上海探普生物科技有限公司對(duì)樣本進(jìn)行宏病毒組測(cè)序以后的數(shù)據(jù)分析工作的進(jìn)行：寄生性質(zhì)的生物下機(jī)數(shù)據(jù)一般都伴隨大量的宿主和其他微生物的數(shù)據(jù)。探普生物基于該特點(diǎn)，優(yōu)化了自有數(shù)據(jù)庫(kù)，搭載了專門用的的生物信息學(xué)分析流程，可處理復(fù)雜背景下的目標(biāo)物種序列。生物信息學(xué)流程主要包...

宏病毒組分析的常用軟件：介紹之前首先我們來(lái)看一下宏病毒組的基本分析流程。這里需要說(shuō)明的是基于病毒顆粒分離技術(shù)及NGS測(cè)序平臺(tái)的宏病毒組學(xué)研究還處于起步階段，分析功能模塊新的思路和技術(shù)層出不窮，但另一個(gè)層面，宏病毒組是宏基因組的一個(gè)分支，基本大的分析思路方面與宏...

病毒宏基因組測(cè)序相關(guān)知識(shí)：在未知傳染病的病原體檢測(cè)方面，傳統(tǒng)的體液培養(yǎng)等檢測(cè)方式整體效率、陽(yáng)性率低下，PCR檢測(cè)也局限于已知的病原微生物基因序列，能夠準(zhǔn)確分析病原體并能夠高通量測(cè)序的mNGS具有強(qiáng)大的優(yōu)勢(shì)。mNGS的這兩大優(yōu)勢(shì)也令其在這次的病毒檢測(cè)中發(fā)揮出色。...

二代測(cè)序相較其他微生物鑒別手段，技術(shù)層面的差異主要就是無(wú)差別、非特異地將樣本中的核酸全部抓取進(jìn)行測(cè)序，這是它能對(duì)完全未知的物種實(shí)現(xiàn)鑒別的根本原因。搭載大數(shù)據(jù)分析，就可以將獲得的序列信息進(jìn)行比對(duì)或者注釋，獲得準(zhǔn)確的物種信息。實(shí)現(xiàn)這一目的，樣本需要經(jīng)歷：核酸純化-...

傳統(tǒng)的微生物檢測(cè)方法都有哪些？ 1、直接顯微鏡觀察，正常情況，在一定的培養(yǎng)條件下（相同的培養(yǎng)基、溫度以及培養(yǎng)時(shí)間），同種微生物表現(xiàn)出穩(wěn)定的菌落特征?？梢酝ㄟ^顯微鏡觀察菌落特征對(duì)微生物種類進(jìn)行判斷。2、選擇培養(yǎng)基培養(yǎng)微生物或人為提供有利于目的菌株生長(zhǎng)的條件，選擇...

隨著100多年來(lái)人們對(duì)病毒認(rèn)識(shí)不斷深入，以及生物技術(shù)的發(fā)展，人類積累了多種病毒性疾病的鑒別診斷能力，掌握了部分病毒的致病機(jī)制及流行規(guī)律，研制出一些病毒的特異性疫苗，并設(shè)計(jì)生產(chǎn)了各種抗病毒化學(xué)制品，極大地降低了病毒性疾病的危害性。病原微生物檢測(cè)方法-高通量測(cè)序技...

微生物檢測(cè)方法：計(jì)數(shù)器測(cè)定法即用血細(xì)胞計(jì)數(shù)器進(jìn)行計(jì)數(shù)。取一定體積的樣品細(xì)胞懸液置于血細(xì)胞計(jì)數(shù)器的計(jì)數(shù)室內(nèi)，用顯微鏡觀察計(jì)數(shù)。由于計(jì)數(shù)室的容積是一定的(0.1mm3)，因而根據(jù)計(jì)數(shù)器刻度內(nèi)的細(xì)菌數(shù)，可計(jì)算樣品中的含菌數(shù)。本法簡(jiǎn)便易行，可立即得出結(jié)果，不僅適于細(xì)菌...

未知病原微生物鑒定中的高通量測(cè)序應(yīng)用于臨床感鑒定高通量測(cè)序臨床應(yīng)用的劣勢(shì)有：1)測(cè)序成本，尤其是海量數(shù)據(jù)的計(jì)算機(jī)輔助分析速度及成本；2)人體標(biāo)本及標(biāo)本處理過程均不是無(wú)菌狀態(tài)，難以區(qū)分健康攜帶和污染信號(hào)，尤其是條件病原體；3)難以確定高通量測(cè)序鎖定的可能病原體和...

病原微生物檢測(cè)方法-多種PCR結(jié)合使用，基因芯片技術(shù)與多重PCR結(jié)合可以通過PCR對(duì)目的基因進(jìn)行放大，通過基因芯片的熒光探針增加檢測(cè)的靈敏性和特異性，使得兩種檢測(cè)技術(shù)的優(yōu)勢(shì)互補(bǔ)，已應(yīng)用于病原微生物的檢測(cè)。將病原體特異性基因作為靶基因設(shè)計(jì)出引物與探針，進(jìn)行多重P...

第二代測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用：第二代測(cè)序技術(shù)(NGS)因其快速和靈敏的檢測(cè)特點(diǎn)已成為植物病毒學(xué)研究的強(qiáng)有力工具，這一技術(shù)具有非序列依賴性的優(yōu)勢(shì),能同時(shí)檢測(cè)植物樣品中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的、含量高及含量低的所有的DNA病毒、RNA病毒以及類病毒,它的出現(xiàn)極大地變革和推進(jìn)了病...

在實(shí)驗(yàn)室中，為了分離某些厭氧菌，可以利用裝有原培養(yǎng)基的試管作為培養(yǎng)容器，把這支試管放在沸水0浴中加熱數(shù)分鐘，以便逐出培養(yǎng)基中的溶解氧。然后快速冷卻，并進(jìn)行接種。接種后，加入無(wú)菌的石蠟于培養(yǎng)基表面，使培養(yǎng)基與空氣隔絕。另一種方法是，在接種后，利用n2或co2取代...

傳統(tǒng)的血清學(xué)與分子生物學(xué)方法如ELISA與PCR，由于病原微生物的特異性差異，有時(shí)只能用于病原微生物特定種甚至特定種特定株系分離物的檢測(cè)；而電鏡與生物學(xué)接種鑒定方法又難以將病原微生物鑒定至物種水平。相比之下，高通量測(cè)序技術(shù)可以提供一條新的病原微生物鑒定途徑。病...

未知病原鑒定測(cè)序?qū)嶒?yàn)基于二代測(cè)序技術(shù)。樣本經(jīng)過核酸純化-文庫(kù)構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這3大基本流程后轉(zhuǎn)換成了病原體的序列數(shù)據(jù)。首先，在核酸純化環(huán)節(jié)，探普提供專門針對(duì)病原的核酸純化樣本指南，以提高病原純度和得率，與此同時(shí)探普生物也提供核酸純化服務(wù)。第二，文庫(kù)構(gòu)建環(huán)節(jié)...

二代測(cè)序：二代測(cè)序相較其他微生物鑒別手段，技術(shù)層面的差異主要就是無(wú)差別、非特異地將樣本中的核酸全部抓取進(jìn)行測(cè)序，這是它能對(duì)完全未知的物種實(shí)現(xiàn)鑒別的根本原因。搭載大數(shù)據(jù)分析，就可以將獲得的序列信息進(jìn)行比對(duì)或者注釋，獲得準(zhǔn)確的物種信息。實(shí)現(xiàn)這一目的，樣本需要經(jīng)歷：...

微生物鑒定還可以用微生物對(duì)噬菌體的敏感性作為指標(biāo)來(lái)鑒定微生物的種屬。因?yàn)楦鞣N噬菌體都有其嚴(yán)格的宿主范圍，不同的細(xì)菌作為噬菌體的宿主對(duì)應(yīng)有特定的已知特性的噬菌體，其和噬菌體的作用方式也有接合，轉(zhuǎn)化，轉(zhuǎn)接，溶原性轉(zhuǎn)換和原生質(zhì)體融合等多種方式。部分細(xì)菌可以采用血清學(xué)...

對(duì)于無(wú)菌藥品生產(chǎn)來(lái)說(shuō)，生產(chǎn)區(qū)域的微生物種類非常有限，更具無(wú)菌藥品的具體生產(chǎn)內(nèi)容和過程，潔凈區(qū)內(nèi)會(huì)有芽孢桿菌占絕大多數(shù)酵母菌、霉菌和葡萄球菌少量存在，放射根瘤菌、苛養(yǎng)顆粒鏈菌等少數(shù)微生物種類。在無(wú)菌藥品生產(chǎn)過程中，應(yīng)初步建立微生物數(shù)據(jù)庫(kù)，建立潔凈區(qū)微生物數(shù)據(jù)庫(kù)是...

病毒鑒定常用方法有哪些？病原學(xué)檢測(cè)主要適用于急性期血液標(biāo)本，一般認(rèn)為發(fā)病7天內(nèi)檢測(cè)陽(yáng)性率高。（1）核酸檢測(cè)：采用熒光定量RT-PCR方法，是目前早期診斷寨卡病毒病的主要檢測(cè)手段。（2）病毒分離：將標(biāo)本接種于蚊源細(xì)胞（C6/36）或哺乳動(dòng)物細(xì)胞（BHK21、Ve...

常用的病毒檢測(cè)方法有哪幾種？常用的病毒檢測(cè)方法有3種，植物直接測(cè)定法、指示植物測(cè)定法、血清學(xué)方法。前2種方法直觀，周期 長(zhǎng)，準(zhǔn)確性較差，且無(wú)法快速檢測(cè)。后者靈敏度髙，獲得檢測(cè) 結(jié)果快速，是目前檢測(cè)病毒的較好方法。如采用雙抗體夾心 酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定法（DAS^E...

需要對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序的應(yīng)用場(chǎng)景：在探普生物長(zhǎng)時(shí)間運(yùn)行過程中，我們接觸到的對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序項(xiàng)目有比較豐富的應(yīng)用場(chǎng)景。先，從事基因進(jìn)化/疫苗/藥品/抗體研制方向的研究的研究者一定會(huì)用到測(cè)序。這種場(chǎng)景一般是用密集的sanger測(cè)序監(jiān)測(cè)某幾個(gè)關(guān)鍵基因，...

病毒鑒定常用方法有哪些？病原學(xué)檢測(cè)主要適用于急性期血液標(biāo)本，一般認(rèn)為發(fā)病7天內(nèi)檢測(cè)陽(yáng)性率高。（1）核酸檢測(cè)：采用熒光定量RT-PCR方法，是目前早期診斷寨卡病毒病的主要檢測(cè)手段。（2）病毒分離：將標(biāo)本接種于蚊源細(xì)胞（C6/36）或哺乳動(dòng)物細(xì)胞（BHK21、Ve...

深度測(cè)序數(shù)據(jù)：目前深度測(cè)序數(shù)據(jù)是生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域數(shù)量增加快、應(yīng)用廣的數(shù)據(jù)，對(duì)這些數(shù)據(jù)的管理、分析和應(yīng)用給生物信息學(xué)帶來(lái)了巨大的挑戰(zhàn)。早期的測(cè)序技術(shù)是“測(cè)定沒有計(jì)算快”，下一代測(cè)序技術(shù)發(fā)展以來(lái)，變?yōu)槿缃竦摹坝?jì)算沒有測(cè)定快”。深度測(cè)序數(shù)據(jù)的迅猛增長(zhǎng)使得數(shù)據(jù)科學(xué)分析方面...

生物的個(gè)體在一生的生長(zhǎng)繁殖過程中，經(jīng)過不同的發(fā)育階段。這種過程對(duì)特定的生物來(lái)講是重復(fù)循環(huán)的，常稱為該種生物的生活周期或生活史。各種生物都有自己的生活史。在分類鑒定中，生活史有時(shí)也是一項(xiàng)指標(biāo)，如黏細(xì)菌就是以它的生活史作為分類鑒定的依據(jù)。很多細(xì)菌有十分相似的外表結(jié)...

微生物檢測(cè)方法：計(jì)數(shù)器測(cè)定法即用血細(xì)胞計(jì)數(shù)器進(jìn)行計(jì)數(shù)。取一定體積的樣品細(xì)胞懸液置于血細(xì)胞計(jì)數(shù)器的計(jì)數(shù)室內(nèi)，用顯微鏡觀察計(jì)數(shù)。由于計(jì)數(shù)室的容積是一定的(0.1mm3)，因而根據(jù)計(jì)數(shù)器刻度內(nèi)的細(xì)菌數(shù)，可計(jì)算樣品中的含菌數(shù)。本法簡(jiǎn)便易行，可立即得出結(jié)果，不僅適于細(xì)菌...

高通量基因組測(cè)序中，測(cè)序深度和覆蓋度指的是：測(cè)序深度是指測(cè)序得到的總堿基數(shù)與待測(cè)基因組大小的比值。假設(shè)一個(gè)基因大小為2M，測(cè)序深度為10X，那么獲得的總數(shù)據(jù)量為20M。覆蓋度是指測(cè)序獲得的序列占整個(gè)基因組的比例。由于基因組中的高GC、重復(fù)序列等復(fù)雜結(jié)構(gòu)的存在，...

微生物鑒定方法：1.從觀察顯微鏡下甚至光鏡下的微生物的的那個(gè)細(xì)胞的形態(tài)，比如說(shuō)，是球菌，還是桿菌，還是弧菌，還是螺旋菌，這都是可以從微生物的單個(gè)細(xì)胞形態(tài)上區(qū)分的。還有就是細(xì)胞的形態(tài)，比如說(shuō)是否有鞭毛、芽孢之類的東西，都是微生物鑒別的特征性特征。2.就是觀察細(xì)菌...

病毒全基因組測(cè)序定：上海探普生物科技有限公司的對(duì)病毒的全基因組進(jìn)行測(cè)序有什么優(yōu)勢(shì)？全國(guó)開設(shè)病毒相關(guān)測(cè)序的公司不超過5家，只有探普生物是專門為病毒研究者服務(wù)的，探普生物的研發(fā)團(tuán)隊(duì)和實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)都來(lái)自全國(guó)各地病毒學(xué)、微生物學(xué)專業(yè)的高校，碩士及以上學(xué)歷成員超過60%，團(tuán)...

未知病原鑒定測(cè)序：未知病原鑒定測(cè)序?qū)嶒?yàn)基于二代測(cè)序技術(shù)。樣本經(jīng)過核酸純化-文庫(kù)構(gòu)建-生物信息學(xué)分析這3大基本流程后轉(zhuǎn)換成了病原體的序列數(shù)據(jù)。首先，在核酸純化環(huán)節(jié)，探普提供專門針對(duì)病原的核酸純化樣本指南，以提高病原純度和得率，與此同時(shí)探普生物也提供核酸純化服務(wù)。...

病毒基因組測(cè)序是疾病診斷、流行病學(xué)調(diào)查和宿主-病原關(guān)系研究的重要手段。病毒的全基因組測(cè)序以及對(duì)應(yīng)的生物信息學(xué)分析方法是研究病毒進(jìn)化、毒力因子變異、疫病爆發(fā)之間的關(guān)系、疫病傳播途徑、不同遺傳變異的分布模式、疫病發(fā)生地理區(qū)域的基礎(chǔ)。與傳統(tǒng)Sanger測(cè)序相比，NG...

深度測(cè)序技術(shù)對(duì)社會(huì)具有的影響：深度測(cè)序技術(shù)促進(jìn)了基因檢測(cè)的普及，對(duì)社會(huì)的影響第1個(gè)方面反映在商業(yè)模式的變化，即醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)和健康管理方面的平民化、個(gè)性化趨勢(shì)的形成。社會(huì)生活受到深度測(cè)序技術(shù)影響的第二個(gè)方面是基因測(cè)序的普遍應(yīng)用。例如，基因關(guān)聯(lián)將人與人通過遺傳學(xué)關(guān)聯(lián)起...

高通量測(cè)序技術(shù)：高通量測(cè)序技術(shù)又稱“下一代“測(cè)序技術(shù)或深度測(cè)序技術(shù)，可以一次性對(duì)幾十萬(wàn)至幾百萬(wàn)條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定?，F(xiàn)已普遍應(yīng)用在基因組測(cè)序、基因表達(dá)分析、非編碼小分子RNA鑒定、轉(zhuǎn)錄因子靶基因篩選及DNA甲基化等相關(guān)的研究領(lǐng)域。高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序...