甲基化是表觀修飾的重要部分，DNA甲基化可以引起DNA構(gòu)象、穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變，從而影響基因表達(dá)。DNA鏈中含有很多CpG結(jié)構(gòu)，雙鏈DNACpG中的胞嘧啶五位碳原子通常容易被甲基化，基因組中60~90%的CpG都被甲基化，未甲基化的CpG成簇出現(xiàn)在基因啟動(dòng)子**序列或者轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶可以催化CpG的甲基化反應(yīng)。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶有兩種，Dnmt1是一種持續(xù)性甲基化轉(zhuǎn)移酶，作用于只有一條鏈甲基化的DNA雙鏈，使其完全甲基化，參與DNA復(fù)制過程中新合成鏈的甲基化修飾；Dnmt3a/Dnmt3b是一種從頭甲基化轉(zhuǎn)移酶，可以在CpG上產(chǎn)生新的甲基化修...

WGBS送樣要求一、送樣類型基因組DNA、細(xì)胞、全血、動(dòng)植物組織、FFPE二、保存方式1、基因組DNA、細(xì)胞、全血、動(dòng)植物組織：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi))；保存期間避免反復(fù)凍融。2、FFPE樣本：室溫保存三、運(yùn)輸條件1、基因組DNA：冰袋或者干冰運(yùn)輸；2、細(xì)胞、全血、組織樣本：干冰運(yùn)輸，順豐陸運(yùn)（3-4天時(shí)間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；3、FFPE樣本：室溫運(yùn)輸。四、樣本量要求1、基因組DNA：常規(guī)WGBS，不少于2ug；微量WGBS，20ng1）提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果，例如瓊脂糖凝膠電泳或者Agilent2100電泳等...

Chip-Seq 是指通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DN**段，并對(duì)其進(jìn)行純化和文庫構(gòu)建；然后對(duì)富集得到的DN**段進(jìn)行高通量測(cè)序，通過將獲得的數(shù)百萬條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的 DNA 區(qū)段信息，是目前在全基因組水平研究蛋白結(jié)合靶DNA序列的重要手段，為轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白修飾、核小體定位等表觀遺傳學(xué)的研究提供有效方法。 應(yīng)用領(lǐng)域 1、確定組蛋白修飾的位置及其與基因表達(dá)的關(guān)系。 2、完成對(duì)轉(zhuǎn)錄因子及其它蛋白在基因組上結(jié)合位點(diǎn)的精細(xì)定位。 3、研究特定的核小體或組蛋白的分布。 通過甲基化數(shù)...

血清甲基化用于乳腺*轉(zhuǎn)移早期篩查 Methylation patterns in serum DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome Med. 2017;22;9(1):115. (IF= 8.898) 本課題通過RRBS甲基化測(cè)序篩選組織(n=31)樣本, 確定了18個(gè)乳腺*特異性甲基化位點(diǎn)，選擇其中6個(gè)位點(diǎn)在大樣本量血清樣本(n=110)中得到進(jìn)一步驗(yàn)證; 并通過更大量血清樣本(n=1344), **終篩選出血清EFC#93甲基化位點(diǎn)為早期診斷和***轉(zhuǎn)移性乳腺*...

安捷倫公司芯片平臺(tái)因其強(qiáng)大的eArray探針設(shè)計(jì)平臺(tái)，可以進(jìn)行芯片的定制。在甲基化領(lǐng)域同樣適用。合作伙伴利用Agilent芯片平臺(tái)設(shè)計(jì)了一款專門針對(duì)**啟動(dòng)子區(qū)域CpG島的甲基化芯片。絕大多數(shù)基因是針對(duì)基因的啟動(dòng)子區(qū)域的CpG島設(shè)計(jì)探針。這款芯片上一共有4160個(gè)功能注釋比較明確的基因，其中2128個(gè)和**發(fā)生有關(guān)系。從功能上分，有256基因和細(xì)胞凋亡有關(guān)，1273個(gè)基因和信號(hào)傳導(dǎo)有關(guān)，487個(gè)基因和壓力和衰老有關(guān)。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理進(jìn)行甲基化檢測(cè)的方法探針的分辨率可以精確到100 bp。羥甲基化DNA免疫沉淀測(cè)序是通過5hmC特異性抗體富集結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)。山...

DNA甲基化修飾類型。5mc是表觀遺傳**重要的一種修飾，***存在于植物、動(dòng)物等真核生物基因組中，被譽(yù)為“第五堿基”；5hmc是***發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基，成為哺乳動(dòng)物的“第六堿基”；6mA在細(xì)菌、藻類及動(dòng)植物基因組中存在。1992年，F(xiàn)rommeretal.將重亞硫酸鹽處理結(jié)合測(cè)序進(jìn)行DNA甲基化檢測(cè)。從此，BisulfiteSequencing（BS）成為金標(biāo)準(zhǔn)方案。其特點(diǎn)是：?jiǎn)螇A基分辨率；結(jié)合測(cè)序。甲基化5mc檢測(cè)的金標(biāo)準(zhǔn)——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化檢測(cè)**有力的工具。Imp...

發(fā)育基因的表觀突變是養(yǎng)殖歐洲鱸魚開始馴化的基礎(chǔ) Epimutations in developmental genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797) 本研究通過RRBS測(cè)序，比較了早期馴化的 (n=12)與野生的(n=12) 歐洲鱸魚在馴化過程中DNA甲基化變化，發(fā)現(xiàn)早期馴化的鱸魚與野生的沒有遺傳差異，但在不同胚胎起源的組織中發(fā)生DNA甲基化變化。這些甲基化突變與經(jīng)過25年選擇性育種...

血清甲基化用于乳腺*轉(zhuǎn)移早期篩查 Methylation patterns in serum DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome Med. 2017;22;9(1):115. (IF= 8.898) 本課題通過RRBS甲基化測(cè)序篩選組織(n=31)樣本, 確定了18個(gè)乳腺*特異性甲基化位點(diǎn)，選擇其中6個(gè)位點(diǎn)在大樣本量血清樣本(n=110)中得到進(jìn)一步驗(yàn)證; 并通過更大量血清樣本(n=1344), **終篩選出血清EFC#93甲基化位點(diǎn)為早期診斷和***轉(zhuǎn)移性乳腺*...