上海single cell 單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)支持

從單細(xì)胞測(cè)序描述性分析轉(zhuǎn)向復(fù)雜樣本中不同細(xì)胞類(lèi)型的功能解析，越來(lái)越需要一種多組學(xué)的細(xì)胞生物學(xué)視角。通過(guò)單細(xì)胞多組學(xué)——即對(duì)不同組學(xué)的數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析和整合——科學(xué)家能夠從同一個(gè)單細(xì)胞來(lái)源中檢測(cè)多種細(xì)胞特征。這些特征包括全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)、細(xì)胞表面蛋白表達(dá)、免疫組庫(kù)序列（包括T細(xì)胞和B細(xì)胞受體）以及用于了解表觀基因組調(diào)控的開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域。隨著單個(gè)實(shí)驗(yàn)可提供更多信息豐富的數(shù)據(jù)，研究人員的獲益更多，包括保留珍貴樣本、提高生產(chǎn)力、減少因批次效應(yīng)引起的錯(cuò)誤，并節(jié)省更多的高科技資源（從資助基金到人員時(shí)間）。單細(xì)胞測(cè)序因其強(qiáng)大的探究疾病--細(xì)胞--基因的關(guān)系，一度成為高通量測(cè)序技術(shù)的“天花板”。單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析，認(rèn)準(zhǔn)烈冰NovelBrain生物信息數(shù)據(jù)分析平臺(tái)。上海single cell 單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)支持

烈冰科技作為國(guó)內(nèi)同時(shí)擁有10XGenomics和BDRhapsody雙分選平臺(tái)的測(cè)序服務(wù)商及云計(jì)算服務(wù)供應(yīng)商，經(jīng)過(guò)多年實(shí)戰(zhàn)，擁有豐富的單細(xì)胞懸液制備和分選經(jīng)驗(yàn)，實(shí)測(cè)BDRhapsody對(duì)能夠高效捕獲粒細(xì)胞。針對(duì)不同的分選平臺(tái)、建庫(kù)方法，實(shí)戰(zhàn)總結(jié)搭建出不同的數(shù)據(jù)預(yù)處理工作流程；烈冰科技NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)平臺(tái)能有效支撐生命科學(xué)研究、醫(yī)療健康等領(lǐng)域?qū)Υ髷?shù)據(jù)分析的需求。完備的高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)平臺(tái)，包括NovaSeq6000、10XChromiumX、BDFACSMelody、PANNORAMIC數(shù)字切片掃描儀等，配合一支來(lái)自海內(nèi)外名校、多學(xué)科交叉型的高素質(zhì)綜合團(tuán)隊(duì)，為您的科學(xué)研究保駕護(hù)航。杭州scRNA單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在多個(gè)研究領(lǐng)域都發(fā)揮了重要的推進(jìn)作用，揭示了組織中微量的細(xì)胞類(lèi)型和基因表達(dá)特征。

二代測(cè)序技術(shù)在測(cè)序方法上取得了重大突破，基于“邊合成邊測(cè)序”（sequencingbysynthesis）和大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù)（massiveparallelanalysis,MPS），使測(cè)序通量和讀取速度得到極大提升，烈冰生物斥巨資購(gòu)置的Novaseq6000測(cè)序儀的測(cè)序原理可以簡(jiǎn)化為四步：樣品文庫(kù)構(gòu)建、簇生成、測(cè)序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長(zhǎng)限制，樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段，并在3和5端接上3種序列：1）Index，用于區(qū)分樣品來(lái)源；2）Adapter，用于結(jié)合測(cè)序通道上的位點(diǎn)；3）Primerbindingsite，用于結(jié)合PCR引物啟動(dòng)擴(kuò)增反應(yīng)。

2016年發(fā)表的DR-seq和G&T-seq技術(shù),實(shí)現(xiàn)在單細(xì)胞內(nèi)同時(shí)進(jìn)行基因組和轉(zhuǎn)錄組的測(cè)序分析,使得研究人員能夠在分析細(xì)胞間基因組差異和基因表達(dá)異質(zhì)性的同時(shí),進(jìn)一步理解基因組序列差異、拷貝數(shù)變異與轉(zhuǎn)錄組異質(zhì)性之間的關(guān)系.隨后在同一個(gè)單細(xì)胞內(nèi),基于轉(zhuǎn)錄組、染色質(zhì)可及性、染色質(zhì)構(gòu)象、DNA拷貝數(shù)、DNA甲基化、蛋白質(zhì)豐度或者空間狀態(tài)等整合分析的多組學(xué)方法也相繼出現(xiàn)。相較于利用不同的單細(xì)胞單組學(xué)測(cè)序方法從一類(lèi)細(xì)胞中分別獲取轉(zhuǎn)錄組、基因組、表觀遺傳組等進(jìn)行分析,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序技術(shù)可以從同一個(gè)單細(xì)胞中同時(shí)獲取多種組學(xué)數(shù)據(jù),可以更好地反映細(xì)胞在特定狀態(tài)下各組學(xué)間的關(guān)聯(lián)以及復(fù)雜的分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。烈冰生物為您提供一站式全流程單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)。

相對(duì)于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問(wèn)題，BD和10X這兩個(gè)平臺(tái)普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1-6K不等的測(cè)序細(xì)胞量，這個(gè)量級(jí)的測(cè)序細(xì)胞量已經(jīng)可以說(shuō)能夠完全覆蓋絕大部分組織的SingleCell群體類(lèi)型。因此，這兩種技術(shù)對(duì)于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上，無(wú)論是從細(xì)胞數(shù)量上來(lái)說(shuō)還是表達(dá)檢測(cè)可靠性來(lái)說(shuō)，都會(huì)更實(shí)用。同時(shí)依托RandomCellLabel技術(shù)，使得其對(duì)于NovaSeq、HiSeqXTen、Hiseq4000等設(shè)備存在的Indexhooping現(xiàn)象，相對(duì)于Smart-Seq數(shù)據(jù)來(lái)說(shuō)，影響幾乎可以忽略不計(jì)（10XGenomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測(cè)試結(jié)果，顯示無(wú)影響。單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序主要包含細(xì)胞分離、文庫(kù)構(gòu)建、高通量測(cè)序和生物信息學(xué)分析等步驟。濟(jì)南scRNA單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析

烈冰測(cè)序服務(wù)已助力300余篇國(guó)際主流期刊研究文章發(fā)表。上海single cell 單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)支持

針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié)：主要是對(duì)細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、測(cè)序質(zhì)量進(jìn)行整體描述。過(guò)濾標(biāo)準(zhǔn)：由于細(xì)胞破碎后游離RNA會(huì)釋放到環(huán)境或孔中，并且測(cè)序中也會(huì)存在一些死細(xì)胞，導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此，我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來(lái)過(guò)濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞。以10×Genomics為例，細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過(guò)分析UMICounts-Barcode曲線(xiàn)斜率拐點(diǎn)，當(dāng)存在多個(gè)斜率拐點(diǎn)的時(shí)候，結(jié)合預(yù)期UMI=500時(shí)的細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行過(guò)濾。當(dāng)斜率拐點(diǎn)低于UMI=500的時(shí)候，選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn)；否則，選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量非常接近的拐點(diǎn)作為細(xì)胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實(shí)的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。上海single cell 單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)支持

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