黑龍江多靶點(diǎn)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)共同合作

    1977年，WalterGilbert和FrederickSanger發(fā)明了***臺(tái)測序儀，并應(yīng)用其測定了***個(gè)基因組序列，噬菌體X174，全長5375個(gè)堿基。由此開始，人類獲得了探索生命遺傳本質(zhì)的能力，生命科學(xué)的研究進(jìn)入了基因組學(xué)的時(shí)代，到至今為止的四十年時(shí)間內(nèi)，測序技術(shù)已取得了相當(dāng)大的發(fā)展，從***代發(fā)展到了第三代測序技術(shù)。Sanger所發(fā)明的測序方法被稱為***代測序技術(shù)，該技術(shù)直到現(xiàn)在依然被***使用，但是其一次只能獲得一條長度在700～1000個(gè)堿基的序列，無法滿足現(xiàn)代科學(xué)發(fā)展對(duì)生物基因序列獲取的迫切需求。高通量測序(High-ThroughputSequencing,HTS)是對(duì)傳統(tǒng)Sanger測序的**性變革，其解決了一代測序一次只能測定一條序列的限制，一次運(yùn)行即可同時(shí)得到幾十萬到幾百萬條核酸分子的序列，因此也被稱為新一代測序(NextGenerationSequencing,NGS)或第二代測序。第二代測序技術(shù)雖然測序的通量**增加，但是其獲得單條序列長度很短，想要得到準(zhǔn)確的基因序列信息依賴于較高的測序覆蓋度和準(zhǔn)確的序列拼接技術(shù)，因此**終得到的結(jié)果中會(huì)存在一定的錯(cuò)誤信息。因此，科研人員又發(fā)明了第三代測序技術(shù)也稱為單分子測序技術(shù)，該技術(shù)在保證測序通量的基礎(chǔ)上，對(duì)單條長序列進(jìn)行從頭測序。 邁杰擁有StarLIMS實(shí)驗(yàn)室信息化管理系統(tǒng)，中心實(shí)驗(yàn)室獲得了中國CNAS ISO 17025實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可、美國CAP認(rèn)證。黑龍江多靶點(diǎn)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)共同合作

    染色體STR不屬于測序技術(shù)的，它是一類分子檢測技術(shù)，例如Y染色體-STR，一般通過PCR、電泳凝膠結(jié)合來分析這段串聯(lián)重復(fù)序列的存在或者多態(tài)性，常用來檢測性別或親子鑒定，而不能測出具體的DNA序列信息。測序技術(shù)是一代測序（sanger測序）、二代測序（高通量測序）、三代測序（單分子測序）為基礎(chǔ)的。二代測序的缺點(diǎn)主要是由其PCR邊復(fù)制邊讀取的原理決定的，測序時(shí)間長，讀長短，末端質(zhì)量差。三代測序中PacBio實(shí)際上就是針對(duì)這些缺點(diǎn)的升級(jí)，通過巧妙的微孔設(shè)計(jì)實(shí)現(xiàn)單分子讀取，而且可以屏蔽游離dNTP的信號(hào)，不用每讀取一次就要清洗—添加一次dNTP，所以讀長比較長，測序速度快。 浙江Claudin18.2邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)誠信合作邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)可以提供覆蓋肺ai、腸ai、肝ai、胃ai、乳腺ai、前列腺ai等多種實(shí)體瘤的上百項(xiàng)檢測項(xiàng)目。

    ***代測序技術(shù)1975年由FrederickSanger所提出的鏈終止法以及1977年由WalterGibert所發(fā)明的鏈降解法被稱為***代測序技術(shù)。1977年，WalterGilbert和FrederickSanger發(fā)明了***臺(tái)測序儀，并應(yīng)用其測定了***個(gè)基因組序列，噬菌體X174，全長5375個(gè)堿基。WalterGilbert和FrederickSanger也因在測序技術(shù)中的貢獻(xiàn)獲得了1980年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)。技術(shù)原理目前，基于***代測序技術(shù)的測序儀幾乎都是采用Sanger提出的鏈終止法。鏈終止法測序的**原理是ddNTP的2'和3'端都不含羥基，因此在合成核酸鏈的過程中無法形成磷酸二酯鍵，從而導(dǎo)致DNA合成反應(yīng)中斷。在測定待測核酸片段的序列時(shí)，向反應(yīng)體系中加入一定比例的帶有放射性同位素標(biāo)記的4種ddNTP，利用DNA聚合酶來延伸結(jié)合在待測核酸模板上的引物，直到摻入一種鏈終止核苷酸為止，**終會(huì)得到一組長度各相差一個(gè)堿基的鏈終止產(chǎn)物，這些產(chǎn)物可通過高分辨率變性凝膠電泳分離并根據(jù)其長度排序，凝膠處理后可用X-光膠片放射自顯影進(jìn)行檢測，從而確定目的核酸片段各個(gè)位置的堿基。完整的測序過程分為4步：：如要利用Sanger測序方法進(jìn)行完整基因組的測定，首先要將提取得到的樣品完整DNA打碎，形成DN**段，如只是測定單個(gè)目的基因的序列。

    為了展現(xiàn)并比較以上幾種測序方法技術(shù)方面的不同，給所有人，鼠，擬南芥和大腸桿菌基因組測序時(shí)，每個(gè)測序產(chǎn)生的覆蓋數(shù)量都會(huì)在這里計(jì)算和展示。展示的數(shù)據(jù)都是來自于每種技術(shù)強(qiáng)大的儀器。全基因組測序時(shí)，為使數(shù)據(jù)有效，**少需要30x的覆蓋面。就像大家看到的，焦磷酸測序法只能給大腸柑橘基因組測序，并且需要足夠的覆蓋面來產(chǎn)生有效的數(shù)據(jù)。RUROLimfinityNGS是適用于二代測序全流程的信息管理平臺(tái)，包含您提到的樣本前處理、樣本接收、處理、樣本存儲(chǔ)、文庫制備、測序、完成以及質(zhì)控等全流程信息管理，實(shí)現(xiàn)了真正意義上樣本全生命周期的管理，并且符合21CFRPart11電子簽名的規(guī)定1.不要?jiǎng)h除或篡改試驗(yàn)數(shù)據(jù)2.不隱藏不良的檢驗(yàn)結(jié)果3.了解并符合審查審計(jì)追蹤。作者：Siri鏈接：源：知乎著作權(quán)歸作者所有。商業(yè)轉(zhuǎn)載請(qǐng)聯(lián)系作者獲得授權(quán)，非商業(yè)轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處。 使用北歐免疫組化質(zhì)控中心NordiQC推薦的IHC抗體組合。

    第三代測序技術(shù)以PacBio公司的SMRT技術(shù)和OxfordNanoporeTechnologies公司的納米孔單分子技術(shù)為**的新一代測序技術(shù)被稱為第三代測序技術(shù)，與前兩代測序技術(shù)相比，其比較大的特點(diǎn)就是單分子測序，測序過程無需進(jìn)行PCR擴(kuò)增，并且理論上可以測定無限長度的核酸序列。PacBio技術(shù)平臺(tái)SMRT芯片是一種帶有很多ZMW孔的厚度為100nm的金屬片，將DNA聚合酶、待測序列和不同熒光標(biāo)記的dNTP放入ZMW孔的底部。熒光標(biāo)記的位置是磷酸基團(tuán)，當(dāng)一個(gè)dNTP被添加到合成鏈上的同時(shí)，它會(huì)進(jìn)入ZMW孔的熒光信號(hào)檢測區(qū)，根據(jù)熒光的種類就可以判定dNTP的種類，從而獲得核酸的堿基序列信息。ZMW孔PacBio平臺(tái)測序原理每個(gè)ZWM孔只允許一條DNA模板進(jìn)入，DNA模板進(jìn)入后，DNA聚合酶與模板結(jié)合，加入4種不同顏色熒光標(biāo)記4種dNTP，其通過布朗運(yùn)動(dòng)隨機(jī)進(jìn)入檢測區(qū)域并與聚合酶結(jié)合從而延伸模板，與模板匹配的堿基生成化學(xué)鍵的時(shí)間遠(yuǎn)遠(yuǎn)長于其他堿基停留的時(shí)間，因此統(tǒng)計(jì)熒光信號(hào)存在時(shí)間的長短，可區(qū)分匹配的堿基與游離堿基。通過統(tǒng)計(jì)4種熒光信號(hào)與時(shí)間的關(guān)系，即可測定DNA模板序列。 邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)具體包括全套的Leica組織樣本制備系統(tǒng)，Ventana、Leica、DAKO等全自動(dòng)免疫組化儀。浙江Claudin18.2邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)誠信合作

邁杰中心實(shí)驗(yàn)室設(shè)有SLAN 96P、Rotor-Gene Q、ABI 7500、ABI ViiA7、Roche z480等實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀及數(shù)字PCR儀！黑龍江多靶點(diǎn)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)共同合作

    ，需將磁珠固定在特制的PTP平板上。這種平板上含有許多直徑約為44μm的小孔，每個(gè)小孔*能容納一個(gè)磁珠，通過這種方法來固定每個(gè)磁珠的位置。啟動(dòng)測序反應(yīng)后，每次向PTP平板中加入一種dNTP，如果能與待測序列配對(duì)，則會(huì)在堿基連接在模板上之后釋放焦磷酸，焦磷酸通過ATP硫酸化學(xué)酶***熒光素酶產(chǎn)生熒光，通過PTP板另一側(cè)的CCD照相機(jī)記錄熒光，從而確定目的模板的核酸序列。ABI/SOLiDABI/SOLiD技術(shù)原理SOLiD測序技術(shù)與454技術(shù)的原理比較類似，同樣是采用油包水的方式進(jìn)行EmulsionPCR。不同之處在于SOLiD形成的小水滴要比454系統(tǒng)小得多，只有1μm大小，并且在PCR擴(kuò)增的同時(shí)對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物的3'端進(jìn)行修飾，為下一步的測序做準(zhǔn)備。在PCR完成之后，SOLiD技術(shù)進(jìn)行測序時(shí)，其反應(yīng)底物不是dNTP也不是ddNTP，而含有8個(gè)堿基的單鏈熒光探針混合物，在測序時(shí)，這些探針按照堿基互補(bǔ)規(guī)則與單鏈DNA模板鏈配對(duì)，不同的探針的5'末端分別標(biāo)記不同顏色的熒光染料，每兩個(gè)堿基確定一個(gè)熒光信號(hào)，相當(dāng)于一次能決定兩個(gè)堿基，因此，這種測序方法也被稱為兩堿基測序法。 黑龍江多靶點(diǎn)邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺(tái)共同合作