甲基化是表觀修飾的重要部分，DNA甲基化可以引起DNA構(gòu)象、穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變，從而影響基因表達(dá)。DNA鏈中含有很多CpG結(jié)構(gòu)，雙鏈DNACpG中的胞嘧啶五位碳原子通常容易被甲基化，基因組中60~90%的CpG都被甲基化，未甲基化的CpG成簇出現(xiàn)在基因啟動(dòng)子**序列或者轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶可以催化CpG的甲基化反應(yīng)。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶有兩種，Dnmt1是一種持續(xù)性甲基化轉(zhuǎn)移酶，作用于只有一條鏈甲基化的DNA雙鏈，使其完全甲基化，參與DNA復(fù)制過(guò)程中新合成鏈的甲基化修飾；Dnmt3a/Dnmt3b是一種從頭甲基化轉(zhuǎn)移酶，可以在CpG上產(chǎn)生新的甲基化修飾，首先半甲基化，繼而全甲基化，該甲基化轉(zhuǎn)移酶可能參與細(xì)胞生長(zhǎng)分化的調(diào)控，在**基因甲基化中起到重要作用。近年來(lái)CRISPR/Cas9技術(shù)得到快速發(fā)展，在基因切割活性失活的dCas9的5’端融合一個(gè)Dnmt3a，能夠通過(guò)dCas9介導(dǎo)特定位點(diǎn)的甲基化修飾，調(diào)控相關(guān)基因的表達(dá)。 850K芯片為半金標(biāo)準(zhǔn)，價(jià)格低，分析簡(jiǎn)單，較為適合EWAS類型的課題。重慶焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)服務(wù)
Agilent平臺(tái)因?yàn)镸eDIP技術(shù)本身的特點(diǎn)，都不能到達(dá)單堿基的分辨率，而Illumina的Infinium和GoldenGate檢測(cè)技術(shù)卻做得到。Illumina的Infinium甲基化檢測(cè)技術(shù)來(lái)源與前期的SNP檢測(cè)，采用的是單堿基延伸的原理。分析利用兩個(gè)位點(diǎn)特異的探針檢測(cè)這些序列差異的位點(diǎn)，一個(gè)探針是為甲基化位點(diǎn)(M磁珠類型)設(shè)計(jì)的，而另一個(gè)是為未甲基化位點(diǎn)(U磁珠類型)設(shè)計(jì)的。探針的單堿基延伸摻入了一個(gè)標(biāo)記的ddNTP，它隨后被熒光試劑染色。通過(guò)計(jì)算甲基化與未甲基化位點(diǎn)的熒光信號(hào)比例，可確定檢測(cè)位點(diǎn)的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆蓋27,578個(gè)CpG位點(diǎn)。這款芯片在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域有***的應(yīng)用，除了和**相關(guān)的甲基化篩選之外，也能用于其他疾病相關(guān)甲基化檢測(cè)。因此對(duì)這款產(chǎn)品，研究者給予了很高的評(píng)價(jià)，目前此產(chǎn)品已停產(chǎn)，取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片。它以單堿基分辨率覆蓋了基因組中超過(guò)45萬(wàn)個(gè)甲基化位點(diǎn)，實(shí)現(xiàn)了基因區(qū)域和CpG島的***覆蓋。此外，還包括CpG島之外的CpG位點(diǎn)，在人類干細(xì)胞中鑒定出的非CpG甲基化位點(diǎn)，以及**和正常組織中差異表達(dá)的甲基化位點(diǎn)等等。它的高覆蓋度、高通量以及低價(jià)格。 重慶焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)服務(wù)細(xì)胞、全血、組織樣本干冰運(yùn)輸。
大豆馴化和改良過(guò)程中的DNA甲基化足跡(1):128.(IF=)本課題通過(guò)WGBS技術(shù)比較了野生大豆、地方品種和改良品種(n=45)在大豆馴化與改良過(guò)程中DNA甲基化的變化，鑒定了5412個(gè)甲基化差異區(qū)域(DMR),而這些DMR基因富集在碳水化合物代謝途徑。這為大豆不同品種間DNA甲基化提供了有價(jià)值的圖譜，拓展了大豆馴化與改良的認(rèn)識(shí)。血漿DNA甲基化分析提示EBV病毒相關(guān)疾病的病因(1):3256(IF=)本研究通過(guò)對(duì)鼻咽*(NPC,n=15)、EBV相關(guān)性淋巴瘤(n=9)和傳染性單核細(xì)胞增多癥患者(n=5)的血漿游離DNA進(jìn)行WGBS測(cè)序分析，發(fā)現(xiàn)EBVDNA甲基化圖譜呈現(xiàn)疾病相關(guān)模式。這表明在鼻咽*診斷中進(jìn)行血漿EBVDNA甲基化分析具有重要的潛力。
DNA甲基化對(duì)基因表達(dá)調(diào)控起著動(dòng)態(tài)的重要作用。 借助MethylationEPIC BeadChip，研究人員可以基于單核苷酸分辨率定量檢測(cè)基因組中的850,000多個(gè)甲基化位點(diǎn)。包括FFPE在內(nèi)的多重樣本可以并行分析，以便在每樣本比較低成本的情況下實(shí)現(xiàn)高通量功能。依托業(yè)界**的Infinium實(shí)驗(yàn)分析方法，MethylationEPIC BeadChip是全表觀基因組關(guān)聯(lián)研究(EWAS)的理想之選。它提供了由**精選的***的覆蓋范圍，囊括99%的RefSeq基因，95%的CpG島，高覆蓋度的增強(qiáng)子區(qū)域和其他內(nèi)容類別。由于超過(guò)90%的Infinium HumanMethylation450K位點(diǎn)內(nèi)容都涵蓋在內(nèi)，因此新一代MethylationEPIC試劑盒對(duì)這些位點(diǎn)也完全支持。在哺乳動(dòng)物中CpG以兩種形式存在。
**預(yù)防和***的一個(gè)手段是通過(guò)去甲基化恢復(fù)某些關(guān)鍵的抑*基因或DNA修復(fù)基因的活性，目前研究**多的是DNMTs***劑，它通過(guò)***DNMT活性以逆轉(zhuǎn)異常的DNA甲基化。**個(gè)表型修飾藥物為5-azacytidine及其類似物5-aza-2'-deoxycytidine（5-aza-CdR），這類藥物已經(jīng)美國(guó)FDA批準(zhǔn)用于白血病前骨髓增生異常綜合征的***。5-aza-CdR是胞嘧啶的類似物，在DNA復(fù)制過(guò)程中可以摻入到DNA鏈中，一方面它可以降低DNA接收甲基的能力，另一方面它***DNMT活性，導(dǎo)致DNA甲基化水平的降低。體外和體內(nèi)試驗(yàn)均表明，5-aza-CdR具有降低超甲基化的抑*基因甲基化水平從而*****的能力，臨床表明應(yīng)用5-aza-CdR可提高部分IV期小細(xì)胞肺*患者生存率，但該藥也存在著不可忽視的毒副作用（如特異性不強(qiáng)，不能針對(duì)某一特定抑*基因進(jìn)行靶向***；高劑量的5-aza-CdR可能誘發(fā)**的轉(zhuǎn)移），因此其在臨床上的應(yīng)用受到了很大限制。也有研究表明，低劑量的As2O3可起到***肝*的目的。 羥甲基化DNA免疫沉淀測(cè)序是通過(guò)5hmC特異性抗體富集結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)。重慶焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)服務(wù)
FFPE樣本只需要室溫運(yùn)輸。重慶焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)服務(wù)
亞硫酸鹽結(jié)合測(cè)序是DNA甲基化檢測(cè)的“金標(biāo)準(zhǔn)”方案。除了全基因組甲基化測(cè)序等研究手段，對(duì)于目標(biāo)基因/位點(diǎn)檢測(cè)或者轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)應(yīng)用研究來(lái)說(shuō)，需要靈活的靶向甲基化測(cè)序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)結(jié)合高通量測(cè)序的TargetBisulfiteSequencing滿足幾個(gè)到上百個(gè)基因/位點(diǎn)的驗(yàn)證需求,具有高通量、低成本的優(yōu)勢(shì),***用于臨床大樣本多位點(diǎn)的甲基化biomarker篩選及高水平文章甲基化驗(yàn)證環(huán)節(jié)。微生物定植對(duì)腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表.(IF=)我們以早產(chǎn)幼豬為模型，利用RRBS測(cè)序比較正常(n=7)和口服***(n=7)的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)與先天免疫應(yīng)答、吞噬和代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異，并通過(guò)高通量BSP測(cè)序?qū)GFL7、LBP8、PTPRE差異甲基化基因進(jìn)行了驗(yàn)證。 重慶焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)服務(wù)