烈冰科技單細胞多組學數(shù)據(jù)分析可視化

冰凍切片的空間轉錄組測序在RNA捕獲、文庫構建方面，需要將組織切片貼合在帶有mRNA結合捕獲探針的載玻片上，通過甲醛固定、H&E染色得到組織切片的形態(tài)結構。再進行透化處理，使細胞中的mRNA釋放，并結合到芯片相鄰的捕獲探針上。將捕獲的mRNA反轉錄合成cDNA并構建測序文庫進行上機測序，從而獲取基因表達信息。總體來說，空間轉錄組的實驗流程包括：組織凍存-OCT包埋-冷凍切片-固定染色-組織透化-cDNA合成及建庫-上機測序，而需要客戶進行樣本準備的步驟相對簡單：組織凍存與OCT包埋。單細胞多組學測序技術整合了單細胞各個組學特征, 提供了揭示細胞內復雜分子調控網(wǎng)絡及其互動關系的機會。烈冰科技單細胞多組學數(shù)據(jù)分析可視化

空間轉錄組測序與單細胞測序的結果不同，這里存在一個概念叫做NumberofSpotsundertissue，即，空間轉錄組片子上組織覆蓋的有效的spot位點。這個有效Spot的篩選標準是有UMI以及有序列表達。那么這個時候，貼片的質量就成為了制約空間轉錄組有效區(qū)域的要點了。如果組織沒有很好地覆蓋到空轉片上，那么容易出現(xiàn)雖然有HE染色有組織片子，但是沒有基因表達，即無有效Spot位點。同樣的，另一個就是組織切片的大小，也就是說組織切片在整個玻片的覆蓋面積越小，分析的有效區(qū)域就越少。這兩者基本上決定了整個空間轉錄組分析結果的基礎質量。scRNA單細胞多組學技術支持單細胞測序技術提供了單個細胞水平下的科學研究視角。

單細胞測序實驗再樣本細胞上機分選簽，需要對細胞數(shù)量、細胞活性進行準確判斷，這對SingleCell分選標記、建庫、下機數(shù)據(jù)的質量都具有著決定性的作用。如若細胞計數(shù)偏高，將會影響建庫的成功率；計數(shù)偏低，則會顯著提高雙細胞的比例；而細胞活率過低，就會使測序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣，因此把好單細胞懸液質量這一關尤為重要。而在鋪板過程中，由于不同操作人員手法具有不可避免的差異，不同的液體流速將直接影響單細胞的入孔效果。因此烈冰生物BDRhapsody單細胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器，其具有PrimeTreat、CellLoad、BeadLoad、Wash、Lysis、Retrieval多種操作模式，來對應各種不同的操作。通過已經設定的程序來控制液體的流速，大幅度降低人為操作習慣帶來的差異，保證實驗操作的一致性。

單細胞測序是指針對單個細胞進行全轉錄組測序分析，可精確地描述每一個細胞的狀態(tài)，在異質性發(fā)育過程中具有不可忽視的應用價值。然而，單細胞測序無法給出固態(tài)異質化組織中細胞空間排布信息，對于揭示發(fā)育過程、病理微環(huán)境都存在很大的局限性。空間轉錄組測序以點陣形式記錄病理切片細胞的空間信息并進行測序，可以精確指示點陣內的全部基因表達情況?？臻g轉錄組測序的加入，無疑讓單細胞測序如虎添翼，更精確地勾勒了組織水平的異質性。烈冰智造PanoCell單細胞捕獲，媲美國際主流的單細胞平臺。

機體為響應各種應激，其細胞會從一種功能“狀態(tài)”轉變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”；當細胞在不同狀態(tài)之間轉變時，往往會經歷轉錄重組，導致一些基因被“沉默”，一些基因被重新“喚醒”，但純化這些瞬態(tài)細胞進行研究是很困難或不可能的；scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態(tài)。擬時序分析，即根據(jù)不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況，構建細胞譜系發(fā)育，但這里的時間并不是真時間，而是一個虛擬的時間，是指的細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中，也會存在多種不同的細胞形態(tài)。因此，不論測定了多少樣本，我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉化和變化進行描述。單細胞多組學 測序技術會轉向研發(fā)多組學測序分析和功能驗證同時 進行的方法。深圳BD Rhapsody單細胞多組學平臺

目前已應用的單細胞多組學聯(lián)合分析包括轉錄組和基因組，轉錄組和ＤＮＡ甲基化、轉錄組和蛋白組。烈冰科技單細胞多組學數(shù)據(jù)分析可視化

空間轉錄組數(shù)據(jù)可以用單細胞轉錄組數(shù)據(jù)的分析策略進行分析，例如，利用GO和Pathway分析篩選不同發(fā)育時期特定空間區(qū)域內的信號通路及其關鍵基因的較大情況，揭示在特定發(fā)育時期特定區(qū)域內發(fā)生的生物學過程。針對任何一個基因，空間轉錄組可以顯示表達該基因的點陣及其空間排布；單細胞轉錄組可以給出該基因表達的細胞類群；原位測序可以給出該基因在細胞內的表達狀況。通過不同發(fā)育時間點的信息比較，可以分析細胞類群在某個部位在不同時間點的差異，給出其在細胞內的真實的演變狀況。烈冰科技單細胞多組學數(shù)據(jù)分析可視化

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