WGBS：科學(xué)方案設(shè)計(jì)：從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問題；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果。樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測(cè)序深度：>=30X。信息分析：基于全基因組范圍的甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，5mCCalling，5mC在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本甲基化差異聚類，差異甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項(xiàng)目背景和科學(xué)問題的數(shù)據(jù)亮點(diǎn)挖掘。ATAC-seq實(shí)驗(yàn)過程短，從實(shí)驗(yàn)到分析可達(dá)2周。江蘇TAB-SeqDNA甲基化歡迎咨詢
羥甲基化DNA免疫沉淀測(cè)序（HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，hMeDIP-Seq）是通過5hmC特異性抗體富集羥甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找羥甲基化區(qū)域?？蓮V泛應(yīng)用于羥甲基化與疾病關(guān)系研究以及羥甲基化在胚胎發(fā)育過程中的研究。樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150;測(cè)序深度：20-30Mreads。信息分析：基于全基因組范圍的羥甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，Peak鋒Calling，Peak鋒在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本羥甲基化差異聚類，差異羥甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項(xiàng)目背景和科學(xué)問題的數(shù)據(jù)亮點(diǎn)挖掘。山東hMeDIP-SeqDNA甲基化方案芯片平臺(tái)作為目前比較成熟的篩選工具。
6mA免疫沉淀測(cè)序(6mA-IP Seq)通過特異性抗體富集6mA甲基化的DN**段，結(jié)合NGS測(cè)序技術(shù)在全基因組水平上分析6mA修飾信息。6mA樣本要求：基因組DNA:>=5ug；樣品濃度>50ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測(cè)序深度:20-30MReads。信息分析：基于全基因組范圍的6mA分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控、Peak鋒Calling,Peak鋒在基因組、染色體、功能元件上的分布,多樣本甲基化差異聚類、DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項(xiàng)目背景和科學(xué)問題的數(shù)據(jù)亮點(diǎn)挖掘。
甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析(MS-HRM)：通過熔解曲線分析可以將單堿基序列的差異轉(zhuǎn)變成熔解曲線的差異，因此DNA樣本經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后，甲基化與未甲基化DNA會(huì)存在序列差異，這種差異可通過熔解曲線分析來發(fā)現(xiàn)。使用該方法進(jìn)行甲基化分析*需一對(duì)引物，相對(duì)簡(jiǎn)單，不過這種方法對(duì)儀器的要求頗高，需要帶HRM模塊的熒光定量PCR儀，并且在進(jìn)行實(shí)時(shí)定量PCR過程中，需要使用飽和的熒光染料。利用MS-HRM技術(shù)進(jìn)行甲基化檢測(cè)只能對(duì)檢測(cè)片段整體甲基化情況進(jìn)行分析，并不能明確每個(gè)CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)。因此這種技術(shù)適用于大量樣本的檢測(cè)，篩選出感興趣的CPG位點(diǎn)，然后利用其他方法進(jìn)行單個(gè)位點(diǎn)的精確檢測(cè)及甲基化程度的精確定量。TBS具有高深度、定量、高準(zhǔn)確性 。
DNA甲基化在**中的作用主要表現(xiàn)在以下幾個(gè)方面：一是甲基化的CpG島二核苷酸中的胞嘧啶以較高的頻率脫氨基變成胸腺嘧啶，造成堿基突變；二是抑*基因和DNA修復(fù)基因由于超甲基化而沉默；三是*基因甲基化水平降低而活化；四是基因組總體甲基化水平降低使轉(zhuǎn)座子、重復(fù)序列活化導(dǎo)致染色體穩(wěn)定性下降。這些因素是導(dǎo)致**發(fā)展、轉(zhuǎn)移、惡化**終導(dǎo)致患者死亡的重要原因。其中后三個(gè)方面源于甲基化水平的改變，而甲基化的過程是可逆的，因此可以甲基化位點(diǎn)為靶點(diǎn)，靶向用藥進(jìn)行**的預(yù)防、***。WGBS技術(shù)及應(yīng)用是有力方案。遼寧oxBSDNA甲基化經(jīng)驗(yàn)豐富
全基因組甲基化分析及特異位點(diǎn)甲基化檢測(cè)。江蘇TAB-SeqDNA甲基化歡迎咨詢
低甲基化，原*基因***正常細(xì)胞中，由于甲基化作用原*基因多處于沉默狀態(tài)，但在多種**細(xì)胞中，均發(fā)現(xiàn)原*基因處于低甲基化狀態(tài)，并且低甲基化狀態(tài)與其蛋白表達(dá)升高密切相關(guān)，表明低甲基化狀態(tài)可使原*基因***。轉(zhuǎn)座子活化轉(zhuǎn)座子是可移動(dòng)的基因序列，包括LINE-1、HERV-K等，在人類基因組中含量豐富，正常情況下處于被甲基化狀態(tài)而轉(zhuǎn)錄沉默。而在**細(xì)胞中，由于基因組總體甲基化水平的降低，這些序列也因去甲基化而活化，轉(zhuǎn)移位置導(dǎo)致基因片段的插入和缺失。江蘇TAB-SeqDNA甲基化歡迎咨詢