N6-甲基脫氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一，在細(xì)菌、藻類及植物基因組中***存在，在DNA錯(cuò)配修復(fù)、染色體分離和毒力調(diào)節(jié)中發(fā)揮作用。6mA免疫沉淀測(cè)序(6mA-IPSeq)通過(guò)特異性抗體富集6mA甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量，快速、高效地尋找6mA甲基化區(qū)域。技術(shù)優(yōu)勢(shì)全基因組范圍鑒定6mA甲基化修飾區(qū)域技術(shù)方法適合所有物種(一般推薦藻類及植物)科學(xué)方案設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫(kù)測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問(wèn)題；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>50ng/ul；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150。 DNA異常甲基化與疾病的發(fā)生、發(fā)展有著密切的聯(lián)系。上海RRBS技術(shù)服務(wù)口碑推薦
微生物定植對(duì)腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表
Early microbial colonization
affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism
in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)
我們以早產(chǎn)幼豬為模型，采用RRBS測(cè)序，比較正常(CON,
n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產(chǎn)豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細(xì)菌密度及多樣性，同時(shí)改變了DNA甲基化水平。其中與先天免疫應(yīng)答、吞噬、內(nèi)皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調(diào)控腸道免疫及營(yíng)養(yǎng)代謝等，可能對(duì)早產(chǎn)兒的短期和長(zhǎng)期的腸道健康至關(guān)重要。 上海6mA技術(shù)服務(wù)活動(dòng)通過(guò)甲基化數(shù)據(jù)，篩選疾病耐藥的差異甲基化。
焦磷酸測(cè)序(Pyrosequencing)隨著技術(shù)的不斷改進(jìn)，現(xiàn)在認(rèn)為焦磷酸測(cè)序技術(shù)（Pyrosequencing）是甲基化檢測(cè)新的金標(biāo)準(zhǔn)。焦磷酸測(cè)序作為一種新的序列分析技術(shù)，能夠快速地檢測(cè)甲基化的頻率，對(duì)樣品中的甲基化位點(diǎn)進(jìn)行定性及定量檢測(cè)，為甲基化研究提供了新的途徑。在序列延伸過(guò)程中，根據(jù)C和T的摻入量來(lái)定量確定單個(gè)位點(diǎn)的C-T比例。因此，不同位點(diǎn)的甲基化變異就能被準(zhǔn)確檢測(cè)，并給出精確的甲基化程度的數(shù)據(jù)。QIAGEN公司在焦磷酸測(cè)序的應(yīng)用上具有明顯的優(yōu)勢(shì)，目前提供三種焦磷酸測(cè)序儀器，通量由低到高，適合不同的應(yīng)用。PyroMarkQ24的強(qiáng)項(xiàng)在于可對(duì)多達(dá)24個(gè)樣品進(jìn)行焦磷酸測(cè)序。需要大樣品量的應(yīng)用更適合在PyroMarkQ96ID上進(jìn)行。在考慮到處理成百上千個(gè)樣品所需的大量試劑時(shí)，運(yùn)行通量**化可能會(huì)使實(shí)驗(yàn)成本變得很高。而PyroMarkQ96MD裝有一臺(tái)高度靈敏的光檢測(cè)攝像頭，可以在減少試劑量的情況下對(duì)少量的DNA模板進(jìn)行準(zhǔn)確測(cè)序。這些不同平臺(tái)的推出，對(duì)于我們實(shí)際研究提供了更有效的檢測(cè)手段。
DNA甲基化異常用于甲狀腺結(jié)節(jié)診斷
Identification of
Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics. Clin
Cancer Res. 2019;15;25(2):544-551 (IF=
10.199)
惡性結(jié)節(jié)和良性結(jié)節(jié)常常難以診斷。本課題通過(guò)RRBS檢測(cè)了109個(gè)甲狀腺組織的DNA甲基化，發(fā)現(xiàn)*旁、良性結(jié)節(jié)和*組織之間存在***差異，并在65個(gè)甲狀腺結(jié)節(jié)的回顧性隊(duì)列樣本中得到驗(yàn)證。這些組織特異性DMR與活性增強(qiáng)子和**相關(guān)基因密切相關(guān)，表明DNA甲基化為甲狀腺結(jié)節(jié)提供準(zhǔn)確的診斷。 甲基化驗(yàn)證是甲基化研究必不可少的一環(huán)。
全基因組甲基化測(cè)序（WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS）是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測(cè)序技術(shù)相結(jié)合，對(duì)有參考基因組進(jìn)行全基因組范圍的單堿基分辨率的甲基化測(cè)序，是DNA甲基化檢測(cè)的“金標(biāo)準(zhǔn)”。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析、基因調(diào)控分析、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。技術(shù)優(yōu)勢(shì)DNA甲基化檢測(cè)**有力的工具單堿基分辨率，檢測(cè)每個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài)全基因組范圍，**限度地獲得甲基化信息適合所有有參考基因組的物種適合各種類型的樣本樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>30ng/ul；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150；測(cè)序深度：>=30X信息分析基于全基因組范圍的甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控，5mCCalling，5mC在基因組、染色體、功能元件上的分布，多樣本甲基化差異聚類，差異甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項(xiàng)目背景和科學(xué)問(wèn)題的數(shù)據(jù)亮點(diǎn)挖掘。 細(xì)胞、全血、組織樣本干冰運(yùn)輸。上海RRBS技術(shù)服務(wù)口碑推薦
芯片平臺(tái)作為目前比較成熟的篩選工具。上海RRBS技術(shù)服務(wù)口碑推薦
將待測(cè)DNA經(jīng)過(guò)亞硫酸鹽處理，通過(guò)PCR擴(kuò)增過(guò)程引入T7啟動(dòng)子序列，經(jīng)T7DNA聚合酶的體外轉(zhuǎn)錄過(guò)程得到各樣本RNA產(chǎn)物，經(jīng)堿基特異性酶切處理，得到RNA小片段，并用飛行質(zhì)譜檢測(cè)每個(gè)片段的分子量，***EpiTYPER程序完成數(shù)據(jù)的自動(dòng)化處理并報(bào)告每個(gè)檢測(cè)片段的甲基化程度。技術(shù)優(yōu)勢(shì)·檢測(cè)片段長(zhǎng)：擴(kuò)增片段長(zhǎng)度可達(dá)500bp·高靈敏度：可發(fā)現(xiàn)低至5%甲基化水平，樣本起始量低至10ng?！ぶ貜?fù)性好：變異系數(shù)CV≤5%?！じ咝詢r(jià)比：用384孔板進(jìn)行PCR反應(yīng)，一個(gè)擴(kuò)增產(chǎn)物可以進(jìn)行多重CpG位點(diǎn)分析，無(wú)需后續(xù)驗(yàn)證，可直接用于文章發(fā)表。服務(wù)內(nèi)容1.根據(jù)客戶提供的序列信息進(jìn)行預(yù)評(píng)估；2.進(jìn)行樣本DNA的分離、純化、質(zhì)檢及亞硫酸鹽修飾。3.使用特殊設(shè)計(jì)的一對(duì)引物擴(kuò)增樣本，得到帶有T7RNA聚合酶啟動(dòng)子序列的擴(kuò)增產(chǎn)物。4.在體外轉(zhuǎn)錄體系中，利用T7RNA聚合酶，將擴(kuò)增產(chǎn)物轉(zhuǎn)錄為RN**斷。5.利用RNaseA能夠特異性識(shí)別并切割RNA中U3’端的特性，將RN**斷切割成攜帶有CpG位點(diǎn)的小片斷。6.使用sequenom®MassArray飛行質(zhì)譜分析系統(tǒng)檢測(cè)產(chǎn)物。由于同一片斷中，只有CpG和CpA之間16Da的分子量差別，即質(zhì)譜圖中兩者峰的差距。 上海RRBS技術(shù)服務(wù)口碑推薦