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當(dāng)下,單細(xì)胞測(cè)序已經(jīng)廣泛應(yīng)用于多種疾病發(fā)展過程中的關(guān)鍵過程和事件,如疾病從輕癥病變向惡性的轉(zhuǎn)化、惡性向轉(zhuǎn)移病變的發(fā)展,以及疾病對(duì)多種藥物的反應(yīng)等等。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)作為一個(gè)需要將組織解離成為單細(xì)胞懸液,或者是采用細(xì)胞核捕獲的策略捕獲單細(xì)胞核,進(jìn)而對(duì)于每一個(gè)單細(xì)胞或者細(xì)胞核進(jìn)行測(cè)序得到結(jié)果的技術(shù),其空間定位信息是丟失的。這就衍生出了一個(gè)問題就是如果單細(xì)胞A與B并不出現(xiàn)在一個(gè)組織區(qū)域中他們會(huì)互相影響或者轉(zhuǎn)化么?免疫研究中,兩個(gè)具有非常強(qiáng)的PDL1-PD1的配對(duì)關(guān)系的細(xì)胞在組織切片上風(fēng)馬牛不相及,這樣PDL1-PD1的關(guān)系會(huì)生效么?單一的轉(zhuǎn)錄本研究不能體現(xiàn)生命進(jìn)程的變化,因此多組學(xué)聯(lián)合分析成為解析生命進(jìn)程的有力工具。無(wú)錫烈冰科技單細(xì)胞多組學(xué)服務(wù)機(jī)構(gòu)
相對(duì)于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問題,10X平臺(tái)普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1000-20000不等的測(cè)序細(xì)胞量,這個(gè)量級(jí)的測(cè)序細(xì)胞量已經(jīng)可以說(shuō)能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此,這兩種技術(shù)對(duì)于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上,無(wú)論是從細(xì)胞數(shù)量上來(lái)說(shuō)還是表達(dá)檢測(cè)可靠性來(lái)說(shuō),都會(huì)更實(shí)用。同時(shí)依托Random Cell Label技術(shù),使得其對(duì)于NovaSeq、HiSeq X Ten、Hiseq 4000等設(shè)備存在的Index hooping現(xiàn)象,相對(duì)于Smart-Seq數(shù)據(jù)來(lái)說(shuō),影響幾乎可以忽略不計(jì)(10X Genomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測(cè)試結(jié)果,顯示無(wú)影響。武漢烈冰單細(xì)胞多組學(xué)商業(yè)化服務(wù)單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)基于單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)和高通量組學(xué)方法發(fā)展而來(lái),能在單細(xì)胞分辨率下同時(shí)整合多種組學(xué)信息。
相對(duì)于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問題,BD和10X這兩個(gè)平臺(tái)普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1-6K不等的測(cè)序細(xì)胞量,這個(gè)量級(jí)的測(cè)序細(xì)胞量已經(jīng)可以說(shuō)能夠完全覆蓋絕大部分組織的SingleCell群體類型。因此,這兩種技術(shù)對(duì)于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上,無(wú)論是從細(xì)胞數(shù)量上來(lái)說(shuō)還是表達(dá)檢測(cè)可靠性來(lái)說(shuō),都會(huì)更實(shí)用。同時(shí)依托RandomCellLabel技術(shù),使得其對(duì)于NovaSeq、HiSeqXTen、Hiseq4000等設(shè)備存在的Indexhooping現(xiàn)象,相對(duì)于Smart-Seq數(shù)據(jù)來(lái)說(shuō),影響幾乎可以忽略不計(jì)(10XGenomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測(cè)試結(jié)果,顯示無(wú)影響。
reads數(shù)、基因表達(dá)量及細(xì)胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個(gè)細(xì)胞、100G的測(cè)序量為標(biāo)準(zhǔn),每個(gè)細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個(gè)細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類型,例如成熟的B,T,粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中,由于該類型細(xì)胞表達(dá)的基因數(shù)普遍較少,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某一疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等,他們的基因表達(dá)數(shù)較高,甚至可以超過1萬(wàn),這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此,我們對(duì)細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時(shí),需要考察實(shí)際組織的細(xì)胞組成。單細(xì)胞測(cè)序手段有力地解決了組織內(nèi)高度異質(zhì)性對(duì)于低豐度信號(hào)影響的問題。
機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激,其細(xì)胞會(huì)從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”;當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時(shí),往往會(huì)經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組,導(dǎo)致一些基因被“沉默”,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時(shí)序分析可以讓我們?cè)诓恍枰兓那闆r下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時(shí)序分析,即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況,構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育,但這里的時(shí)間并不是真時(shí)間,而是一個(gè)虛擬的時(shí)間,是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個(gè)樣本中,也會(huì)存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此,不論測(cè)定了多少樣本,我們都可以采用擬時(shí)序分析對(duì)樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)遍地開花,烈冰服務(wù)讓您的生物醫(yī)學(xué)研究如虎添翼。重慶烈冰科技單細(xì)胞多組學(xué)商業(yè)化服務(wù)
烈冰專精單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序領(lǐng)域。無(wú)錫烈冰科技單細(xì)胞多組學(xué)服務(wù)機(jī)構(gòu)
烈冰生物已空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序服務(wù)提供從一個(gè)組織切片樣本中獲取包括空間信息在內(nèi)的全部轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),從而可以區(qū)分和定位功能基因在特定組織區(qū)域內(nèi)的活躍表達(dá)。其可以檢測(cè)組織樣本中的所有基因活動(dòng),并繪制活動(dòng)發(fā)生的位置,這將有助于科學(xué)家更好地構(gòu)建生物圖譜,并進(jìn)一步理解疾病和生物學(xué)過程。目前,空間轉(zhuǎn)錄組主要應(yīng)用于多種疾病、免疫、發(fā)育、神經(jīng)和病理學(xué)等研究領(lǐng)域。烈冰生物具有專業(yè)的實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)、豐富的切片經(jīng)驗(yàn),配置了國(guó)際主流的儀器設(shè)備,實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)針對(duì)不同組織類型優(yōu)化完善實(shí)驗(yàn)方案,并制定了嚴(yán)謹(jǐn)規(guī)范的實(shí)驗(yàn)室SOP流程,保證空間轉(zhuǎn)錄組切片的質(zhì)量,全優(yōu)保障測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量。無(wú)錫烈冰科技單細(xì)胞多組學(xué)服務(wù)機(jī)構(gòu)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家有著雄厚實(shí)力背景、信譽(yù)可靠、勵(lì)精圖治、展望未來(lái)、有夢(mèng)想有目標(biāo),有組織有體系的公司,堅(jiān)持于帶領(lǐng)員工在未來(lái)的道路上大放光明,攜手共畫藍(lán)圖,在上海市等地區(qū)的醫(yī)藥健康行業(yè)中積累了大批忠誠(chéng)的客戶粉絲源,也收獲了良好的用戶口碑,為公司的發(fā)展奠定的良好的行業(yè)基礎(chǔ),也希望未來(lái)公司能成為*****,努力為行業(yè)領(lǐng)域的發(fā)展奉獻(xiàn)出自己的一份力量,我們相信精益求精的工作態(tài)度和不斷的完善創(chuàng)新理念以及自強(qiáng)不息,斗志昂揚(yáng)的的企業(yè)精神將**上海烈冰生物醫(yī)藥科技供應(yīng)和您一起攜手步入輝煌,共創(chuàng)佳績(jī),一直以來(lái),公司貫徹執(zhí)行科學(xué)管理、創(chuàng)新發(fā)展、誠(chéng)實(shí)守信的方針,員工精誠(chéng)努力,協(xié)同奮取,以品質(zhì)、服務(wù)來(lái)贏得市場(chǎng),我們一直在路上!