。目前一般會先用BSP找到甲基化位點,然后根據(jù)甲基化位點設計MSP引物,進行相應PCR條件摸索,以用于大量樣本的篩選。焦磷酸測序能提供基于序列測定的SNP檢測、等位基因頻率分析和甲基化檢測。山東hMeDIP-SeqDNA甲基化方案
RRBS開發(fā)的初衷就是為人和哺乳動物,提供全基因組范圍的、高性價比的甲基化檢測金標準方案。重慶850K芯片DNA甲基化售后分析
DNA甲基化(DNA methylation)是指在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶(DNMT)催化下,以S-腺苷甲硫氨酸為甲基供體,將活性甲基轉(zhuǎn)移至DNA鏈中特定堿基上的化學修飾過程。哺乳動物基因組中,DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。DNA甲基化是一種表觀(epigenetic)修飾,它在不改變DNA序列的情況下,對個體的生長、發(fā)育、基因表達模式以及基因組的穩(wěn)定性起到重要的調(diào)控作用,并且這種修飾在發(fā)育和細胞增殖的過程中是可以穩(wěn)定傳遞的。近年來的大量研究表明,DNA異常甲基化與**的發(fā)生、發(fā)展、細胞*變有著密切的聯(lián)系。重慶850K芯片DNA甲基化售后分析