SingleCellSequencing技術，即利用優(yōu)化后的高通量測序技術（NGS，NextGenerationSequencing）分析每一個單個細胞的序列信息，從而更高分辨率地揭示細胞間的細胞差異以及其在微環(huán)境中的功能情況。那么問題來了，如何獲得單個細胞？如果無法獲得單個細胞這一切都是不成立的；如何獲得大批量的單個細胞？單個組織細胞群體通常在百萬級別以上，如果被檢測的測序細胞數量過小精確度不足；如何低成本地獲得大批量單個細胞？單細胞測序成本非常高，尤其是需要測2000~3000個以上的細胞的時候，如果單個細胞的分選成本也很高，技術根本無法普及。所以，正因為這些問題的存在使得高通量測序在單個...

烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數據分析平臺，針對龐大的單細胞測序數據，能夠實現細胞類型鑒定的快、精、準：一鍵導入genelist構建個性化基因列表；輕松一點即可展示Marker基因的Featureplot；任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細胞類型；一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖：輕松獲得并下載基因表達的t-SNE圖、Heatmap、Violin圖，還可以通過調節(jié)寬、高和系數比例來調節(jié)美觀。平臺上線300+task自主分析工具、50+pipeline工作流模板，幫助烈冰生信分析團隊和自主分析用戶實現分析工具和模板的快速調用和一站式全流程自動...

單細胞測序結果動輒上百G數據量，龐大的數據對于分析平臺和分析能力有著很高的要求，首先針對下機數據的質控環(huán)節(jié)：單細胞測序產生數億的結果序列，不可避免的會出現低質量的測序結果，存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質量評估就會變得極為重要。序列質量主要通過測序質量值Q20/Q30的占比來表征，即堿基測序結果的錯誤率在1%/0.1%以下的比例。理想的測序結果reads的堿基質量均高于30。保證數據獲得后的處理結果的準確性，為后續(xù)細胞類型鑒定和功能分析打下堅實基礎。烈冰開展了單細胞轉錄組、單細胞多組學以及空間轉錄組等多種產品在內的全套科研解決方案。廣州10X Chromium X單細胞測序商業(yè)化服務基...

單細胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉錄qPCR（RT-qPCR）都采用一個共同過程，即分離RNA并將其轉化為cDNA進行分析。不過，每種分析在開展方式和獲得的數據上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細胞中分離RNA，然后將其轉化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構建新一代測序文庫，從而測定整個轉錄組的基因表達。RT-qPCR則是從cDNA中擴增特定靶點，并通過熒光測定表達水平。RT-qPCR限于已知靶點，而RNA-seq可實現無偏倚的全轉錄組基因表達分析。然而，這兩者只能提供細胞群體內基因表達的平均情況。單細胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細胞分離到微孔或...

二代測序技術在測序方法上取得了重大突破，基于“邊合成邊測序”（sequencingbysynthesis）和大規(guī)模平行測序技術（massiveparallelanalysis,MPS），使測序通量和讀取速度得到極大提升，例如IlluminaSolexa測序儀。Illumina的測序原理可以簡化為四步：樣品文庫構建、簇生成、測序和數據分析。由于讀長限制，樣品DNA或由RNA逆轉錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段，并在3和5端接上3種序列：1）Index，用于區(qū)分樣品來源；2）Adapter，用于結合測序通道上的位點；3）Primerbindingsite，用于結合PCR引物...

所謂的高通量測序技術，又名大規(guī)模平行測序，是將DNA（或者cDNA）隨機片段化、加接頭，制備測序文庫，通過對文庫中數以萬計的克隆(colony)進行延伸反應，檢測對應的信號，獲取序列信息。與傳統測序法（Sanger法等）相比，高通量測序技術在處理大規(guī)模樣品時具有明顯的優(yōu)勢，又快（兩天）又多（數百萬克?。?，成為目前組學研究的主要技術。單細胞測序是一個系統的工程，開展項目前您可能會先評估它提供的見解是否與您的研究問題相匹配，如果匹配，實驗過程如何規(guī)劃，實驗平臺如何選擇，樣本如何制備，數據如何分析等等，而在這一切開始之前，我們的服務就已經開始了，從銷售到實驗到專業(yè)技術支持，我們開通全線對接渠道，幫助...

細胞計數和活力評估在評估樣本質量時，需要在細胞清洗和過濾之后測定細胞活力，這一點至關重要。測定細胞活力有許多種方法，烈冰多年單細胞測序經驗發(fā)現臺盼藍法在鑒定活細胞與死細胞的比例時效果很好。細胞計數的準確性以及目標回收量和實際回收量之間的一致性，取決于我們了解樣本中有多少個細胞。一旦過濾和清洗完成，可采用細胞計數設備（如血球計數器或自動細胞計數儀）進行定量。這些設備不但能提供準確的細胞計數，還能計算出向微流體芯片上樣適量細胞所需的細胞懸液體積。全線搭建10X Genomics Chromium X單細胞實驗測序平臺。武漢10X Genomics單細胞測序技術支持基于10XNextGEM技術，單細...

單細胞測序技術（SingleCellSequencing）從一種新興的研究角度，借助已有的高通量測序手段，幫助研究者在樣本中細胞的異質性、免疫微環(huán)境、發(fā)育學、免疫學以及其他領域中進行單細胞層面的數據解析，解決了BulkPopulationSequencing所無法解決的問題。這樣一個新的研究領域必然也需要足夠可靠的實驗手段來支撐。BDRhapsody單細胞分選系統為此提供了完善的硬件設備，保證了從單細胞懸液質量評估到單細胞分選標記過程中每一個實驗步驟的準確質控。NovelBio單細胞實驗團隊借助BDRhapsody單細胞分選系統，在實驗實施層面對單細胞測序結果的可靠性提供了強有力的保證。繼單細...

從單細胞測序描述性分析轉向復雜樣本中不同細胞類型的功能解析，越來越需要一種多組學的細胞生物學視角。通過單細胞多組學——即對不同組學的數據集進行分析和整合——科學家能夠從同一個單細胞來源中檢測多種細胞特征。這些特征包括全轉錄組基因表達、細胞表面蛋白表達、免疫組庫序列（包括T細胞和B細胞受體）以及用于了解表觀基因組調控的開放染色質區(qū)域。隨著單個實驗可提供更多信息豐富的數據，研究人員的獲益更多，包括保留珍貴樣本、提高生產力、減少因批次效應引起的錯誤，并節(jié)省更多的高科技資源（從資助基金到人員時間）。全線搭建10x Genomics單細胞測序平臺。天津10X Genomics單細胞測序數據分析為什么需要...

單細胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉錄qPCR（RT-qPCR）都采用一個共同過程，即分離RNA并將其轉化為cDNA進行分析。不過，每種分析在開展方式和獲得的數據上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細胞中分離RNA，然后將其轉化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構建新一代測序文庫，從而測定整個轉錄組的基因表達。RT-qPCR則是從cDNA中擴增特定靶點，并通過熒光測定表達水平。RT-qPCR限于已知靶點，而RNA-seq可實現無偏倚的全轉錄組基因表達分析。然而，這兩者只能提供細胞群體內基因表達的平均情況。單細胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細胞分離到微孔或...

基因和基因產物并不是單獨運作的，而是參與了相互關聯的復雜通路、網絡和分子系統，這些合在一起實現了細胞、組織和生物體的運作。定義這些系統并確定它們的特征和相互作用，對于了解生物系統如何運作至關重要?！睘榱送苿涌茖W發(fā)現，科學家們需要各種能夠幫助多方位了解其樣本的潛在生物復雜性的研究工具。對于越來越多的研究人員來說，單細胞RNA測序和單細胞多組學——即在單細胞分辨率下對基因表達及其他基于DNA、RNA或蛋白質的分析物進行定量分析的基因組方法——在幫助解決他們面臨的生物學問題上已證實是行之有效的。搭建多種測序數據的生物信息分析平臺，5000+項目檢驗，真實可信賴。單細胞測序多組學測序截至2022年6月...

對于單細胞測序而言，常常需要先構建細胞圖譜，在此基礎上再開展后續(xù)各項分析，并且數據分析時以細胞聚類（cellcluster）為討論對象，而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象，因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格，但是單細胞測序，特別是目的為圖譜研究時，需要通過提高樣本復雜度（增加樣本數），盡可能的構建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此，單細胞測序實驗設計時首先需要保證生物學重復，不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫、測序，以保證捕獲到足夠的細胞數，單個樣本分別捕獲細胞時，后續(xù)分析除了整體分析以外，還可以做單樣本分析，保證分析的完備準確性。單細胞測序是...

單細胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉錄qPCR（RT-qPCR）都采用一個共同過程，即分離RNA并將其轉化為cDNA進行分析。不過，每種分析在開展方式和獲得的數據上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細胞中分離RNA，然后將其轉化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構建新一代測序文庫，從而測定整個轉錄組的基因表達。RT-qPCR則是從cDNA中擴增特定靶點，并通過熒光測定表達水平。RT-qPCR限于已知靶點，而RNA-seq可實現無偏倚的全轉錄組基因表達分析。然而，這兩者只能提供細胞群體內基因表達的平均情況。單細胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細胞分離到微孔或...

單細胞測序是指針對單個細胞進行全轉錄組測序分析，可精確地描述每一個細胞的狀態(tài)，在異質性發(fā)育過程中具有特殊的應用價值。然而，單細胞測序無法給出固態(tài)異質化組織中細胞空間排布信息，對于揭示發(fā)育過程、病理微環(huán)境都存在很大的局限性?？臻g轉錄組測序以點陣形式記錄病理切片細胞的空間信息并進行測序，可以精確指示點陣內的全部基因表達情況?？臻g轉錄組測序的加入，無疑讓單細胞測序如虎添翼，更精確地勾勒了組織水平的異質性。助力探索生命時空多維度的動態(tài)變化的生物學信息；助力醫(yī)療健康時代！武漢10X Chromium X單細胞測序數據分析一味的追求高細胞數量的捕獲，小心得不償失，原因在這：單細胞測序所有的分析都是基于細胞...

RNA測序（RNA-seq）或芯片分析等大量樣本的轉錄組學方法作為一類強大的工具，可提供混合樣本的基因表達平均數據，幫助科學家開始揭示這種異質性。隨后，技術創(chuàng)新的飛躍在單細胞技術上達到新高度——使得科學家能夠定義細胞類型特異的基因表達，從過去的平均數據中分辨出真正驅動其表達模式的細胞異質性。這讓研究人員能夠更詳細地表征組織異質性，鑒定稀有細胞類型，并逐個細胞地仔細分析其分子機制。當獲得了對其研究的生物系統更為真實的圖譜后，研究人員就有了更為堅實可靠的知識基礎，并能在這個基礎上規(guī)劃下一步實驗，以獲取更深入的可行動見解。烈冰單細胞多組學測序助您探究細胞類型特異性和基因調控網絡特征。成都高通量測序單...

10X Genomics單細胞轉錄組測序是利用單細胞水平上的高通量測序分析基因表達譜的技術，也是目前國內和國際上公認的單細胞測序大規(guī)模實驗平臺技術，該平臺基于動態(tài)微流控原理，突破傳統高通量測序的局限性，組織解離后，單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細胞， 基于每個細胞分別建庫測序，獲得單個細胞的基因結構和基因表達狀態(tài)，并鑒定細胞的類型，可以在不同樣本間從細胞類型的組成和豐度角度進行比較，反映細胞間的異質性，提供足夠靈活的定制測定法以滿足多種實驗需要，并有效縮短實驗是時間和降低測序成本。測序的革新讓科學研究從個體基因差異逐漸轉為個體細胞的基因差異。蘇州10X Chromium X單細胞測...

10XGenomics和Drop-Seq具有類似的技術原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，一列縱向孔道輸入細胞，凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上，并通過微流控技術，將之輸入到第二縱向孔道，即油相孔道中。這時候，就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠，那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的CellBarcode和UMIBarcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，構成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligodT抓住mRNA構建文庫。個性化制定測序項目方面，滿足從檢測基因到蛋白的多組學測序要求。合肥上海烈冰單細胞測序作為...

單細胞多組學帶來的突破不但改進了實驗過程，還幫助科學家在健康和疾病研究的關鍵領域取得新進展。那些過去從轉錄平均值或單項參數讀取中無法獲得的新發(fā)現正在改變我們對疾病的認識。從鑒定新的細胞類型和狀態(tài)，到揭開疾病用藥應答和耐藥的潛在機制，單細胞測序正在推動突破性的研究，有望改變生物學和醫(yī)療。無論是無法解釋的疾病，還是人體或自然界中尚未探索的系統，曾經模糊的東西正變得越來越清晰。隨著我們邁向科學的未來，我們手頭的工具就像伽利略的望遠鏡一樣能夠提高焦距和放大倍數，而定義科學未來的知識新深度是十年前的人們所無法想象的。烈冰科技已建立了多種國際和國內主流的高通量測序實驗平臺。長沙10X Chromium X...

單細胞測序是指針對單個細胞進行全轉錄組測序分析，可精確地描述每一個細胞的狀態(tài)，在異質性發(fā)育過程中具有特殊的應用價值。然而，單細胞測序無法給出固態(tài)異質化組織中細胞空間排布信息，對于揭示發(fā)育過程、病理微環(huán)境都存在很大的局限性。空間轉錄組測序以點陣形式記錄病理切片細胞的空間信息并進行測序，可以精確指示點陣內的全部基因表達情況?？臻g轉錄組測序的加入，無疑讓單細胞測序如虎添翼，更精確地勾勒了組織水平的異質性。烈冰專精單細胞多組學測序領域。南京二代測序單細胞測序數據分析細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發(fā)生，因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行...

對于單細胞測序而言，常常需要先構建細胞圖譜，在此基礎上再開展后續(xù)各項分析，并且數據分析時以細胞聚類（cellcluster）為討論對象，而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象，因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格，但是單細胞測序，特別是目的為圖譜研究時，需要通過提高樣本復雜度（增加樣本數），盡可能的構建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此，單細胞測序實驗設計時首先需要保證生物學重復，不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫、測序，以保證捕獲到足夠的細胞數，單個樣本分別捕獲細胞時，后續(xù)分析除了整體分析以外，還可以做單樣本分析，保證分析的完備準確性。烈冰引進國際...

一味的追求高細胞數量的捕獲，小心得不償失，原因在這：單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行，而細胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后，獲得細胞基因表達譜，通過降維（pca），無監(jiān)督聚類以及可視化（t-SNE）得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式，因此即使是相同的數據，在剔除幾個細胞的情況下，前后獲得的聚類圖也會出現明顯不同。而當細胞捕獲數過多時，無論是假陰性和假陽性數據還是多細胞數據，都會對正常細胞聚類產生影響，造成聚類結果失真。這也是很多文章，特別是很多高分文章，為什么單個樣本捕獲細胞數在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數在3000-5000個時...

基于10XGeomics動態(tài)微流控技術，利用Tn5轉座酶酶切開放染色質，形成短片段，單細胞ATAC測序在表觀基因組學水平上，揭示單細胞染色質的可及性問題，區(qū)分細胞異質性，獲得開放染色質的位置、轉錄因子的結合位點、核小體的調控區(qū)域和染色質狀態(tài)等信息，是單細胞表觀遺傳學的重要突破：分析每個細胞數千個獨特的染色質開放區(qū)域，識別細胞類型和細胞狀態(tài)；識別重要的轉錄因子，進行譜系和發(fā)育追蹤；探究驅動細胞類型和狀態(tài)之間基因表達差異的非編碼序列；探究細胞類型特異性和基因調控網絡特征等。是當前重要的多組學研究基因表達和表觀遺傳學的手段。烈冰實驗室包含從樣本處理到測序下機的全套實驗平臺。西安10X Chromiu...

科技的發(fā)展讓單細胞測序已經應用于疾病發(fā)展過程中的關鍵過程和事件，如前病變向惡性的轉化、惡性向轉移性的發(fā)展，以及對多種用藥的反應。單細胞測序技術作為一個需要將組織解離成為單細胞懸液，或者是采用細胞核捕獲的策略捕獲單細胞核，進而對于每一個單細胞或者細胞核進行測序得到結果的技術，其空間定位信息是丟失的。這就衍生出了一個問題就是如果單細胞A與B并不出現在一個組織區(qū)域中他們會互相影響或者轉化么？免疫研究中，兩個具有非常強的PDL1-PD1的配對關系的細胞在組織切片上風馬牛不相及，這樣PDL1-PD1的關系會生效么？全線搭建10x Genomics單細胞測序平臺。10X Genomics單細胞測序數據分析...

基因和基因產物并不是單獨運作的，而是參與了相互關聯的復雜通路、網絡和分子系統，這些合在一起實現了細胞、組織和生物體的運作。定義這些系統并確定它們的特征和相互作用，對于了解生物系統如何運作至關重要?！睘榱送苿涌茖W發(fā)現，科學家們需要各種能夠幫助多方位了解其樣本的潛在生物復雜性的研究工具。對于越來越多的研究人員來說，單細胞RNA測序和單細胞多組學——即在單細胞分辨率下對基因表達及其他基于DNA、RNA或蛋白質的分析物進行定量分析的基因組方法——在幫助解決他們面臨的生物學問題上已證實是行之有效的。經驗豐富的實驗團隊，為獲得示組織內真實表達水平的高質量冷凍切片提供硬件和技術保障。長春烈冰單細胞測序單細胞...

截至2022年6月，烈冰生物助力發(fā)表單細胞文章近40篇，從平臺應用比例來看，應用10X Genomics和BD Rhapsody兩大平臺發(fā)文比例各占50%左右，研究類型涵蓋疾病發(fā)展，靶點探索，免疫研究，神經發(fā)育，干細胞分化，植物發(fā)育，退行病變，糖尿病，COVID-19等等研究；從發(fā)表期刊水平來看，烈冰生物聯合發(fā)表的單細胞文章，CNS一區(qū)期刊占比在30%以上，其中包括immunity三篇，Nature子刊3篇（Nature cell biology,Nature Plants，Nature communication）,風濕類領域ARD期刊1篇，CUT 1篇，Advanced Science多篇...

烈冰科技作為國內率先同時擁有10XGenomics和BDRhapsody雙分選平臺的測序服務商及云計算服務供應商，經過多年實戰(zhàn)，擁有豐富的單細胞懸液制備和分選經驗，實測BDRhapsody對能夠高效捕獲粒細胞。針對不同的分選平臺、建庫方法，實戰(zhàn)總結搭建出不同的數據預處理工作流程；烈冰科技NovelBrain?生物大數據平臺能有效支撐生命科學研究、醫(yī)療健康等領域對大數據分析的需求。高通量測序實驗平臺，包括NovaSeq6000、10XChromiumX、BDFACSMelody、PANNORAMIC數字切片掃描儀等，配合一支來自海內外名校、多學科交叉型的高素質綜合團隊，為您的科學研究保駕護航。烈...

烈冰科技專注為科研學者提供專注的測序數據分析服務，先后經歷基因芯片時代、基因測序、轉錄組測序時代...在科技日新月異的洪流中始終獨占鰲頭。2018年以來，單細胞測序進入發(fā)展的快車道，烈冰作為國內首批引進單細胞實驗雙平臺的公司，依托自主研發(fā)的NovelBrain?生物大數據分析平臺，為用戶提供一站式全流程的單細胞測序服務和解決方案。4年的單細胞技術的積累，烈冰已具備大鼠、小鼠、斑馬魚、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種，皮膚、腦、脂肪、心臟、花序等50+組織類型，100+細胞類型，1000+靶標基因，10000+樣本處理經驗。截至2021年10月，烈冰助力發(fā)表單細胞測序文章近20篇。廈門二代測...

作為單細胞測序的一個重要里程碑，10xgenomic公司于2016年2月推出10xChromiumSingleCellGeneExpressionSolution，此平臺整合了儀器、試劑盒和信息學軟件，能精確對接illumina測序儀，因此可實現大量大細胞的快速高效標記、測序和分析，獲得單細胞水平的基因表達譜和差異情況，并通過對復雜細胞群體進行深入細致分析，繪制大規(guī)模單細胞表達圖譜。以量化細胞內的群體異質性，并逐個鑒定細胞類型、細胞狀態(tài)和動態(tài)細胞躍遷。除了有望鑒定新的細胞亞型和稀有細胞群體，單細胞技術還能更好地了解轉錄動態(tài)和基因調控關系。個性化制定測序項目方面，滿足從檢測基因到蛋白的多組學測序...

針對樣本活性的問題，10×Genomics官方建議當單細胞懸液活性低于70%時應做去除死細胞操作，但也需要注意到，去除死細胞的操作會損失一定的細胞數量，10×Genomics和MiltenyiBiotec都沒有給出單細胞懸液含有多少細胞數量才建議做去除死細胞的操作。基于烈冰多年單細胞測序實驗經驗，建議當細胞懸液進行質量和活性檢測后，考慮對細胞活性在50%-70%的懸液進行去除死細胞的操作。而太低活性的懸液（小于30%），懸液中細胞大量死亡，可能已經丟失了原組織內的細胞比例和狀態(tài)，失真嚴重，建議重新收集樣本進行新的實驗，保證數據的高質量和實驗結果的準確性。十二年測序經驗，烈冰生物單細胞多組學領域...

樣本制備后的保存為了盡可能地減少轉錄組的變化，在對細胞進行清洗和計數后，單細胞懸液應當保存于冰上，直至用于后續(xù)的上機和文庫制備步驟。在理想狀況下，一旦制備好樣本，應當在3min鐘內將其用于下游步驟。然而，您還有必要了解各類細胞的不同性質，因為這可能會影響細胞應在冰上保存的時間，以及它們在制備后多久便應當被盡快使用。例如，有些細胞（如PBMC）如果在冰上放置一段時間，它們就開始形成團塊。這些團塊很難解離，增加了堵塞的風險，而且每個團塊被當成單細胞計數，又降低了細胞計數的準確性。此外，有些細胞更加粘稠，形成團塊的速度更快。對于這些細胞，必須盡量減少制備和使用之間的時間差全線搭建10x Genomi...