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其中擴(kuò)增dys19、dys388、dys389i、dys389ii、dys392、dys449、dys459a/b、dys485、dys504、dys531、dys626和dys627的引物不同。表52、取標(biāo)準(zhǔn)品2800m,用超純水稀釋,獲得濃度為1ng/μl的標(biāo)準(zhǔn)品2800m水溶液。3、以標(biāo)準(zhǔn)品2800m水溶液為模板,分別采用引物混合物1和引物混合物2進(jìn)行pcr擴(kuò)增,得到pcr擴(kuò)增產(chǎn)物。每條引物在反應(yīng)體系的濃度均為μm。4、同實(shí)施例2步驟一中3。5、同實(shí)施例2步驟一中4。6、同實(shí)施例2步驟一中5。檢測結(jié)果見表6。結(jié)果表明,實(shí)施例1制備的試劑盒中的引物被替換后,部分基因座被抑制且引物混合物1和引物混合物2的抑制情況不同。表6注:n與其后數(shù)字表示一段堿基序列,其后數(shù)字表示序列的堿基數(shù)目;“-”表示未獲得基因型。上述結(jié)果表明,實(shí)施例1制備的試劑盒中引物具有不可替換性,本發(fā)明的發(fā)明人經(jīng)過大量實(shí)驗(yàn)摸索,才獲得了試劑盒中的引物組合及引物濃度。邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)分子平臺可以基于成熟的qPCR技術(shù)定量檢測外源載體拷貝數(shù),應(yīng)用于藥物分布實(shí)驗(yàn)如CAR-T等。重慶專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺推薦咨詢
室溫孵育1分鐘。e.孔板再次放上磁力架,等待2分鐘,溶液澄清后,轉(zhuǎn)移上清到新的孔板中。三、第二輪多重PCRa.第二輪特異性引物是普通的PCR擴(kuò)增引物,在其5’端加上測序接頭5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3’共80個左右的堿基,其中根據(jù)目標(biāo)區(qū)域設(shè)計(jì)得到的序列長度是20個堿基左右,Tm值設(shè)定在60℃,多個引物混成一個IP引物池做為第二輪PCR的上游引物。P7的序列:5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAG-3’。配置PCR總體系,按照理論值的125%配制,震蕩混勻,短時離心。b.孔板放入PCR儀中,選擇MAPlex-2nd程序運(yùn)行2個小時。四、PCR產(chǎn)物純化步驟同二,做兩次純化,徹底去除引物二聚體。***次使用28uL的磁珠純化,用20uL的NFW洗脫;第二次用20uL的磁珠純化,用25uL的NFW洗脫。五、電泳鑒定每個樣品取5uL,進(jìn)行%的瓊脂糖電泳,觀察是否有條帶,以及條帶長度是否在300-400bp之間。實(shí)施例5.文庫定量與混合a.將標(biāo)準(zhǔn)品、熒光定量試劑、引物從-20℃取出放置于冰上融化。b.樣品稀釋10000倍,分兩次梯度稀釋。***次取文庫原液2uL,加入198uL的NFW,振蕩混勻或者用***吹打混勻,短時離心。再從中取出10uL,加入990uLNFW,振蕩混勻或者用***吹打混勻,短時離心。湖北一體化邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺共同合作邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)有多年的藥企服務(wù)經(jīng)驗(yàn),緊跟藥物研發(fā)趨勢,熟悉新藥研發(fā)動向。
染色體STR不屬于測序技術(shù)的,它是一類分子檢測技術(shù),例如Y染色體-STR,一般通過PCR、電泳凝膠結(jié)合來分析這段串聯(lián)重復(fù)序列的存在或者多態(tài)性,常用來檢測性別或親子鑒定,而不能測出具體的DNA序列信息。測序技術(shù)是一代測序(sanger測序)、二代測序(高通量測序)、三代測序(單分子測序)為基礎(chǔ)的。二代測序的缺點(diǎn)主要是由其PCR邊復(fù)制邊讀取的原理決定的,測序時間長,讀長短,末端質(zhì)量差。三代測序中PacBio實(shí)際上就是針對這些缺點(diǎn)的升級,通過巧妙的微孔設(shè)計(jì)實(shí)現(xiàn)單分子讀取,而且可以屏蔽游離dNTP的信號,不用每讀取一次就要清洗—添加一次dNTP,所以讀長比較長,測序速度快。
既節(jié)約時間又降低測序成本。目前,基于法庭科學(xué)領(lǐng)域運(yùn)用**多的ngs系統(tǒng)為illumina公司的miseqfgxtm系統(tǒng)和thermofisher公司的iontorrentpgmtm系統(tǒng),但針對以上平臺的二代測序商業(yè)化str分型試劑盒的研發(fā)尚處于起步階段,主要有powerseqautosystem(promega,madison,wi,usa)、forenseqtmdnasignatureprepkit(illumina,sandiego,ca,usa)和precisionidglobalfilerngsstrkit(termofisher,waltham,ma,usa)。但以上試劑盒涉及的y-str相對較少,三個試劑盒分別包含了1個y-str基因座、26個y-str基因座、2個y-str基因座。同時存在試劑盒價格昂貴,配套的數(shù)據(jù)分析軟件只能針對各自開發(fā)試劑盒,參數(shù)的設(shè)置相對固定,只能對固有基因座的測序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,不利于法醫(yī)學(xué)實(shí)際應(yīng)用。因此,構(gòu)建一種適用于當(dāng)前主流二代測序檢測平臺miseqfgxtm系統(tǒng)及開放性測序數(shù)據(jù)分析軟件straitrazor、myflq等,且能容納更多y-str基因座的復(fù)合擴(kuò)增體系具有一定的意義。技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素:本發(fā)明的目的是制備檢測更多y-str基因座的試劑盒,提高了父系親緣關(guān)系分析能力和鑒定效能。本發(fā)明首先保護(hù)引物組合,可包括引物1—引物120;引物1—引物120均為單鏈dna分子,核苷酸序列依次可如seqid**—seqid**20所示。邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)提供完整的多平臺多組學(xué)服務(wù),打造流程化yao企業(yè)合作。
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目前***使用的用于蛋白質(zhì)鑒定的質(zhì)譜分析主要使用兩種類型質(zhì)譜:一種是MALDI-TOF直接對分子量進(jìn)行測量;另一種是使用ESI-MS高分辨率質(zhì)譜分析電噴霧得到的多電荷信號,然后對信號進(jìn)行去卷積分析,獲得精確分子量數(shù)值。這兩種方法各有其優(yōu)點(diǎn)及適用的領(lǐng)域。百泰派克生物同時配備了這兩種質(zhì)譜分析系統(tǒng),可用于各類蛋白質(zhì)樣品分子量測定,滿足包括肽指紋圖譜分析及蛋白質(zhì)鑒定在內(nèi)的多種蛋白質(zhì)分子量分析需求。ESI電離噴霧測定分子量案例分析:1大于10KDa分子量的某蛋白藥物精確分子量測定百泰派克通過online反相色譜分離后,直接用QExactive質(zhì)譜儀對原始信號進(jìn)行采集。然后使用ProMassforXcaliburTM對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行deconvolution計(jì)算,得到樣品精確分子量。進(jìn)入質(zhì)譜之前的反相色譜分離過程中連接了紫外檢測器(如下圖所示),在實(shí)現(xiàn)對樣品分離的同時,還會對樣品的純度進(jìn)行評估;色譜分離的過程也降低了在精確分子量檢測過程中對樣品純度的要求。利用軟件對質(zhì)譜原始數(shù)據(jù)進(jìn)行分析時,可以根據(jù)TIC(總離子流圖)分別對樣品中的主要成分和次要成分的分子量進(jìn)行選擇和分析。例如我們對上圖中紅框標(biāo)注的主要成分進(jìn)行分子量分析,我們只需要找到該時刻得到質(zhì)譜原始數(shù)據(jù)(如下圖所示)。重慶專注邁杰轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)NGS平臺推薦咨詢