深圳高通量測序空間轉錄組技術支持

空間轉錄組測序的數(shù)據質量和玻片有效區(qū)域的利用率、貼片的質量和透化時間息息相關。貼片質量不良會影響總的有效spot數(shù)等；而透化不合理會導致spot的reads數(shù)、基因中位數(shù)等參數(shù)。而在特異性基因表達方面，我們也可以統(tǒng)計空間轉錄組群體的特異性基因表達即Markergene，將他們在組織切片以及空轉上進行著色。我們也可以對于任意一個已知的基因或者數(shù)據庫中的一些細胞Marker，然后將其在基因表達在空間轉錄組的切片以及HE染色上展示自己的基因表達進而了解，群體中的可能的細胞組成關系。測序的革新讓科學研究從個體基因差異逐漸轉為個體細胞的基因差異。深圳高通量測序空間轉錄組技術支持

相比于常規(guī)的測序手段，空間轉錄組測序有幾個明顯的優(yōu)勢：1.將轉錄組信息與空間信息對應，體現(xiàn)組織內部的異質性：每個區(qū)域獨特的條形碼使測序結果與空間位置形成一一對應關系。雖然暫時還無法精細到單細胞層面，但是這樣的區(qū)域劃分也已經足以展現(xiàn)出組織內部不同區(qū)域間的轉錄組差異。2.不影響對全組織進行分析：芯片上捕獲的全轉錄組在同一個反應中完成測序，能有效降低多次重復實驗中的誤差。測序結果如果不按照條形碼歸類，則直接體現(xiàn)的是切片全組織的轉錄組情況，無需再做單獨檢測。3.為進一步的研究提供指導意見：常規(guī)的轉錄組測序，對后續(xù)實驗的指導仍然停留在全組織層面。而空間轉錄組測序則可以標識出更有價值的研究區(qū)域，引導研究者將組織進一步細分。無錫BD空間轉錄組數(shù)據分析可視化烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測序服務。

解決空間轉錄組測序數(shù)據分析中由于超大數(shù)據量、超高的質控要求以及繁多分析需求而引起的分析困難，做到快速可定制化完成空間轉錄組分析；擁有行業(yè)先進的3DHISTECH公司的PANNORAMIC系列的數(shù)字切片掃描儀，可以同時實現(xiàn)明場與熒光場下冷凍切片的快速掃描成像；Z-Stack多層聚焦掃描及Extended Focus 景深擴展多層融合掃描模式，進一步提升分辨率和清晰度，保證切片高分辨的數(shù)字圖像信息精細采集；能夠滿足針對分析結果中感興趣基因的RNA-FISH驗證以及組織切片的免疫組化的高清成像，獲取表達與定位信息。

當組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉錄組芯片上時，通過透化處理，細胞內的mRNA釋放出來，從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉錄，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機測序，可以將每個mRNA轉錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。Visium空間轉錄組的重點在于芯片部分：正式文庫構建的芯片上有4個捕獲區(qū)域（6.5mmX6.5mm，可以檢測4個樣本）每個捕獲區(qū)域含有約5000個被條形碼標記的點（barcodedspots）每個spot直徑55μm，每個spot能捕獲1-10個細胞spot與spot中心點之間的距離為100μm每個spot含有上百萬個可以與mRNA結合的捕獲探針，每個探針上都帶有獨特的spatialbarcodes，用以標記捕獲的mRNA的空間位置。烈冰全線實驗平臺滿足超深度、大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和復雜疾病研究的測序。

單細胞測序技術是一種在單細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。單細胞測序技術能夠在組學水平揭示細胞間的異質性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術位居2018年Science 雜志評選的科學突破。常規(guī)單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息，而單細胞空間轉錄組技術在進行單細胞轉錄組測序的同時保留并記錄了細胞的空間位置信息?？臻g轉錄組技術能夠揭示細胞間的相互作用以及細胞所處的微環(huán)境，將成為發(fā)育生物學、神經生物學、免疫生物學等領域的研究利器。國產化PanoCell空間轉錄組測序平臺，提供高性價比服務方案。上海烈冰生物空間轉錄組測序服務

空間轉錄組測序技術的迅速發(fā)展和應用推廣，為從多維度揭示疾病進展提供了強有力的工具。深圳高通量測序空間轉錄組技術支持

空間轉錄組測序與單細胞測序的結果不同，這里存在一個概念叫做NumberofSpotsundertissue，即，空間轉錄組片子上組織覆蓋的有效的spot位點。這個有效Spot的篩選標準是有UMI以及有序列表達。那么這個時候，貼片的質量就成為了制約空間轉錄組有效區(qū)域的要點了。如果組織沒有很好地覆蓋到空轉片上，那么容易出現(xiàn)雖然有HE染色有組織片子，但是沒有基因表達，即無有效Spot位點。同樣的，另一個就是組織切片的大小，也就是說組織切片在整個玻片的覆蓋面積越小，分析的有效區(qū)域就越少。這兩者基本上決定了整個空間轉錄組分析結果的基礎質量。深圳高通量測序空間轉錄組技術支持

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