上海烈冰科技單細胞多組學測序

來源: 發(fā)布時間:2022-08-24

二代測序技術在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencingbysynthesis)和大規(guī)模平行測序技術(massiveparallelanalysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,烈冰生物斥巨資購置的Novaseq6000測序儀的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構建、簇生成、測序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3和5端接上3種序列:1)Index,用于區(qū)分樣品來源;2)Adapter,用于結合測序通道上的位點;3)Primerbindingsite,用于結合PCR引物啟動擴增反應。首先 出現(xiàn)的單細胞多組學方法就是將轉錄組與其他組學技術結合。上海烈冰科技單細胞多組學測序

烈冰生物生信分析團隊緊追國際前沿、整合添加多項國際期刊認可的空轉分析工具,構建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程;精心研發(fā)空轉結果瀏覽器,可同步展示空間轉錄組與單細胞測序分析結果,詳細深入地解析空間轉錄組數(shù)據(jù)。完成從Rawdata(原始數(shù)據(jù))到Spot-Gene的具有定位信息的表達矩陣的過程后,就進入了空轉的第二步,去進行Spot的Cluster的過程,熟悉單細胞測序的研究者知道,Cluster在單細胞測序中往往表示為細胞的類型,也就是說能聚在一起采用算法分為一個群體細胞是一個Celltype(當然分情況也會有不同)。而在空轉中,也正是由于前面提到了細胞的非單一性,導致了這里的分群并不是單純的同一細胞類型,而應該認為是具有相同細胞組成的點陣區(qū)域,或者說是近似的組織結構區(qū)域。北京高通量測序單細胞多組學服務機構單細胞多組學測序技術提供了全新的視角來分析細胞的分化路徑、細胞間的交互調(diào)控和細胞亞群的分離現(xiàn)象。

所謂的高通量測序技術,又名大規(guī)模平行測序,是將DNA(或者cDNA)隨機片段化、加接頭,制備測序文庫,通過對文庫中數(shù)以萬計的克隆(colony)進行延伸反應,檢測對應的信號并獲取序列信息。與傳統(tǒng)測序法相比,高通量測序技術在處理大規(guī)模樣品時具有強大的優(yōu)勢,又快(兩天)又多(數(shù)百萬克隆),成為目前組學研究的主要技術。單細胞測序是一個系統(tǒng)的工程,開展項目前您可能會先評估它提供的見解是否與您的研究問題相匹配,如果匹配,實驗過程如何規(guī)劃,實驗平臺如何選擇,樣本如何制備,數(shù)據(jù)如何分析等等,而在這一切開始之前,我們的服務就已經(jīng)開始了,從銷售到實驗到專業(yè)技術支持,我們開通全線對接渠道,幫助您快速定位項目訴求,提供從實驗設計到文章發(fā)表的全流程,我們始終是您貼心的科學合作伙伴。

細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發(fā)生,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉錄組測序來分析。但是單細胞轉錄組測序(scRNA-Seq)在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結構,無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細胞空間排布信息。而空間轉錄組可以解決這個問題,其以點陣形式記錄組織切片細胞的空間信息,在保留組織形態(tài)結構的基礎上,獲得細胞/基因的空間表達特異性。單細胞組學通過一系列測序技術實現(xiàn)高分辨檢測單個細胞水平表達譜,以解析細胞異質(zhì)性及其功能表型。

2016年發(fā)表的DR-seq和G&T-seq技術,實現(xiàn)在單細胞內(nèi)同時進行基因組和轉錄組的測序分析,使得研究人員能夠在分析細胞間基因組差異和基因表達異質(zhì)性的同時,進一步理解基因組序列差異、拷貝數(shù)變異與轉錄組異質(zhì)性之間的關系.隨后在同一個單細胞內(nèi),基于轉錄組、染色質(zhì)可及性、染色質(zhì)構象、DNA拷貝數(shù)、DNA甲基化、蛋白質(zhì)豐度或者空間狀態(tài)等整合分析的多組學方法也相繼出現(xiàn)。相較于利用不同的單細胞單組學測序方法從一類細胞中分別獲取轉錄組、基因組、表觀遺傳組等進行分析,單細胞多組學測序技術可以從同一個單細胞中同時獲取多種組學數(shù)據(jù),可以更好地反映細胞在特定狀態(tài)下各組學間的關聯(lián)以及復雜的分子調(diào)控網(wǎng)絡。功能研究型單細胞多組學測序技術結合了CRISPR基因編輯技術, 深度挖掘基因表達調(diào)控與細胞功能。濟南single cell 單細胞多組學技術支持

烈冰智造PanoCell單細胞捕獲,媲美國際主流的單細胞平臺。上海烈冰科技單細胞多組學測序

單細胞技術讓我們在基因組學、表觀基因組學、轉錄組學和蛋白質(zhì)組學等層面上解析了許多錯綜復雜的生命密碼。隨著科技的進步,我們發(fā)現(xiàn)整合多個組學的信息可以更仔細地觀察細胞之間的可變性,更清楚地識別特定細胞及其功能。單細胞多組學在臨床診斷、疾病分型以及細胞發(fā)展機制這些重大生命科學領域方面的應用也將越來越廣。單細胞技術從 2009 年發(fā)展到現(xiàn)在,研究范圍不再局限于轉錄組,而是擴展到了基因組、免疫組、表觀組、蛋白組等多組學水平。上海烈冰科技單細胞多組學測序

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