全基因組甲基化測序（WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS）是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序技術(shù)相結(jié)合，對有參考基因組進(jìn)行全基因組范圍的單堿基分辨率的甲基化測序，是DNA甲基化檢測的“金標(biāo)準(zhǔn)”。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。技術(shù)優(yōu)勢DNA甲基化檢測**有力的工具單堿基分辨率，檢測每個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài)全基因組范圍，**限度地獲得甲基化信息適合所有有參考基因組的物種適合各種類型的樣本樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測序深度：>=30X信息分析基于全基因組范圍的甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，5mCCalling，5mC在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本甲基化差異聚類，差異甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項(xiàng)目背景和科學(xué)問題的數(shù)據(jù)亮點(diǎn)挖掘。 WGBS用于人、哺乳動(dòng)物及農(nóng)林牧漁方向的高水平甲基化研究。北京850K芯片技術(shù)服務(wù)怎么樣
亞硫酸鹽結(jié)合測序是DNA甲基化檢測的“金標(biāo)準(zhǔn)”方案。除了全基因組甲基化測序等研究手段，對于目標(biāo)基因/位點(diǎn)檢測或者轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)應(yīng)用研究來說，需要靈活的靶向甲基化測序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)結(jié)合高通量測序的TargetBisulfiteSequencing滿足幾個(gè)到上百個(gè)基因/位點(diǎn)的驗(yàn)證需求,具有高通量、低成本的優(yōu)勢,***用于臨床大樣本多位點(diǎn)的甲基化biomarker篩選及高水平文章甲基化驗(yàn)證環(huán)節(jié)。微生物定植對腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表.(IF=)我們以早產(chǎn)幼豬為模型，利用RRBS測序比較正常(n=7)和口服***(n=7)的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)與先天免疫應(yīng)答、吞噬和代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異，并通過高通量BSP測序?qū)GFL7、LBP8、PTPRE差異甲基化基因進(jìn)行了驗(yàn)證。 北京850K芯片技術(shù)服務(wù)怎么樣云生物提供測序服務(wù)。
發(fā)育基因的表觀突變是養(yǎng)殖歐洲鱸魚開始馴化的基礎(chǔ)
Epimutations in developmental
genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)
本研究通過RRBS測序，比較了早期馴化的
(n=12)與野生的(n=12)
歐洲鱸魚在馴化過程中DNA甲基化變化，發(fā)現(xiàn)早期馴化的鱸魚與野生的沒有遺傳差異，但在不同胚胎起源的組織中發(fā)生DNA甲基化變化。這些甲基化突變與經(jīng)過25年選擇性育種后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多態(tài)性***重疊，表觀突變基因與正選擇基因一致。結(jié)果表明馴化初始階的表觀變異是一個(gè)重要事件。
芯片平臺作為目前比較成熟的篩選工具，已經(jīng)在很多領(lǐng)域有了相應(yīng)的應(yīng)用。多家芯片公司在DNA甲基化這塊兒有了相應(yīng)的產(chǎn)品提供，其中應(yīng)用**為***的就Agilent平臺和Illumina平臺，相應(yīng)的產(chǎn)品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相應(yīng)的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已經(jīng)停產(chǎn)。不同的芯片平臺，各自的實(shí)驗(yàn)過程也是不一樣的。安捷倫前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技術(shù)。將基因組DNA分成兩份，一份用來做MeDIP，另一份作為對照。兩個(gè)樣品都標(biāo)記熒光(富集的樣品用Cy5標(biāo)記，對照用Cy3標(biāo)記)，然后與芯片雜交。芯片上每個(gè)探針的Cy5/Cy3強(qiáng)度比例顯示出該區(qū)域的甲基化程度。 焦磷酸測序技術(shù)是甲基化檢測新的金標(biāo)準(zhǔn)。
MethylationEPICBEadChip兼具***的覆蓋范圍和高通量功能，因此是EWAS的理想之選。其他優(yōu)勢包括：***的全基因組覆蓋范圍(>850,000個(gè)甲基化位點(diǎn))CpG島非CpG和差異甲基化位點(diǎn)FANTOM5增強(qiáng)子ENCODE染色質(zhì)ENCODE轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)miRNA啟動(dòng)子區(qū)域?qū)嶒?yàn)分析方法重現(xiàn)性98%（針對技術(shù)性重復(fù)）98%（針對傳統(tǒng)HumanMethylation450K芯片對照，MethylationEPIC芯片采用的相同樣本）>90%（針對HumanMethylation450K位點(diǎn)內(nèi)容）用戶友好的簡化工作流程與FFPE樣本兼容MethylationEPICBeadChip遵循用戶友好的簡化的工作流程，可以從低樣本起始量（低至250ng）同時(shí)處理多達(dá)96個(gè)樣本該甲基化芯片針對常規(guī)樣本和FFPE樣本提供單CpG位點(diǎn)級別的定量測量，因此能實(shí)現(xiàn)超級精細(xì)的解析度，方便用戶了解表觀遺傳的變化。 ATAC-seq實(shí)驗(yàn)過程短，從實(shí)驗(yàn)到分析可達(dá)2周。北京RIP-seq技術(shù)服務(wù)怎么樣
通過甲基化數(shù)據(jù)，篩選疾病耐藥的差異甲基化。北京850K芯片技術(shù)服務(wù)怎么樣
甲基化DNA免疫沉淀測序（MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，MeDIP-Seq）是通過5mC特異性抗體富集甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找甲基化區(qū)域?？蓮V泛應(yīng)用于甲基化與疾病關(guān)系研究。技術(shù)優(yōu)勢全基因組范圍鑒定甲基化修飾區(qū)域針對性檢測基因組內(nèi)具有甲基化修飾的區(qū)域與WGBS技術(shù)相比，成本更低科學(xué)方案設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問題；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150。 北京850K芯片技術(shù)服務(wù)怎么樣