上海高通量測序空間轉錄組數(shù)據(jù)分析可視化

空間轉錄組測序的數(shù)據(jù)質量和玻片有效區(qū)域的利用率、貼片的質量和透化時間息息相關。貼片質量不良會影響總的有效spot數(shù)等；而透化不合理會導致spot的reads數(shù)、基因中位數(shù)等參數(shù)。而在特異性基因表達方面，我們也可以統(tǒng)計空間轉錄組群體的特異性基因表達即Markergene，將他們在組織切片以及空轉上進行著色。我們也可以對于任意一個已知的基因或者數(shù)據(jù)庫中的一些細胞Marker，然后將其在基因表達在空間轉錄組的切片以及HE染色上展示自己的基因表達進而了解，群體中的可能的細胞組成關系。烈冰引進國際主流空間轉錄組測序平臺，提供保留組織內部精細區(qū)域的空間信息的轉錄組測序。上海高通量測序空間轉錄組數(shù)據(jù)分析可視化

多樣本數(shù)據(jù)合并：FractionofReadsKept：合并樣本時，各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大，需要進行Downsample處理，以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平，從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數(shù)量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù)，深入解讀數(shù)據(jù)分析結果，深入挖掘其背后的生物學意義；從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究，加速科研進程！無錫烈冰科技空間轉錄組數(shù)據(jù)分析可視化烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測序服務。

烈冰生物生信分析團隊緊追國際前沿、整合添加多項國際期刊認可的空轉分析工具，構建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程；精心研發(fā)空轉結果瀏覽器，可同步展示空間轉錄組與單細胞測序分析結果，詳細深入地解析空間轉錄組數(shù)據(jù)。完成從Rawdata（原始數(shù)據(jù)）到Spot-Gene的具有定位信息的表達矩陣的過程后，就進入了空轉的第二步，去進行Spot的Cluster的過程，熟悉單細胞測序的研究者知道，Cluster在單細胞測序中往往表示為細胞的類型，也就是說能聚在一起采用算法分為一個群體細胞是一個Celltype（當然分情況也會有不同）。而在空轉中，也正是由于前面提到了細胞的非單一性，導致了這里的分群并不是單純的同一細胞類型，而應該認為是具有相同細胞組成的點陣區(qū)域，或者說是近似的組織結構區(qū)域。

空間組學可以應用的方向：1.可以鑒定到疾病的空間位置異質性：對于阿爾茨海默癥的研宄可以探索到小神經質細胞趨向于阿爾茨海默神經班。 2．建立空間轉錄組圖譜構建個人空間轉錄組圖譜將極大提升科研人員對生物體組織間的細胞差異。3、描述胚胎發(fā)育及空間藍區(qū)胚胎發(fā)育的動態(tài)過程是科研人員一直為之著迷的，空間組學發(fā)展可以清晣的描繪胚胎發(fā)育的藍圖。除了皮膚、胰腺和骨頭組織外，其余樣本類型均可開展10xGenomics空間轉錄組研究。10xGenomics公司已經測試完畢的組織類型有：人：心勝、腎勝、卵巢、乳房、淋巴結、大腦、大腸、肺、脾臟小鼠：大腦、眼睛、心勝、腎勝、大腸、肝臟、肺、卵巢，四頭肌、小腸、脾勝、胃、翠丸、甲狀腺、舌頭大鼠：大腦、腎臟、心臟烈冰斥巨資引進Novaseq6000，開啟更大通量測序新紀元。

高通量測序技術（High-throughputsequencing）又稱“下一代”測序技術（“Next-generation”sequencing），以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。高通量測序技術是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變，一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定，因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(nextgenerationsequencing)足見其劃時代的改變，同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能，所以又被稱為深度測序(deepsequencing)。而烈冰科技具有專業(yè)生物背景和十二年科研服務經驗，已助力Nature，immunity等在內的300+篇CNS文章發(fā)表。烈冰空間轉錄組，多平臺任意選擇，隨心組合，優(yōu)化您的科學研究，助力探索新的科學視角。廣州烈冰生物空間轉錄組測序服務

烈冰實驗室包含從樣本處理到測序下機的全套實驗平臺。上海高通量測序空間轉錄組數(shù)據(jù)分析可視化

烈冰提供空間轉錄組全流程服務，包括樣本包埋、貼片、選片、HE染色、拍照成像、組織透化、建庫測序以及后續(xù)的FISH驗證等各個步驟，為您提供無憂服務。烈冰搭建了以萊卡CM1950冷凍切片機、尼康多熒光通路全自動掃描顯微鏡、3Dhistech-midi數(shù)字掃描儀為基礎的先進實驗平臺，并制定嚴格規(guī)范的實驗室SOP，經過大量的切片、貼片實操演練，對不同類型組織的切片厚度、溫度進行優(yōu)化，確保獲得更好質量的冷凍切片。利用NovelBrain云分析平臺，搭建0代碼需求的空間轉錄組分析流程，準確快速解析空間轉錄組數(shù)據(jù)。取同一樣本組織的相鄰區(qū)域進行單細胞轉錄組測序，通過單細胞轉錄組數(shù)據(jù)和空間轉錄組數(shù)據(jù)的整合分析，判定空間區(qū)域內的細胞類別，精確解析組織空間內的異質化信息。上海高通量測序空間轉錄組數(shù)據(jù)分析可視化

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