在實(shí)驗(yàn)室中，為了分離某些厭氧菌，可以利用裝有原培養(yǎng)基的試管作為培養(yǎng)容器，把這支試管放在沸水0浴中加熱數(shù)分鐘，以便逐出培養(yǎng)基中的溶解氧。然后快速冷卻，并進(jìn)行接種。接種后，加入無菌的石蠟于培養(yǎng)基表面，使培養(yǎng)基與空氣隔絕。另一種方法是，在接種后，利用n2或co2取代培養(yǎng)基中的氣體，然后在火焰上把試管口密封。有時為了更有效地分離某些厭氧菌，可以把所分離的樣品接種于培養(yǎng)基上，然后再把培養(yǎng)皿放在完全密封的厭氧培養(yǎng)裝置中。高通量測序技術(shù)可以提供一條新的病原微生物鑒定途徑。未知病原鑒定原理
微生物怎么進(jìn)行檢測？通過顯微鏡直接觀察。一般來說，在一定的培養(yǎng)條件下（相同的培養(yǎng)基、溫度以及培養(yǎng)時間），同種微生物表現(xiàn)出穩(wěn)定的菌落特征。這些特征包括菌落的形狀、大小、隆起程度和顏色等方面。因此可以通過顯微鏡觀察菌落特征對微生物種類進(jìn)行判斷。使用選擇培養(yǎng)基培養(yǎng)微生物或人為提供有利于目的菌株生長的條件。選擇培養(yǎng)基，顧名思義其作用是允許特定種類的微生物生長，同時控制或阻止其他微生物生長。例如，使用以尿素作為氮源的培養(yǎng)基能夠培養(yǎng)出可合成脲酶的微生物；在培養(yǎng)基中ph調(diào)至酸性有利于霉菌的生長繁殖（控制細(xì)菌的生命活動）等。選擇培養(yǎng)一般是通過觀察微生物的同化作用類型或某一特征進(jìn)行間接判斷，得到的微生物往往并不只有一種，但是能夠大致確定這些微生物存在的共有特征從而對其分類。隨機(jī)PCR新病原篩查檢測高通量測序技術(shù)在人類與動植物病原微生物的鑒定中已經(jīng)有較多的應(yīng)用。
病毒是地球上數(shù)量多的生物實(shí)體，其中細(xì)菌病毒(即噬菌體)約有1031個類群，從海洋到陸地再到人體幾乎都是它們的棲息地。研究者將病毒視為調(diào)節(jié)人類生態(tài)系統(tǒng)的重要成員，人體內(nèi)主要包括真核病毒和噬菌體，包括雙鏈DNA(double-strandedDNA,dsDNA)，單鏈DNA(single-strandedDNA,ssDNA)和RNA病毒。隨著對病毒研究的普遍開展，“病毒組”與“病毒組學(xué)”的概念也應(yīng)運(yùn)而生，這些術(shù)語分別涵蓋了棲息在生態(tài)系統(tǒng)中的所有病毒及其基因組和對它們的研究(LefkowitzEJ,etal,2017)。根據(jù)病毒不同的特征進(jìn)行分類，包括病毒的宿主范圍；病毒的形態(tài)學(xué)；病毒的基因組大小；病毒的核酸組成成分以及病毒的致病性。雖然所有的性狀在病毒分類學(xué)的確定中都很重要，但目前利用平均核苷酸同源性（ANI）和系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系進(jìn)行序列比較被視為定義和區(qū)分病毒群類的主要標(biāo)準(zhǔn)。
介紹宏病毒組分析的常用軟件之前，首先我們來看一下宏病毒組的基本分析流程。這里需要說明的是基于病毒顆粒分離技術(shù)及NGS測序平臺的宏病毒組學(xué)研究還處于起步階段，分析功能模塊新的思路和技術(shù)層出不窮，但另一個層面，宏病毒組是宏基因組的一個分支，基本大的分析思路方面與宏基因組還是有著不小的相似之處。歸納一下，宏病毒組主要包括一下幾個方面的分析內(nèi)容：病毒群落結(jié)構(gòu)組成分析；病毒群落功能分析；病毒（特別是噬菌體）宿主預(yù)測；病毒與群落中細(xì)菌、古菌等其他微生物之間的互作網(wǎng)絡(luò)；基于非數(shù)據(jù)庫比對的新病毒序列的挖掘。微生物檢測方法中常用的有平板菌落計數(shù)法，是根據(jù)每個活的細(xì)菌能長出一個菌落的原理設(shè)計的。
微生物鑒定系統(tǒng)的工作原理因不同的儀器和系統(tǒng)而異。不同的細(xì)菌對底物的反應(yīng)不同是生化反應(yīng)鑒定細(xì)菌的基礎(chǔ)，而試驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確度取決于鑒定系統(tǒng)配套培養(yǎng)基的制備方法、培養(yǎng)物濃度、孵育條件和結(jié)果判定等。大多微生物鑒定系統(tǒng)采用細(xì)菌分解底物后反應(yīng)液中pH的變化，色原性或熒光原性底物的酶解，測定揮發(fā)或不揮發(fā)酸，或識別是否生長等方法來分析鑒定細(xì)菌。藥敏試驗(yàn)分析系統(tǒng)的基本原理是將微量稀釋在條孔或條板中，加入菌懸液孵育后放入儀器或在儀器中直接孵育，通過測定細(xì)菌生長的濁度，或測定培養(yǎng)基中熒光指示劑的強(qiáng)度或熒光原性物質(zhì)的水解，觀察細(xì)菌的生長情況。在含有培養(yǎng)基中，濁度的增加。室內(nèi)舒適的溫度，濕度等環(huán)境條件以及相對密閉的室內(nèi)更為各種有害微生物滋生創(chuàng)造了條件。北京新病毒篩查公司
微生物檢測方法中比濁法是根據(jù)菌懸液的透光量間接地測定細(xì)菌的數(shù)量。未知病原鑒定原理
未知病毒是指未被發(fā)現(xiàn)或證實(shí)的某種病毒—— 一類個體微小，無完整細(xì)胞結(jié)構(gòu)，含單一核酸（DNA或RNA）型，必須在活細(xì)胞內(nèi)寄生并復(fù)制的非細(xì)胞型微生物?；蛐酒《緳z測系統(tǒng)是新發(fā)明的一種精確檢測病原體的檢測系統(tǒng)。每種病原體都有其特定的基因組成，即DNA。基因芯片技術(shù)就是針對病原體的這一特性，將被檢測的病原體的DNA固化在電子芯片上，通過電子芯片內(nèi)存儲的目前所能知道的幾乎所有病原體的DNA序列，高精度的分析出此病原體的具體分型未知病原鑒定原理
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