天津10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析

從單細胞測序描述性分析轉(zhuǎn)向復雜樣本中不同細胞類型的功能解析，越來越需要一種多組學的細胞生物學視角。通過單細胞多組學——即對不同組學的數(shù)據(jù)集進行分析和整合——科學家能夠從同一個單細胞來源中檢測多種細胞特征。這些特征包括全轉(zhuǎn)錄組基因表達、細胞表面蛋白表達、免疫組庫序列（包括T細胞和B細胞受體）以及用于了解表觀基因組調(diào)控的開放染色質(zhì)區(qū)域。隨著單個實驗可提供更多信息豐富的數(shù)據(jù)，研究人員的獲益更多，包括保留珍貴樣本、提高生產(chǎn)力、減少因批次效應引起的錯誤，并節(jié)省更多的高科技資源（從資助基金到人員時間）。全線搭建10x Genomics單細胞測序平臺。天津10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析

為什么需要單細胞分辨率？生物學就像宇宙一樣。它非常復雜，有許多獨特的單體，也就是細胞。這些細胞相互作用并扮演不同的角色，在更大的體系中構(gòu)建并驅(qū)動多個過程。就像伽利略探索宇宙的努力一樣，發(fā)現(xiàn)和定義這些細胞也需要高分辨率的工具，才能解開促成生物學復雜性的基因表達異質(zhì)性。單細胞測序能夠在以一個細胞為功能單位中開展生物學研究，闡明具體細節(jié)，構(gòu)建出一幅更大、更精細的圖譜，說明導致產(chǎn)生某種外在表型的不同類型的分子和細胞之間是如何相互作用的：患者為什么會復發(fā)？是什么讓這種疫苗能夠有效防止傳染等等諸多問題。廣州10X Genomics單細胞測序百萬通量平臺截至2021年10月，烈冰助力發(fā)表單細胞測序文章近20篇。

所謂的高通量測序技術(shù)，又名大規(guī)模平行測序，是將DNA（或者cDNA）隨機片段化、加接頭，制備測序文庫，通過對文庫中數(shù)以萬計的克隆(colony)進行延伸反應，檢測對應的信號，獲取序列信息。與傳統(tǒng)測序法（Sanger法等）相比，高通量測序技術(shù)在處理大規(guī)模樣品時具有明顯的優(yōu)勢，又快（兩天）又多（數(shù)百萬克?。?，成為目前組學研究的主要技術(shù)。單細胞測序是一個系統(tǒng)的工程，開展項目前您可能會先評估它提供的見解是否與您的研究問題相匹配，如果匹配，實驗過程如何規(guī)劃，實驗平臺如何選擇，樣本如何制備，數(shù)據(jù)如何分析等等，而在這一切開始之前，我們的服務(wù)就已經(jīng)開始了，從銷售到實驗到專業(yè)技術(shù)支持，我們開通全線對接渠道，幫助您快速定位項目訴求，提供從實驗設(shè)計到文章發(fā)表的全流程，我們始終是您貼心的科學合作伙伴。

10XGenomics是一種基于drop的微流控技術(shù)，液體在配套芯片中的微管道中流動，因此細胞直徑會受到芯片中微管道直徑的限制，微流體通道的直徑約為50~60um，因此捕獲細胞的直徑不能超過40um。當細胞直徑過大時，容易出現(xiàn)管道堵塞，造成GEM生成失敗，對于神經(jīng)科學研究和心血管疾病研究的老師而言，準備采用單細胞技術(shù)用于課題研究的時候，往往會遇到一個尷尬的問題，就是目標細胞，例如神經(jīng)元細胞、成熟心肌細胞由于體積過大，不適用于10X單細胞技術(shù)。其中神經(jīng)元細胞的直徑很大，直接超過了芯片中管道的直徑，雖然心肌細胞直徑低于50um，但是成熟心肌細胞的長度很長，有可能堵塞通道造成實驗失敗，這也是為什么現(xiàn)在很多已發(fā)表的心臟單細胞文章，主要研究方向是心臟發(fā)育的原因了，主要還是因為未發(fā)育成熟的心肌細胞比較小，不會出現(xiàn)堵塞管道的風險。因此可以考慮組織解離后過40um濾網(wǎng)，過濾掉大細胞，避免出現(xiàn)管道堵塞、實驗失敗的風險。此種方案的缺點是大細胞被過濾掉，丟失相關(guān)細胞數(shù)據(jù)；另外組織解離獲得高質(zhì)量細胞懸液以后，繼續(xù)做細胞裂解抽細胞核，開展細胞核測序。具體可訪問烈冰官網(wǎng)給我們留言，烈小冰將安排專業(yè)技術(shù)為您詳細解答。烈冰全線實驗平臺滿足超深度、大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和復雜疾病研究的測序。

多樣本數(shù)據(jù)合并：FractionofReadsKept：合并樣本時，各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大，需要進行Downsample處理，以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平，從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數(shù)量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù)，深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果，深入挖掘其背后的生物學意義；從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究，加速科研進程！單細胞科聯(lián)合空間轉(zhuǎn)錄組，展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達情況，揭示精細病理區(qū)域中“喚醒”的信號通路。沈陽單細胞測序商業(yè)化服務(wù)

烈冰科技成立10余年，為科研學者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務(wù)。天津10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析

10XGenomics和Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，一列縱向孔道輸入細胞，凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上，并通過微流控技術(shù)，將之輸入到第二縱向孔道，即油相孔道中。這時候，就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠，那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的CellBarcode和UMIBarcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligodT抓住mRNA構(gòu)建文庫。天津10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司致力于醫(yī)藥健康，是一家服務(wù)型的公司。烈冰生物致力于為客戶提供良好的單細胞測序，生物大數(shù)據(jù)云分析平臺，空間轉(zhuǎn)錄組測序，單細胞多組學測序，一切以用戶需求為中心，深受廣大客戶的歡迎。公司秉持誠信為本的經(jīng)營理念，在醫(yī)藥健康深耕多年，以技術(shù)為先導，以自主產(chǎn)品為重點，發(fā)揮人才優(yōu)勢，打造醫(yī)藥健康良好品牌。烈冰生物秉承“客戶為尊、服務(wù)為榮、創(chuàng)意為先、技術(shù)為實”的經(jīng)營理念，全力打造公司的重點競爭力。