WGBS送樣要求一、送樣類型基因組DNA、細(xì)胞、全血、動(dòng)植物組織、FFPE二、保存方式1、基因組DNA、細(xì)胞、全血、動(dòng)植物組織：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以內(nèi))；保存期間避免反復(fù)凍融。2、FFPE樣本：室溫保存三、運(yùn)輸條件1、基因組DNA：冰袋或者干冰運(yùn)輸；2、細(xì)胞、全血、組織樣本：干冰運(yùn)輸，順豐陸運(yùn)（3-4天時(shí)間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；3、FFPE樣本：室溫運(yùn)輸。四、樣本量要求1、基因組DNA：常規(guī)WGBS，不少于2ug；微量WGBS，20ng1）提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果，例如瓊脂糖凝膠電泳或者Agilent2100電泳等；2）提取基因組DNA，要加RNA酶，去除RNA污染；3）提取基因組DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到純水；樣本體積不超過100ul;4）提供Qubit檢測(cè)濃度，基于OD值的檢測(cè)方法，例如NanoDrop,會(huì)嚴(yán)重高估濃度。2、細(xì)胞樣本：常規(guī)WGBS，不少于5x10*6個(gè)細(xì)胞；微量WGBS，5000個(gè)細(xì)胞1）收集貼壁或者懸浮細(xì)胞、使用預(yù)冷的1×PBS，洗滌2次，600g離心5分鐘；2）***一次離心后，盡量去除上清PBS，保留細(xì)胞沉淀;3、全血樣本：2-5ml外周血使用普通EDTA抗凝管，避免使用肝素抗凝管。4、動(dòng)植物組織：動(dòng)物組織，30mg以上;植物組織，不同組織。 細(xì)胞、全血、組織樣本干冰運(yùn)輸。四川焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富
隨著二代測(cè)序技術(shù)的告訴發(fā)展，測(cè)序成本大幅度下降，使得真正實(shí)現(xiàn)全基因組甲基化分析的研究成為可能。隨著人類甲基化圖譜繪制成功，已經(jīng)陸續(xù)有多個(gè)物種的甲基化圖譜構(gòu)建完成。研究者將傳統(tǒng)的DNA甲基化檢測(cè)方法，如亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化與高通量測(cè)序相結(jié)合，可以實(shí)現(xiàn)單堿基精度的甲基化圖譜的構(gòu)建。此外將成熟的MeDIP技術(shù)與二代測(cè)序相結(jié)合，可以快速有效地尋找基因組上的甲基化區(qū)域，從而比較不同細(xì)胞、組織、甚至疾病樣本間的DNA甲基化修飾模式的差異。因此該技術(shù)也特別適用于大樣本量的疾病表觀研究。第三代測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn)，更是讓甲基化的直接測(cè)定成為可能。一年前，美國(guó)PacificBiosciences公司利用獨(dú)有的單分子實(shí)時(shí)(SMRT)測(cè)序技術(shù)，直接測(cè)定了DNA的甲基化。這項(xiàng)成果發(fā)表在《NatureMethods》雜志上。 山東單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)N6-甲基脫氧腺苷是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一。
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MethylationEPICBEadChip兼具***的覆蓋范圍和高通量功能，因此是EWAS的理想之選。其他優(yōu)勢(shì)包括：***的全基因組覆蓋范圍(>850,000個(gè)甲基化位點(diǎn))CpG島非CpG和差異甲基化位點(diǎn)FANTOM5增強(qiáng)子ENCODE染色質(zhì)ENCODE轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)miRNA啟動(dòng)子區(qū)域?qū)嶒?yàn)分析方法重現(xiàn)性98%（針對(duì)技術(shù)性重復(fù)）98%（針對(duì)傳統(tǒng)HumanMethylation450K芯片對(duì)照，MethylationEPIC芯片采用的相同樣本）>90%（針對(duì)HumanMethylation450K位點(diǎn)內(nèi)容）用戶友好的簡(jiǎn)化工作流程與FFPE樣本兼容MethylationEPICBeadChip遵循用戶友好的簡(jiǎn)化的工作流程，可以從低樣本起始量（低至250ng）同時(shí)處理多達(dá)96個(gè)樣本該甲基化芯片針對(duì)常規(guī)樣本和FFPE樣本提供單CpG位點(diǎn)級(jí)別的定量測(cè)量，因此能實(shí)現(xiàn)超級(jí)精細(xì)的解析度，方便用戶了解表觀遺傳的變化。 DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇。
cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）；放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以內(nèi))；保存期間不能凍融。三、運(yùn)輸條件干冰運(yùn)輸：順豐陸運(yùn)（3-4天時(shí)間），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰四、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管，公司配送）；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時(shí)以上，不超過8小時(shí)，進(jìn)行血漿分離步驟五、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運(yùn)輸,提取之前不能凍融。備注1：血漿分離在4℃條件進(jìn)行，如果客戶沒有冷凍離心機(jī)，也可以在室溫條件下進(jìn)行；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細(xì)胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。 DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。山東單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)
篩選耐藥的相關(guān)biomaker及表觀調(diào)控機(jī)制。四川焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富
重亞硫酸鹽處理結(jié)合測(cè)序是目前檢測(cè)甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)。除了全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)等研究手段，對(duì)于大樣本量甲基化研究來說，更需要靈活、有針對(duì)性的技術(shù)方案。NGS-BSP方法適合幾個(gè)到幾十個(gè)基因或者位點(diǎn)進(jìn)行大樣本甲基化測(cè)序或者驗(yàn)證項(xiàng)目，具有更快速的實(shí)驗(yàn)周期及低成本優(yōu)勢(shì)。技術(shù)優(yōu)勢(shì)高效靈活的目標(biāo)區(qū)域甲基化檢測(cè)的工具BSP和高通量測(cè)序完美結(jié)合，單堿基分辨率適合幾個(gè)到幾十個(gè)位點(diǎn)的大樣本驗(yàn)證項(xiàng)目適合所有動(dòng)物樣本、周期快、檢測(cè)位點(diǎn)靈活、性價(jià)比高科學(xué)方案設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫(kù)測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問題；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=1ug(20個(gè)區(qū)域/位點(diǎn))；樣品濃度>30ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測(cè)序深度：>。 四川焦磷酸測(cè)序技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富