安捷倫公司芯片平臺(tái)因其強(qiáng)大的eArray探針設(shè)計(jì)平臺(tái)，可以進(jìn)行芯片的定制。在甲基化領(lǐng)域同樣適用。合作伙伴利用Agilent芯片平臺(tái)設(shè)計(jì)了一款專門針對(duì)**啟動(dòng)子區(qū)域CpG島的甲基化芯片。絕大多數(shù)基因是針對(duì)基因的啟動(dòng)子區(qū)域的CpG島設(shè)計(jì)探針。這款芯片上一共有4160個(gè)功能注釋比較明確的基因，其中2128個(gè)和**發(fā)生有關(guān)系。從功能上分，有256基因和細(xì)胞凋亡有關(guān)，1273個(gè)基因和信號(hào)傳導(dǎo)有關(guān)，487個(gè)基因和壓力和衰老有關(guān)。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理進(jìn)行甲基化檢測(cè)的方法探針的分辨率可以精確到100 bp。羥甲基化DNA免疫沉淀測(cè)序是通過(guò)5hmC特異性抗體富集結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)。山東RIP-seq技術(shù)服務(wù)怎么樣
GOS2基因靶向甲基化測(cè)序確定了一種快速?gòu)?fù)發(fā)、常規(guī)致死的腎上腺皮質(zhì)*亞型
Targeted Assessment of G0S2
Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype
of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.
(IF= 10.199)
研究者分析了ACC-TCGA數(shù)據(jù)，在114例腎上腺皮質(zhì)**的**隊(duì)列中鑒定了一個(gè)在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2，并通過(guò)高通量BSP得到驗(yàn)證。G0S2基因CpG島高甲基化**預(yù)測(cè)不良臨床后果，是ACC快速?gòu)?fù)發(fā)或致死的標(biāo)志。評(píng)估G0S2甲基化對(duì)臨床決策是直接可行的，并有助于對(duì)侵襲性ACC進(jìn)行有效輔助***。 山東RIP-seq技術(shù)服務(wù)怎么樣cfDNA，cell free DNA，就是血液中游離的自身DNA。
cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）；放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以內(nèi))；保存期間不能凍融。三、運(yùn)輸條件干冰運(yùn)輸：順豐陸運(yùn)（3-4天時(shí)間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰。四、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒(méi)有Streck**管，公司配送）；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時(shí)以上，不超過(guò)8小時(shí)，進(jìn)行血漿分離步驟。五、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運(yùn)輸,提取之前不能凍融。備注1：血漿分離在4℃條件進(jìn)行，如果客戶沒(méi)有冷凍離心機(jī)，也可以在室溫條件下進(jìn)行；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細(xì)胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。
甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析(MS-HRM)
通過(guò)熔解曲線分析可以將單堿基序列的差異轉(zhuǎn)變成熔解曲線的差異，因此DNA樣本經(jīng)過(guò)亞硫酸氫鹽處理后，甲基化與未甲基化DNA會(huì)存在序列差異，這種差異可通過(guò)熔解曲線分析來(lái)發(fā)現(xiàn)。使用該方法進(jìn)行甲基化分析*需一對(duì)引物，相對(duì)簡(jiǎn)單，不過(guò)這種方法對(duì)儀器的要求頗高，需要帶HRM模塊的熒光定量PCR儀，并且在進(jìn)行實(shí)時(shí)定量PCR過(guò)程中，需要使用飽和的熒光染料。利用MS-HRM技術(shù)進(jìn)行甲基化檢測(cè)只能對(duì)檢測(cè)片段整體甲基化情況進(jìn)行分析，并不能明確每個(gè)CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)。因此這種技術(shù)適用于大量樣本的檢測(cè)，篩選出感興趣的CPG位點(diǎn)，然后利用其他方法進(jìn)行單個(gè)位點(diǎn)的精確檢測(cè)及甲基化程度的精確定量。 WGBS用于人、哺乳動(dòng)物及農(nóng)林牧漁方向的高水平甲基化研究。
2019國(guó)自然基金解析—甲基化研究專題。從生命科學(xué)部和醫(yī)學(xué)科學(xué)部總體來(lái)看：2019年度，生命科學(xué)部獲自然科學(xué)基金委批準(zhǔn)資助6478項(xiàng)（不含杰出青年基金項(xiàng)目），批準(zhǔn)資助金額共計(jì)，單項(xiàng)平均資助金額。2019年度，醫(yī)學(xué)科學(xué)部共批資助10138項(xiàng)（不含杰出青年基金項(xiàng)目），批準(zhǔn)資助金額共計(jì)，單項(xiàng)平均資助金額。從甲基化研究方向來(lái)看，與甲基化研究相關(guān)的項(xiàng)目總數(shù)達(dá)283項(xiàng)，項(xiàng)目總金額超過(guò)12669萬(wàn)元。其中生命科學(xué)部項(xiàng)目總數(shù)62項(xiàng)，項(xiàng)目金額3235萬(wàn)元，醫(yī)學(xué)科學(xué)部項(xiàng)目總數(shù)221項(xiàng)，項(xiàng)目金額9434萬(wàn)元。從2011-2019年甲基化研究方向的項(xiàng)目金額和項(xiàng)目數(shù)目分析，整體呈上升趨勢(shì)；從醫(yī)學(xué)科學(xué)部來(lái)看，甲基化研究項(xiàng)目獲批數(shù)量221項(xiàng)，項(xiàng)目金額達(dá)到9434萬(wàn)，較之2018年度項(xiàng)目獲批金額（7166萬(wàn)元）上升趨勢(shì)尤為明顯，可以看出，甲基化研究日益成為國(guó)自然的研究熱點(diǎn)。 高通量BSP測(cè)序結(jié)果多種展示形式。山東RIP-seq技術(shù)服務(wù)怎么樣
云生物提供測(cè)序服務(wù)。山東RIP-seq技術(shù)服務(wù)怎么樣
Chip-Seq 是指通過(guò)染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DN**段，并對(duì)其進(jìn)行純化和文庫(kù)構(gòu)建；然后對(duì)富集得到的DN**段進(jìn)行高通量測(cè)序，通過(guò)將獲得的數(shù)百萬(wàn)條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的 DNA 區(qū)段信息，是目前在全基因組水平研究蛋白結(jié)合靶DNA序列的重要手段，為轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白修飾、核小體定位等表觀遺傳學(xué)的研究提供有效方法。
應(yīng)用領(lǐng)域
1、確定組蛋白修飾的位置及其與基因表達(dá)的關(guān)系。
2、完成對(duì)轉(zhuǎn)錄因子及其它蛋白在基因組上結(jié)合位點(diǎn)的精細(xì)定位。
3、研究特定的核小體或組蛋白的分布。 山東RIP-seq技術(shù)服務(wù)怎么樣