杭州高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機構(gòu)

當組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉(zhuǎn)錄組芯片上時，通過透化處理，細胞內(nèi)的mRNA釋放出來，從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉(zhuǎn)錄，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機測序，可以將每個mRNA轉(zhuǎn)錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。Visium空間轉(zhuǎn)錄組的重點在于芯片部分：正式文庫構(gòu)建的芯片上有4個捕獲區(qū)域（6.5mmX6.5mm，可以檢測4個樣本）每個捕獲區(qū)域含有約5000個被條形碼標記的點（barcodedspots）每個spot直徑55μm，每個spot能捕獲1-10個細胞spot與spot中心點之間的距離為100μm每個spot含有上百萬個可以與mRNA結(jié)合的捕獲探針，每個探針上都帶有獨特的spatialbarcodes，用以標記捕獲的mRNA的空間位置。測序的革新讓科學(xué)研究從個體基因差異逐漸轉(zhuǎn)為個體細胞的基因差異。杭州高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機構(gòu)

烈冰配置了LEICA CM1950冷凍切片機，搭配切片經(jīng)驗豐富的實驗團隊，可以提供一致性更高、實驗操作更精細的冷凍切片準備方案，保持密切高效的溝通，設(shè)計更適合的實驗方案，確保每一個實驗細節(jié)有效進行；烈冰升級配置尼康相差顯微鏡和CCD成像系統(tǒng)，更高清分辨率解析組織切片原始圖像信息，10X,20X,40X,60X更多物鏡選擇，為不同大小的樣本提供更清晰的圖像，更精細的圖像信息采集、拼接策略，為樣本內(nèi)微小區(qū)域的組織學(xué)提供更清晰的影像；烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組平臺空間轉(zhuǎn)錄組測序以分子方式定義病理，完成了病理數(shù)字化結(jié)合病理影像化的革新。

機體為響應(yīng)各種應(yīng)激，其細胞會從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”；當細胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時，往往會經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組，導(dǎo)致一些基因被“沉默”，一些基因被重新“喚醒”，但純化這些瞬態(tài)細胞進行研究是很困難或不可能的；scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態(tài)。擬時序分析，即根據(jù)不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況，構(gòu)建細胞譜系發(fā)育，但這里的時間并不是真時間，而是一個虛擬的時間，是指的細胞與細胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中，也會存在多種不同的細胞形態(tài)。因此，不論測定了多少樣本，我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉(zhuǎn)化和變化進行描述。

空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必耍性：研究單細胞是想要探究細胞間的異質(zhì)性，但是常規(guī)的單細胞是將細胞解離成單細胞懸液，然后利用單細胞分離技術(shù)（微孔，微板，液滴）等方法實現(xiàn)單細胞建庫，這里比較大的問題是是細胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中是非常重要。特別是在研究細胞命運機制及細胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空問轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實現(xiàn)細胞的位置信息的保留，對研究此類細胞狀態(tài)尤為必要?？臻g轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)提供了空間轉(zhuǎn)錄組水平下的科學(xué)研究視角。

空間組學(xué)可以應(yīng)用的方向：1.可以鑒定到疾病的空間位置異質(zhì)性：對于阿爾茨海默癥的研宄可以探索到小神經(jīng)質(zhì)細胞趨向于阿爾茨海默神經(jīng)班。 2．建立空間轉(zhuǎn)錄組圖譜構(gòu)建個人空間轉(zhuǎn)錄組圖譜將極大提升科研人員對生物體組織間的細胞差異。3、描述胚胎發(fā)育及空間藍區(qū)胚胎發(fā)育的動態(tài)過程是科研人員一直為之著迷的，空間組學(xué)發(fā)展可以清晣的描繪胚胎發(fā)育的藍圖。除了皮膚、胰腺和骨頭組織外，其余樣本類型均可開展10xGenomics空間轉(zhuǎn)錄組研究。10xGenomics公司已經(jīng)測試完畢的組織類型有：人：心勝、腎勝、卵巢、乳房、淋巴結(jié)、大腦、大腸、肺、脾臟小鼠：大腦、眼睛、心勝、腎勝、大腸、肝臟、肺、卵巢，四頭肌、小腸、脾勝、胃、翠丸、甲狀腺、舌頭大鼠：大腦、腎臟、心臟國產(chǎn)化PanoCell空間轉(zhuǎn)錄組測序平臺，提供高性價比服務(wù)方案。武漢BD空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)支持

烈冰智造空間轉(zhuǎn)錄組細胞捕獲，媲美國際主流的單細胞平臺。杭州高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機構(gòu)

烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù)，深入解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果，深入挖掘其背后的生物學(xué)意義；從操作便捷、結(jié)果可視化、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究，加速科研進程！此外，烈冰生信團隊根據(jù)豐富的實戰(zhàn)經(jīng)驗為用戶量身打造了一款單細胞測序結(jié)果解讀的神兵利器——單細胞瀏覽器（SingleCellBrowser），不僅可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化，還可以實現(xiàn)分析結(jié)果的三維立體化的展示呈現(xiàn)。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰，專業(yè)的生物學(xué)意義交給專業(yè)的您！杭州高通量測序空間轉(zhuǎn)錄組服務(wù)機構(gòu)

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