病毒全基因組測(cè)序定在探普生物長(zhǎng)時(shí)間運(yùn)行過(guò)程中，我們接觸到的對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序項(xiàng)目有比較豐富的應(yīng)用場(chǎng)景。先，從事基因進(jìn)化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會(huì)用到測(cè)序。這種場(chǎng)景一般是用密集的sanger測(cè)序監(jiān)測(cè)某幾個(gè)關(guān)鍵基因，搭載一定頻率的全基因組...

未知病原鑒定測(cè)序?qū)嶒?yàn)基于二代測(cè)序技術(shù)。樣本經(jīng)過(guò)核酸純化-文庫(kù)構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這3大基本流程后轉(zhuǎn)換成了病原體的序列數(shù)據(jù)。首先，在核酸純化環(huán)節(jié)，探普提供專門針對(duì)病原的核酸純化樣本指南，以提高病原純度和得率，與此同時(shí)探普生物也提供核酸純化服務(wù)。第二，文庫(kù)構(gòu)建環(huán)節(jié)...

微生物鑒定方法：首先呢，就是從觀察顯微鏡下甚至光鏡下的微生物的的那個(gè)細(xì)胞的形態(tài)，比如說(shuō)，是球菌，還是桿菌，還是弧菌，還是螺旋菌，這都是可以從微生物的單個(gè)細(xì)胞形態(tài)上區(qū)分的。還有就是細(xì)胞的形態(tài)，比如說(shuō)是否有鞭毛、芽孢之類的東西，都是微生物鑒別的特征性特征。其次呢就...

新發(fā)人畜共患病呈現(xiàn)逐年遞增的趨勢(shì)，人類想要征服新發(fā)人畜共患病，就必須提前發(fā)掘潛在的新的致病的病原，并針對(duì)新病原進(jìn)行基因組分析、流行病學(xué)調(diào)查、致病機(jī)制及疫苗開(kāi)發(fā)等方面的研究。病毒宏基因組學(xué)是在宏基因組學(xué)基礎(chǔ)上發(fā)展起來(lái)研究特定環(huán)境中病毒的新興技術(shù)，該技術(shù)結(jié)合深度測(cè)...

病毒宏基因組學(xué)是在宏基因組學(xué)理論的基礎(chǔ)上，結(jié)合現(xiàn)有的病毒分子生物學(xué)檢測(cè)技術(shù)而興起的一個(gè)新的學(xué)科分支，是某類樣本中所有病毒(virus)或病毒類似物(virus-like-particle)及其所攜帶遺傳信息的總稱。宏病毒組直接以環(huán)境中所有病毒的遺傳物質(zhì)為研究對(duì)...

微生物因?yàn)轶w積小、質(zhì)量輕、適應(yīng)性強(qiáng)、繁殖能力強(qiáng)等特點(diǎn)，普遍分布于自然界中。它們存在于食品、化妝品、飼料、環(huán)境等人們能觸及的各個(gè)角落中。某些微生物對(duì)產(chǎn)品的污染，不僅影響到產(chǎn)品本身的質(zhì)量，更嚴(yán)重的是它危及消費(fèi)者的健康和安全。微生物檢測(cè)的檢測(cè)項(xiàng)目：菌落總數(shù)、霉菌和酵...

對(duì)于無(wú)菌藥品生產(chǎn)來(lái)說(shuō)生產(chǎn)區(qū)域的微生物種類非常有限，更具無(wú)菌藥品的具體生產(chǎn)內(nèi)容和過(guò)程，潔凈區(qū)內(nèi)會(huì)有芽孢桿菌占絕大多數(shù)酵母菌、霉菌和葡萄球菌少量存在，放射根瘤菌、苛養(yǎng)顆粒鏈菌等少數(shù)微生物種類。在無(wú)菌藥品生產(chǎn)過(guò)程中，應(yīng)初步建立微生物數(shù)據(jù)庫(kù)，建立潔凈區(qū)微生物數(shù)據(jù)庫(kù)是追...

基因芯片技術(shù)指的是通過(guò)微電子技術(shù)和微加工技術(shù)，將海量的基因寡核苷酸進(jìn)行高密度且有序排列，使其排列在纖維膜和硅片等載體上，從而形成信息檢測(cè)芯片。采用基因芯片技術(shù)對(duì)檢測(cè)樣品DNA經(jīng)過(guò)PCR技術(shù)擴(kuò)增后制備的探針點(diǎn)樣在基因芯片的表面，經(jīng)過(guò)熒光標(biāo)記的寡核苷酸點(diǎn)和芯片表面...

DNA病毒基因組的測(cè)序：動(dòng)物、人、植物被特定病毒株侵染、分離到病毒株、連續(xù)傳代的病毒株往往都需要獲得盡量完整的基因組序列來(lái)指導(dǎo)下一步的研究，傳統(tǒng)的sanger測(cè)序需要了解序列、設(shè)計(jì)引物、做很多PCR，往往效率很低，而NGS作為一種無(wú)需特異性引物擴(kuò)增的測(cè)序方式，...

高通量測(cè)序應(yīng)用于臨床感鑒定高通量測(cè)序臨床應(yīng)用的劣勢(shì)有：1)測(cè)序成本，尤其是海量數(shù)據(jù)的計(jì)算機(jī)輔助分析速度及成本；2)人體標(biāo)本及標(biāo)本處理過(guò)程均不是無(wú)菌狀態(tài)，難以區(qū)分健康攜帶和污染信號(hào)，尤其是條件病原體；3)難以確定高通量測(cè)序鎖定的可能病原體和目前疾病狀態(tài)的因果關(guān)系...

優(yōu)化臨床制備病毒宏基因組測(cè)序所用樣本的方法：①介紹高通量病毒宏基因組測(cè)序的樣本制備步驟，對(duì)臨床樣本的總核酸進(jìn)行隨機(jī)擴(kuò)增；②檢測(cè)了從血漿樣本中富集/擴(kuò)增DNA及RNA病毒的不同方法，一種包括過(guò)濾、核酸酶消化、在不同反應(yīng)中隨機(jī)擴(kuò)增DNA及RNA的步驟是較好的；③隨...

病毒宏基因組測(cè)序可直接對(duì)樣本中的核酸進(jìn)行高通量測(cè)序，鑒定樣本中可能存在的病原菌，輔助臨床決策。覆蓋細(xì)菌、病毒、寄生蟲(chóng)、衣原體、立克次氏體、螺旋體等13396種微生物；同時(shí)進(jìn)行耐藥基因檢測(cè)，涵蓋266種耐藥菌，2984種抗性基因。宏基因組測(cè)序在新發(fā)腹瀉病毒鑒定中...

新一代測(cè)序中基因從頭測(cè)序和重測(cè)序有什么區(qū)別？從頭測(cè)序的原理是生成互相分離的若干組帶放射性標(biāo)記的寡核苷酸，每組寡核苷酸都有固定的起點(diǎn)，但卻隨機(jī)終止于特定的一種或者多種殘基上?？梢詤^(qū)分長(zhǎng)度只差一個(gè)核苷酸的不同DNA分子的條件下，對(duì)各組寡核苷酸進(jìn)行電泳分析，只要把幾...

病毒是由一種核酸分子（DNA或RNA）與蛋白質(zhì)（Protein）構(gòu)成或只由蛋白質(zhì)構(gòu)成（如朊病毒）。根據(jù)遺傳物質(zhì)的組成，可分為單鏈DNA病毒（ssDNA）、雙鏈DNA病毒（dsDNA）、單鏈RNA病毒（ssRNA）、雙鏈RNA病毒（dsRNA）和蛋白質(zhì)病毒（如朊...

第二代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展：第二代測(cè)序技術(shù)(nextgene-rationsequencing,NGS)發(fā)展迅猛，與Sanger測(cè)序技術(shù)相比,NGS是一種能一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)的DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定的高通量的測(cè)序技術(shù),這種高通量測(cè)序使得對(duì)一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)...

二代測(cè)序：二代測(cè)序相較其他微生物鑒別手段，技術(shù)層面的差異主要就是無(wú)差別、非特異地將樣本中的核酸全部抓取進(jìn)行測(cè)序，這是它能對(duì)完全未知的物種實(shí)現(xiàn)鑒別的根本原因。搭載大數(shù)據(jù)分析，就可以將獲得的序列信息進(jìn)行比對(duì)或者注釋，獲得準(zhǔn)確的物種信息。實(shí)現(xiàn)這一目的，樣本需要經(jīng)歷：...

病毒全基因組測(cè)序定：上海探普生物科技有限公司的對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序有什么優(yōu)勢(shì)？全國(guó)開(kāi)設(shè)病毒相關(guān)測(cè)序的公司不超過(guò)5家，只有探普生物是專門為病毒研究者服務(wù)的，探普生物的研發(fā)團(tuán)隊(duì)和實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)都來(lái)自全國(guó)各地病毒學(xué)、微生物學(xué)專業(yè)的高校，碩士及以上學(xué)歷成員超過(guò)60%，團(tuán)...

病毒鑒定常用方法有哪些？病原學(xué)檢測(cè)主要適用于急性期血液標(biāo)本，一般認(rèn)為發(fā)病7天內(nèi)檢測(cè)陽(yáng)性率高。（1）核酸檢測(cè)：采用熒光定量RT-PCR方法，是目前早期診斷寨卡病毒病的主要檢測(cè)手段。（2）病毒分離：將標(biāo)本接種于蚊源細(xì)胞（C6/36）或哺乳動(dòng)物細(xì)胞（BHK21、Ve...

微生物鑒定的方法：首先呢，就是從觀察顯微鏡下甚至光鏡下的微生物的的那個(gè)細(xì)胞的形態(tài)，比如說(shuō)，是球菌，還是桿菌，還是弧菌，還是螺旋菌，這都是可以從微生物的單個(gè)細(xì)胞形態(tài)上區(qū)分的。還有就是細(xì)胞的形態(tài)，比如說(shuō)是否有鞭毛、芽孢之類的東西，都是微生物鑒別的特征性特征。其次呢...

微生物檢測(cè)的相關(guān)知識(shí)：在保藏厭氧菌種或研究微生物的動(dòng)力時(shí)常采用此法。做穿刺接種時(shí)，用的接種工具是接種針。用的培養(yǎng)基一般是半固體培養(yǎng)基。它的做法是：用接種針蘸取少量的菌種，沿半固體培養(yǎng)基中心向管底作直線穿刺，如某細(xì)菌具有鞭毛而能運(yùn)動(dòng)，則在穿刺線周圍能夠生長(zhǎng)。澆混...

未知病原微生物鑒定中的高通量測(cè)序應(yīng)用于臨床感鑒定高通量測(cè)序臨床應(yīng)用的劣勢(shì)有：1)測(cè)序成本，尤其是海量數(shù)據(jù)的計(jì)算機(jī)輔助分析速度及成本；2)人體標(biāo)本及標(biāo)本處理過(guò)程均不是無(wú)菌狀態(tài)，難以區(qū)分健康攜帶和污染信號(hào)，尤其是條件病原體；3)難以確定高通量測(cè)序鎖定的可能病原體和...

宏基因組測(cè)序相關(guān)知識(shí)：宏基因組測(cè)序是對(duì)人體樣本或特定環(huán)境樣品中的總核酸（DNA或RNA）進(jìn)行高通量測(cè)序，通過(guò)比對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)，得到傳染病原體的信息，能夠檢測(cè)出新發(fā)和罕見(jiàn)病原體，特別是在未知病原檢測(cè)中發(fā)揮了難以替代的作用，當(dāng)然宏基因組檢測(cè)方法也面臨不少挑戰(zhàn)，檢測(cè)結(jié)果的...

除了利用病毒的致病性定量檢測(cè)病毒外，還可應(yīng)用物理方法，如在電子顯微鏡下計(jì)數(shù)病毒顆粒，或用紫外分光光度計(jì)測(cè)定提純病毒的蛋白和核酸量，這些方法所測(cè)得的數(shù)據(jù)包括了的病毒粒。植物病毒的培養(yǎng)和檢測(cè)大都是在整株植物上進(jìn)行的醫(yī)學(xué)教育|網(wǎng)搜集整理。從搗碎的病葉汁中制備病毒，常...

病毒宏基因組測(cè)序是在宏基因組學(xué)理論的基礎(chǔ)上,結(jié)合現(xiàn)有的病毒分子生物學(xué)檢測(cè)技術(shù)而興起的一個(gè)新的學(xué)科分支。而所謂宏基因組學(xué)(metagenomics)就是一種以環(huán)境樣品中的微生物群體基因組為研究對(duì)象,以功能基因篩選和測(cè)序分析為研究手段,以微生物多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)...

未培養(yǎng)病毒基因組的標(biāo)準(zhǔn)：①關(guān)于未培養(yǎng)病毒基因組標(biāo)準(zhǔn)的信息是在基因組標(biāo)準(zhǔn)框架內(nèi)制定的，包括病毒起源、基因組質(zhì)量、基因組注釋、分類信息、生物地理分布和宿主預(yù)測(cè)；②UViGs有助于提高我們對(duì)病毒進(jìn)化歷史和病毒-宿主之間相互作用的理解；③病毒基因組組成和內(nèi)容、復(fù)制策略...

宏基因組概念：宏基因組有廣義和狹義兩種概念。廣義的概念是指所有可能與人的生活密切相關(guān)的微生物的基因組，包括長(zhǎng)期共生在體內(nèi)的微生物，也包括可以進(jìn)入體內(nèi)，對(duì)人類的生活造成不同形式的影響的微生物。而狹義的宏基因組是只指長(zhǎng)期共生在體內(nèi)的微生物。宏基因組測(cè)序分析技術(shù)：?jiǎn)?..

微生物鑒定：微生物鑒定可以用微生物對(duì)噬菌體的敏感性作為指標(biāo)來(lái)鑒定微生物的種屬。因?yàn)楦鞣N噬菌體都有其嚴(yán)格的宿主范圍，不同的細(xì)菌作為噬菌體的宿主對(duì)應(yīng)有特定的已知特性的噬菌體，其和噬菌體的作用方式也有接合，轉(zhuǎn)化，轉(zhuǎn)接，溶原性轉(zhuǎn)換和原生質(zhì)體融合等多種方式。部分細(xì)菌可以...

第二代測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用：第二代測(cè)序技術(shù)(NGS)因其快速和靈敏的檢測(cè)特點(diǎn)已成為植物病毒學(xué)研究的強(qiáng)有力工具，這一技術(shù)具有非序列依賴性的優(yōu)勢(shì),能同時(shí)檢測(cè)植物樣品中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的、含量高及含量低的所有的DNA病毒、RNA病毒以及類病毒,它的出現(xiàn)極大地變革和推進(jìn)了病...

隨著測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，對(duì)微生物群（微生物組）的研究逐漸加深，研究熱點(diǎn)越來(lái)越多集中于環(huán)境和生物體相互作用的微生物群。加之測(cè)序成本降低，分析技術(shù)不斷提升，都使得宏基因組測(cè)序技術(shù)得到普遍應(yīng)用。為什么要做宏基因組：宏基因組相對(duì)16S來(lái)說(shuō)其物種分辨率會(huì)更高，隨著物種測(cè)序完...

病原微生物檢測(cè)方法-多種PCR結(jié)合使用，基因芯片技術(shù)與多重PCR結(jié)合可以通過(guò)PCR對(duì)目的基因進(jìn)行放大，通過(guò)基因芯片的熒光探針增加檢測(cè)的靈敏性和特異性，使得兩種檢測(cè)技術(shù)的優(yōu)勢(shì)互補(bǔ)，已應(yīng)用于病原微生物的檢測(cè)。將病原體特異性基因作為靶基因設(shè)計(jì)出引物與探針，進(jìn)行多重P...