廣州BD Rhapsody空間轉錄組技術支持

空間組測序技術，作為現(xiàn)階段單細胞技術的重要補充技術進入了組學的實驗領域以及生物信息學的分析領域。通過單細胞測序（單細胞表達尺度）+空間轉錄組測序（空間表達尺度）+數(shù)字病理（臨床診斷尺度）聯(lián)合分析可在空間和時間上描述不斷演變的組織生態(tài)系統(tǒng)，多角度深入分析組織的形態(tài)特征、基因組學特征、表觀遺傳調(diào)控因子以及樣本中的免疫微環(huán)境。不同于單細胞測序分析的需求-分析-需求-分析的模式，空間轉錄組分析實際上是非常需要研究者和企業(yè)之間的互動的，尤其是對于組織切片的理解，一個在線互相交流空間轉錄組測序結果的系統(tǒng)也是空轉分析中不可或缺的一環(huán)，也是重中之重?？臻g轉錄組測序技術提供了空間轉錄組水平下的科學研究視角。廣州BD Rhapsody空間轉錄組技術支持

烈冰生物真正實現(xiàn)空間轉錄組測序的全程把控，做到從實驗設計、空間信息標記、建庫測序、定制化分析的全流程一站式服務，助力高分文章發(fā)表；專業(yè)實驗團隊保證樣本的高度一致性；專業(yè)的生物學團隊提供個性化的產(chǎn)品應用場景解讀、保持對生物學意義的關注；強大的生信分析團隊一對一地進行詳實科學的實驗方案設計并提供多次售后分析；可接受樣品類別為冰凍組織:新鮮樣本經(jīng)液氮預冷的異戊烷速凍，-80℃保存OCT包埋組織:新鮮組織異戊烷速凍后進行OCT包埋，或新鮮組織直接OCT包埋后-80℃速凍,注意標明樣本方向，樣本于-80℃保存樣本處理和運輸過程需要在低溫環(huán)境杭州BD空間轉錄組測序服務公司空間轉錄組測序以分子方式定義病理，完成了病理數(shù)字化結合病理影像化的革新。

多樣本數(shù)據(jù)合并：FractionofReadsKept：合并樣本時，各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大，需要進行Downsample處理，以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平，從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數(shù)量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù)，深入解讀數(shù)據(jù)分析結果，深入挖掘其背后的生物學意義；從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究，加速科研進程！

為同時獲得空間表達和組織學背景信息，該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進行組織學染色和成像，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進行表達定量。由于FFPE樣本通常存在RNA高度降解的問題，針對FFPE樣本的Visium空間基因表達解決方案無法像新鮮凍存組織樣本一樣利用完整mRNA具有的poly（dA）序列進行mRNA捕獲。該方案采用針對編碼基因的成對RNA模板連接探針（RTL）與mRNA雜交。左側探針（LHS）具有部分Read 2序列，右側探針（RHS）具有合成的poly(A)序列。左右探針與mRNA雜交后彼此連接，而mRNA被RNase降解。組織透化后，被連接的成對探針與芯片上包含空間Barcode、UMI和poly(dT）序列的引物序列捕獲，并且空間Barcode和UMI序列被延伸到成對探針序列上。攜帶空間Barcode的探針序列用于進行測序文庫構建和測序。測序序列上的空間Barcode用于將測序序列定位到組織切片圖像上，UMI用于基因表達定量。烈冰生物全轉錄組測序通過雙文庫構建，實現(xiàn)多種RNA的一網(wǎng)打盡。

當前的技術主要有四種策略：1、基于組學實驗結合空間重建的計算策略這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達模式或共表達的趨勢，從單個細胞的大量轉錄組數(shù)據(jù)中重構細胞間的環(huán)境。然而，這些推論方法在某些情況下只呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局。2激光切割與NGS測序結合的策略基于LCM的轉錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉錄組，盡管其通量很低，但是在可以標記成千上萬個單個細胞位買的多路復用條形碼策路可行之前，將少量細胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構成組織的巨大背景中，可能具有一定價值。3、基于熒光物質(zhì)原位的轉錄組學基于圖像的原位轉錄組學在很大程度上增加了可檢測區(qū)域，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉錄本積累等復雜背景中提取單個細胞。4、基于身核苷酸的空間條碼加上NGS測序。烈冰科技成立10余年，為科研學者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務。寧波高通量測序空間轉錄組測序

全線搭建10x Genomics空間轉錄組測序平臺。廣州BD Rhapsody空間轉錄組技術支持

空間轉錄組學（Spatial Transcriptomics）是指在組織切片上完成，保留樣本空間信息的組學研究?？臻g轉錄組可展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達情況，揭示精細病理區(qū)域中激發(fā)的信號通路，完成分子特征驅動病理特征的機制解析?？臻g轉錄組學完成了病理數(shù)字化結合病理影像化的技術革新，對于診斷標志物、耐藥位點以及靶向藥物的研發(fā)，免疫治等新興領域都具有重要作用。當組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉錄組芯片上時，通過透化處理，細胞內(nèi)的mRNA釋放出來，從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉錄，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機測序，可以將每個mRNA轉錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。廣州BD Rhapsody空間轉錄組技術支持

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