武漢BD空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化

空間轉(zhuǎn)錄組測序的關(guān)鍵就在于，解決了空間位置保留的問題。被放置在芯片區(qū)域內(nèi)的冰凍組織切片在經(jīng)過H&E染色和成像記錄后，會被進(jìn)行透化處理，釋放細(xì)胞中的RNA。芯片上的捕獲引物的中段設(shè)置了帶有獨特標(biāo)識的條形碼區(qū)域。芯片被劃分為了數(shù)個不同的捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域中錨定的引物都帶有不同的條形碼序列。每個區(qū)域?qū)?yīng)的組織位置會被記錄下來，然后再進(jìn)行測序后，通過條形碼將不同區(qū)域的測序結(jié)果，映射到對應(yīng)的組織位置上，拼貼形成組織樣品的空間轉(zhuǎn)錄組圖像。全線搭建10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組測序平臺。武漢BD空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化

烈冰提供空間轉(zhuǎn)錄組全流程服務(wù)，包括樣本包埋、貼片、選片、HE染色、拍照成像、組織透化、建庫測序以及后續(xù)的FISH驗證等各個步驟，為您提供無憂服務(wù)。烈冰搭建了以萊卡CM1950冷凍切片機、尼康多熒光通路全自動掃描顯微鏡、3Dhistech-midi數(shù)字掃描儀為基礎(chǔ)的先進(jìn)實驗平臺，并制定嚴(yán)格規(guī)范的實驗室SOP，經(jīng)過大量的切片、貼片實操演練，對不同類型組織的切片厚度、溫度進(jìn)行優(yōu)化，確保獲得更好質(zhì)量的冷凍切片。利用NovelBrain云分析平臺，搭建0代碼需求的空間轉(zhuǎn)錄組分析流程，準(zhǔn)確快速解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。取同一樣本組織的相鄰區(qū)域進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序，通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的整合分析，判定空間區(qū)域內(nèi)的細(xì)胞類別，精確解析組織空間內(nèi)的異質(zhì)化信息。濟(jì)南scRNA空間轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)測序空間轉(zhuǎn)錄組測序，上海烈冰生物科技很靠譜。

10XGenomics和Drop-Seq的技術(shù)原理。是利用十字交叉的通道，從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，縱向孔道輸入細(xì)胞，凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上，并通過微流控技術(shù)，將之輸入到油相孔道中。這時候，就形成了一個個油滴后輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細(xì)胞以及一個凝膠微珠，那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的CellBarcode和UMIBarcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手，構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligodT抓住mRNA構(gòu)建文庫，進(jìn)而完成細(xì)胞中RNA的捕獲過程。

空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必耍性：研究單細(xì)胞是想要探究細(xì)胞間的異質(zhì)性，但是常規(guī)的單細(xì)胞是將細(xì)胞解離成單細(xì)胞懸液，然后利用單細(xì)胞分離技術(shù)（微孔，微板，液滴）等方法實現(xiàn)單細(xì)胞建庫，這里比較大的問題是是細(xì)胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中是非常重要。特別是在研究細(xì)胞命運機制及細(xì)胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空問轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實現(xiàn)細(xì)胞的位置信息的保留，對研究此類細(xì)胞狀態(tài)尤為必要?？臻g轉(zhuǎn)錄組測序以分子方式定義病理，完成了病理數(shù)字化結(jié)合病理影像化的革新。

空間轉(zhuǎn)錄組測序的數(shù)據(jù)質(zhì)量和玻片有效區(qū)域的利用率、貼片的質(zhì)量和透化時間息息相關(guān)。貼片質(zhì)量不良會影響總的有效spot數(shù)等；而透化不合理會導(dǎo)致spot的reads數(shù)、基因中位數(shù)等參數(shù)。而在特異性基因表達(dá)方面，我們也可以統(tǒng)計空間轉(zhuǎn)錄組群體的特異性基因表達(dá)即Markergene，將他們在組織切片以及空轉(zhuǎn)上進(jìn)行著色。我們也可以對于任意一個已知的基因或者數(shù)據(jù)庫中的一些細(xì)胞Marker，然后將其在基因表達(dá)在空間轉(zhuǎn)錄組的切片以及HE染色上展示自己的基因表達(dá)進(jìn)而了解，群體中的可能的細(xì)胞組成關(guān)系。烈冰斥巨資引進(jìn)Novaseq6000，開啟更大通量測序新紀(jì)元。廣州高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)公司

經(jīng)驗豐富的實驗團(tuán)隊，為獲得示組織內(nèi)真實表達(dá)水平的高質(zhì)量冷凍切片提供硬件和技術(shù)保障。武漢BD空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化

空間轉(zhuǎn)錄組測序是在組織原位檢測全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)的?種技術(shù)，可以展?組織切?中不同區(qū)域的基因表達(dá)情況，同時能夠得到?的基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。與傳統(tǒng)的全基因轉(zhuǎn)錄組或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序相?，空間轉(zhuǎn)錄組測序漿病理影像（H&E染?）與測序數(shù)據(jù)映射在?起，進(jìn)?可以分析組織切內(nèi)部空間結(jié)構(gòu)的細(xì)胞異質(zhì)性。常規(guī)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)丟失了細(xì)胞在原組織中至關(guān)重要的空間位置信息，而單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的同時保留并記錄了細(xì)胞的空間位置信息。空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)能夠揭示細(xì)胞間的相互作用以及細(xì)胞所處的微環(huán)境，將成為發(fā)育生物學(xué)、神經(jīng)生物學(xué)、免疫生物學(xué)等領(lǐng)域的研究利器。武漢BD空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化

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