陜西高通量測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)公司

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-08-01

對(duì)于單細(xì)胞測(cè)序而言,常常需要先構(gòu)建細(xì)胞圖譜,在此基礎(chǔ)上再開展后續(xù)各項(xiàng)分析,并且數(shù)據(jù)分析時(shí)以細(xì)胞聚類(cellcluster)為討論對(duì)象,而不是像常規(guī)Bulk測(cè)序一樣以組別為分析對(duì)象,因此單細(xì)胞測(cè)序項(xiàng)目對(duì)樣本入組要求沒有Bulk測(cè)序那樣嚴(yán)格,但是單細(xì)胞測(cè)序,特別是目的為圖譜研究時(shí),需要通過提高樣本復(fù)雜度(增加樣本數(shù)),盡可能的構(gòu)建某一疾病類型、群體細(xì)胞圖譜信息。因此,單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)設(shè)計(jì)時(shí)首先需要保證生物學(xué)重復(fù),不同樣本來源的樣本建議單獨(dú)進(jìn)行細(xì)胞解離和捕獲、建庫、測(cè)序,以保證捕獲到足夠的細(xì)胞數(shù),單個(gè)樣本分別捕獲細(xì)胞時(shí),后續(xù)分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準(zhǔn)確性。單細(xì)胞測(cè)序是高通量測(cè)序下的又一重大技術(shù)突破。陜西高通量測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)公司

二代測(cè)序技術(shù)在測(cè)序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測(cè)序”(sequencingbysynthesis)和大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù)(massiveparallelanalysis,MPS),使測(cè)序通量和讀取速度得到極大提升,例如IlluminaSolexa測(cè)序儀。Illumina的測(cè)序原理可以簡(jiǎn)化為四步:樣品文庫構(gòu)建、簇生成、測(cè)序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長(zhǎng)限制,樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3和5端接上3種序列:1)Index,用于區(qū)分樣品來源;2)Adapter,用于結(jié)合測(cè)序通道上的位點(diǎn);3)Primerbindingsite,用于結(jié)合PCR引物啟動(dòng)擴(kuò)增反應(yīng)。


武漢10X Genomics單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析可視化單細(xì)胞測(cè)序因其強(qiáng)大的探究疾病--細(xì)胞--基因的關(guān)系,一度成為高通量測(cè)序技術(shù)的“天花板”。

一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲,小心得不償失,原因在這:?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行,而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜,通過降維(pca),無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進(jìn)行細(xì)胞聚類時(shí)需要考慮到每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),在剔除幾個(gè)細(xì)胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會(huì)出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過多時(shí),無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù),都會(huì)對(duì)正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響,造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個(gè)時(shí),數(shù)據(jù)量在100G左右時(shí),可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。

烈冰科技作為國內(nèi)率先同時(shí)擁有10XGenomics和BDRhapsody雙分選平臺(tái)的測(cè)序服務(wù)商及云計(jì)算服務(wù)供應(yīng)商,經(jīng)過多年實(shí)戰(zhàn),擁有豐富的單細(xì)胞懸液制備和分選經(jīng)驗(yàn),實(shí)測(cè)BDRhapsody對(duì)能夠高效捕獲粒細(xì)胞。針對(duì)不同的分選平臺(tái)、建庫方法,實(shí)戰(zhàn)總結(jié)搭建出不同的數(shù)據(jù)預(yù)處理工作流程;烈冰科技NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)平臺(tái)能有效支撐生命科學(xué)研究、醫(yī)療健康等領(lǐng)域?qū)Υ髷?shù)據(jù)分析的需求。高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)平臺(tái),包括NovaSeq6000、10XChromiumX、BDFACSMelody、PANNORAMIC數(shù)字切片掃描儀等,配合一支來自海內(nèi)外名校、多學(xué)科交叉型的高素質(zhì)綜合團(tuán)隊(duì),為您的科學(xué)研究保駕護(hù)航。全線搭建10X Genomics Chromium X單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)測(cè)序平臺(tái)。

烈冰科技專注為科研學(xué)者提供專注的測(cè)序數(shù)據(jù)分析服務(wù),先后經(jīng)歷基因芯片時(shí)代、基因測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序時(shí)代...在科技日新月異的洪流中始終獨(dú)占鰲頭。2018年以來,單細(xì)胞測(cè)序進(jìn)入發(fā)展的快車道,烈冰作為國內(nèi)首批引進(jìn)單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)雙平臺(tái)的公司,依托自主研發(fā)的NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)分析平臺(tái),為用戶提供一站式全流程的單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)和解決方案。4年的單細(xì)胞技術(shù)的積累,烈冰已具備大鼠、小鼠、斑馬魚、猴、裸鼴鼠、水稻、擬南芥等10+物種,皮膚、腦、脂肪、心臟、花序等50+組織類型,100+細(xì)胞類型,1000+靶標(biāo)基因,10000+樣本處理經(jīng)驗(yàn)。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)遍地開花,烈冰服務(wù)讓您的醫(yī)學(xué)研究如虎添翼。福州單細(xì)胞測(cè)序

測(cè)序可準(zhǔn)確地分析基因表達(dá)差異、基因結(jié)構(gòu)變異、篩選分子標(biāo)記(SNPs或SSR)等生命科學(xué)重要問題。陜西高通量測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)公司

10X Genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是利用單細(xì)胞水平上的高通量測(cè)序分析基因表達(dá)譜的技術(shù),也是目前國內(nèi)和國際上公認(rèn)的單細(xì)胞測(cè)序大規(guī)模實(shí)驗(yàn)平臺(tái)技術(shù),該平臺(tái)基于動(dòng)態(tài)微流控原理,突破傳統(tǒng)高通量測(cè)序的局限性,組織解離后,單個(gè)樣本一次上機(jī)能捕獲500-20000個(gè)細(xì)胞, 基于每個(gè)細(xì)胞分別建庫測(cè)序,獲得單個(gè)細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài),并鑒定細(xì)胞的類型,可以在不同樣本間從細(xì)胞類型的組成和豐度角度進(jìn)行比較,反映細(xì)胞間的異質(zhì)性,提供足夠靈活的定制測(cè)定法以滿足多種實(shí)驗(yàn)需要,并有效縮短實(shí)驗(yàn)是時(shí)間和降低測(cè)序成本。陜西高通量測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)公司

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