線粒體和葉綠體的基因組與細(xì)菌基因組具有明顯的相似性，線粒體和葉綠體具有細(xì)菌基因組的典型特征。它們均為單條環(huán)狀雙鏈DNA分子，不含5-甲基胞嗨睫，無組蛋白結(jié)合并能進(jìn)行**的復(fù)制和轉(zhuǎn)錄。此外，在堿基比例、核背酸序列和基因結(jié)構(gòu)特征等方面，線粒體和葉綠體基因組也與細(xì)胞核基因組表現(xiàn)出***差異，而與原核生物極為相似。同時(shí)，線粒體和葉綠體具有自身的DNA聚合酶及RNA聚合酶，能**復(fù)制和轉(zhuǎn)錄。線粒體和葉綠體具備**、完整的蛋白質(zhì)合成系統(tǒng)。線粒體和葉綠體的蛋白質(zhì)合成機(jī)制類似于細(xì)菌，而有別于真核生物。例如，與細(xì)菌一樣，線粒體和葉綠體中蛋白質(zhì)的合成從N-甲酰甲硫氨酸開始，而真核細(xì)胞中蛋白質(zhì)的合成從甲硫氨酸開始；線粒體和葉綠體的核糖體較小于真核生物80S核糖體；線粒體、葉綠體和原核生物的核糖體中只有5SrRNA,而不少真核細(xì)胞的核糖體中存在SrRNA；線粒體RNA聚合酶可被原核細(xì)胞RNA聚合酶的***劑（如利福霉素）所***，但不被真核細(xì)胞RNA聚合酶的***劑（如放線菌素D）所***等。 云生物提供小基因組測(cè)序建庫流程。山東植物葉綠體基因組小基因組測(cè)序活動(dòng)
三種五味子科葉綠體基因組編碼113個(gè)獨(dú)特基因，包括79個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因，30個(gè)tRNA基因和4個(gè)rRNA基因。其中，4個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因，4個(gè)rRNA基因和5個(gè)tRNA基因在IR區(qū)域中重復(fù)；18個(gè)基因含有內(nèi)含子，clpP和ycf3含有兩個(gè)內(nèi)含子；rps12中存在反式剪接，其中5'末端位于LSC區(qū)域中，并且重復(fù)的3'末端位于IR區(qū)域中；matK基因trnK-UUU內(nèi)部。SSR是葉綠體基因組中經(jīng)常觀察到的1-6bp重復(fù)類型，可用于基因組多態(tài)性以及物種的群體遺傳學(xué)研究。研究人員鑒定到**豐富的SSR是A或T單核苷酸重復(fù)序列，分別占南五味子、五味子和八角茴香總SSR的約％，％和69％，而G或C重復(fù)罕見。此外，南五味子、五味子和八角茴香SSR的大多數(shù)SSR位于LSC區(qū)域，其次是SSC區(qū)域和IR區(qū)域。 山東植物葉綠體基因組小基因組測(cè)序活動(dòng)96%以上樣本實(shí)現(xiàn)完成圖水平交付。
InDel檢測(cè)及注釋：InDel是DNA序列的插入（Insertion）和缺失（Deletion）現(xiàn)象的總稱，狹義的InDel表示1~10bp的短InDel。在基因組編碼區(qū)域，InDel的發(fā)生可能會(huì)引起移碼突變、氨基酸改變、假基因的出現(xiàn)等等現(xiàn)象。這里分析的是狹義的InDel。利用LASTZ軟件將樣品和參考序列進(jìn)行比對(duì)，檢測(cè)得到初步InDel結(jié)果。然后取參考序列InDel位點(diǎn)上下游150bp與樣品的測(cè)序reads用BWA軟件及SAMtools進(jìn)行比對(duì)驗(yàn)證，過濾得到可靠的InDel。SV檢測(cè)：基因組結(jié)構(gòu)變異（SV，StructuralVariation）通常是指基因組內(nèi)DN**段缺失、插入、重復(fù)、倒位、異位。使用MUMmer軟件對(duì)目標(biāo)基因組和參考基因組進(jìn)行比對(duì)，再使用LASTZ對(duì)區(qū)域間進(jìn)行比對(duì)，從區(qū)域比對(duì)結(jié)果中查找SV。
葉綠體基因組楝科植物葉綠體揭示物種進(jìn)化遺傳標(biāo)記：以無患子科Acerbuergerianum為外群的系統(tǒng)發(fā)育樹顯示4種新的楝科是印度楝（Azadirachtaindica）的單系姊妹進(jìn)化枝。在這個(gè)分支內(nèi)，Cedrelaodorata和Entandrophragmacylindricum聚類在一起，Khayasenegalensis和Carapaguianensis聚類到一起。那么楝科葉綠體基因組標(biāo)簽區(qū)（BarcodingRegion）存在哪些潛在的特異性cpDNA變異？這些變異有何意義？文章選取了五種楝科植物和五種非楝科物種（無患子目和薔薇亞綱）cpDNA的matK基因（cpDNA保守基因之一，用于遺傳條碼）進(jìn)行比較分析，旨在鑒定潛在的楝科。鑒定了16個(gè)SNP位置，其中五個(gè)楝科個(gè)體顯示相同的核苷酸，其與相同位置的非楝科物種的核苷酸不同。在從GenBank下載的100個(gè)楝科物種的matK基因，序列多重比對(duì)進(jìn)一步分析這16個(gè)SNP位置。其中三個(gè)SNP位于matK基因的3’-末端，編碼C-末端與線粒體II內(nèi)含子的結(jié)構(gòu)域X同源的結(jié)構(gòu)域，并且與N-末端區(qū)域相比具有更高的堿性氨基酸。潛在的楝科特異性SNP的進(jìn)一步驗(yàn)證對(duì)木材或木制品的分類學(xué)差異具有很大意義。 采用二代Illumina Hiseq結(jié)合三代PacBio測(cè)序技術(shù)對(duì)樣本DNA進(jìn)行基因組測(cè)序。
植物葉綠體介紹：葉綠體（chloroplast，cpDNA）是藻類和植物體綠色細(xì)胞中存在的有色質(zhì)體，雖然受限于核基因組，但擁有自身的遺傳物質(zhì)和遺傳體系，是一種半自主細(xì)胞器。葉綠體參與細(xì)胞分化、細(xì)胞信息傳遞和細(xì)胞凋亡等過程。隨著高通量測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展，利用葉綠體來研究細(xì)胞器的起源、結(jié)構(gòu)、進(jìn)化正受到越來越廣泛的關(guān)注。云生物負(fù)責(zé)對(duì)每一個(gè)樣本的葉綠體DNA(cpDNA)進(jìn)行富集及抽提，有自主研發(fā)的細(xì)胞器提取技術(shù)，提取經(jīng)驗(yàn)豐富。有專業(yè)團(tuán)隊(duì)負(fù)責(zé)跟進(jìn)每一個(gè)項(xiàng)目，從細(xì)胞器DNA制備、Hiseq建庫及測(cè)序、后續(xù)生物信息分析，直至為客戶提供滿意的結(jié)果。為了獲得高質(zhì)量的葉綠體基因組完成圖，推薦結(jié)合Pacbio三代測(cè)序。我們的優(yōu)勢(shì)：1.項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)豐富，已經(jīng)完成及在線的葉綠體已逾100個(gè)；2.組裝經(jīng)驗(yàn)豐富，提供極高質(zhì)量的葉綠體基因組完成圖，超過98%的樣品組裝到完成圖水平；3.各種個(gè)性化分析，致力于滿足老師的各種分析需求。 小基因組測(cè)序用什么平臺(tái)？山東植物葉綠體基因組小基因組測(cè)序活動(dòng)
云生物提供小基因組測(cè)序周期多久？山東植物葉綠體基因組小基因組測(cè)序活動(dòng)
葉綠體基因組楝科植物葉綠體揭示物種進(jìn)化遺傳標(biāo)記：葉綠體基因組（cpDNA）在大多數(shù)種子植物中是母系遺傳，與核基因組相比，cpDNA顯示出致密的基因含量和較慢的進(jìn)化速率。楝科（Meliaceae）屬于薔薇亞綱無患子目，主要由***分布在熱帶地區(qū)得喬木和灌木組成。楝科植物具有極高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值，應(yīng)用葉綠體基因組開發(fā)木材種屬鑒定的遺傳標(biāo)記具有很大的研究?jī)r(jià)值。對(duì)Cedrelaodorata，Entandrophragmacylindricum，Khayasenegalensis和Carapaguianensi四種楝科的葉綠體基因組進(jìn)行測(cè)序組裝，cpDNA呈環(huán)狀，大小在158,558~160,737bp之間，典型的四分體結(jié)構(gòu)，即由兩個(gè)反向重復(fù)序列組成（IRa和IRb），分別由大（LSC）和小（SSC）單拷貝區(qū)分開。四個(gè)新測(cè)序的楝科植物的每個(gè)cpDNA中，注釋了112個(gè)基因（包括78個(gè)蛋白質(zhì)編碼，30個(gè)tRNA和4個(gè)rRNA基因），其中18個(gè)在IR區(qū)域中重復(fù)，總共編碼85種蛋白質(zhì)，37種tRNA和8種rRNA共130種基因。內(nèi)含子大小范圍從trnL-UAA的532bp到trnK-UUU的2535bp。rps12基因存在反式剪接。 山東植物葉綠體基因組小基因組測(cè)序活動(dòng)